aligncommand.h

   1 #ifndef ALIGNCOMMAND_H
   2 #define ALIGNCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  aligncommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 5/15/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "database.hpp"
  16 #include "alignment.hpp"
  17 #include "alignmentdb.h"
  18
  19 class AlignCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         AlignCommand(string);
  23         AlignCommand();
  24         ~AlignCommand();
  25
  26         vector<string> setParameters();
  27         string getCommandName()                 { return "align.seqs";                  }
  28         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  29         string getHelpString();
  30         string getCitation() { return "DeSantis TZ, Jr., Hugenholtz P, Keller K, Brodie EL, Larsen N, Piceno YM, Phan R, Andersen GL (2006). NAST: a multiple sequence alignment server for comparative analysis of 16S rRNA genes. Nucleic Acids Res 34: W394-9.\nSchloss PD (2009). A high-throughput DNA sequence aligner for microbial ecology studies. PLoS ONE 4: e8230.\nSchloss PD (2010). The effects of alignment quality, distance calculation method, sequence filtering, and region on the analysis of 16S rRNA gene-based studies. PLoS Comput Biol 6: e1000844.\nhttp://www.mothur.org/wiki/Align.seqs http://www.mothur.org/wiki/Align.seqs"; }
  31         string getDescription()         { return "align sequences"; }
  32
  33         int execute();
  34         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  35
  36 private:
  37         struct linePair {
  38                 unsigned long int start;
  39                 unsigned long int end;
  40                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  41         };
  42         vector<int> processIDS;   //processid
  43         vector<linePair*> lines;
  44         bool MPIWroteAccnos;
  45
  46         AlignmentDB* templateDB;
  47         Alignment* alignment;
  48
  49         int driver(linePair*, string, string, string, string);
  50         int createProcesses(string, string, string, string);
  51         void appendAlignFiles(string, string);
  52         void appendReportFiles(string, string);
  53
  54         #ifdef USE_MPI
  55         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  56         #endif
  57
  58         string candidateFileName, templateFileName, distanceFileName, search, align, outputDir;
  59         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend, threshold;
  60         int processors, kmerSize;
  61         vector<string> candidateFileNames;
  62         vector<string> outputNames;
  63
  64         bool abort, flip, calledHelp;
  65
  66 };
  67
  68 #endif