aligncommand.h

   1 #ifndef ALIGNCOMMAND_H
   2 #define ALIGNCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  aligncommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 5/15/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "database.hpp"
  16 #include "alignment.hpp"
  17 #include "alignmentdb.h"
  18
  19 class AlignCommand : public Command {
  20
  21 public:
  22         AlignCommand(string);
  23         ~AlignCommand();
  24         int execute();
  25         void help();
  26
  27 private:
  28         struct linePair {
  29                 unsigned long int start;
  30                 int numSeqs;
  31                 linePair(unsigned long int i, int j) : start(i), numSeqs(j) {}
  32         };
  33         vector<int> processIDS;   //processid
  34         vector<linePair*> lines;
  35         bool MPIWroteAccnos;
  36
  37         AlignmentDB* templateDB;
  38         Alignment* alignment;
  39
  40         int driver(linePair*, string, string, string, string);
  41         int createProcesses(string, string, string, string);
  42         void appendAlignFiles(string, string);
  43         void appendReportFiles(string, string);
  44
  45         #ifdef USE_MPI
  46         int driverMPI(int, int, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, MPI_File&, vector<long>&);
  47         #endif
  48
  49         string candidateFileName, templateFileName, distanceFileName, search, align, outputDir;
  50         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend, threshold;
  51         int processors, kmerSize;
  52         vector<string> candidateFileNames;
  53
  54         bool abort, flip;
  55 };
  56
  57 #endif