man/loess_normalization.Rd

   1 % Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
   2 % Please edit documentation in R/ma_loess_norm.R
   3 \name{loess_normalization}
   4 \alias{loess_normalization}
   5 \title{loess_normalization}
   6 \usage{
   7 loess_normalization(expressions, iterations = 2, small.positive = 0.1,
   8   sample.size = 200, num.cores = max(floor(parallel::detectCores()/2), 1),
   9   imputation.method = "mean", offset = 0)
  10 }
  11 \arguments{
  12 \item{expressions}{Gene expression values with probes in rows and samples in columns}
  13
  14 \item{iterations}{Number of iterations to run (Default: 2)}
  15
  16 \item{small.positive}{Number to replace negative and zero expressions with (Default: 0.1).}
  17
  18 \item{sample.size}{Number of combinations of samples to run (Default: 200).}
  19
  20 \item{num.cores}{Number of cores to use (Default: half of them)}
  21
  22 \item{imputation.method}{Method to impute missing values. String of "mean" (missing values are the mean of the row) or "knn" (use impute.knn to impute missing values) (Default: "mean").}
  23 }
  24 \value{
  25 data.frame of normalized expression values
  26 }
  27 \description{
  28 Normalize using MvA loess using multiple processors
  29 }
  30 \details{
  31 For analyses where the number of samples makes all-against-all
  32 normalization prohibitive, this variant subselects a set of
  33 comparisons and runs them, iterating a specific number of times
  34 using as many cores as possible.
  35 }
  36 \author{
  37 Don Armstrong
  38 }
  39