aligncommand.h

   1 #ifndef ALIGNCOMMAND_H
   2 #define ALIGNCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  aligncommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 5/15/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "database.hpp"
  16 #include "alignment.hpp"
  17
  18 class AlignCommand : public Command {
  19
  20 public:
  21         AlignCommand(string);
  22         ~AlignCommand();
  23         int execute();
  24         void help();
  25
  26 private:
  27         struct linePair {
  28                 int start;
  29                 int numSeqs;
  30                 linePair(int i, int j) : start(i), numSeqs(j) {}
  31         };
  32         map<int, int> processIDS;   //end line, processid
  33         vector<linePair*> lines;
  34
  35         Database* templateDB;
  36         Alignment* alignment;
  37
  38         int driver(linePair*, string, string);
  39         void createProcesses(string, string);
  40         void appendAlignFiles(string, string);
  41         void appendReportFiles(string, string);
  42
  43         string candidateFileName, templateFileName, distanceFileName, search, align;
  44         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  45         int processors, kmerSize;
  46
  47         bool abort;
  48 };
  49
  50 #endif