emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'bind-key)
  75   (require 'diminish)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-common
 138   :ensure spacemacs-theme
 139   :config
 140   (load-theme 'spacemacs-dark t)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356   (use-package yasnippet
 357     :ensure t
 358     :diminish yas-minor-mode
 359     :config (progn
 360               (yas-global-mode)
 361               (setq yas-verbosity 1)
 362               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 365               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                                'yas-hippie-try-expand)
 369               (yas-reload-all)
 370               )
 371     )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546     (interactive "P")
 547     (cond
 548      ;; if a region is active, indent
 549      ((use-region-p)
 550       (indent-region (region-beginning)
 551                      (region-end)))
 552      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553      ((and (not (active-minibuffer-window))
 554            (or (looking-at " ")
 555                (looking-at "$"))
 556            (looking-back "[^[:space:]]")
 557            (not (looking-back "^")))
 558
 559       (cond (company-mode (company-complete-common))
 560             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562      ;; no whitespace anywhere
 563      ((and (not (active-minibuffer-window))
 564            (looking-at "[^[:space:]]")
 565            (looking-back "[^[:space:]]")
 566            (not (looking-back "^")))
 567       (cond
 568        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571         (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573      ;; by default just call whatever was bound
 574      (t
 575       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 576                     'indent-for-tab-command)))
 577         (if (not (called-interactively-p 'any))
 578             (fn arg)
 579           (setq this-command fn)
 580           (call-interactively fn))))))
 581
 582   (defun malb/toggle-fold ()
 583     (interactive)
 584     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585            (org-force-cycle-archived))
 586           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587            (save-excursion
 588              (end-of-line)
 589              (hs-toggle-hiding)))
 590
 591           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592            (save-excursion
 593              (outline-cycle)))))
 594
 595   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 624     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 625     )
 626 #+END_SRC
 627
 628 ** Perl
 629 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 630   (use-package cperl-mode
 631     :config
 632     (progn
 633       ;; Use c-mode for perl .xs files
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 635       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 638       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 639       (setq cperl-hairy t
 640             cperl-indent-level 4
 641             cperl-auto-newline nil
 642             cperl-auto-newline-after-colon nil
 643             cperl-continued-statement-offset 4
 644             cperl-brace-offset -1
 645             cperl-continued-brace-offset 0
 646             cperl-label-offset -4
 647             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 648             cperl-electric-lbrace-space nil
 649             cperl-indent-parens-as-block nil
 650             cperl-close-paren-offset -1
 651             cperl-tab-always-indent t)
 652       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 653   ))
 654 #+END_SRC
 655
 656 ** Markdown mode
 657 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 658   (use-package markdown-mode
 659     :ensure t
 660     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 661            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 662            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 663            )
 664     :config
 665     (setq markdown-enable-math t)
 666     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 667     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 669     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 670     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 671   )
 672
 673 #+END_SRC
 674 ** SQL mode
 675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 676   ; load sql-indent when sql is loaded
 677 (use-package sql
 678   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 679   :config
 680   (require sql-indent))
 681 #+END_SRC
 682 ** Ediff
 683 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 684   (use-package ediff
 685     :commands ediff ediff3
 686     :ensure f
 687     :config
 688     ;; ediff configuration
 689     ;; don't use the multi-window configuration
 690     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 691   )
 692 #+END_SRC
 693 ** Do the Right Thing Indenting
 694 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 695 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 696 (use-package dtrt-indent
 697   :ensure t
 698 )
 699 #+END_SRC
 700 ** VCL --editing varnish configuration files
 701 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 702   (use-package vcl-mode
 703     :ensure t
 704     :mode "\\.vcl\\'"
 705     )
 706
 707 #+END_SRC
 708 ** Helm
 709 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 710   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 711     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 712     (interactive)
 713     (unless helm-source-buffers-list
 714       (setq helm-source-buffers-list
 715             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 716     (helm-other-buffer
 717      (append
 718
 719      (if (projectile-project-p)
 720           '(helm-source-projectile-buffers-list
 721             helm-source-buffers-list)
 722         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 723
 724       `(((name . "Virtual Workspace")
 725          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 726                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 727          (action . (lambda (candidate)
 728                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 729
 730       (if (projectile-project-p)
 731           '(helm-source-projectile-recentf-list
 732             helm-source-recentf)
 733         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 734
 735       ;; always make some common files easily accessible
 736       ;;'(((name . "Common Files")
 737        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 738         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 739
 740       '(helm-source-files-in-current-dir
 741         helm-source-locate
 742         helm-source-bookmarks
 743         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 744         ))
 745      "*Helm all the things*"))
 746   (use-package helm
 747     :ensure helm
 748     :diminish helm-mode
 749     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 750            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 751            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 753            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 754     :config
 755     (require 'helm-config)
 756     (require 'helm-for-files)
 757     (require 'helm-bookmark)
 758
 759     (helm-mode 1)
 760     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 761     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 762     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 763     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 764     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 765       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 766       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 767     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 768   )
 769 #+END_SRC
 770 *** Helm Flx
 771
 772  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 773
 774  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 775  (use-package helm-flx
 776    :ensure t
 777    :config (progn
 778              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 779              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 780                    helm-bookmark-show-location           t
 781                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 782                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 783                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 784                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 785                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 786                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 787                    helm-quick-update                     t
 788                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 789                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 790              (helm-flx-mode +1)))
 791  #+END_SRC
 792 *** Helm Swoop
 793 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 794
 795   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 796   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 797     (thing-at-point 'symbol))
 798     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 799     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 800           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 801           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 802           ein:notebook-multilang-mode))
 803
 804     (defun malb/swoop-or-search ()
 805       (interactive)
 806       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 807               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 808           (isearch-forward)
 809         (helm-swoop)))
 810
 811     (use-package helm-swoop
 812       :ensure t
 813       :commands helm-swoop
 814       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 815              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 816              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 817       :config (progn
 818
 819                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 820                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 821                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 822                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 823                       helm-swoop-speed-or-color t)
 824
 825                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 826                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 827                   (interactive)
 828                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 829                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 830                           (previous-history-element 1)
 831                         (helm-next-line))
 832                     (helm-next-line)))
 833
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 835                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 839                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 840       )
 841
 842 #+END_SRC
 843 *** Helm Ag
 844 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 845 (use-package helm-ag
 846   :ensure t
 847   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 848                 helm-ag-command-option "--all-text"
 849                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 850                 helm-ag-fuzzy-match t
 851                 helm-ag-use-temp-buffer t
 852                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 853                 helm-ag-use-agignore t))
 854 #+END_SRC
 855 *** Helm Descbinds
 856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 857   (use-package helm-descbinds
 858     :ensure t
 859     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 860     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 861 #+END_SRC
 862
 863 *** Helm YaSnippet
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-c-yasnippet
 866     :ensure t
 867     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 868     :config (progn
 869               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 870 #+END_SRC
 871 *** Helm Org Rifle
 872 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 873   (use-package helm-org-rifle
 874     :ensure t
 875     :config (progn
 876               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 877                 (interactive "p")
 878                 (let ((current-prefix-arg nil))
 879                   (cond
 880                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 881                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 882                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 883 #+END_SRC
 884 *** Helm Google
 885 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 886 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 887   (use-package helm-google
 888     :ensure t
 889     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 890     :config
 891     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 892                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 893                                          (let ((url
 894                                                 (replace-regexp-in-string
 895                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 896                                                  "\\1" candidate)))
 897                                            (kill-new url))))
 898                         t
 899                         )
 900
 901            (add-to-list 'helm-google-actions
 902                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 903                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 904                                                      (url
 905                                                       (replace-regexp-in-string
 906                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 907                                                        "\\1" candidate)))
 908                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 909                         t)
 910            ))
 911 #+END_SRC
 912
 913 ** Projectile -- Project management
 914 #+begin_src emacs-lisp
 915   (use-package projectile
 916     :ensure t
 917     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 918            ("<f6>" . next-error))
 919     :config (progn
 920               (use-package magit :ensure t)
 921               (require 'helm-projectile)
 922               (helm-projectile-on)
 923
 924               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 925                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 926                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 927
 928               (projectile-global-mode)))
 929 #+end_src
 930
 931 *** helm integration
 932 #+begin_src emacs-lisp
 933   (use-package helm-projectile
 934     :ensure t
 935     :config (progn
 936               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 937                 (helm-build-dummy-source
 938                     "Create file"
 939                   :action 'find-file))
 940
 941               (add-to-list
 942                'helm-projectile-sources-list
 943                malb/helm-source-file-not-found t)
 944
 945               (helm-delete-action-from-source
 946                "Grep in projects `C-s'"
 947                helm-source-projectile-projects)
 948
 949               (helm-add-action-to-source
 950                "Grep in projects `C-s'"
 951                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 952 #+end_src
 953 ** Zap to char
 954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 955   (use-package avy-zap
 956     :ensure t
 957     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 958 #+END_SRC
 959 ** Hydra
 960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 961   (use-package hydra
 962     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 964            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 965            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 966            )
 967     :config
 968     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 969     "
 970   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 971   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 972   _p_: read papers      _R_: paper notes
 973   _h_: hpcbio
 974   _q_: quit
 975   _z_: quit
 976   "
 977     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 978     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 979     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 980     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 981     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 982     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 983     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 984     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 985     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 986     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 987     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 988     ("q" nil "quit")
 989     ("z" nil "quit")
 990     )
 991
 992     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 993     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 994     "
 995   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 996   ^^^^^^------------------------------------------------------
 997   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 998   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 999   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1000   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1001   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1002   _d_: subtree
1003
1004   "
1005     ;; Hide
1006     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1007     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1008     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1009     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1010     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1011     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1012     ;; Show
1013     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1014     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1015     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1016     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1017     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1018     ;; Move
1019     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1020     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1021     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1022     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1023     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1024     ("z" nil "leave"))
1025   )
1026 #+END_SRC
1027
1028 ** Tramp
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package tramp
1031     :config
1032     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1033                                   (tramp-login-program "vcsh")
1034                                   (tramp-login-args
1035                                    (("enter")
1036                                     ("%h")))
1037                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1038                                   (tramp-remote-shell-args
1039                                    ("-c")))))
1040 #+END_SRC
1041 ** Reftex
1042 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1043   (use-package reftex
1044     :ensure t
1045     :config
1046     (setq-default reftex-default-bibliography
1047                     '("~/projects/research/references.bib")))
1048 #+END_SRC
1049 ** BibTex
1050 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1051   (use-package bibtex
1052     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                           ("abstract" "")
1055                   ("pmid" "")
1056                   ("doi" ""))))
1057     )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062 (use-package tex
1063   :defer t
1064   :ensure auctex
1065   :config
1066   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1068   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1069   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1070   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1071   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1072   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1073   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1074   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1075   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1076   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1077
1078   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1079   ;; support fake section headers
1080   (setq TeX-outline-extra
1081         '(("%chapter" 1)
1082           ("%section" 2)
1083           ("%subsection" 3)
1084           ("%subsubsection" 4)
1085           ("%paragraph" 5)))
1086   ;; add font locking to the headers
1087   (font-lock-add-keywords
1088    'latex-mode
1089    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1090       0 'font-lock-keyword-face t)
1091      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1092      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1093      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1094      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1095      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1096
1097   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1098   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1099   (setq TeX-open-quote "“")
1100   (setq TeX-close-quote "”")
1101
1102   ;; (TeX-add-style-hook
1103   ;;  "latex"
1104   ;;  (lambda ()
1105   ;;    (TeX-add-symbols
1106   ;;     '("DLA" 1))))
1107   ;; (custom-set-variables
1108   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1109   ;;    '(("fixme"
1110   ;;       ("DLA" "RZ")
1111   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1112   ;; )
1113   (setq-default TeX-parse-self t)
1114   (setq-default TeX-auto-save t)
1115   (setq-default TeX-master nil)
1116   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1117                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1118   (eval-after-load
1119       "latex"
1120     '(TeX-add-style-hook
1121       "cleveref"
1122       (lambda ()
1123         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1124             (add-to-list
1125              'reftex-ref-style-alist
1126              '("Cleveref" "cleveref"
1127                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1128         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1129         (TeX-add-symbols
1130          '("cref" TeX-arg-ref)
1131          '("Cref" TeX-arg-ref)
1132          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1133          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1134   (eval-after-load
1135       "latex"
1136     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1137                   '("Sexpr")))
1138
1139   (use-package font-latex
1140     :config
1141     (setq font-latex-match-reference-keywords
1142           '(
1143             ("fref" "{")
1144             ("Fref" "{")
1145             ("citep" "{")
1146             ("citet" "{")
1147             ("acs" "{")
1148             ("acsp" "{")
1149             ("ac" "{")
1150             ("acp" "{")
1151             ("acl" "{")
1152             ("aclp" "{")
1153             ("acsu" "{")
1154             ("aclu" "{")
1155             ("acused" "{")
1156             ("DLA" "{")
1157             ("RZ" "{")
1158             ("OM" "{")
1159             ("DL" "{")
1160             ("fixme" "{"))
1161           )
1162     )
1163   (setq font-latex-fontify-script nil)
1164   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1165   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1166 )
1167
1168 #+END_SRC
1169 ** ESS
1170 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1171   (use-package ess
1172     :ensure t
1173     :commands R
1174     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1175     :bind (:map ess-mode-map
1176                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1177     :init
1178     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1179     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1180     :config
1181     ; actually load the rest of ess
1182     (require 'ess-site)
1183     (defun ess-change-directory (path)
1184       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1185       (interactive "Directory to change to: ")
1186
1187       (when (file-exists-p path)
1188         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1189         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1190         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1191     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1192     ;; outlining support for ess modes
1193     (add-hook
1194      'ess-mode-hook
1195      '(lambda ()
1196         (outline-minor-mode)
1197         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1198         (defun outline-level ()
1199           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1200                 ((looking-at "^#### ") 2)
1201                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1202                 (t 1000)))
1203         ))
1204     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1205       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1206       (interactive "r")
1207       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1208       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1209     ;; Don't restore history or save workspace image
1210     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1211     )
1212 #+END_SRC
1213
1214 ** Rainbowmode
1215 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1216
1217 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1218   (use-package rainbow-mode
1219     ;; add ess to the x major mode
1220     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1221     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1222   )
1223 #+END_SRC
1224
1225 ** Polymode
1226 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1227 (use-package poly-noweb
1228   :ensure t
1229   :after polymode
1230
1231   )
1232 (use-package poly-markdown
1233   :ensure t
1234   :after polymode
1235   )
1236 (use-package poly-R
1237   :ensure t
1238   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1239   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1240   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1241   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1242   )
1243 (use-package polymode
1244   :ensure t
1245   )
1246
1247 #+END_SRC
1248
1249 ** Outlining
1250 *** Outline magic
1251 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1252   (use-package outline-magic)
1253 #+END_SRC
1254 *** Outline mode
1255 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1256 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1257 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1258 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1259 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1260 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1261
1262 #+END_SRC
1263 ** Writeroom Mode
1264 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1265   (use-package writeroom-mode
1266     :config
1267     (defun my/writing-mode ()
1268       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1269       (interactive)
1270       (if writeroom-mode
1271           (progn
1272             (writeroom-mode -1)
1273             (visual-line-mode -1)
1274             (auto-fill-mode -1)
1275             (visual-fill-column-mode -1)
1276             )
1277         (visual-line-mode 1)
1278         (auto-fill-mode 1)
1279         (visual-fill-column-mode 1)
1280         (writeroom-mode 1))
1281       )
1282     )
1283 #+END_SRC
1284 ** GhostText/Atomic Chrome
1285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1286   (use-package atomic-chrome
1287     :config
1288     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1289     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1290     )
1291 #+END_SRC
1292 ** Multiple Cursors
1293    :PROPERTIES:
1294    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1295    :END:
1296 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1297 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1298   (use-package multiple-cursors
1299     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1300             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1301             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1302             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1303     )
1304 #+END_SRC
1305 ** Web Mode
1306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1307   (use-package web-mode
1308     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1309     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1310     :config
1311     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1312     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1313     (setq web-mode-engines-alist
1314           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1315     )
1316 #+END_SRC
1317 ** Spamassassin Mode
1318 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1319   (use-package spamassassin-mode
1320     :commands spamassassin-mode
1321     :ensure f
1322     )
1323 #+END_SRC
1324 ** Password Store
1325 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1326   (use-package password-store
1327     :ensure f
1328     :commands password-store-edit password-store-generate
1329     )
1330 #+END_SRC
1331 ** CSS mode
1332 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1333   (use-package css
1334     :mode "\\.css'"
1335     :config
1336     ;; fix up css mode to not be silly
1337     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1338     (setq cssm-indent-level 4)
1339     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1340     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1341     (setq cssm-mirror-mode nil))
1342 #+END_SRC
1343 ** Abbrev Mode
1344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1345   (use-package abbrev
1346     :diminish abbrev-mode
1347     :config
1348     ;; load abbreviations from
1349     (setq abbrev-file-name
1350           "~/.emacs_abbrev_def")
1351
1352     ;; read the abbrev file if it exists
1353     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1354         (quietly-read-abbrev-file))
1355
1356     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1357     (setq default-abbrev-mode t))
1358 #+END_SRC
1359
1360 ** Go language
1361 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1362 (use-package go-mode
1363              :diminish "go"
1364              :mode "\\.go"
1365              )
1366 #+END_SRC
1367
1368 ** Expand region
1369 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1370 (use-package expand-region
1371   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1372   )
1373 #+END_SRC
1374
1375 ** Dockerfile
1376 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1377 (use-package dockerfile-mode
1378   :mode "Dockerfile"
1379   )
1380 #+END_SRC
1381
1382 * Email
1383 ** Mutt
1384 *** Message-mode
1385 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1386 (use-package message
1387   :ensure f
1388   :diminish (message "✉")
1389   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1390   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1391   :hook 'my/message-mode-settings
1392   :hook 'turn-on-flyspell
1393   :bind (:map message-mode-map
1394       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1395   :delight (message-mode "✉")
1396   :config
1397   (defun my/message-mode-settings ()
1398     (font-lock-add-keywords nil
1399                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1400                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1401               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1402                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1403     )
1404
1405   (defun my/post-attach-file ()
1406     "Prompt for an attachment."
1407     (interactive)
1408     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1409       (my/header-attach-file file "")))
1410
1411   (defun my/header-attach-file (file description)
1412     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1413   Argument DESCRIPTION MIME description."
1414     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1415     (when (> (length file) 0)
1416   (save-excursion
1417     (save-match-data
1418       (save-restriction
1419         (widen)
1420         (goto-char (point-min))
1421         (search-forward-regexp "^$")
1422         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1423                 description "\n"))
1424         (message (concat "Attached '" file "'."))
1425         (setq post-has-attachment t))))))
1426
1427   (setq mail-yank-prefix "> ")
1428   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1429 )
1430 #+END_SRC
1431 *** Muttrc mode
1432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1433   (use-package muttrc-mode
1434     :mode "muttngrc"
1435     :mode "muttrc"
1436   )
1437
1438 #+END_SRC
1439 * Base emacs
1440 ** Reverting buffers
1441 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1442   (use-package autorevert
1443     :diminish auto-revert-mode
1444     :config
1445     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1446           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1447           auto-revert-verbose nil)
1448     (global-auto-revert-mode 1))
1449 #+END_SRC
1450 * Org Mode
1451 ** Use-package and load things
1452 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1453
1454   (use-package org
1455     :delight (org-mode "ø")
1456     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1457     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1458            ("C-c a"  . org-agenda)
1459            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1460 #+END_SRC
1461 ** Agenda Configuration
1462 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1463   :config
1464   (setq-default org-log-done 'time)
1465   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1466
1467   (setq org-agenda-sticky t)
1468   (defun dla/show-org-agenda ()
1469     (interactive)
1470     (let (agendabuffer
1471           '(delq nil
1472                 (mapcar (lambda (x)
1473                           (and (string-match-p
1474                                 "\*Org Agenda.*\*"
1475                                 (buffer-name x))
1476                                x)
1477                           )
1478                         (buffer-list))))
1479       (if agendabuffer
1480           (switch-to-buffer
1481            (buffer-name agendabuffer))
1482         (org-agenda-list)))
1483       (delete-other-windows))
1484
1485   ;; agenda configuration
1486   ;; Do not dim blocked tasks
1487   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1488   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1489   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1490
1491   ;; Compact the block agenda view
1492   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1493
1494   ;; Custom agenda command definitions
1495   (setq org-agenda-custom-commands
1496         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1497                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1498                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1499                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1500                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1501                   (org-agenda-sorting-strategy
1502                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1503                 (" " "Agenda"
1504                  ((agenda "" nil)
1505                   (tags "REFILE"
1506                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1507                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1508                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1509                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1510                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1511                               (org-agenda-sorting-strategy
1512                                '(category-keep))))
1513                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1514                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1515                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1516                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1517                               (org-agenda-sorting-strategy
1518                                '(category-keep))))
1519                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1520                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1521                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1522                                                                         ""
1523                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1524                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1525                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1526                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1527                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1528                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1529                               (org-agenda-sorting-strategy
1530                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1531                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1532                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1533                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1534                                                                         ""
1535                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1536                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1537                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1538                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1539                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1540                               (org-agenda-sorting-strategy
1541                                '(category-keep))))
1542                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1543                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1544                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1545                                                                         ""
1546                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1547                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1548                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1549                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1550                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1551                               (org-agenda-sorting-strategy
1552                                '(category-keep))))
1553                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1554                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1555                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1556                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1557                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1558                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1559                   (tags "-REFILE/"
1560                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1561                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1562                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1563                  nil))))
1564
1565   ; org mode agenda files
1566   (setq org-agenda-files
1567         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1568             "~/projects/org-notes/notes.org"
1569             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1570             "~/projects/org-notes/refile.org"
1571             "~/projects/org-notes/diary.org"
1572             "~/projects/org-notes/ool.org"
1573             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1574             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1575             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1576             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1577             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1578             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1579             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1580             "~/org-mode/from-mobile.org"
1581             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1582
1583   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1584   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1585   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1586   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1587   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1588   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1589   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1590   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1591   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1592   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1593   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1594     (interactive "P")
1595     (with-temp-buffer
1596       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1597         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1598         (goto-char (point-max))
1599         (newline))
1600       (write-file "/tmp/timeline.org")
1601       (org-agenda arg "L")))
1602   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1603
1604 #+END_SRC
1605 ** General config
1606 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1607   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1608   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1609
1610   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1611   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1612 #+END_SRC
1613 ** Capture Templates
1614 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1615   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1616         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1617            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1618           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1619            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1620           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1621            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1622           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1623            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1624           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1625            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1626           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1627            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1628           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1629            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1630           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1631            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1632           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1633            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1634           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1635            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1636           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1637            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1638            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1639                                        "Jobs"
1640                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1641            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1642           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1643            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1644           )
1645         )
1646
1647   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1648   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1649     (interactive)
1650     (save-excursion
1651       (beginning-of-line 0)
1652       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1653
1654   (defun my/org-add-id ()
1655     (interactive)
1656     (save-excursion
1657       (if (org-current-level)
1658           ()
1659         (forward-char 1)
1660         )
1661       (org-id-get-create)
1662       )
1663   )
1664
1665 #+END_SRC
1666 ** Org mode key bindings
1667 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1668   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1669   ;; Custom Key Bindings
1670   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1671           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1672           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1673           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1674           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1675           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1676           ("<S-f5>" . bh/widen)
1677           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1678           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1679           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1680           ("<f9> b" . bbdb)
1681           ("<f9> c" . calendar)
1682           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1683           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1684           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1685           ("<f9> w" . widen)
1686
1687           ("<f9> r" . boxquote-region)
1688           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1689
1690           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1691           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1692
1693           ("<f9> v" . visible-mode)
1694           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1695           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1696           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1697           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1698           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1699           ("C-<f10>" . next-buffer)
1700           ("<f11>" . org-clock-goto)
1701           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1702           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1703           ("C-c c" . org-capture))
1704   :config
1705 #+END_SRC
1706 ** Utility Functions
1707 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1708   (defun bh/hide-other ()
1709     (interactive)
1710     (save-excursion
1711       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1712       (hide-other)
1713       (org-cycle)
1714       (org-cycle)
1715       (org-cycle)))
1716
1717   (defun bh/set-truncate-lines ()
1718     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1719     (interactive)
1720     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1721     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1722     (save-excursion
1723       (set-window-start (selected-window)
1724                         (window-start (selected-window)))))
1725
1726   (defun bh/switch-to-scratch ()
1727     (interactive)
1728     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1729
1730   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1731   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1732
1733   ; create function to create headlines in file. This comes from
1734   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1735   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1736     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1737   do not already have one."
1738     (interactive)
1739     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1740   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1741     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1742   (or narrowed region)."
1743     (interactive)
1744     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1745   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1746   ; (add-hook 'org-mode-hook
1747   ;           (lambda ()
1748   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1749 #+END_SRC
1750 ** Org ID locations
1751 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1752 (use-package find-lisp
1753   :ensure t)
1754 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1755       (append '(agenda-archives)
1756               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1757               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1758               ))
1759 #+END_SRC
1760 ** Keywords (TODO)
1761 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1762   (setq org-todo-keywords
1763         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1764                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1765
1766   (setq org-todo-keyword-faces
1767         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1768                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1769                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1770                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1771                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1772                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1773                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1774                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1775
1776   (setq org-todo-state-tags-triggers
1777         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1778                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1779                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1780                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1781                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1782                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1783                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1784
1785
1786
1787   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1788   ; add ids on creation of nodes
1789   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1790
1791
1792   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1793   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1794   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1795
1796   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1797   ; use C-M-r for org mode capture
1798   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1799
1800   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1801   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1802                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1803
1804   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1805   (setq org-refile-use-outline-path t)
1806
1807   ; Targets complete directly with IDO
1808   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1809
1810   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1811   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1812
1813   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1814   ; (setq org-completion-use-ido t)
1815   ; (setq ido-everywhere t)
1816   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1817   ; (ido-mode (quote both))
1818   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1819   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1820   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1821   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1822   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1823
1824
1825   ;;;; Refile settings
1826   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1827   (defun bh/verify-refile-target ()
1828     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1829     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1830
1831   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1832
1833   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1834   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1835   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1836   (require 'org-protocol)
1837   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1838   (setq my-org-protocol-flag nil)
1839   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1840     "Delete frame at remember finalization"
1841     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1842            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1843   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1844     "Delete frame at remember refile"
1845     (if my-org-protocol-flag
1846         (progn
1847           (setq my-org-protocol-flag nil)
1848           ad-do-it
1849           (delete-frame))
1850       ad-do-it)
1851     )
1852   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1853     "Delete frame at remember abort"
1854     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1855            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1856   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1857     (setq my-org-protocol-flag t))
1858
1859   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1860     (unless (org-in-item-p)
1861       (org-id-get-create)
1862       )
1863     )
1864
1865   ;; org modules
1866   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1867
1868   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1869   (defun open-mail-in-mutt (message)
1870     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1871
1872   Message can be specified either by a path pointing inside a
1873   Maildir, or by Message-ID."
1874     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1875     (shell-command
1876      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1877          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1878
1879   ;; add support for "mutt:ID" links
1880   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1881
1882   (defun my-org-mode-setup ()
1883     ; (load-library "reftex")
1884     (and (buffer-file-name)
1885          (file-exists-p (buffer-file-name))
1886          (progn
1887            ; (reftex-parse-all)
1888            (reftex-set-cite-format
1889             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1890               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1891               (?c . "\\cite{%l}")
1892               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1893            ))
1894     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1895     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1896     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1897     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1898     )
1899   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1900
1901   (defun org-mode-reftex-search ()
1902     (interactive)
1903     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1904
1905   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1906     "Open a paper by bibtex key"
1907     (interactive "bibtex key: ")
1908     (shell-command
1909      (format "%s %s"
1910          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1911   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1912   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1913     "Open a paper pdf by bibtex key"
1914     (interactive "bibtex key: ")
1915     (shell-command
1916      (format "%s -p evince_annot %s"
1917          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1918   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1919
1920   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1921                '("notes" .
1922                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1923
1924   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1925   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1926
1927   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1928   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1929                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1930
1931    ;; stolen from
1932   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1933   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1934     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1935     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1936                      (match-string 1 path)))
1937            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1938       (cond ((eq format 'latex)
1939              (if (or (not desc)
1940                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1941                  (format "\\cite{%s}" search)
1942                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1943
1944   (org-add-link-type "rtcite"
1945                      'org-bibtex-open
1946                      'my-rtcite-export-handler)
1947
1948
1949 #+END_SRC
1950 ** Org Mobile Configuration
1951 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1952   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1953   (when (string= system-name "linnode")
1954     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1955   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1956   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1957
1958 #+END_SRC
1959 ** Org iCal Support
1960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1961   ;; org mode ical export
1962   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1963   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1964   ;; we already add the id manually
1965   (setq org-icalendar-store-UID t)
1966
1967 #+END_SRC
1968 ** General Org Babel Configuration
1969 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1970 ;; org babel support
1971 (org-babel-do-load-languages
1972  'org-babel-load-languages
1973  '((emacs-lisp . t )
1974    (R . t)
1975    (latex . t)
1976    (ditaa . t)
1977    (dot . t)
1978    ))
1979 ;; set the right path to ditaa.jar
1980 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1981 ;; use graphviz-dot for dot things
1982 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1983 ;; do not indent begin_src blocks
1984 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1985 ;; org-babel-by-backend
1986 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1987    `(case (if (boundp 'backend)
1988               (org-export-backend-name backend)
1989             nil) ,@body))
1990
1991 (defun my/fix-inline-images ()
1992   (when org-inline-image-overlays
1993     (org-redisplay-inline-images)))
1994
1995 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1996            'my/fix-inline-images)
1997
1998 #+END_SRC
1999 ** LaTeX configuration
2000    :PROPERTIES:
2001    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
2002    :END:
2003 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2004 (use-package ox-extra
2005   :config
2006   (ox-extras-activate '(ignore-headlines)))
2007 (require 'ox-latex)
2008 (add-to-list 'org-latex-classes
2009          '("memarticle"
2010        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2011        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2012        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2013        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2014        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2015        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2016
2017 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2018 (add-to-list 'org-latex-classes
2019          '("beamer"
2020        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2021 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2022 [PACKAGES]
2023 [EXTRA]"
2024        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2025        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2026        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2027        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2028        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2029
2030 (add-to-list 'org-latex-classes
2031          '("membook"
2032        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2033        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2034        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2035        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2036        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2037
2038 (add-to-list 'org-latex-classes
2039          '("letter"
2040        "\\documentclass[11pt]{letter}
2041 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2042 [PACKAGES]
2043 [EXTRA]"
2044    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2045        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2046        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2047        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2048        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2049
2050 (add-to-list 'org-latex-classes
2051          '("dlacv"
2052        "\\documentclass{dlacv}
2053 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2054 [NO-PACKAGES]
2055 [NO-EXTRA]"
2056        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2057        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2058        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2059        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2060        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2061
2062
2063 (add-to-list 'org-latex-classes
2064          '("dlaresume"
2065        "\\documentclass{dlaresume}
2066 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2067 [NO-PACKAGES]
2068 [NO-EXTRA]"
2069        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2070        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2071        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2072        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2073        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2074
2075
2076 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2077 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2078 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2079
2080 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2081 (setq org-latex-default-packages-alist
2082   '(("" "amsmath" t)
2083     ("" "unicode-math" t)
2084     ))
2085 (setq org-latex-packages-alist
2086   '(("" "graphicx" t)
2087     ("" "fontspec" t)
2088     ("" "xunicode" t)
2089     ("" "hyperref" t)
2090     ("" "url" t)
2091     ("" "rotating" t)
2092     ("" "longtable" nil)
2093     ("" "float" )))
2094
2095 ;; make equations larger
2096 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2097
2098 (defun org-create-formula--latex-header ()
2099   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2100   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2101            (org-export-get-backend 'latex))
2102           (org-export--get-inbuffer-options
2103            (org-export-get-backend 'latex)))))
2104     (org-latex-guess-babel-language
2105      (org-latex-guess-inputenc
2106   (org-splice-latex-header
2107    org-format-latex-header
2108    org-latex-default-packages-alist
2109    nil t
2110    (plist-get info :latex-header)))
2111      info)))
2112
2113
2114 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2115 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2116 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2117                   (headline contents info) activate)
2118   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2119   (setq ad-return-value contents)
2120     ad-do-it))
2121
2122 ;; keep latex logfiles
2123
2124 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2125
2126 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2127 (org-clock-persistence-insinuate)
2128 ;;
2129 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2130 (setq org-clock-history-length 23)
2131 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2132 (setq org-clock-in-resume t)
2133 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2134 ;; there are things like PHONE calls
2135 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2136 ;; Separate drawers for clocking and logs
2137 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2138 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2139 (setq org-clock-into-drawer t)
2140 (setq org-log-into-drawer t)
2141 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2142 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2143 ;; Clock out when moving task to a done state
2144 (setq org-clock-out-when-done t)
2145 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2146 (setq org-clock-persist t)
2147 ;; Do not prompt to resume an active clock
2148 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2149 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2150 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2151 ;; Include current clocking task in clock reports
2152 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2153
2154 ;; the cache seems to be broken
2155 (setq org-element-use-cache nil)
2156
2157 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2158
2159 (defun bh/is-task-p ()
2160   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2161   (save-restriction
2162     (widen)
2163     (let ((has-subtask)
2164           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2165           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2166       (save-excursion
2167         (forward-line 1)
2168         (while (and (not has-subtask)
2169                     (< (point) subtree-end)
2170                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2171           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2172             (setq has-subtask t))))
2173       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2174 (defun bh/is-project-p ()
2175   "Any task with a todo keyword subtask"
2176   (save-restriction
2177     (widen)
2178     (let ((has-subtask)
2179           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2180           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2181       (save-excursion
2182         (forward-line 1)
2183         (while (and (not has-subtask)
2184                     (< (point) subtree-end)
2185                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2186           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2187             (setq has-subtask t))))
2188       (and is-a-task has-subtask))))
2189
2190 (defun bh/is-subproject-p ()
2191   "Any task which is a subtask of another project"
2192   (let ((is-subproject)
2193         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2194     (save-excursion
2195       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2196         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2197           (setq is-subproject t))))
2198     (and is-a-task is-subproject)))
2199
2200
2201 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2202   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2203 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2204 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2205   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2206     (cond
2207      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2208        (bh/is-task-p))
2209   "NEXT")
2210      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2211        (bh/is-project-p))
2212   "TODO"))))
2213
2214 (defun bh/punch-in (arg)
2215   "Start continuous clocking and set the default task to the
2216 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2217 as the default task."
2218   (interactive "p")
2219   (setq bh/keep-clock-running t)
2220   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2221   ;;
2222   ;; We're in the agenda
2223   ;;
2224   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2225          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2226     (if (and (eq arg 4) tags)
2227         (org-agenda-clock-in '(16))
2228       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2229     ;;
2230     ;; We are not in the agenda
2231     ;;
2232     (save-restriction
2233   (widen)
2234   ; Find the tags on the current task
2235   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2236       (org-clock-in '(16))
2237     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2238
2239 (defun bh/punch-out ()
2240   (interactive)
2241   (setq bh/keep-clock-running nil)
2242   (when (org-clock-is-active)
2243     (org-clock-out))
2244   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2245
2246 (defun bh/clock-in-default-task ()
2247   (save-excursion
2248     (org-with-point-at org-clock-default-task
2249   (org-clock-in))))
2250
2251 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2252   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2253   (let ((parent-task))
2254     (save-excursion
2255   (save-restriction
2256     (widen)
2257     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2258       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2259         (setq parent-task (point))))
2260     (if parent-task
2261         (org-with-point-at parent-task
2262       (org-clock-in))
2263       (when bh/keep-clock-running
2264         (bh/clock-in-default-task)))))))
2265
2266 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2267
2268 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2269   (interactive)
2270   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2271     (org-clock-in '(16))))
2272
2273 (defun bh/clock-out-maybe ()
2274   (when (and bh/keep-clock-running
2275          (not org-clock-clocking-in)
2276          (marker-buffer org-clock-default-task)
2277          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2278     (bh/clock-in-parent-task)))
2279
2280 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2281
2282 (require 'org-id)
2283 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2284   "Clock in a task by id"
2285   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2286     (org-clock-in nil)))
2287
2288 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2289   "Clock in the interrupted task if there is one
2290 Skip the default task and get the next one.
2291 A prefix arg forces clock in of the default task."
2292   (interactive "p")
2293   (let ((clock-in-to-task
2294      (cond
2295       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2296       ((and (org-clock-is-active)
2297         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2298        (caddr org-clock-history))
2299       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2300       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2301       (t (car org-clock-history)))))
2302     (widen)
2303     (org-with-point-at clock-in-to-task
2304   (org-clock-in nil))))
2305
2306
2307 (defun org-export-to-ods ()
2308   (interactive)
2309   (let ((csv-file "data.csv"))
2310     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2311     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2312
2313 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2314 ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2315 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2316 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2317
2318 ;; support inserting screen shots
2319 (defun my/org-insert-screenshot ()
2320   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2321 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2322   (interactive)
2323   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2324   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2325     (read-file-name
2326      "Screenshot to insert: "
2327      nil
2328      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2329      )
2330     )
2331   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2332   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2333   (org-display-inline-images))
2334
2335 (defun my/fix-inline-images ()
2336   (when org-inline-image-overlays
2337     (org-redisplay-inline-images)))
2338
2339 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2340
2341 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2342 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2343          '(xelateximagemagick
2344       :programs ("xelatex" "convert")
2345       :description "pdf > png"
2346       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2347       :use-xcolor t
2348       :image-input-type "pdf"
2349       :image-output-type "png"
2350       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2351       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2352       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2353          )
2354 ;; use xelatex by default
2355 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2356
2357 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2358 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2359   "Fix properties drawers in current buffer.
2360  Ignore non Org buffers."
2361   (interactive)
2362   (when (eq major-mode 'org-mode)
2363     (org-with-wide-buffer
2364      (goto-char (point-min))
2365      (let ((case-fold-search t)
2366        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2367                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2368                    "END[ \t]*$"))))
2369    (org-map-entries
2370     (lambda ()
2371       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2372         (save-excursion
2373       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2374         (forward-line)
2375         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2376         (when (and (< (point) end)
2377                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2378                (save-excursion
2379                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2380                   (eq (org-element-type
2381                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2382                   'drawer))))
2383           (insert (delete-and-extract-region
2384                (match-beginning 0)
2385                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2386           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2387
2388 #+END_SRC
2389 ** Org-Gcal
2390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2391 (use-package calfw
2392   :ensure f
2393   )
2394 (use-package calfw-org
2395   :ensure f
2396   )
2397 (use-package org-gcal
2398   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2399   :ensure f
2400   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2401                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2402             )
2403   )
2404 #+END_SRC
2405 ** appt integration
2406 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2407   (use-package appt
2408     :ensure f
2409     :config
2410     ;; Show notification 10 minutes before event
2411     (setq appt-message-warning-time 10)
2412     ;; Disable multiple reminders
2413     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2414     (setq appt-display-mode-line nil)
2415
2416     ;; add automatic reminders for appointments
2417     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2418       (interactive)
2419       (setq appt-time-msg-list nil)
2420       (org-agenda-to-appt))
2421     ;; add reminders when starting emacs
2422     (my/org-agenda-to-appt)
2423     ;; when rebuilding the agenda
2424     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2425       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2426       (my/org-agenda-to-appt)
2427       )
2428     ;; when saving all org buffers
2429     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2430       "Re-add appts after saving all org buffers"
2431       (my/org-agenda-to-appt))
2432     ;; Display appointments as a window manager notification
2433     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2434     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2435
2436     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2437
2438     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2439       (if (atom min-to-app)
2440       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2441     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2442       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2443                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2444       )
2445     )
2446
2447
2448 #+END_SRC
2449 ** End use-package
2450 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2451   )
2452 #+END_SRC
2453 * Keybindings
2454 ** Goto line
2455 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2456   (global-unset-key "\M-g")
2457   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2458 #+END_SRC
2459 * Debian
2460 ** debian-changelog
2461 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2462   (use-package debian-changelog-mode
2463     :mode "debian/changelog"
2464     :config
2465     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2466     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2467 #+END_SRC
2468 * Misc (uncharacterized)
2469 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2470   (setq calendar-latitude 38.6)
2471   (setq calendar-longitude -121.5)
2472   (setq case-fold-search t)
2473   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2474   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2475 #+END_SRC
2476 ** Turn on fontlock and icomplete
2477 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2478   (global-font-lock-mode 1)
2479   (icomplete-mode 1)
2480   (setq log-edit-keep-buffer t)
2481 #+END_SRC
2482 ** Set mail User agent
2483 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2484   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2485   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2486 #+END_SRC
2487 ** PS Printing
2488 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2489   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2490   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2491   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2492   (setq ps-line-number-color "blue")
2493   (setq ps-print-footer t)
2494   (setq ps-print-footer-frame nil)
2495   (setq ps-print-only-one-header t)
2496 #+END_SRC
2497 ** Only single spacing on sentences
2498 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2499   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2500   ]*")
2501   (setq sentence-end-double-space nil)
2502   ; enable matching parenthesis
2503 #+END_SRC
2504 ** Display paren mode
2505 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2506   (show-paren-mode 1)
2507   (setq show-paren-delay 0.2)
2508
2509   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2510
2511   ;; switch back to the old primary selection method
2512   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2513   (setq x-select-enable-primary t)
2514   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2515
2516   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2517   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2518
2519   ;; tramp configuration
2520   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2521
2522   (setq-default c-indent-level 4)
2523   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2524   (setq-default c-brace-offset -4)
2525   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2526   (setq-default c-label-offset -4)
2527   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2528   ; tabs are annoying
2529   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2530   (setq-default tab-width 4)
2531
2532
2533   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2534   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2535   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2536   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2537   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2538
2539
2540   (defun insert-date ()
2541     "Insert date at point."
2542     (interactive)
2543     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2544   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2545
2546   (defun unfill-paragraph (arg)
2547     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2548     (interactive "*p")
2549     (let ((fill-column 10000))
2550       (fill-paragraph arg))
2551     )
2552
2553   (column-number-mode t)
2554
2555 #+END_SRC
2556 ** Desktop-save-mode
2557 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2558 emacs, and use a different desktop file to restore history
2559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2560   (use-package desktop
2561     :demand
2562     :config
2563     (setq desktop-base-file-name
2564           (convert-standard-filename
2565            (concat ".emacs"
2566                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2567                        "")
2568                    ".desktop")
2569            ))
2570     (setq desktop-base-lock-name
2571           (convert-standard-filename
2572            (concat desktop-base-file-name
2573                    ".lock")))
2574     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2575     (setq desktop-restore-eager 5)
2576     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2577     (desktop-save-mode 1)
2578     ; (desktop-read)
2579   )
2580 #+END_SRC
2581 ** Misc (Uncharacterized)
2582 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2583   '(icomplete-mode on)
2584   (custom-set-faces
2585    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2586    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2587    ;; Your init file should contain only one such instance.
2588    ;; If there is more than one, they won't work right.
2589    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2590
2591
2592   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2593   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2594   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2595
2596   ; (defun turn-on-flyspell ()
2597   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2598   ;    (interactive)
2599   ;    (flyspell-mode 1))
2600
2601
2602    ; Outline-minor-mode key map
2603    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2604    ; HIDE
2605    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2606    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2607    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2608    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2609    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2610    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2611    ; SHOW
2612    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2613    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2614    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2615    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2616    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2617    ; MOVE
2618    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2619    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2620    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2621    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2622    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2623    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2624   ; fix up tmux xterm keys
2625   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2626   (defun fix-up-tmux-keys ()
2627       "Fix up tmux xterm keys"
2628       (if (getenv "TMUX")
2629           (progn
2630             (let ((x 2) (tkey ""))
2631               (while (<= x 8)
2632                 ;; shift
2633                 (if (= x 2)
2634                     (setq tkey "S-"))
2635                 ;; alt
2636                 (if (= x 3)
2637                     (setq tkey "M-"))
2638                 ;; alt + shift
2639                 (if (= x 4)
2640                     (setq tkey "M-S-"))
2641                 ;; ctrl
2642                 (if (= x 5)
2643                     (setq tkey "C-"))
2644                 ;; ctrl + shift
2645                 (if (= x 6)
2646                     (setq tkey "C-S-"))
2647                 ;; ctrl + alt
2648                 (if (= x 7)
2649                     (setq tkey "C-M-"))
2650                 ;; ctrl + alt + shift
2651                 (if (= x 8)
2652                     (setq tkey "C-M-S-"))
2653
2654                 ;; arrows
2655                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2656                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2657                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2658                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2659                 ;; home
2660                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2661                 ;; end
2662                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2663                 ;; page up
2664                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2665                 ;; page down
2666                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2667                 ;; insert
2668                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2669                 ;; delete
2670                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2671                 ;; f1
2672                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2673                 ;; f2
2674                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2675                 ;; f3
2676                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2677                 ;; f4
2678                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2679                 ;; f5
2680                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2681                 ;; f6
2682                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2683                 ;; f7
2684                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2685                 ;; f8
2686                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2687                 ;; f9
2688                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2689                 ;; f10
2690                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2691                 ;; f11
2692                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2693                 ;; f12
2694                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2695                 ;; f13
2696                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2697                 ;; f14
2698                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2699                 ;; f15
2700                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2701                 ;; f16
2702                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2703                 ;; f17
2704                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2705                 ;; f18
2706                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2707                 ;; f19
2708                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2709                 ;; f20
2710                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2711
2712                 (setq x (+ x 1))
2713                 ))
2714             )
2715         )
2716       )
2717   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2718
2719   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2720     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2721     (if (or (buffer-modified-p)
2722             (verify-visited-file-modtime)
2723             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2724             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2725         ad-do-it
2726       (clear-visited-file-modtime)
2727       (not-modified)))
2728   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2729 #+END_SRC
2730
2731 * Start Server
2732 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2733   (use-package server
2734     :config
2735     (setq server-name
2736           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2737               "server"))
2738     (unless (server-running-p)
2739       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2740       (server-start)))
2741 #+END_SRC
2742
2743
2744
2745 * END
2746 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2747   (provide 'don-configuration)
2748 #+END_SRC