binsequencecommand.h

   1 #ifndef BINSEQCOMMAND_H
   2 #define BINSEQCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  binsequencecommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 4/3/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 /* The bin.seqs command outputs a .fasta file for each distance you specify appending the OTU number to each name. */
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "listvector.hpp"
  17 #include "readotu.h"
  18 #include "fastamap.h"
  19 #include "groupmap.h"
  20
  21
  22 class GlobalData;
  23
  24 class BinSeqCommand : public Command {
  25
  26 public:
  27         BinSeqCommand();
  28         ~BinSeqCommand();
  29         int execute();
  30
  31 private:
  32         GlobalData* globaldata;
  33         ListVector* list;
  34         ReadOTUFile* read;
  35         InputData* input;
  36         FastaMap* fasta;
  37         GroupMap* groupMap;
  38         string filename, fastafile, namesfile, groupfile;
  39         ofstream out;
  40         ifstream in, inNames;
  41
  42         void readNamesFile();
  43 };
  44
  45 #endif