]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blob - blastalign.hpp
added get.otulabels and remove.otulabels commands per user request
[mothur.git] / blastalign.hpp
1 #ifndef BlastAlignment_H
2 #define BlastAlignment_H
3
4
5 /*
6  *  blastalign.hpp
7  *  
8  *
9  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
11  *
12  *      This is a basic alignment method that gets the blast program to do the heavy lifting.  In the future, we should
13  *      probably incorporate NCBI's library so that we don't have to call on a user-supplied executable.  This is a child
14  *      of the Alignment class, which requires a constructor and align method.
15  *
16  */
17  
18 #include "mothur.h"
19
20
21 class BlastAlignment : public Alignment {
22
23 public:
24         BlastAlignment(float, float, float, float);
25         ~BlastAlignment();
26         void align(string, string);
27         void setMatrix(int){};
28         
29 private:
30
31         string candidateFileName;
32         string templateFileName;
33         string blastFileName;
34         string path;
35
36         void setPairwiseSeqs();
37         float match;
38         float mismatch;
39         float gapOpen;
40         float gapExtend;
41 };
42
43 #endif
44
45
46