alignment.hpp

   1 #ifndef DPALIGNMENT_H
   2 #define DPALIGNMENT_H
   3
   4 /*
   5  *  dpalignment.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *  This is a class for an abstract datatype for classes that implement various types of alignment      algorithms.
  12  *      As of 12/18/08 these included alignments based on blastn, needleman-wunsch, and the     Gotoh algorithms
  13  *
  14  */
  15 using namespace std;
  16
  17 #include "mothur.h"
  18 #include "alignmentcell.hpp"
  19
  20 /**************************************************************************************************/
  21
  22 class Alignment {
  23
  24 public:
  25         Alignment(int);
  26         Alignment();
  27         virtual void align(string, string) = 0;
  28
  29         float getAlignmentScore();
  30         string getSeqAAln();
  31         string getSeqBAln();
  32         int getCandidateStartPos();
  33         int getCandidateEndPos();
  34         int getTemplateStartPos();
  35         int getTemplateEndPos();
  36
  37         int getPairwiseLength();
  38 //      int getLongestTemplateGap();
  39
  40 protected:
  41         void traceBack();
  42         string seqA, seqAaln;
  43         string seqB, seqBaln;
  44         int seqAstart, seqAend;
  45         int seqBstart, seqBend;
  46         int pairwiseLength;
  47         int nRows, nCols, lA, lB;
  48         vector<vector<AlignmentCell> > alignment;
  49 };
  50
  51 /**************************************************************************************************/
  52
  53 #endif