emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (setq package-enable-at-startup nil)
  32   (setq package--init-file-ensured t)
  33   (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  34   (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  35                            ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  36                            ("org" . "http://orgmode.org/elpa/") ))
  37   (eval-and-compile
  38     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  39   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  40     (eval-when-compile
  41       (package-initialize)
  42       (unless (package-installed-p 'use-package)
  43         (package-refresh-contents)
  44         (package-install 'use-package))
  45       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  46         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  47         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  48         (nreverse (apply #'nconc
  49                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  50                  (mapcar #'(lambda (path)
  51                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  52                          (list path)
  53                        nil))
  54                      load-path))))))
  55
  56   ;;; fix up info paths for packages
  57   (with-eval-after-load "info"
  58     (info-initialize)
  59     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  60       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  61         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  62                     (not (file-directory-p fdir))
  63                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  64           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  65
  66
  67   (eval-when-compile
  68     (require 'use-package))
  69   (require 'diminish)
  70   (require 'bind-key)
  71 #+END_SRC
  72 ** Paradox
  73 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  74   (use-package paradox
  75     :ensure paradox
  76     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  77     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  78     )
  79 #+END_SRC
  80 * Add library paths
  81
  82 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  83   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  84   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  85 #+END_SRC
  86 * Disable custom-vars
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  89   (setq custom-file "/dev/null")
  90 #+END_SRC
  91 * Misc functions
  92 ** with-library
  93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
  95 ;; execute conditional code when loading libraries
  96 (defmacro with-library (symbol &rest body)
  97   `(when (require ,symbol nil t)
  98      ,@body))
  99 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 100 #+END_SRC
 101
 102 * Variables
 103 ** Safe Local Variables
 104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 105   (setq safe-local-variable-values
 106         (quote ((auto-save-default)
 107                 (make-backup-files)
 108                 (cperl-indent-level . 4)
 109                 (indent-level . 4)
 110                 (indent-tabs-mode . f)
 111                 )))
 112 #+END_SRC
 113 * Memory
 114 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 115   (setq global-mark-ring-max 128
 116         mark-ring-max 128
 117         kill-ring-max 128)
 118
 119   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 120     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 121
 122   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 123     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 124
 125   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 126   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 127 #+END_SRC
 128 * Modules
 129 ** Hippie Expand
 130 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 131   (use-package hippie-exp
 132     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 133     )
 134 #+END_SRC
 135 ** Flyspell 🐝
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137   (use-package flyspell
 138     :ensure t
 139     :diminish flyspell-mode 🐝
 140     :config
 141     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 142     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 143     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 144     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 145     :init
 146     (setq ispell-program-name "ispell")
 147     )
 148
 149 #+END_SRC
 150 ** Flymake
 151 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 152   (use-package flymake
 153     :diminish "Φ")
 154 #+end_src
 155
 156 ** Winnermode
 157 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 158   (winner-mode 1)
 159 #+END_SRC
 160 ** Eyebrowse
 161
 162 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 163   (use-package eyebrowse
 164     :ensure t
 165     :diminish eyebrowse-mode
 166     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 167     :config (progn
 168               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 169               (eyebrowse-mode t)
 170
 171               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 172                 (interactive)
 173                 (let ((done nil))
 174                   (dotimes (i 10)
 175                     ;; start at 1 run till 0
 176                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 177                       (when (and (not done)
 178                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 179                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 180                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 181                         (setq done t)
 182                         ))
 183                     )))
 184
 185               ;; I don't use latex-preview-pane
 186               ;; (require 'latex-preview-pane)
 187               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 188               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 189               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 190               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 191               ;;   ;; edit the TeX file.
 192               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 193               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 194
 195               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 196               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 197
 198               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 199               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 200               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 201               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 202               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 203               )
 204     )
 205 #+END_SRC
 206
 207 ** Window handling
 208
 209 *** Splitting
 210 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 211   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 212     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 213     (interactive)
 214     (split-window-vertically)
 215     (other-window 1 nil)
 216     (switch-to-next-buffer))
 217
 218   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 219     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 220     (interactive)
 221     (split-window-horizontally)
 222     (other-window 1 nil)
 223     (switch-to-next-buffer))
 224
 225   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 226   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 227
 228   (setq split-width-threshold  100)
 229   (setq split-height-threshold 60)
 230
 231   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 232     "If there's only one window (excluding any possibly active
 233            minibuffer), then split the current window horizontally."
 234     (if (and (one-window-p t)
 235              (not (active-minibuffer-window))
 236              ( < (frame-width) (frame-height))
 237              )
 238         (let ((split-width-threshold nil))
 239           (split-window-sensibly window))
 240       (split-window-sensibly window)))
 241
 242   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 243   (setq window-combination-resize t)
 244 #+END_SRC
 245
 246 *** Compilation window
 247
 248 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 249 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 250 the former case, if there was no error the window closes
 251 automatically.
 252
 253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 254   (add-to-list 'display-buffer-alist
 255                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 256                  (display-buffer-reuse-window
 257                   display-buffer-in-side-window)
 258                  (reusable-frames . visible)
 259                  (side            . bottom)
 260                  (window-height   . 0.4)))
 261 #+END_SRC
 262
 263 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 264   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 265     ;; If M-x compile exists with a 0
 266     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 267       ;; and delete the *compilation* window
 268       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 269         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 270                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 271                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 272           (delete-window compilation-window))))
 273     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 274     (cons msg code))
 275
 276   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 277   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 278 #+END_SRC
 279
 280 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 281 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 282 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 283 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 284 value, scrolling continues until there is no more output.
 285
 286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 287   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 288 #+END_SRC
 289
 290 ** Mode line cleaning
 291 *** Diminish
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 293   (use-package diminish
 294     :ensure t)
 295 #+END_SRC
 296
 297 *** Delight
 298 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 299   (use-package delight
 300     :ensure t)
 301 #+END_SRC
 302
 303 ** Jumping
 304 *** Avy
 305 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 306   (use-package avy
 307     :ensure t
 308     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 309            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 310            ("M-g g" . avy-goto-line))
 311     :config (progn (setq avy-background t))
 312     )
 313 #+END_SRC
 314 *** Ace-link (jumping to links)
 315 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 316   (use-package ace-link
 317     :ensure t
 318     ; bind o in most modes
 319     :config (ace-link-setup-default))
 320 #+END_SRC
 321 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 322 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 323   (use-package goto-chg
 324     :ensure t
 325     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 326            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package bm
 332     :ensure t
 333     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 334            ("C-c j b ," . bm-previous)
 335            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 336 #+END_SRC
 337
 338 ** Snippets
 339 *** Yasnippet
 340 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 341   (use-package yasnippet
 342     :ensure t
 343     :diminish yas-minor-mode
 344     :config (progn
 345               (yas-global-mode)
 346               (setq yas-verbosity 1)
 347               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 348               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 349               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 350               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 351                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 352               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 353                                'yas-hippie-try-expand)
 354               (yas-reload-all)
 355               )
 356     )
 357 #+END_SRC
 358 *** Auto-YASnippet
 359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 360   (use-package auto-yasnippet
 361     :bind (("H-w" . aya-create)
 362            ("H-y" . aya-expand)
 363            )
 364     )
 365 #+END_SRC
 366 ** Company
 367 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 368   (use-package company
 369     :ensure t
 370     :bind (("M-/" . company-complete))
 371     :config
 372     (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 373           company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 374           company-selection-wrap-around t
 375           company-require-match nil
 376           company-dabbrev-ignore-case t
 377           company-dabbrev-ignore-invisible t
 378           company-dabbrev-other-buffers t
 379           company-dabbrev-downcase nil
 380           company-dabbrev-code-everywhere t
 381           company-tooltip-align-annotations t
 382           company-minimum-prefix-length 1
 383           company-global-modes '(not)
 384           company-lighter-base "(C)")
 385     (global-company-mode 1)
 386
 387     (bind-key "C-n"   #'company-select-next company-active-map)
 388     (bind-key "C-p"   #'company-select-previous company-active-map)
 389     (bind-key "<tab>" #'company-complete company-active-map)
 390     (bind-key "M-?"   #'company-show-doc-buffer company-active-map)
 391     (bind-key "M-."   #'company-show-location company-active-map)
 392     (bind-key "M-/"   #'company-complete-common org-mode-map)
 393     )
 394 #+END_SRC
 395 *** C/C++
 396 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 397   (use-package company-c-headers
 398     :ensure t
 399     :config (progn
 400               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 401                 "Return the system include path for the current buffer."
 402                 (when ede-object
 403                   (ede-system-include-path ede-object)))
 404
 405               (setq company-c-headers-path-system
 406                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 407
 408               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 409 #+END_SRC
 410 *** Python
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412 (use-package company-anaconda
 413   :ensure t
 414   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 415 #+END_SRC
 416 *** Perl
 417 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 418   (use-package company-plsense
 419     :ensure t
 420     )
 421 #+END_SRC
 422 *** LaTeX
 423 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 424   (use-package company-math
 425     :ensure t)
 426 #+END_SRC
 427 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 428   (use-package company-auctex
 429     :ensure t
 430     :config (progn
 431               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 432                 "company-auctex-labels backend"
 433                 (interactive (list 'interactive))
 434                 (case command
 435                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 436                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 437                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 438
 439               (add-to-list 'company-backends
 440                            '(company-auctex-macros
 441                              company-auctex-environments
 442                              company-math-symbols-unicode
 443                              company-math-symbols-latex))
 444
 445               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 446               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 447               )
 448     )
 449 #+END_SRC
 450 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 451   (use-package company-bibtex
 452     :ensure t
 453     )
 454 #+END_SRC
 455 *** Shell
 456
 457  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 458    (use-package company-shell
 459      :ensure t
 460      :config (progn
 461                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 462                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 463  #+END_SRC
 464
 465 *** YaSnippet
 466
 467  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 468
 469  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 470
 471  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 472    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 473      "Enable yasnippet for all backends.")
 474
 475    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 476      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 477              (and (listp backend)
 478                   (member 'company-yasnippet backend)))
 479          backend
 480        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 481                '(:with company-yasnippet))))
 482
 483    (setq company-backends
 484          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 485  #+END_SRC
 486
 487 *** All the words
 488
 489  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 490
 491  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 492    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 493      (interactive)
 494      (cond
 495       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 496        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 497        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 498        (message "company-ispell disabled"))
 499       (t
 500        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 501        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 502        (message "company-ispell enabled!"))))
 503
 504    (defun malb/company-ispell-setup ()
 505      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 506      (when (boundp 'company-backends)
 507        (make-local-variable 'company-backends)
 508        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 509        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 510        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 511        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 512                 ispell-alternate-dictionary)
 513            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 514  #+END_SRC
 515
 516 *** Tab DWIM
 517
 518  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 519
 520  2. This function then hopefully does what I want:
 521
 522     a. if a region is active, just indent
 523     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 524     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 525     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 526
 527  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 528
 529 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 530   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 531     (interactive "P")
 532     (cond
 533      ;; if a region is active, indent
 534      ((use-region-p)
 535       (indent-region (region-beginning)
 536                      (region-end)))
 537      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 538      ((and (not (active-minibuffer-window))
 539            (or (looking-at " ")
 540                (looking-at "$"))
 541            (looking-back "[^[:space:]]")
 542            (not (looking-back "^")))
 543
 544       (cond (company-mode (company-complete-common))
 545             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 546
 547      ;; no whitespace anywhere
 548      ((and (not (active-minibuffer-window))
 549            (looking-at "[^[:space:]]")
 550            (looking-back "[^[:space:]]")
 551            (not (looking-back "^")))
 552       (cond
 553        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 554         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 555        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 556         (save-excursion (outline-cycle)))))
 557
 558      ;; by default just call whatever was bound
 559      (t
 560       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 561                     'indent-for-tab-command)))
 562         (if (not (called-interactively-p 'any))
 563             (fn arg)
 564           (setq this-command fn)
 565           (call-interactively fn))))))
 566
 567   (defun malb/toggle-fold ()
 568     (interactive)
 569     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 570            (org-force-cycle-archived))
 571           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 572            (save-excursion
 573              (end-of-line)
 574              (hs-toggle-hiding)))
 575
 576           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 577            (save-excursion
 578              (outline-cycle)))))
 579
 580   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 581   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 582 #+END_SRC
 583 ** Tinyprocmail
 584
 585 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 586   ;; load tinyprocmail
 587   (use-package tinyprocmail
 588     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 589     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 590     )
 591 #+END_SRC
 592
 593 ** Magit
 594 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 595   (use-package magit
 596     :ensure t
 597     :bind (("C-x g" . magit-status)
 598            ("C-x C-g" . magit-status))
 599     :config
 600     ;; refine diffs always (hilight words)
 601     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 602     )
 603   (use-package magit-annex
 604     :ensure t
 605     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 606     )
 607   (use-package magit-vcsh
 608     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 609     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 610     )
 611 #+END_SRC
 612
 613 ** Perl
 614 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 615   (use-package cperl-mode
 616     :config
 617     (progn
 618       ;; Use c-mode for perl .xs files
 619       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 620       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 621       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 622       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 623       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 624       (setq cperl-hairy t
 625             cperl-indent-level 4
 626             cperl-auto-newline nil
 627             cperl-auto-newline-after-colon nil
 628             cperl-continued-statement-offset 4
 629             cperl-brace-offset -1
 630             cperl-continued-brace-offset 0
 631             cperl-label-offset -4
 632             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 633             cperl-electric-lbrace-space nil
 634             cperl-indent-parens-as-block nil
 635             cperl-close-paren-offset -1
 636             cperl-tab-always-indent t)
 637       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 638   ))
 639 #+END_SRC
 640
 641 ** Markdown mode
 642 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 643   (use-package markdown-mode
 644     :ensure t
 645     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 646            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 647            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 648            )
 649     :config
 650     (setq markdown-enable-math t)
 651     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 652     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 653     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 654     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 655     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 656   )
 657
 658 #+END_SRC
 659 ** SQL mode
 660 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 661   ; load sql-indent when sql is loaded
 662 (use-package sql
 663   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 664   :config
 665   (require sql-indent))
 666 #+END_SRC
 667 ** Ediff
 668 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 669   (use-package ediff
 670     :commands ediff ediff3
 671     :ensure f
 672     :config
 673     ;; ediff configuration
 674     ;; don't use the multi-window configuration
 675     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 676   )
 677 #+END_SRC
 678 ** VCL --editing varnish configuration files
 679 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 680   (use-package vcl-mode
 681     :ensure t
 682     :mode "\\.vcl\\'"
 683     )
 684
 685 #+END_SRC
 686 ** Helm
 687 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 688   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 689     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 690     (interactive)
 691     (unless helm-source-buffers-list
 692       (setq helm-source-buffers-list
 693             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 694     (helm-other-buffer
 695      (append
 696
 697      (if (projectile-project-p)
 698           '(helm-source-projectile-buffers-list
 699             helm-source-buffers-list)
 700         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 701
 702       `(((name . "Virtual Workspace")
 703          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 704                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 705          (action . (lambda (candidate)
 706                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 707
 708       (if (projectile-project-p)
 709           '(helm-source-projectile-recentf-list
 710             helm-source-recentf)
 711         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 712
 713       ;; always make some common files easily accessible
 714       ;;'(((name . "Common Files")
 715        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 716         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 717
 718       '(helm-source-files-in-current-dir
 719         helm-source-locate
 720         helm-source-bookmarks
 721         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 722         ))
 723      "*Helm all the things*"))
 724   (use-package helm
 725     :ensure helm
 726     :diminish helm-mode
 727     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 728            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 729            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 730            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 731            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 732     :config
 733     (require 'helm-config)
 734     (require 'helm-for-files)
 735     (require 'helm-bookmark)
 736
 737     (helm-mode 1)
 738     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 739     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 740     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 741     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 742     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 743       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 744       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 745     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 746   )
 747 #+END_SRC
 748 *** Helm Flx
 749
 750  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 751
 752  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 753  (use-package helm-flx
 754    :ensure t
 755    :config (progn
 756              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 757              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 758                    helm-bookmark-show-location           t
 759                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 760                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 761                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 762                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 763                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 764                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 765                    helm-quick-update                     t
 766                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 767                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 768              (helm-flx-mode +1)))
 769  #+END_SRC
 770 *** Helm Swoop
 771 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 772
 773   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 774   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 775     (thing-at-point 'symbol))
 776     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 777     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 778           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 779           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 780           ein:notebook-multilang-mode))
 781
 782     (defun malb/swoop-or-search ()
 783       (interactive)
 784       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 785               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 786           (isearch-forward)
 787         (helm-swoop)))
 788
 789     (use-package helm-swoop
 790       :ensure t
 791       :commands helm-swoop
 792       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 793              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 794              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 795       :config (progn
 796
 797                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 798                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 799                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 800                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 801                       helm-swoop-speed-or-color t)
 802
 803                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 804                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 805                   (interactive)
 806                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 807                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 808                           (previous-history-element 1)
 809                         (helm-next-line))
 810                     (helm-next-line)))
 811
 812                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 813                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 814                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 815                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 816                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 817                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 818       )
 819
 820 #+END_SRC
 821 *** Helm Ag
 822 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 823 (use-package helm-ag
 824   :ensure t
 825   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 826                 helm-ag-command-option "--all-text"
 827                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 828                 helm-ag-fuzzy-match t
 829                 helm-ag-use-temp-buffer t
 830                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 831                 helm-ag-use-agignore t))
 832 #+END_SRC
 833 *** Helm Descbinds
 834 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 835   (use-package helm-descbinds
 836     :ensure t
 837     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 838     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 839 #+END_SRC
 840
 841 *** Helm YaSnippet
 842 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 843   (use-package helm-c-yasnippet
 844     :ensure t
 845     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 846     :config (progn
 847               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 848 #+END_SRC
 849 *** Helm Org Rifle
 850 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 851   (use-package helm-org-rifle
 852     :ensure t
 853     :config (progn
 854               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 855                 (interactive "p")
 856                 (let ((current-prefix-arg nil))
 857                   (cond
 858                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 859                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 860                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 861 #+END_SRC
 862 *** Helm Google
 863 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-google
 866     :ensure t
 867     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 868     :config
 869     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 870                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 871                                          (let ((url
 872                                                 (replace-regexp-in-string
 873                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 874                                                  "\\1" candidate)))
 875                                            (kill-new url))))
 876                         t
 877                         )
 878
 879            (add-to-list 'helm-google-actions
 880                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 881                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 882                                                      (url
 883                                                       (replace-regexp-in-string
 884                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 885                                                        "\\1" candidate)))
 886                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 887                         t)
 888            ))
 889 #+END_SRC
 890
 891 ** Projectile -- Project management
 892 #+begin_src emacs-lisp
 893   (use-package projectile
 894     :ensure t
 895     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 896            ("<f6>" . next-error))
 897     :config (progn
 898               (use-package magit :ensure t)
 899               (require 'helm-projectile)
 900               (helm-projectile-on)
 901
 902               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 903                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 904                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 905
 906               (projectile-global-mode)))
 907 #+end_src
 908
 909 *** helm integration
 910 #+begin_src emacs-lisp
 911   (use-package helm-projectile
 912     :ensure t
 913     :config (progn
 914               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 915                 (helm-build-dummy-source
 916                     "Create file"
 917                   :action 'find-file))
 918
 919               (add-to-list
 920                'helm-projectile-sources-list
 921                malb/helm-source-file-not-found t)
 922
 923               (helm-delete-action-from-source
 924                "Grep in projects `C-s'"
 925                helm-source-projectile-projects)
 926
 927               (helm-add-action-to-source
 928                "Grep in projects `C-s'"
 929                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 930 #+end_src
 931 ** Zap to char
 932 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 933   (use-package avy-zap
 934     :ensure t
 935     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 936 #+END_SRC
 937 ** Hydra
 938 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 939   (use-package hydra
 940     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 941            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 942            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 943            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 944            )
 945     :config
 946     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 947     "
 948   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 949   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 950   _p_: read papers      _R_: paper notes
 951   _h_: hpcbio
 952   _q_: quit
 953   _z_: quit
 954   "
 955     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 956     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 957     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 958     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 959     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 960     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 961     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 962     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 963     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 964     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 965     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 966     ("q" nil "quit")
 967     ("z" nil "quit")
 968     )
 969
 970     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 971     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 972     "
 973   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 974   ^^^^^^------------------------------------------------------
 975   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 976   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 977   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
 978   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
 979   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
 980   _d_: subtree
 981
 982   "
 983     ;; Hide
 984     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 985     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 986     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
 987     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
 988     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 989     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 990     ;; Show
 991     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
 992     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
 993     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 994     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 995     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 996     ;; Move
 997     ("u" outline-up-heading)                ; Up
 998     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
 999     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1000     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1001     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1002     ("z" nil "leave"))
1003   )
1004 #+END_SRC
1005
1006 ** Tramp
1007 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1008   (use-package tramp
1009     :config
1010     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1011                                   (tramp-login-program "vcsh")
1012                                   (tramp-login-args
1013                                    (("enter")
1014                                     ("%h")))
1015                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1016                                   (tramp-remote-shell-args
1017                                    ("-c")))))
1018 #+END_SRC
1019 ** Reftex
1020 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1021   (use-package reftex
1022     :ensure t
1023     :config
1024     (setq-default reftex-default-bibliography
1025                     '("~/projects/research/references.bib")))
1026 #+END_SRC
1027 ** BibTex
1028 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1029   (use-package bibtex
1030     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1031                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1032                           ("abstract" "")
1033                   ("pmid" "")
1034                   ("doi" ""))))
1035     )
1036
1037 #+END_SRC
1038 ** LaTeX
1039 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1040   (use-package tex
1041     :defer t
1042     :ensure auctex
1043     :config
1044     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1045     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1046     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1047     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1048     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1049     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1050     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1051     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1052     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1053     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1054     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1055
1056     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1057     ;; support fake section headers
1058     (setq TeX-outline-extra
1059           '(("%chapter" 1)
1060             ("%section" 2)
1061             ("%subsection" 3)
1062             ("%subsubsection" 4)
1063             ("%paragraph" 5)))
1064     ;; add font locking to the headers
1065     (font-lock-add-keywords
1066      'latex-mode
1067      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1068         0 'font-lock-keyword-face t)
1069        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1070        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1071        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1072        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1073        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1074
1075     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1076     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1077     (setq TeX-open-quote "“")
1078     (setq TeX-close-quote "”")
1079
1080     ;; (TeX-add-style-hook
1081     ;;  "latex"
1082     ;;  (lambda ()
1083     ;;    (TeX-add-symbols
1084     ;;     '("DLA" 1))))
1085     ;; (custom-set-variables
1086     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1087     ;;    '(("fixme"
1088     ;;       ("DLA" "RZ")
1089     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1090     ;; )
1091     (setq-default TeX-parse-self t)
1092     (setq-default TeX-auto-save t)
1093     (setq-default TeX-master nil)
1094     (eval-after-load
1095         "latex"
1096       '(TeX-add-style-hook
1097         "cleveref"
1098         (lambda ()
1099           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1100               (add-to-list
1101                'reftex-ref-style-alist
1102                '("Cleveref" "cleveref"
1103                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1104           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1105           (TeX-add-symbols
1106            '("cref" TeX-arg-ref)
1107            '("Cref" TeX-arg-ref)
1108            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1109            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1110     (eval-after-load
1111         "latex"
1112       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1113                     '("Sexpr")))
1114
1115     (use-package font-latex
1116       :config
1117       (setq font-latex-match-reference-keywords
1118             '(
1119               ("fref" "{")
1120               ("Fref" "{")
1121               ("citep" "{")
1122               ("citet" "{")
1123               ("acs" "{")
1124               ("acsp" "{")
1125               ("ac" "{")
1126               ("acp" "{")
1127               ("acl" "{")
1128               ("aclp" "{")
1129               ("acsu" "{")
1130               ("aclu" "{")
1131               ("acused" "{")
1132               ("DLA" "{")
1133               ("RZ" "{")
1134               ("OM" "{")
1135               ("DL" "{")
1136               ("fixme" "{"))
1137             )
1138       )
1139     (setq font-latex-fontify-script nil)
1140     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1141     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1142   )
1143
1144 #+END_SRC
1145 ** ESS
1146 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1147   (use-package ess
1148     :ensure t
1149     :commands R
1150     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1151     :bind (:map ess-mode-map
1152                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1153     :init
1154     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1155     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1156     :config
1157     ; actually load the rest of ess
1158     (require 'ess-site)
1159     (defun ess-change-directory (path)
1160       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1161       (interactive "Directory to change to: ")
1162
1163       (when (file-exists-p path)
1164         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1165         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1166         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1167     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1168     ;; outlining support for ess modes
1169     (add-hook
1170      'ess-mode-hook
1171      '(lambda ()
1172         (outline-minor-mode)
1173         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1174         (defun outline-level ()
1175           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1176                 ((looking-at "^#### ") 2)
1177                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1178                 (t 1000)))
1179         ))
1180     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1181       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1182       (interactive "r")
1183       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1184       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1185     ;; Don't restore history or save workspace image
1186     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1187     )
1188 #+END_SRC
1189
1190 ** Rainbowmode
1191 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1192
1193 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1194   (use-package rainbow-mode
1195     ;; add ess to the x major mode
1196     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1197     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1198   )
1199 #+END_SRC
1200
1201 ** Polymode
1202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1203   (use-package polymode
1204     :config
1205     (use-package poly-R)
1206     (use-package poly-noweb)
1207     (use-package poly-markdown)
1208     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1209     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1210     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1211     )
1212 #+END_SRC
1213
1214 ** Outlining
1215 *** Outline magic
1216 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1217   (use-package outline-magic)
1218 #+END_SRC
1219 *** Outline mode
1220 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1221 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1222 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1223 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1224 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1225 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1226
1227 #+END_SRC
1228 ** Writeroom Mode
1229 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1230   (use-package writeroom-mode
1231     :config
1232     (defun my/writing-mode ()
1233       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1234       (interactive)
1235       (if writeroom-mode
1236           (progn
1237             (writeroom-mode -1)
1238             (visual-line-mode -1)
1239             (auto-fill-mode -1)
1240             (visual-fill-column-mode -1)
1241             )
1242         (visual-line-mode 1)
1243         (auto-fill-mode 1)
1244         (visual-fill-column-mode 1)
1245         (writeroom-mode 1))
1246       )
1247     )
1248 #+END_SRC
1249 ** GhostText/Atomic Chrome
1250 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1251   (use-package atomic-chrome
1252     :config
1253     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1254     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1255     )
1256 #+END_SRC
1257 ** Multiple Cursors
1258    :PROPERTIES:
1259    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1260    :END:
1261 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1262 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1263   (use-package multiple-cursors
1264     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1265             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1266             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1267             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1268     )
1269 #+END_SRC
1270 ** Web Mode
1271 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1272   (use-package web-mode
1273     :config
1274     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1275     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1276     (setq web-mode-engines-alist
1277           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1278     )
1279 #+END_SRC
1280 ** Spamassassin Mode
1281 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1282   (use-package spamassassin-mode
1283     :commands spamassassin-mode
1284     :ensure f
1285     )
1286 #+END_SRC
1287 ** Password Store
1288 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1289   (use-package password-store
1290     :ensure f
1291     :commands password-store-edit password-store-generate
1292     )
1293 #+END_SRC
1294 ** CSS mode
1295 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1296   (use-package css
1297     :mode "\\.css'"
1298     :config
1299     ;; fix up css mode to not be silly
1300     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1301     (setq cssm-indent-level 4)
1302     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1303     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1304     (setq cssm-mirror-mode nil))
1305 #+END_SRC
1306 ** Abbrev Mode
1307 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1308   (use-package abbrev
1309     :diminish abbrev-mode
1310     :config
1311     ;; load abbreviations from
1312     (setq abbrev-file-name
1313           "~/.emacs_abbrev_def")
1314
1315     ;; read the abbrev file if it exists
1316     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1317         (quietly-read-abbrev-file))
1318
1319     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1320     (setq default-abbrev-mode t))
1321 #+END_SRC
1322
1323 * Email
1324 ** Mutt
1325 *** Message-mode
1326 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1327   (use-package message
1328     :ensure f
1329     :diminish (message "✉")
1330     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1331     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1332     :hook 'my/message-mode-settings
1333     :hook 'turn-on-flyspell
1334     :bind (:map message-mode-map
1335         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1336     :delight (message-mode "✉")
1337     :config
1338     (defun my/message-mode-settings ()
1339       (font-lock-add-keywords nil
1340                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1341                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1342                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1343                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1344       )
1345
1346     (defun my/post-attach-file ()
1347       "Prompt for an attachment."
1348       (interactive)
1349       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1350         (my/header-attach-file file "")))
1351
1352     (defun my/header-attach-file (file description)
1353       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1354     Argument DESCRIPTION MIME description."
1355       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1356       (when (> (length file) 0)
1357     (save-excursion
1358       (save-match-data
1359         (save-restriction
1360           (widen)
1361           (goto-char (point-min))
1362           (search-forward-regexp "^$")
1363           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1364                   description "\n"))
1365           (message (concat "Attached '" file "'."))
1366           (setq post-has-attachment t))))))
1367
1368     (setq mail-yank-prefix "> ")
1369   )
1370 #+END_SRC
1371 *** Muttrc mode
1372 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1373   (use-package muttrc-mode
1374     :mode "muttngrc"
1375     :mode "muttrc"
1376   )
1377
1378 #+END_SRC
1379 * Base emacs
1380 ** Reverting buffers
1381 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1382   (use-package autorevert
1383     :diminish auto-revert-mode
1384     :config
1385     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1386           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1387           auto-revert-verbose nil)
1388     (global-auto-revert-mode 1))
1389 #+END_SRC
1390 * Org Mode
1391 ** Use-package and load things
1392 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1393
1394   (use-package org
1395     :delight (org-mode "ø")
1396     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1397     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1398            ("C-c a"  . org-agenda)
1399            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1400 #+END_SRC
1401 ** Agenda Configuration
1402 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1403   :config
1404   (setq-default org-log-done 'time)
1405   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1406
1407   ;; agenda configuration
1408   ;; Do not dim blocked tasks
1409   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1410   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1411   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1412
1413   ;; Compact the block agenda view
1414   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1415
1416   ;; Custom agenda command definitions
1417   (setq org-agenda-custom-commands
1418         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1419                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1420                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1421                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1422                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1423                   (org-agenda-sorting-strategy
1424                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1425                 (" " "Agenda"
1426                  ((agenda "" nil)
1427                   (tags "REFILE"
1428                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1429                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1430                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1431                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1432                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1433                               (org-agenda-sorting-strategy
1434                                '(category-keep))))
1435                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1436                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1437                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1438                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1439                               (org-agenda-sorting-strategy
1440                                '(category-keep))))
1441                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1442                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1443                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1444                                                                         ""
1445                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1446                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1447                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1448                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1449                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1450                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1451                               (org-agenda-sorting-strategy
1452                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1453                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1454                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1455                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1456                                                                         ""
1457                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1458                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1459                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1460                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1461                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1462                               (org-agenda-sorting-strategy
1463                                '(category-keep))))
1464                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1465                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1466                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1467                                                                         ""
1468                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1469                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1470                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1471                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1472                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1473                               (org-agenda-sorting-strategy
1474                                '(category-keep))))
1475                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1476                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1477                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1478                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1479                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1480                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1481                   (tags "-REFILE/"
1482                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1483                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1484                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1485                  nil))))
1486
1487   ; org mode agenda files
1488   (setq org-agenda-files
1489         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1490             "~/projects/org-notes/notes.org"
1491             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1492             "~/projects/org-notes/refile.org"
1493             "~/projects/org-notes/diary.org"
1494             "~/projects/org-notes/ool.org"
1495             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1496             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1497             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1498             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1499             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1500             "~/org-mode/from-mobile.org"
1501             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1502
1503   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1504   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1505   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1506   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1507   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1508   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1509   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1510   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1511   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1512   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1513   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1514     (interactive "P")
1515     (with-temp-buffer
1516       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1517         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1518         (goto-char (point-max))
1519         (newline))
1520       (write-file "/tmp/timeline.org")
1521       (org-agenda arg "L")))
1522   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1523
1524 #+END_SRC
1525 ** General config
1526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1527   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1528   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1529
1530   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1531   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1532 #+END_SRC
1533 ** Capture Templates
1534 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1535   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1536         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1537            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1538           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1539            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1540           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1541            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1542           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1543            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1544           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1545            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1546           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1547            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1548           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1549            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1550           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1551            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1552           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1553            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1554           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1555            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1556           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1557            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1558            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1559                                        "Jobs"
1560                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1561            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1562           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1563            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1564           )
1565         )
1566
1567   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1568   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1569     (interactive)
1570     (save-excursion
1571       (beginning-of-line 0)
1572       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1573
1574   (defun my/org-add-id ()
1575     (interactive)
1576     (save-excursion
1577       (if (org-current-level)
1578           ()
1579         (forward-char 1)
1580         )
1581       (org-id-get-create)
1582       )
1583   )
1584
1585 #+END_SRC
1586 ** Org mode key bindings
1587 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1588   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1589   ;; Custom Key Bindings
1590   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1591           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1592           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1593           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1594           ("<f12>" . org-agenda)
1595           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1596           ("<S-f5>" . bh/widen)
1597           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1598           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1599           ("<f9> <f9>" . org-agenda)
1600           ("<f9> b" . bbdb)
1601           ("<f9> c" . calendar)
1602           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1603           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1604           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1605           ("<f9> w" . widen)
1606
1607           ("<f9> r" . boxquote-region)
1608           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1609
1610           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1611           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1612
1613           ("<f9> v" . visible-mode)
1614           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1615           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1616           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1617           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1618           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1619           ("C-<f10>" . next-buffer)
1620           ("<f11>" . org-clock-goto)
1621           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1622           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1623           ("C-c c" . org-capture))
1624   :config
1625 #+END_SRC
1626 ** Utility Functions
1627 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1628   (defun bh/hide-other ()
1629     (interactive)
1630     (save-excursion
1631       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1632       (hide-other)
1633       (org-cycle)
1634       (org-cycle)
1635       (org-cycle)))
1636
1637   (defun bh/set-truncate-lines ()
1638     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1639     (interactive)
1640     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1641     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1642     (save-excursion
1643       (set-window-start (selected-window)
1644                         (window-start (selected-window)))))
1645
1646   (defun bh/switch-to-scratch ()
1647     (interactive)
1648     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1649
1650   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1651   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1652
1653   ; create function to create headlines in file. This comes from
1654   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1655   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1656     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1657   do not already have one."
1658     (interactive)
1659     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1660   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1661     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1662   (or narrowed region)."
1663     (interactive)
1664     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1665   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1666   ; (add-hook 'org-mode-hook
1667   ;           (lambda ()
1668   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1669 #+END_SRC
1670 ** Keywords (TODO)
1671 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1672   (setq org-todo-keywords
1673         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1674                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1675
1676   (setq org-todo-keyword-faces
1677         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1678                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1679                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1680                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1681                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1682                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1683                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1684                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1685
1686   (setq org-todo-state-tags-triggers
1687         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1688                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1689                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1690                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1691                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1692                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1693                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1694
1695
1696
1697   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1698   ; add ids on creation of nodes
1699   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1700
1701
1702   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1703   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1704   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1705
1706   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1707   ; use C-M-r for org mode capture
1708   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1709
1710   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1711   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1712                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1713
1714   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1715   (setq org-refile-use-outline-path t)
1716
1717   ; Targets complete directly with IDO
1718   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1719
1720   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1721   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1722
1723   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1724   ; (setq org-completion-use-ido t)
1725   ; (setq ido-everywhere t)
1726   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1727   ; (ido-mode (quote both))
1728   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1729   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1730   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1731   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1732   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1733
1734
1735   ;;;; Refile settings
1736   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1737   (defun bh/verify-refile-target ()
1738     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1739     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1740
1741   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1742
1743   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1744   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1745   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1746   (require 'org-protocol)
1747   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1748   (setq my-org-protocol-flag nil)
1749   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1750     "Delete frame at remember finalization"
1751     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1752            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1753   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1754     "Delete frame at remember refile"
1755     (if my-org-protocol-flag
1756         (progn
1757           (setq my-org-protocol-flag nil)
1758           ad-do-it
1759           (delete-frame))
1760       ad-do-it)
1761     )
1762   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1763     "Delete frame at remember abort"
1764     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1765            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1766   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1767     (setq my-org-protocol-flag t))
1768
1769   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1770     (unless (org-in-item-p)
1771       (org-id-get-create)
1772       )
1773     )
1774
1775   ;; org modules
1776   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1777
1778   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1779   (defun open-mail-in-mutt (message)
1780     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1781
1782   Message can be specified either by a path pointing inside a
1783   Maildir, or by Message-ID."
1784     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1785     (shell-command
1786      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1787          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1788
1789   ;; add support for "mutt:ID" links
1790   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1791
1792   (defun my-org-mode-setup ()
1793     ; (load-library "reftex")
1794     (and (buffer-file-name)
1795          (file-exists-p (buffer-file-name))
1796          (progn
1797            ; (reftex-parse-all)
1798            (reftex-set-cite-format
1799             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1800               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1801               (?c . "\\cite{%l}")
1802               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1803            ))
1804     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1805     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1806     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1807     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1808     )
1809   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1810
1811   (defun org-mode-reftex-search ()
1812     (interactive)
1813     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1814
1815   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1816     "Open a paper by bibtex key"
1817     (interactive "bibtex key: ")
1818     (shell-command
1819      (format "%s %s"
1820          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1821   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1822   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1823     "Open a paper pdf by bibtex key"
1824     (interactive "bibtex key: ")
1825     (shell-command
1826      (format "%s -p evince_annot %s"
1827          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1828   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1829
1830   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1831                '("notes" .
1832                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1833
1834   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1835   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1836
1837   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1838   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1839                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1840
1841    ;; stolen from
1842   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1843   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1844     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1845     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1846                      (match-string 1 path)))
1847            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1848       (cond ((eq format 'latex)
1849              (if (or (not desc)
1850                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1851                  (format "\\cite{%s}" search)
1852                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1853
1854   (org-add-link-type "rtcite"
1855                      'org-bibtex-open
1856                      'my-rtcite-export-handler)
1857
1858
1859 #+END_SRC
1860 ** Org Mobile Configuration
1861 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1862   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1863   (when (string= system-name "linnode")
1864     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1865   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1866   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1867
1868 #+END_SRC
1869 ** Org iCal Support
1870 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1871   ;; org mode ical export
1872   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1873   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1874   ;; we already add the id manually
1875   (setq org-icalendar-store-UID t)
1876
1877 #+END_SRC
1878 ** General Org Babel Configuration
1879 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1880   ;; org babel support
1881   (org-babel-do-load-languages
1882    'org-babel-load-languages
1883    '((emacs-lisp . t )
1884      (R . t)
1885      (latex . t)
1886      (ditaa . t)
1887      (dot . t)
1888      ))
1889   ;; use graphviz-dot for dot things
1890   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1891   ;; org-babel-by-backend
1892   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1893      `(case (if (boundp 'backend)
1894                 (org-export-backend-name backend)
1895               nil) ,@body))
1896
1897   (defun my/fix-inline-images ()
1898     (when org-inline-image-overlays
1899       (org-redisplay-inline-images)))
1900
1901   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1902              'my/fix-inline-images)
1903
1904 #+END_SRC
1905 ** LaTeX configuration
1906    :PROPERTIES:
1907    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1908    :END:
1909 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1910   (require 'ox-latex)
1911   (add-to-list 'org-latex-classes
1912            '("memarticle"
1913          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1914          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1915          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1916          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1917          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1918          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1919
1920   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1921   (add-to-list 'org-latex-classes
1922            '("beamer"
1923          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1924   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1925   [PACKAGES]
1926   [EXTRA]"
1927          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1928          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1929          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1930          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1931          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1932
1933   (add-to-list 'org-latex-classes
1934            '("membook"
1935          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1936          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1937          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1938          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1939          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1940
1941   (add-to-list 'org-latex-classes
1942            '("letter"
1943          "\\documentclass[11pt]{letter}
1944   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1945   [PACKAGES]
1946   [EXTRA]"
1947      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1948          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1949          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1950          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1951          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1952
1953   (add-to-list 'org-latex-classes
1954            '("dlacv"
1955          "\\documentclass{dlacv}
1956   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1957   [NO-PACKAGES]
1958   [NO-EXTRA]"
1959          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1960          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1961          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1962          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1963          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1964
1965
1966   (add-to-list 'org-latex-classes
1967            '("dlaresume"
1968          "\\documentclass{dlaresume}
1969   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1970   [NO-PACKAGES]
1971   [NO-EXTRA]"
1972          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1973          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1974          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1975          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1976          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1977
1978
1979   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1980   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
1981   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1982
1983   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1984   (setq org-latex-default-packages-alist
1985     '(("" "amsmath" t)
1986       ("" "unicode-math" t)
1987       ))
1988   (setq org-latex-packages-alist
1989     '(("" "graphicx" t)
1990       ("" "fontspec" t)
1991       ("" "xunicode" t)
1992       ("" "hyperref" t)
1993       ("" "url" t)
1994       ("" "rotating" t)
1995       ("" "longtable" nil)
1996       ("" "float" )))
1997
1998   ;; make equations larger
1999   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2000
2001   (defun org-create-formula--latex-header ()
2002     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2003     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2004              (org-export-get-backend 'latex))
2005             (org-export--get-inbuffer-options
2006              (org-export-get-backend 'latex)))))
2007       (org-latex-guess-babel-language
2008        (org-latex-guess-inputenc
2009     (org-splice-latex-header
2010      org-format-latex-header
2011      org-latex-default-packages-alist
2012      nil t
2013      (plist-get info :latex-header)))
2014        info)))
2015
2016
2017   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2018   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2019   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2020                     (headline contents info) activate)
2021     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2022     (setq ad-return-value contents)
2023       ad-do-it))
2024
2025   ;; keep latex logfiles
2026
2027   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2028
2029   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2030   (org-clock-persistence-insinuate)
2031   ;;
2032   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2033   (setq org-clock-history-length 23)
2034   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2035   (setq org-clock-in-resume t)
2036   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2037   ;; there are things like PHONE calls
2038   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2039   ;; Separate drawers for clocking and logs
2040   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2041   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2042   (setq org-clock-into-drawer t)
2043   (setq org-log-into-drawer t)
2044   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2045   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2046   ;; Clock out when moving task to a done state
2047   (setq org-clock-out-when-done t)
2048   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2049   (setq org-clock-persist t)
2050   ;; Do not prompt to resume an active clock
2051   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2052   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2053   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2054   ;; Include current clocking task in clock reports
2055   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2056
2057   ;; the cache seems to be broken
2058   (setq org-element-use-cache nil)
2059
2060   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2061
2062   (defun bh/is-task-p ()
2063     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2064     (save-restriction
2065       (widen)
2066       (let ((has-subtask)
2067             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2068             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2069         (save-excursion
2070           (forward-line 1)
2071           (while (and (not has-subtask)
2072                       (< (point) subtree-end)
2073                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2074             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2075               (setq has-subtask t))))
2076         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2077   (defun bh/is-project-p ()
2078     "Any task with a todo keyword subtask"
2079     (save-restriction
2080       (widen)
2081       (let ((has-subtask)
2082             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2083             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2084         (save-excursion
2085           (forward-line 1)
2086           (while (and (not has-subtask)
2087                       (< (point) subtree-end)
2088                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2089             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2090               (setq has-subtask t))))
2091         (and is-a-task has-subtask))))
2092
2093   (defun bh/is-subproject-p ()
2094     "Any task which is a subtask of another project"
2095     (let ((is-subproject)
2096           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2097       (save-excursion
2098         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2099           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2100             (setq is-subproject t))))
2101       (and is-a-task is-subproject)))
2102
2103
2104   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2105     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2106   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2107   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2108     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2109       (cond
2110        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2111          (bh/is-task-p))
2112     "NEXT")
2113        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2114          (bh/is-project-p))
2115     "TODO"))))
2116
2117   (defun bh/punch-in (arg)
2118     "Start continuous clocking and set the default task to the
2119   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2120   as the default task."
2121     (interactive "p")
2122     (setq bh/keep-clock-running t)
2123     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2124     ;;
2125     ;; We're in the agenda
2126     ;;
2127     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2128            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2129       (if (and (eq arg 4) tags)
2130           (org-agenda-clock-in '(16))
2131         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2132       ;;
2133       ;; We are not in the agenda
2134       ;;
2135       (save-restriction
2136     (widen)
2137     ; Find the tags on the current task
2138     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2139         (org-clock-in '(16))
2140       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2141
2142   (defun bh/punch-out ()
2143     (interactive)
2144     (setq bh/keep-clock-running nil)
2145     (when (org-clock-is-active)
2146       (org-clock-out))
2147     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2148
2149   (defun bh/clock-in-default-task ()
2150     (save-excursion
2151       (org-with-point-at org-clock-default-task
2152     (org-clock-in))))
2153
2154   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2155     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2156     (let ((parent-task))
2157       (save-excursion
2158     (save-restriction
2159       (widen)
2160       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2161         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2162           (setq parent-task (point))))
2163       (if parent-task
2164           (org-with-point-at parent-task
2165         (org-clock-in))
2166         (when bh/keep-clock-running
2167           (bh/clock-in-default-task)))))))
2168
2169   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2170
2171   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2172     (interactive)
2173     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2174       (org-clock-in '(16))))
2175
2176   (defun bh/clock-out-maybe ()
2177     (when (and bh/keep-clock-running
2178            (not org-clock-clocking-in)
2179            (marker-buffer org-clock-default-task)
2180            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2181       (bh/clock-in-parent-task)))
2182
2183   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2184
2185   (require 'org-id)
2186   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2187     "Clock in a task by id"
2188     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2189       (org-clock-in nil)))
2190
2191   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2192     "Clock in the interrupted task if there is one
2193   Skip the default task and get the next one.
2194   A prefix arg forces clock in of the default task."
2195     (interactive "p")
2196     (let ((clock-in-to-task
2197        (cond
2198         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2199         ((and (org-clock-is-active)
2200           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2201          (caddr org-clock-history))
2202         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2203         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2204         (t (car org-clock-history)))))
2205       (widen)
2206       (org-with-point-at clock-in-to-task
2207     (org-clock-in nil))))
2208
2209
2210   (defun org-export-to-ods ()
2211     (interactive)
2212     (let ((csv-file "data.csv"))
2213       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2214       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2215
2216   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2217   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2218   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2219   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2220
2221   ;; support inserting screen shots
2222   (defun my/org-insert-screenshot ()
2223     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2224   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2225     (interactive)
2226     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2227     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2228       (read-file-name
2229        "Screenshot to insert: "
2230        nil
2231        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2232        )
2233       )
2234     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2235     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2236     (org-display-inline-images))
2237
2238   (defun my/fix-inline-images ()
2239     (when org-inline-image-overlays
2240       (org-redisplay-inline-images)))
2241
2242   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2243
2244   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2245   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2246            '(xelateximagemagick
2247         :programs ("xelatex" "convert")
2248         :description "pdf > png"
2249         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2250         :use-xcolor t
2251         :image-input-type "pdf"
2252         :image-output-type "png"
2253         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2254         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2255         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2256            )
2257   ;; use xelatex by default
2258   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2259
2260   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2261   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2262     "Fix properties drawers in current buffer.
2263    Ignore non Org buffers."
2264     (interactive)
2265     (when (eq major-mode 'org-mode)
2266       (org-with-wide-buffer
2267        (goto-char (point-min))
2268        (let ((case-fold-search t)
2269          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2270                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2271                      "END[ \t]*$"))))
2272      (org-map-entries
2273       (lambda ()
2274         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2275           (save-excursion
2276         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2277           (forward-line)
2278           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2279           (when (and (< (point) end)
2280                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2281                  (save-excursion
2282                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2283                     (eq (org-element-type
2284                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2285                     'drawer))))
2286             (insert (delete-and-extract-region
2287                  (match-beginning 0)
2288                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2289             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2290
2291 #+END_SRC
2292 ** Org-Gcal
2293 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2294   (use-package calfw
2295     :ensure f
2296     )
2297   (use-package calfw-org
2298     :ensure f
2299     )
2300   (use-package org-gcal
2301     :ensure f
2302     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2303                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2304               )
2305     )
2306 #+END_SRC
2307 ** appt integration
2308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2309   (use-package appt
2310     :ensure f
2311     :config
2312     ;; Show notification 10 minutes before event
2313     (setq appt-message-warning-time 10)
2314     ;; Disable multiple reminders
2315     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2316     (setq appt-display-mode-line nil)
2317
2318     ;; add automatic reminders for appointments
2319     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2320       (interactive)
2321       (setq appt-time-msg-list nil)
2322       (org-agenda-to-appt))
2323     ;; add reminders when starting emacs
2324     (my/org-agenda-to-appt)
2325     ;; when rebuilding the agenda
2326     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2327       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2328       (my/org-agenda-to-appt)
2329       )
2330     ;; when saving all org buffers
2331     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2332       "Re-add appts after saving all org buffers"
2333       (my/org-agenda-to-appt))
2334     ;; Display appointments as a window manager notification
2335     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2336     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2337
2338     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2339
2340     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2341       (if (atom min-to-app)
2342       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2343     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2344       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2345                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2346       )
2347     )
2348
2349
2350 #+END_SRC
2351 ** End use-package
2352 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2353   )
2354 #+END_SRC
2355 * Keybindings
2356 ** Goto line
2357 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2358   (global-unset-key "\M-g")
2359   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2360 #+END_SRC
2361 * Debian
2362 ** debian-changelog
2363 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2364   (use-package debian-changelog-mode
2365     :mode "debian/changelog"
2366     :config
2367     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2368     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2369 #+END_SRC
2370 * Misc (uncharacterized)
2371 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2372   (setq calendar-latitude 38.6)
2373   (setq calendar-longitude -121.5)
2374   (setq case-fold-search t)
2375   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2376   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2377   (global-font-lock-mode 1)
2378   (icomplete-mode 1)
2379   (setq log-edit-keep-buffer t)
2380   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2381   (setq markdown-enable-math t)
2382   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2383   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2384   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2385   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2386   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2387   (setq ps-line-number-color "blue")
2388   (setq ps-print-footer t)
2389   (setq ps-print-footer-frame nil)
2390   (setq ps-print-only-one-header t)
2391   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2392   ]*")
2393   (setq sentence-end-double-space nil)
2394   ; enable matching parenthesis
2395   (show-paren-mode 1)
2396   (tool-bar-mode -1)
2397   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2398   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2399   (setq vc-follow-symlinks t)
2400
2401   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2402   ;; repositories inside of git directories
2403   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2404
2405   ;; switch back to the old primary selection method
2406   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2407   (setq x-select-enable-primary t)
2408   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2409
2410   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2411   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2412
2413   ;; tramp configuration
2414   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2415
2416   (setq-default c-indent-level 4)
2417   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2418   (setq-default c-brace-offset -4)
2419   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2420   (setq-default c-label-offset -4)
2421   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2422   ; tabs are annoying
2423   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2424   (setq-default tab-width 4)
2425
2426
2427   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2428   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2429   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2430   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2431   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2432
2433
2434   (defun insert-date ()
2435     "Insert date at point."
2436     (interactive)
2437     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2438   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2439
2440   (defun unfill-paragraph (arg)
2441     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2442     (interactive "*p")
2443     (let ((fill-column 10000))
2444       (fill-paragraph arg))
2445     )
2446
2447   (column-number-mode t)
2448
2449 #+END_SRC
2450 ** Desktop-save-mode
2451 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2452 emacs, and use a different desktop file to restore history
2453 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2454   (use-package desktop
2455     :demand
2456     :config
2457     (setq desktop-base-file-name
2458           (convert-standard-filename
2459            (concat ".emacs"
2460                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2461                        "")
2462                    ".desktop")
2463            ))
2464     (setq desktop-base-lock-name
2465           (convert-standard-filename
2466            (concat desktop-base-file-name
2467                    ".lock")))
2468     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2469     (setq desktop-restore-eager 5)
2470     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2471     (desktop-save-mode 1)
2472     ; (desktop-read)
2473   )
2474 #+END_SRC
2475 ** Misc (Uncharacterized)
2476 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2477   '(icomplete-mode on)
2478   (custom-set-faces
2479    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2480    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2481    ;; Your init file should contain only one such instance.
2482    ;; If there is more than one, they won't work right.
2483    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2484
2485
2486   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2487   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2488   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2489
2490   ; (defun turn-on-flyspell ()
2491   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2492   ;    (interactive)
2493   ;    (flyspell-mode 1))
2494
2495
2496    ; Outline-minor-mode key map
2497    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2498    ; HIDE
2499    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2500    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2501    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2502    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2503    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2504    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2505    ; SHOW
2506    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2507    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2508    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2509    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2510    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2511    ; MOVE
2512    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2513    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2514    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2515    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2516    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2517    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2518   ; fix up tmux xterm keys
2519   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2520   (defun fix-up-tmux-keys ()
2521       "Fix up tmux xterm keys"
2522       (if (getenv "TMUX")
2523           (progn
2524             (let ((x 2) (tkey ""))
2525               (while (<= x 8)
2526                 ;; shift
2527                 (if (= x 2)
2528                     (setq tkey "S-"))
2529                 ;; alt
2530                 (if (= x 3)
2531                     (setq tkey "M-"))
2532                 ;; alt + shift
2533                 (if (= x 4)
2534                     (setq tkey "M-S-"))
2535                 ;; ctrl
2536                 (if (= x 5)
2537                     (setq tkey "C-"))
2538                 ;; ctrl + shift
2539                 (if (= x 6)
2540                     (setq tkey "C-S-"))
2541                 ;; ctrl + alt
2542                 (if (= x 7)
2543                     (setq tkey "C-M-"))
2544                 ;; ctrl + alt + shift
2545                 (if (= x 8)
2546                     (setq tkey "C-M-S-"))
2547
2548                 ;; arrows
2549                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2550                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2551                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2552                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2553                 ;; home
2554                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2555                 ;; end
2556                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2557                 ;; page up
2558                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2559                 ;; page down
2560                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2561                 ;; insert
2562                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2563                 ;; delete
2564                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2565                 ;; f1
2566                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2567                 ;; f2
2568                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2569                 ;; f3
2570                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2571                 ;; f4
2572                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2573                 ;; f5
2574                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2575                 ;; f6
2576                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2577                 ;; f7
2578                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2579                 ;; f8
2580                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2581                 ;; f9
2582                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2583                 ;; f10
2584                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2585                 ;; f11
2586                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2587                 ;; f12
2588                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2589                 ;; f13
2590                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2591                 ;; f14
2592                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2593                 ;; f15
2594                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2595                 ;; f16
2596                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2597                 ;; f17
2598                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2599                 ;; f18
2600                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2601                 ;; f19
2602                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2603                 ;; f20
2604                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2605
2606                 (setq x (+ x 1))
2607                 ))
2608             )
2609         )
2610       )
2611   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2612
2613   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2614     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2615     (if (or (buffer-modified-p)
2616             (verify-visited-file-modtime)
2617             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2618             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2619         ad-do-it
2620       (clear-visited-file-modtime)
2621       (not-modified)))
2622   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2623 #+END_SRC
2624
2625 * Start Server
2626 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2627   (use-package server
2628     :config
2629     (setq server-name
2630           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2631               "server"))
2632     (unless (server-running-p)
2633       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2634       (server-start)))
2635 #+END_SRC
2636
2637
2638
2639 * END
2640 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2641   (provide 'don-configuration)
2642 #+END_SRC