alignment.hpp

   1 #ifndef DPALIGNMENT_H
   2 #define DPALIGNMENT_H
   3
   4 /*
   5  *  dpalignment.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *  This is a class for an abstract datatype for classes that implement various types of alignment      algorithms.
  12  *      As of 12/18/08 these included alignments based on blastn, needleman-wunsch, and the     Gotoh algorithms
  13  *
  14  */
  15
  16 #include "mothur.h"
  17 #include "alignmentcell.hpp"
  18
  19 /**************************************************************************************************/
  20
  21 class Alignment {
  22
  23 public:
  24         Alignment(int);
  25         Alignment();
  26         virtual ~Alignment();
  27         virtual void align(string, string) = 0;
  28
  29
  30 //      float getAlignmentScore();
  31         string getSeqAAln();
  32         string getSeqBAln();
  33     map<int, int> getSeqAAlnBaseMap();
  34     map<int, int> getSeqBAlnBaseMap();
  35         int getCandidateStartPos();
  36         int getCandidateEndPos();
  37         int getTemplateStartPos();
  38         int getTemplateEndPos();
  39
  40         int getPairwiseLength();
  41         void resize(int);
  42         int getnRows() { return nRows; }
  43 //      int getLongestTemplateGap();
  44
  45 protected:
  46         void traceBack();
  47         string seqA, seqAaln;
  48         string seqB, seqBaln;
  49         int seqAstart, seqAend;
  50         int seqBstart, seqBend;
  51         int pairwiseLength;
  52         int nRows, nCols, lA, lB;
  53         vector<vector<AlignmentCell> > alignment;
  54     map<int, int> ABaseMap;
  55     map<int, int> BBaseMap;
  56         MothurOut* m;
  57 };
  58
  59 /**************************************************************************************************/
  60
  61 #endif