man/loess_normalization_reference.Rd

   1 % Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
   2 % Please edit documentation in R/loess_normalization_reference.R
   3 \name{loess_normalization_reference}
   4 \alias{loess_normalization_reference}
   5 \title{loess_normalization_reference}
   6 \usage{
   7 loess_normalization_reference(expressions, reference = NA, iterations = 2,
   8   small.positive = 0.1, sample.size = 200,
   9   num.cores = max(floor(parallel::detectCores()/2), 1),
  10   imputation.method = "mean", offset = 0)
  11 }
  12 \arguments{
  13 \item{expressions}{Gene expression values with probes in rows and samples in columns}
  14
  15 \item{reference}{Names of rownames of reference genes}
  16
  17 \item{iterations}{Number of iterations to run (Default: 2)}
  18
  19 \item{small.positive}{Number to replace negative and zero expressions with (Default: 0.1).}
  20
  21 \item{sample.size}{Number of combinations of samples to run (Default: 200).}
  22
  23 \item{num.cores}{Number of cores to use (Default: half of them)}
  24
  25 \item{imputation.method}{Method to impute missing values. String of "mean" (missing values are the mean of the row) or "knn" (use impute.knn to impute missing values) (Default: "mean").}
  26
  27 \item{offset}{Offset for expression (Default: 0; set to 1 if sample contains zeros)}
  28 }
  29 \value{
  30 data.frame of normalized expression values
  31 }
  32 \description{
  33 Normalize using MvA loess using multiple processors
  34 }
  35 \details{
  36 For analyses where the number of samples makes all-against-all
  37 normalization prohibitive, this variant subselects a set of
  38 comparisons and runs them, iterating a specific number of times
  39 using as many cores as possible.
  40 }
  41 \author{
  42 Don Armstrong
  43 }
  44