bergerparker.cpp

   1 /*
   2  *  ssbp.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 3/6/09.
   6  *  Copyright 2009 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "bergerparker.h"
  11 #include "calculator.h"
  12
  13 /***************************************************************/
  14
  15 EstOutput BergerParker::getValues(SAbundVector* rank){
  16         try {
  17                 data.resize(1,0);
  18                 //Berger-Parker index
  19                 double BP = (double)rank->getNumSeqs()/(double)rank->getMaxRank();
  20                 //cout << "BP index = " << 1/BP << "\n\n";
  21
  22                 data[0] = BP;
  23                 if (isnan(data[0]) || isinf(data[0])) { data[0] = 0; }
  24
  25                 return data;
  26         }
  27         catch(exception& e) {
  28                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NPShannon class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  29                 exit(1);
  30         }
  31         catch(...) {
  32                 cout << "An unknown error has occurred in the NPShannon class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  33                 exit(1);
  34         }
  35 }
  36
  37 /***********************************************************************/
  38