binsequencecommand.h

   1 #ifndef BINSEQCOMMAND_H
   2 #define BINSEQCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  binsequencecommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/3/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 /* The bin.seqs command outputs a .fasta file for each distance you specify appending the OTU number to each name. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "readmatrix.hpp"
  18 #include "fastamap.h"
  19
  20
  21 class GlobalData;
  22
  23 class BinSeqCommand : public Command {
  24
  25 public:
  26         BinSeqCommand();
  27         ~BinSeqCommand();
  28         int execute();
  29
  30 private:
  31         GlobalData* globaldata;
  32         ListVector* list;
  33         ReadMatrix* read;
  34         InputData* input;
  35         FastaMap* fasta;
  36         string filename, fastafile, namesfile;
  37         ofstream out;
  38         ifstream in, inNames;
  39
  40         void readNamesFile();
  41 };
  42
  43 #endif