aligncommand.h

   1 #ifndef ALIGNCOMMAND_H
   2 #define ALIGNCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  aligncommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 5/15/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15
  16
  17
  18 class AlignCommand : public Command {
  19
  20 public:
  21         AlignCommand(string);
  22         ~AlignCommand();
  23         int execute();
  24         void help();
  25
  26 private:
  27         GlobalData* globaldata;
  28         OptionParser* parser;
  29         map<string, string> parameters;
  30         map<string, string>::iterator it;
  31         bool abort;
  32         string candidateFileName, templateFileName, distanceFileName, search, align;
  33         int kmerSize;
  34         float match, misMatch, gapOpen, gapExtend;
  35         ofstream out;
  36         ifstream in;
  37         int ableToOpen;
  38
  39
  40 };
  41
  42
  43
  44 #endif