binsequencecommand.h

   1 #ifndef BINSEQCOMMAND_H
   2 #define BINSEQCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  binsequencecommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/3/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 /* The bin.seqs command outputs a .fasta file for each distance you specify appending the OTU number to each name. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "readotu.h"
  18 #include "fastamap.h"
  19 #include "groupmap.h"
  20
  21
  22 class GlobalData;
  23
  24 class BinSeqCommand : public Command {
  25
  26 public:
  27         BinSeqCommand(string);
  28         ~BinSeqCommand();
  29         int execute();
  30         void help();
  31
  32 private:
  33         GlobalData* globaldata;
  34         ListVector* list;
  35         ReadOTUFile* read;
  36         InputData* input;
  37         FastaMap* fasta;
  38         GroupMap* groupMap;
  39         OptionParser* parser;
  40         map<string, string> parameters;
  41         map<string, string>::iterator it;
  42         bool abort, allLines;
  43         set<int> lines; //hold lines to be used
  44         set<string> labels; //holds labels to be used
  45         string filename, fastafile, namesfile, groupfile, line, label;
  46         ofstream out;
  47         ifstream in, inNames;
  48
  49         void readNamesFile();
  50         int process(ListVector*, int);
  51 };
  52
  53 #endif