aligncommand.h

   1 #ifndef ALIGNCOMMAND_H
   2 #define ALIGNCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  aligncommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 5/15/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15
  16 class AlignCommand : public Command {
  17
  18 public:
  19         AlignCommand();
  20         ~AlignCommand();
  21         int execute();
  22
  23 private:
  24         GlobalData* globaldata;
  25         string candidateFileName, templateFileName, distanceFileName;
  26         int kmerSize;
  27         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  28         ofstream out;
  29         ifstream in;
  30
  31 };
  32
  33
  34
  35 #endif