alignnode.h

   1 #ifndef ALIGNNODE
   2 #define ALIGNNODE
   3
   4 /*
   5  *  alignNode.h
   6  *  bayesian
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 10/11/11.
   9  *  Copyright 2011 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "taxonomynode.h"
  14
  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 struct thetaAlign {
  18         thetaAlign() : A(0), T(0), G(0), C(0), gap(0){}
  19         unsigned int A;
  20         unsigned int T;
  21         unsigned int G;
  22         unsigned int C;
  23         unsigned int gap;
  24 };
  25
  26 /**************************************************************************************************/
  27
  28 class AlignNode : public TaxonomyNode {
  29
  30 public:
  31         AlignNode(string, int);
  32         int loadSequence(string&);
  33         int checkTheta();
  34     void printTheta();
  35         double getPxGivenkj_D_j(string& query); //P(x | k_j, D, j)
  36         double getSimToConsensus(string& query);
  37         vector<thetaAlign> getTheta()   {       return theta;   }
  38         int addThetas(vector<thetaAlign>, int);
  39
  40 private:
  41         vector<thetaAlign> theta;
  42         vector<unsigned int> columnCounts;
  43         int alignLength;
  44 };
  45
  46 /**************************************************************************************************/
  47
  48 #endif
  49