R/mva_plotting.R

   1 # MvA plotting for microarray data
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   4 # Copyright 2003 By Don Armstrong
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   6 # This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   7 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
   8 # the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
   9 # (at your option) any later version.
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  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14 # General Public License for more details.
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  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 # along with this program; if not, write to the Free Software
  18 # Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
  19 # 02111-1307, USA.
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  21 # $Id: mva_plotting.R,v 1.5 2006/06/10 04:14:45 don Exp $
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  24 library("grid")
  25 library("ggplot2")
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  27 # mva.plot
  28 # Plots a pairwise M versus A plot with a loess fit line
  29 ##' Plots a pairwise M versus A plot with a loess fit line
  30 ##'
  31 ##' .. content for \details{} ..
  32 ##' @title mva.plot.pair
  33 ##' @param array Array of data to plot
  34 ##' @param title Title of plot (Default: FALSE; no title)
  35 ##' @param small.positive replace numbers less than 0 with this
  36 ##' @author Don Armstrong \email{don@@donarmstrong.com}
  37 mva.plot.pair <- function(array,title=FALSE,small.positive=0.1){
  38   size <- ncol(array)
  39   npair <- size*(size-1)/2
  40   height <- min(round((npair*3/4)^0.5),3)
  41   width <- min(ceiling(npair/height),3)
  42   def.par <- par(no.readonly = TRUE)
  43   mva.layout <- grid.layout(ncol=width,nrow=height)
  44   pushViewport(viewport(layout=mva.layout))
  45   ## we could also use combn here instead
  46   num.plot <- 0
  47   for(a in 1:(size-1)){
  48       for(b in (a+1):size){
  49           num.plot <- num.plot + 1
  50           group.1 <- array[,a]
  51           group.2 <- array[,b]
  52           group.keep <- is.finite(group.1) & is.finite(group.2)
  53           group.1 <- group.1[group.keep]
  54           group.2 <- group.2[group.keep]
  55           group.min <- min(c(group.1,group.2))
  56           if (group.min <= 0) {
  57               group.1 <- group.1 - group.min + small.positive
  58               group.2 <- group.2 - group.min + small.positive
  59           }
  60           A <- 0.5*log2(group.1*group.2)
  61           M <- log2(group.1/group.2)
  62           temp.frame <- na.omit(data.frame(cbind(A,M)))
  63           if (num.plot > 1 &&
  64               floor((num.plot -1)/ width) %% height == 0 &&
  65               (num.plot-1) %% width == 0) {
  66               popViewport(1)
  67               grid.text(title,x=unit(0.0,"npc")+unit(1,"lines"),y=unit(0.5,"npc"),just="center",rot=90)
  68               grid.newpage()
  69               pushViewport(viewport(layout=mva.layout))
  70           }
  71           ## print(floor((num.plot -1)/ width) %% height+1)
  72           ## print((num.plot - 1)%% width+1)
  73           print(ggplot(temp.frame,aes(y=M,x=A))+
  74                 geom_hex()+
  75                 stat_smooth(method="gam")+
  76                 ggtitle(paste0(colnames(array)[a],"\nvs\n",colnames(array)[b]))+
  77                 theme(legend.position="none"),
  78                 vp=viewport(layout.pos.row=floor((num.plot -1)/ width) %% height+1, layout.pos.col=((num.plot - 1)%% width+1)))
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  80       }
  81   }
  82   popViewport()
  83 }