]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
ac3af192a217f90bb7fb380d424135f0aaeb93b5
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 #+OPTIONS: auto-id:f
3
4 * General Notes
5
6 ** Delight
7 To look up options for symbols for delight, check out https://en.wikipedia.org/wiki/Emoji#Unicode_blocks
8
9 * Load debugger
10
11 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
12 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
13
14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
15 (setq debug-on-event 'siguser2)
16 #+END_SRC
17 * Paths
18 ** Update PATH
19 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
20 (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
21 (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
22 #+END_SRC
23 ** Add library paths
24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
25 (let ((default-directory "~/lib/emacs_el/"))
26   (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
27 ;; (eval-and-compile
28 ;;   (let ((default-directory "~/var/emacs/elpa"))
29 ;;     (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
30 ;; )
31 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el")
32 (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
33
34 #+END_SRC
35 * Initial startup stuff
36 ** Disable startup screen
37 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
38 (setq inhibit-startup-screen t)
39 #+END_SRC
40 ** Disable cluter
41 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
42 ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
43 (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
44 (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
45 #+END_SRC
46 ** Fullscreen
47 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
48 (setq frame-resize-pixelwise t)
49 (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
50 #+END_SRC
51 * Package management
52 ** Bootstrap straight.el
53 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
54 (defvar bootstrap-version)
55 (setq straight-base-dir '"~/var/emacs/")
56 (let ((bootstrap-file
57        (expand-file-name "straight/repos/straight.el/bootstrap.el" straight-base-dir))
58       (bootstrap-version 6))
59   (unless (file-exists-p bootstrap-file)
60     (with-current-buffer
61         (url-retrieve-synchronously
62          "https://raw.githubusercontent.com/radian-software/straight.el/develop/install.el"
63          'silent 'inhibit-cookies)
64       (goto-char (point-max))
65       (eval-print-last-sexp)))
66   (load bootstrap-file nil 'nomessage))
67 #+END_SRC
68 ** package repositories and package manager
69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
70 (straight-use-package 'use-package)
71 (setq straight-use-package-by-default t)
72 (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file)))
73 (require 'gnutls)
74 (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
75 #+END_SRC
76 ** Paradox
77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
78 (use-package paradox
79   ;:ensure paradox
80   :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
81   :config
82   (setq paradox-execute-asynchronously t)
83   (setq paradox-github-token t) ; I don't want to be prompted about this integration
84   )
85 #+END_SRC
86 * Disable custom-vars
87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
88 ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
89 (setq custom-file "/dev/null")
90 #+END_SRC
91 * Misc functions
92 ** with-library
93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
95 ;; execute conditional code when loading libraries
96 ; (defmacro with-library (symbol &rest body)
97 ;   `(when (require ,symbol nil t)
98 ;     ,@body))
99 ; (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
100 #+END_SRC
101
102 * Variables
103 ** Safe Local Variables
104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
105 (setq safe-local-variable-values
106       (quote ((auto-save-default)
107               (make-backup-files)
108               (cperl-indent-level . 4)
109               (indent-level . 4)
110               (indent-tabs-mode . f)
111               (vcl-indent-level . 4)
112               )))
113 #+END_SRC
114 * Memory
115 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
116 (setq global-mark-ring-max 128
117       mark-ring-max 128
118       kill-ring-max 128)
119
120 (defun don/minibuffer-setup-hook ()
121   (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
122
123 (defun don/minibuffer-exit-hook ()
124   (setq gc-cons-threshold 1048576))
125
126 (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
127 (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
128 #+END_SRC
129 * Modules
130 ** Tree sitter
131 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
132 (use-package tree-sitter
133   :defer t
134   :config
135   (global-tree-sitter-mode)
136   )
137 (use-package tree-sitter-langs
138   :ensure t
139   :defer 1
140   :after tree-sitter
141 ;   :config
142 ;   (defun dla/python-function-at-point ()
143 ;     "Return a list of function arguments
144
145 ; Borrowed from https://xenodium.com/emacs-generate-a-swift-initializer/
146 ; "
147 ;   (interactive)
148 ;   (cl-assert (seq-contains-p local-minor-modes 'tree-sitter-mode) "tree-sitter-mode not enabled")
149 ;   (let* ((node (tree-sitter-node-at-point 'function_definition)
150 ;                )
151 ;          (args)
152 ;          (arg)
153 ;          (ret))
154 ;     (unless node
155 ;       (error "Not in function"))
156 ;     (mapc
157 ;      (lambda (item)
158 ;        (cond ((eq 'func_name
159 ;                   (car item))
160 ;               ; (when arg
161 ;               ;   (setq args (append args (list arg)))
162 ;               ;   )
163 ;               (setq arg (list (cons 'function (tsc-node-text
164 ;                                            (cdr item))))))
165 ;              ((eq 'ident
166 ;                   (car item))
167 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident (tsc-node-text
168 ;                                                (cdr item)))))
169 ;              ((eq 'ident_type
170 ;                   (car item))
171 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident_type (tsc-node-text
172 ;                                                (cdr item)))))
173 ;              ((eq 'ret_type
174 ;                   (car item))
175 ;               (setq arg (map-insert arg 'ret_type (tsc-node-text
176 ;                                                (cdr item)))))
177 ;              ))
178 ;      (tsc-query-captures
179 ;       (tsc-make-query tree-sitter-language
180 ;                       "(function_definition (identifier) @func_name (parameters [(identifier) @ident (typed_parameter (identifier) @ident (type) @ident_type)]) (type)? @ret_type)")
181 ;       (tree-sitter-node-at-point 'function_definition) nil))
182 ;     (when arg
183 ;       (setq args (append args (list arg))))
184 ;     args))
185
186 )
187 #+END_SRC
188 ** Spacemacs theme
189 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
190 (use-package spacemacs-theme
191   :config
192   (load-theme 'spacemacs-dark t)
193   )
194 #+END_SRC
195 ** Hippie Expand
196 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
197 (use-package hippie-exp
198   :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
199   )
200 #+END_SRC
201 ** Flyspell 🐝 
202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
203 (use-package flyspell
204   ; :delight flyspell-mode 🐝
205   :config
206   (setq flyspell-mode-line-string " 🐝")
207   (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
208   (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
209   (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
210   (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
211   :init
212   (setq ispell-program-name "ispell")
213   )
214 #+END_SRC
215
216 ** Flycheck
217 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
218 (use-package flycheck
219   :delight 🦋
220   :if (version<= "24.4" emacs-version)
221   :commands flycheck-mode
222   :hook ((prog-mode . flycheck-mode)
223          )
224 )
225 ;; Other pkgs
226 (use-package flycheck-tip
227   :commands 'flycheck-tip-cycle
228   :after flycheck
229   :bind (:map flycheck-mode-map
230               ("C-c C-n" . flycheck-tip-cycle)))
231
232 (use-package flycheck-package)
233
234 (use-package flycheck-checkpatch
235   :config (flycheck-checkpatch-setup)
236   :config (setq flycheck-checkers (delete 'checkpatch
237   flycheck-checkers))
238   :config (add-to-list 'flycheck-checkers 'checkpatch t))
239 #+end_src  
240
241 ** Flymake
242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
243   (use-package flymake
244     :delight "Φ")
245 #+END_SRC
246
247 ** Winnermode
248 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
249   (winner-mode 1)
250 #+END_SRC
251 ** Eyebrowse
252
253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
254   (use-package eyebrowse
255     :ensure t
256     :delight eyebrowse-mode
257     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
258     :config (progn
259               (setq eyebrowse-wrap-around t)
260               (eyebrowse-mode t)
261
262               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
263                 (interactive)
264                 (let ((done nil))
265                   (dotimes (i 10)
266                     ;; start at 1 run till 0
267                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
268                       (when (and (not done)
269                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
270                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
271                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
272                         (setq done t)
273                         ))
274                     )))
275
276               ;; I don't use latex-preview-pane
277               ;; (require 'latex-preview-pane)
278               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
279               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
280               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
281               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
282               ;;   ;; edit the TeX file.
283               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
284               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
285
286               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
287               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
288
289               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
290               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
291               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
292               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
293               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
294               )
295     )
296 #+END_SRC
297
298 ** Window handling
299
300 *** Splitting
301 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
302   (defun my/vsplit-last-buffer ()
303     "Split the window vertically and display the previous buffer."
304     (interactive)
305     (split-window-vertically)
306     (other-window 1 nil)
307     (switch-to-next-buffer))
308
309   (defun my/hsplit-last-buffer ()
310     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
311     (interactive)
312     (split-window-horizontally)
313     (other-window 1 nil)
314     (switch-to-next-buffer))
315
316   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
317   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
318
319   (setq split-width-threshold  100)
320   (setq split-height-threshold 60)
321
322   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
323     "If there's only one window (excluding any possibly active
324            minibuffer), then split the current window horizontally."
325     (if (and (one-window-p t)
326              (not (active-minibuffer-window))
327              ( < (frame-width) (frame-height))
328              )
329         (let ((split-width-threshold nil))
330           (split-window-sensibly window))
331       (split-window-sensibly window)))
332
333   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
334   (setq window-combination-resize t)
335 #+END_SRC
336
337 *** Compilation window
338
339 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
340 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
341 the former case, if there was no error the window closes
342 automatically.
343
344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
345   (add-to-list 'display-buffer-alist
346                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
347                  (display-buffer-reuse-window
348                   display-buffer-in-side-window)
349                  (reusable-frames . visible)
350                  (side            . bottom)
351                  (window-height   . 0.4)))
352 #+END_SRC
353
354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
355   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
356     ;; If M-x compile exists with a 0
357     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
358       ;; and delete the *compilation* window
359       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
360         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
361                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
362                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
363           (delete-window compilation-window))))
364     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
365     (cons msg code))
366
367   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
368   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
369 #+END_SRC
370
371 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
372 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
373 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
374 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
375 value, scrolling continues until there is no more output.
376
377 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
378   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
379 #+END_SRC
380
381 ** Mode line cleaning
382 *** Delight 
383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
384 (use-package delight
385   :demand t)
386 #+END_SRC
387
388 ** Jumping
389 *** Avy
390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
391   (use-package avy
392     :if (>= emacs-major-version 25)
393     :ensure t
394     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
395            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
396            ("M-g g" . avy-goto-line))
397     :config (progn (setq avy-background t))
398     )
399 #+END_SRC
400 *** Ace-link (jumping to links)
401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
402   (use-package ace-link
403     :ensure t
404     ; bind o in most modes
405     :config (ace-link-setup-default))
406 #+END_SRC
407 *** Jumping through edit points (goto-chg)
408 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
409   (use-package goto-chg
410     :ensure t
411     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
412            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
413     )
414 #+END_SRC
415 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
417   (use-package bm
418     :ensure t
419     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
420            ("C-c j b ," . bm-previous)
421            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
422 #+END_SRC
423
424 ** Snippets
425 *** Yasnippet
426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
427 (use-package yasnippet
428   :ensure t
429   :delight yas-minor-mode
430   :config (progn
431             (yas-global-mode)
432             (setq yas-verbosity 1)
433             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
434             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
435             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
436             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
437                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
438             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
439                              'yas-hippie-try-expand)
440             (yas-reload-all)
441             )
442   )
443 #+END_SRC
444 *** Auto-YASnippet
445 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
446 (use-package auto-yasnippet
447   :ensure t
448   :bind (("H-w" . aya-create)
449          ("H-y" . aya-expand)
450          )
451   )
452 #+END_SRC
453 ** Treemacs: Tree file viewer
454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
455 ;; Provides workspaces with file browsing (tree file viewer)
456 ;; and project management when coupled with `projectile`.
457
458 ; (use-package treemacs
459 ;   :ensure t
460 ;   :defer t
461 ;   :config
462 ;   (setq treemacs-no-png-images t
463 ;         treemacs-width 24)
464 ;   :bind ("C-c t" . treemacs))
465 #+END_SRC
466 ** LSP mode
467 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
468 (use-package lsp-mode
469   :defer t
470   :commands (lsp lsp-deferred)
471   :init (setq lsp-keymap-prefix "C-c l")
472   (defun my/orderless-dispatch-flex-first (_pattern index _total)
473     (and (eq index 0) 'orderless-flex))
474
475   (defun my/lsp-mode-setup-completion ()
476     (setf (alist-get 'styles (alist-get 'lsp-capf completion-category-defaults))
477           '(orderless)))
478
479   ;; Optionally configure the first word as flex filtered.
480   (add-hook 'orderless-style-dispatchers #'my/orderless-dispatch-flex-first nil 'local)
481
482   ;; Optionally configure the cape-capf-buster.
483   ; (setq-local completion-at-point-functions (list (cape-capf-buster #'lsp-completion-at-point)))
484
485   :hook (python-mode . lsp-deferred)
486         (cperl-mode . lsp-deferred)
487   (lsp-completion-mode . my/lsp-mode-setup-completion)
488   :custom
489   (lsp-completion-provider :none) ;; we use Corfu!
490   :config
491    (add-to-list 'lsp-file-watch-ignored-directories "[/\\\\]venv\\'")
492 )
493 #+END_SRC
494 ** LSP mode
495 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
496 ;; provides visual help in the buffer 
497 ;; for example definitions on hover. 
498 ;; the `imenu` lets me browse definitions quickly.
499 (use-package lsp-ui
500   :defer t
501   :after lsp-mode
502   :config
503   (setq lsp-ui-sideline-enable t
504             lsp-ui-doc-delay 2)
505   :hook (lsp-mode . lsp-ui-mode)
506   :bind (:map lsp-ui-mode-map
507               ("C-c i" . lsp-ui-imenu)))
508 #+END_SRC
509 *** LSP Pyright -- Python language server
510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
511 ;; language server for python 
512 ;; read the docs for the different variables set in the config.
513 (use-package lsp-pyright
514   :defer t
515   :config
516   (setq lsp-clients-python-library-directories '("/usr/"))
517   (setq lsp-pyright-disable-language-service nil
518         lsp-pyright-disable-organize-imports nil
519         lsp-pyright-auto-import-completions t
520         lsp-pyright-use-library-code-for-types t
521         lsp-pyright-venv-path "venv")
522   :hook ((python-mode . (lambda () 
523                           (require 'lsp-pyright) (lsp-deferred)))))
524 #+END_SRC
525 ** Corfu
526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
527 (use-package corfu
528   ;; Optional customizations
529   :custom
530   (corfu-cycle t)                ;; Enable cycling for `corfu-next/previous'
531   (corfu-auto t)                 ;; Enable auto completion
532   (corfu-separator ?\s)          ;; Orderless field separator
533   (corfu-quit-at-boundary t)
534   (corfu-quit-no-match 'separator)
535   (corfu-preview-current nil)    ;; Disable current candidate preview
536   (corfu-preselect 'prompt)      ;; Preselect the prompt
537   (corfu-on-exact-match nil)     ;; Configure handling of exact matches
538   (corfu-scroll-margin 5)        ;; Use scroll margin
539
540   :bind (
541          :map corfu-map
542               ("M-m" . corfu-move-to-minibuffer)
543               )
544   :init
545   (global-corfu-mode)
546   (setq completion-cycle-threshold 3)
547   (setq tab-always-indent 'complete)
548   :config
549   (defun corfu-move-to-minibuffer ()
550     (interactive)
551     (when completion-in-region--data
552       (let ((completion-extra-properties corfu--extra)
553             completion-cycle-threshold completion-cycling)
554         (apply #'consult-completion-in-region completion-in-region--data))))
555   (add-to-list 'corfu-continue-commands #'corfu-move-to-minibuffer)
556   )
557 #+END_SRC
558 ** Dabbrv
559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
560 (use-package dabbrev
561   :ensure t
562   ;; Swap M-/ and C-M-/
563   :bind (("M-/" . dabbrev-completion)
564          ("C-M-/" . dabbrev-expand))
565   ;; Other useful Dabbrev configurations.
566   :custom
567   (dabbrev-ignored-buffer-regexps '("\\.\\(?:pdf\\|jpe?g\\|png\\)\\'")))
568 #+END_SRC
569 ** Tinyprocmail
570
571 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
572 ;; load tinyprocmail
573 (use-package tinyprocmail
574   :straight (tinytools :type git :type git :host github :repo "jaalto/project--emacs-tiny-tools")
575   ; :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
576   :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
577   )
578 #+END_SRC
579
580 ** Magit
581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
582 (use-package magit
583   :defer t
584   :bind (("C-x g" . magit-status)
585          ("C-x C-g" . magit-status))
586   :config
587   ;; refine diffs always (hilight words)
588   (setq magit-diff-refine-hunk nil)
589   )
590 (use-package magit-annex
591   :defer t
592   :after magit
593   )
594 (use-package magit-vcsh
595   :defer t
596   :after magit
597   )
598 #+END_SRC
599
600 *** Forge (github/gitlab)
601 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
602 (use-package forge
603   :defer t
604   :after magit
605   )
606 #+END_SRC
607
608 ** Perl
609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
610 (use-package cperl-mode
611   :mode ("\\.pl'" . cperl-mode)
612   ("\\.perl5\\'" . cperl-mode)
613   ("\\.perl\\'" . cperl-mode)
614   ("\\.miniperl\\'" . cperl-mode)
615   ("\\.\\([Pp][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode)
616     ;; use c-mode for perl .xs files
617   ("\\.xs\\'" . c-mode)
618   :config
619        (setq cperl-hairy t
620           cperl-indent-level 4
621           cperl-auto-newline nil
622           cperl-auto-newline-after-colon nil
623           cperl-continued-statement-offset 4
624           cperl-brace-offset -1
625           cperl-continued-brace-offset 0
626           cperl-label-offset -4
627           cperl-highlight-variables-indiscriminately t
628           cperl-electric-lbrace-space nil
629           cperl-indent-parens-as-block nil
630           cperl-close-paren-offset -1
631           cperl-tab-always-indent t)
632     (setq cperl-lazy-help-time nil)
633     ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
634 )
635 #+END_SRC
636
637 ** Markdown mode
638 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
639 (use-package markdown-mode
640   :defer t
641   :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
642          ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
643          ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
644          )
645   :config
646   (setq markdown-enable-math t)
647   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
648   (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
649   (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
650   (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
651   (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
652 )
653
654 #+END_SRC
655 ** SQL mode
656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
657 ; load sql-indent when sql is loaded
658 (use-package sql-indent
659   :after sql
660   :hook sql-mode
661   )
662 (use-package sql
663   :commands (sql-mode)
664   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
665   )
666 #+END_SRC
667 ** Ediff
668 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
669 (use-package ediff
670   :commands ediff ediff3
671   :config
672   ;; ediff configuration
673   ;; don't use the multi-window configuration
674   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
675 )
676 #+END_SRC
677 ** Do the Right Thing Indenting
678 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
679 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
680 (use-package dtrt-indent
681 )  
682 #+END_SRC
683 ** VCL --editing varnish configuration files
684 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
685 (use-package vcl-mode
686   :mode "\\.vcl\\'"
687   )
688 #+END_SRC
689 ** Vertico
690 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
691 (use-package vertico
692   :demand t
693   :config
694   (vertico-mode)
695   ; (define-key vertico-map "\r" #'vertico-directory-enter)
696   ; (define-key vertico-map "\d" #'vertico-directory-delete-char)
697   ; (define-key vertico-map "\M-\d" #'vertico-directory-delete-word)
698   ; (add-hook 'rfn-eshadow-update-overlay-hook #'vertico-directory-tidy)
699
700   ;; Different scroll margin
701   ;; (setq vertico-scroll-margin 0)
702
703   ;; Show more candidates
704   ;; (setq vertico-count 20)
705
706   ;; Grow and shrink the Vertico minibuffer
707   ;; (setq vertico-resize t)
708
709   ;; Optionally enable cycling for `vertico-next' and `vertico-previous'.
710   ;; (setq vertico-cycle t)
711   :custom
712   (vertico-grid-separator "       ")
713   (vertico-grid-lookahead 50)
714 )
715 (use-package vertico-multiform
716   :straight nil
717   :load-path "~/var/emacs/straight/build/vertico/extensions/"
718   :after vertico
719   :config
720   (setq vertico-multiform-categories
721      '((file reverse)
722        (consult-grep buffer)
723        (consult-location)
724        (imenu buffer)
725        (library reverse indexed)
726        (org-roam-node reverse indexed)
727        ; (t reverse)
728        )
729      )
730   (setq vertico-multiform-commands
731         '(("flyspell-correct-*" grid reverse)
732           (org-refile grid reverse indexed)
733           (consult-yank-pop indexed)
734           (consult-flycheck)
735           (consult-lsp-diagnostics)
736           )
737         )
738   (vertico-multiform-mode)
739   )
740
741 (use-package vertico-grid
742   :straight nil
743   :after vertico
744   )
745 (use-package vertico-reverse
746   :straight nil
747   :after vertico
748   )
749 (use-package vertico-indexed
750   :straight nil
751   :after vertico
752   )
753 (use-package vertico-buffer
754   :straight nil
755   :after vertico
756   )
757
758
759 ;; Persist history over Emacs restarts. Vertico sorts by history position.
760 (use-package savehist
761   :demand t
762   :config
763   (savehist-mode))
764
765 #+END_SRC
766 ** Orderless: advanced completion style
767 #+begin_src emacs-lisp
768 (use-package orderless
769   :init
770   ;; Configure a custom style dispatcher (see the Consult wiki)
771   ;; (setq orderless-style-dispatchers '(+orderless-dispatch)
772   ;;       orderless-component-separator #'orderless-escapable-split-on-space)
773   (setq completion-styles '(orderless basic)
774         completion-category-defaults nil
775         completion-category-overrides '((file (styles partial-completion)))))
776 #+end_src
777 ** Marginalia: Rich annotations in the minibuffer
778 #+begin_src emacs-lisp
779 (use-package marginalia
780   :demand t
781   :bind (:map minibuffer-local-map
782          ("M-A" . marginalia-cycle))
783   :config
784   (marginalia-mode)
785   )
786 #+end_src
787 ** Embark: Minibuffer actions and context menu
788 #+begin_src emacs-lisp
789 (use-package embark
790   :bind
791   (("C-." . embark-act)         ;; pick some comfortable binding
792    ("C-;" . embark-dwim)        ;; good alternative: M-.
793    ("C-h B" . embark-bindings)) ;; alternative for `describe-bindings'
794
795   :init
796
797   ;; Optionally replace the key help with a completing-read interface
798   (setq prefix-help-command #'embark-prefix-help-command)
799
800   :config
801
802   ;; Hide the mode line of the Embark live/completions buffers
803   (add-to-list 'display-buffer-alist
804                '("\\`\\*Embark Collect \\(Live\\|Completions\\)\\*"
805                  nil
806                  (window-parameters (mode-line-format . none)))))
807
808 (use-package embark-consult
809   :hook
810   (embark-collect-mode . consult-preview-at-point-mode))
811 #+end_src
812 ** which-key (show possible completions of a key combination)
813 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
814 (use-package which-key
815   :demand t
816   )
817 #+END_SRC
818 ** Consult
819 #+begin_src emacs-lisp
820 (use-package consult
821   ;; Replace bindings. Lazily loaded due by `use-package'.
822   :bind (;; C-c bindings in `mode-specific-map'
823          ("C-c M-x" . consult-mode-command)
824          ("C-c h" . consult-history)
825          ("C-c k" . consult-kmacro)
826          ("C-c m" . consult-man)
827          ("C-c i" . consult-info)
828          ([remap Info-search] . consult-info)
829          ;; C-x bindings in `ctl-x-map'
830          ("C-x M-:" . consult-complex-command)     ;; orig. repeat-complex-command
831          ("C-x b" . consult-buffer)                ;; orig. switch-to-buffer
832          ("C-x 4 b" . consult-buffer-other-window) ;; orig. switch-to-buffer-other-window
833          ("C-x 5 b" . consult-buffer-other-frame)  ;; orig. switch-to-buffer-other-frame
834          ("C-x r b" . consult-bookmark)            ;; orig. bookmark-jump
835          ("C-x p b" . consult-project-buffer)      ;; orig. project-switch-to-buffer
836          ;; Custom M-# bindings for fast register access
837          ("M-#" . consult-register-load)
838          ("M-'" . consult-register-store)          ;; orig. abbrev-prefix-mark (unrelated)
839          ("C-M-#" . consult-register)
840          ;; Other custom bindings
841          ("M-y" . consult-yank-pop)                ;; orig. yank-pop
842          ;; M-g bindings in `goto-map'
843          ("M-g e" . consult-compile-error)
844          ("M-g f" . consult-flymake)               ;; Alternative: consult-flycheck
845          ("M-g g" . consult-goto-line)             ;; orig. goto-line
846          ("M-g M-g" . consult-goto-line)           ;; orig. goto-line
847          ("M-g o" . consult-outline)               ;; Alternative: consult-org-heading
848          ("M-g m" . consult-mark)
849          ("M-g k" . consult-global-mark)
850          ("M-g i" . consult-imenu)
851          ("M-g I" . consult-imenu-multi)
852          ;; M-s bindings in `search-map'
853          ("M-s d" . consult-find)
854          ("M-s D" . consult-locate)
855          ("M-s g" . consult-grep)
856          ("M-s G" . consult-git-grep)
857          ("M-s r" . consult-ripgrep)
858          ("M-s l" . consult-line)
859          ("M-s L" . consult-line-multi)
860          ("M-s k" . consult-keep-lines)
861          ("M-s u" . consult-focus-lines)
862          ;; Isearch integration
863          ("M-s e" . consult-isearch-history)
864          :map isearch-mode-map
865          ("M-e" . consult-isearch-history)         ;; orig. isearch-edit-string
866          ("M-s e" . consult-isearch-history)       ;; orig. isearch-edit-string
867          ("M-s l" . consult-line)                  ;; needed by consult-line to detect isearch
868          ("M-s L" . consult-line-multi)            ;; needed by consult-line to detect isearch
869          ;; Minibuffer history
870          :map minibuffer-local-map
871          ("M-s" . consult-history)                 ;; orig. next-matching-history-element
872          ("M-r" . consult-history))                ;; orig. previous-matching-history-element
873
874   ;; Enable automatic preview at point in the *Completions* buffer. This is
875   ;; relevant when you use the default completion UI.
876   :hook (completion-list-mode . consult-preview-at-point-mode)
877
878   :commands (consult-xref)
879
880   ;; The :init configuration is always executed (Not lazy)
881   :init
882
883   ;; Optionally configure the register formatting. This improves the register
884   ;; preview for `consult-register', `consult-register-load',
885   ;; `consult-register-store' and the Emacs built-ins.
886   (setq register-preview-delay 0.5
887         register-preview-function #'consult-register-format)
888
889   ;; Optionally tweak the register preview window.
890   ;; This adds thin lines, sorting and hides the mode line of the window.
891   (advice-add #'register-preview :override #'consult-register-window)
892
893   ;; Use Consult to select xref locations with preview
894   (setq xref-show-xrefs-function #'consult-xref
895         xref-show-definitions-function #'consult-xref)
896
897   ;; Configure other variables and modes in the :config section,
898   ;; after lazily loading the package.
899   :config
900   ;; Optionally configure preview. The default value
901   ;; is 'any, such that any key triggers the preview.
902   ;; (setq consult-preview-key 'any)
903   ;; (setq consult-preview-key "M-.")
904   ;; (setq consult-preview-key '("S-<down>" "S-<up>"))
905   ;; For some commands and buffer sources it is useful to configure the
906   ;; :preview-key on a per-command basis using the `consult-customize' macro.
907   (consult-customize
908    consult-theme :preview-key '(:debounce 0.2 any)
909    consult-ripgrep consult-git-grep consult-grep
910    consult-bookmark consult-recent-file consult-xref
911    consult--source-bookmark consult--source-file-register
912    consult--source-recent-file consult--source-project-recent-file
913    ;; :preview-key "M-."
914    :preview-key '(:debounce 0.4 any))
915
916   ;; Optionally configure the narrowing key.
917   ;; Both < and C-+ work reasonably well.
918   (setq consult-narrow-key "<") ;; "C-+"
919
920   ;; Optionally make narrowing help available in the minibuffer.
921   ;; You may want to use `embark-prefix-help-command' or which-key instead.
922   ;; (define-key consult-narrow-map (vconcat consult-narrow-key "?") #'consult-narrow-help)
923
924   ;; By default `consult-project-function' uses `project-root' from project.el.
925   ;; Optionally configure a different project root function.
926   ;;;; 1. project.el (the default)
927   ;; (setq consult-project-function #'consult--default-project--function)
928   ;;;; 2. vc.el (vc-root-dir)
929   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (vc-root-dir)))
930   ;;;; 3. locate-dominating-file
931   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (locate-dominating-file "." ".git")))
932   ;;;; 4. projectile.el (projectile-project-root)
933   ;; (autoload 'projectile-project-root "projectile")
934   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (projectile-project-root)))
935   ;;;; 5. No project support
936   ;; (setq consult-project-function nil)
937 )
938 #+end_src
939 ** Projectile -- Project management
940 #+begin_src emacs-lisp
941 (use-package projectile
942   :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
943          ("<f6>" . next-error))
944   :config (projectile-global-mode))
945 #+end_src
946
947 ** Zap to char
948 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
949 (use-package avy-zap
950   :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
951 #+END_SRC
952 ** Hydra
953 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
954 (use-package hydra
955   :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
956          ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
957          ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
958          ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
959          )
960   :config
961   (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
962   "
963 _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
964 _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh    
965 _p_: read papers      _R_: paper notes
966 _h_: hpcbio
967 _q_: quit
968 _z_: quit
969 "
970   ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
971   ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
972   ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
973   ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
974   ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
975   ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
976   ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
977   ("r" (find-file my/org-refile-file))
978   ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
979   ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
980   ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
981   ("q" nil "quit")
982   ("z" nil "quit")
983   )
984
985   ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
986   (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
987   "
988 ^Hide^             ^Show^           ^Move
989 ^^^^^^------------------------------------------------------
990 _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
991 _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
992 _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
993 _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
994 _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
995 _d_: subtree
996
997 "
998   ;; Hide
999   ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1000   ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1001   ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1002   ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1003   ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1004   ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1005   ;; Show
1006   ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1007   ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1008   ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1009   ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1010   ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1011   ;; Move
1012   ("u" outline-up-heading)                ; Up
1013   ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1014   ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1015   ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1016   ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1017   ("z" nil "leave"))
1018 )
1019 #+END_SRC
1020
1021 ** Tramp
1022 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1023 (use-package tramp
1024   :demand t
1025   ; use the built in tramp
1026   :straight nil
1027   :config
1028   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1029   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1030                                 (tramp-login-program "vcsh")
1031                                 (tramp-login-args
1032                                  (("enter")
1033                                   ("%h")))
1034                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1035                                 (tramp-remote-shell-args
1036                                  ("-c")))))
1037 #+END_SRC
1038 ** Reftex
1039 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1040 (use-package reftex
1041   :hook ((LaTeX-mode latex-mode) . reftex-mode)
1042   :config
1043   (setq-default reftex-default-bibliography
1044                   '("~/projects/research/references.bib"))
1045   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1046   )
1047 #+END_SRC
1048 ** BibTex
1049 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1050 (use-package bibtex
1051   :mode "\\.bib\\'"
1052   :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                 (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                         ("abstract" "")
1055                 ("pmid" "")
1056                 ("doi" ""))))
1057   )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062 (use-package tex
1063   :straight auctex
1064   :mode ("\\.tex\\'" . LaTeX-mode)
1065   :config
1066   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1068   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1069
1070   ;; support fake section headers
1071   (setq TeX-outline-extra
1072         '(("%chapter" 1)
1073           ("%section" 2)
1074           ("%subsection" 3)
1075           ("%subsubsection" 4)
1076           ("%paragraph" 5)))
1077   ;; add font locking to the headers
1078   (font-lock-add-keywords
1079    'latex-mode
1080    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1081       0 'font-lock-keyword-face t)
1082      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1083      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1084      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1085      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1086      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1087
1088   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1089   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1090   (setq TeX-open-quote "“")
1091   (setq TeX-close-quote "”")
1092
1093   ;; (TeX-add-style-hook
1094   ;;  "latex"
1095   ;;  (lambda ()
1096   ;;    (TeX-add-symbols
1097   ;;     '("DLA" 1))))
1098   ;; (custom-set-variables
1099   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
1100   ;;    '(("fixme" 
1101   ;;       ("DLA" "RZ")
1102   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1103   ;; ) 
1104   (setq-default TeX-parse-self t)
1105   (setq-default TeX-auto-save t)
1106   (setq-default TeX-master nil)
1107   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1108                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1109   (eval-after-load
1110       "latex"
1111     '(TeX-add-style-hook
1112       "cleveref"
1113       (lambda ()
1114         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1115             (add-to-list
1116              'reftex-ref-style-alist
1117              '("Cleveref" "cleveref"
1118                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1119         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1120         (TeX-add-symbols
1121          '("cref" TeX-arg-ref)
1122          '("Cref" TeX-arg-ref)
1123          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1124          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1125   (eval-after-load
1126       "latex"
1127     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1128                   '("Sexpr")))
1129   
1130   (setq font-latex-match-reference-keywords
1131         '(
1132           ("fref" "{")
1133           ("Fref" "{")
1134           ("citep" "{")
1135           ("citet" "{")
1136           ("acs" "{")
1137           ("acsp" "{")
1138           ("ac" "{")
1139           ("acp" "{")
1140           ("acl" "{")
1141           ("aclp" "{")
1142           ("acsu" "{")
1143           ("aclu" "{")
1144           ("acused" "{")
1145           ("DLA" "{")
1146           ("RZ" "{")
1147           ("OM" "{")
1148           ("DL" "{")
1149           ("fixme" "{"))
1150         )
1151   (setq font-latex-fontify-script nil)
1152   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1153   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1154 )
1155
1156 #+END_SRC
1157 ** ESS
1158 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1159 (use-package ess
1160   :commands R
1161   :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1162   :bind (:map ess-mode-map
1163               ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1164   :init
1165   (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1166   (autoload 'R "ess-site" nil t)
1167   :config
1168   ; actually load the rest of ess
1169   (require 'ess-site)
1170   (defun ess-change-directory (path)
1171     "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1172     (interactive "Directory to change to: ")
1173
1174     (when (file-exists-p path)
1175       (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1176       ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1177       (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1178   (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1179   ;; outlining support for ess modes
1180   (add-hook
1181    'ess-mode-hook
1182    '(lambda ()
1183       (outline-minor-mode)
1184       (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1185       (defun outline-level ()
1186         (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1187               ((looking-at "^#### ") 2)
1188               ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1189               (t 1000)))
1190       ))
1191   (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1192     "Evaluate region in a remote ESS instance"
1193     (interactive "r")
1194     (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1195     (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1196   ;; Don't restore history or save workspace image
1197   '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1198   )
1199 #+END_SRC
1200
1201 ** Rainbowmode
1202 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1203
1204 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1205 (use-package rainbow-mode
1206   :hook ((LaTeX-mode ess-mode python-mode cperl-mode) . rainbow-mode)
1207   :delight 🌈
1208   ;; add ess to the x major mode
1209   :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1210   (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1211 )
1212 #+END_SRC
1213
1214 ** YAML Mode
1215 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1216 (use-package yaml-mode
1217   ;; add ess to the x major mode
1218   :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1219 )
1220 #+END_SRC
1221
1222 ** Polymode
1223 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1224 (use-package poly-noweb
1225   :after polymode
1226
1227   )
1228 (use-package poly-markdown
1229   :after polymode
1230   )
1231 (use-package poly-R
1232   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1233   :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1234   :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1235   :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1236   )
1237 (use-package polymode
1238   :defer t
1239   )
1240
1241 #+END_SRC
1242
1243 ** Outlining
1244 *** outline minor mode
1245 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1246 (use-package outline
1247    :straight nil
1248    :delight
1249    :init
1250    ; (setq outline-minor-mode-prefix nil)
1251    :config
1252    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
1253    (global-set-key "\M-o" cm-map)
1254    ; Outline-minor-mode key map
1255 ; HIDE
1256 (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1257 (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1258 (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
1259 (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1260 (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1261 (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1262 ; SHOW
1263 (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1264 (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1265 (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1266 (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1267 (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1268 ; MOVE
1269 (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
1270 (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
1271 (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1272 (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1273 (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1274
1275 )
1276 #+END_SRC
1277 *** outshine (outlining) integration
1278 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1279 ; (use-package outshine
1280 ;   :after outline
1281 ;   :hook (outline-minor-mode . outshine-mode)
1282 ; )
1283 #+END_SRC
1284 ** Writeroom Mode
1285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1286 (use-package writeroom-mode
1287   :commands (writeroom-mode)
1288   :config
1289   (defun my/writing-mode ()
1290     "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1291     (interactive)
1292     (if writeroom-mode
1293         (progn
1294           (writeroom-mode -1)
1295           (visual-line-mode -1)
1296           (auto-fill-mode -1)
1297           (visual-fill-column-mode -1)
1298           )
1299       (visual-line-mode 1)
1300       (auto-fill-mode 1)
1301       (visual-fill-column-mode 1)
1302       (writeroom-mode 1))
1303     )
1304   )
1305 #+END_SRC
1306 ** GhostText/Atomic Chrome
1307 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1308 (use-package atomic-chrome
1309   :config
1310   (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1311   (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1312   )
1313 #+END_SRC
1314 ** Edit Server
1315 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1316 (use-package edit-server
1317   :commands edit-server-start
1318   :init (if after-init-time
1319             (edit-server-start)
1320           (add-hook 'after-init-hook
1321                     #'(lambda() (edit-server-start))))
1322   :config (setq edit-server-new-frame-alist
1323                 '((name . "Edit with Emacs FRAME")
1324                   (top . 200)
1325                   (left . 200)
1326                   (width . 80)
1327                   (height . 25)
1328                   (minibuffer . t)
1329                   (menu-bar-lines . t)
1330                   (window-system . x)))
1331   )
1332 #+END_SRC
1333 ** Multiple Cursors
1334 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1335 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1336 (use-package multiple-cursors
1337   :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1338           ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1339           ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1340           ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1341   )
1342 #+END_SRC
1343 ** Web Mode
1344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1345 (use-package web-mode
1346   :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1347   :config
1348   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1349   (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1350   (setq web-mode-engines-alist
1351         '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1352   )
1353 #+END_SRC
1354 ** Spamassassin Mode
1355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1356 (use-package spamassassin-mode
1357   :straight nil
1358   :load-path "~/lib/emacs_el"
1359   :commands spamassassin-mode
1360   )
1361 #+END_SRC
1362 ** Password Store
1363 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1364 (use-package password-store
1365   :commands password-store-edit password-store-generate
1366   :config
1367   (defun dla/password-store-edit (entry)
1368     "Edit password for ENTRY which doesn't require it to already exist"
1369     (interactive (list (password-store--completing-read nil)))
1370     (password-store--run-edit entry))
1371   (advice-add 'password-store-edit :override #'dla/password-store-edit)
1372   )
1373 #+END_SRC
1374 ** CSS mode
1375 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1376 (use-package css
1377   :straight css-mode
1378   :mode "\\.css'"
1379   :config
1380   ;; fix up css mode to not be silly
1381   ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1382   (setq cssm-indent-level 4)
1383   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1384   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1385   (setq cssm-mirror-mode nil))
1386 #+END_SRC
1387 ** Abbrev Mode
1388 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1389 (use-package abbrev
1390   :straight nil
1391   :delight abbrev-mode
1392   :config
1393   ;; load abbreviations from 
1394   (setq abbrev-file-name       
1395         "~/.emacs_abbrev_def")
1396
1397   ;; read the abbrev file if it exists
1398   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1399       (quietly-read-abbrev-file))
1400
1401   ;; for now, use abbrev mode everywhere
1402   :init 
1403   (setq default-abbrev-mode t))
1404 #+END_SRC
1405
1406 ** Debugging (realgud)
1407 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1408 (use-package realgud
1409   :commands (realgud:pdb realgud:gdb)
1410   )
1411 #+END_SRC
1412 ** Python Programming
1413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1414 (use-package python-mode
1415   :delight Py 🐍
1416   :hook
1417   (python-mode . pyvenv-mode)
1418   (python-mode . flycheck-mode)
1419   (python-mode . blacken-mode)
1420   (python-mode . yas-minor-mode)
1421   (python-mode . anaconda-mode)
1422   )
1423 (use-package pyvenv
1424   :delight
1425   :after python-mode
1426   )
1427 (use-package blacken
1428   :delight
1429   :after python-mode
1430   :commands (blacken-buffer)
1431   :config
1432   (setq-default blacken-fast-unsafe t)
1433 )
1434 #+END_SRC
1435 *** Black
1436 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1437 (use-package python-black
1438   :delight
1439   :commands (python-black-buffer python-black-statement)
1440   :after python)
1441 #+end_src
1442 *** Sphinx Documentation
1443 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1444 (use-package numpydoc
1445   :after python
1446   :bind (:map python-mode-map
1447               ("C-c C-n" . numpydoc-generate)))
1448 (use-package sphinx-doc
1449   :delight 🐈
1450   :config
1451   (setq sphinx-doc-include-types t)
1452   :after python
1453   :hook (python-mode . sphinx-doc-mode)
1454   )
1455 (use-package python-docstring
1456   :delight 
1457   :after python
1458   :hook (python-mode . python-docstring-mode)
1459   )
1460 #+end_src
1461 *** Anaconda Mode (Documentation lookup and completion)
1462 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1463 (use-package anaconda-mode
1464   :delight
1465   :after python
1466 )
1467 #+END_SRC
1468 ** Go language
1469 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1470 (use-package go-mode
1471              :delight "go"
1472              :mode "\\.go"
1473              )
1474 #+END_SRC
1475
1476 ** Expand region
1477 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1478 (use-package expand-region
1479   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1480   )
1481 #+END_SRC
1482
1483 ** Dockerfile
1484 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1485 (use-package dockerfile-mode
1486   :mode "Dockerfile"
1487   )
1488 #+END_SRC
1489
1490 ** Beancount
1491 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1492 (use-package beancount
1493   :straight (beancount
1494              :type git
1495              :host github
1496              :repo "cnsunyour/beancount.el")
1497   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1498   :mode "\\.bean\\(?:count\\)?\\'"
1499   
1500   )
1501 #+END_SRC
1502 ** Apache
1503 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1504 (use-package apache-mode
1505   :delight 🪶
1506   :mode "apache\\.conf\\'"
1507   )
1508 #+END_SRC
1509 ** ELDoc
1510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1511 (use-package eldoc
1512   :delight
1513   :commands eldoc-mode
1514   :straight nil
1515   )
1516 #+END_SRC
1517
1518 * Email
1519 ** Mutt
1520 *** Message-mode
1521 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1522 (use-package message
1523   :straight nil
1524   :delight (message "✉")
1525   :delight (message-mode "✉")
1526   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1527   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1528   :hook 'my/message-mode-settings
1529   :hook 'turn-on-flyspell
1530   :bind (:map message-mode-map
1531       ("C-c C-a" . my/post-attach-file)
1532       ("C-x p" . my/message-kill-buffer)
1533       )
1534   :config
1535   (defun my/message-mode-settings ()
1536     (font-lock-add-keywords nil
1537                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1538                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1539               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1540                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1541     )
1542   (defun my/message-kill-buffer ()
1543     (interactive)
1544     (kill-buffer nil)
1545     )
1546   (defun my/post-attach-file ()
1547     "Prompt for an attachment."
1548     (interactive)
1549     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1550       (my/header-attach-file file "")))
1551
1552   (defun my/header-attach-file (file description)
1553     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1554   Argument DESCRIPTION MIME description."
1555     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1556     (when (> (length file) 0)
1557   (save-excursion
1558     (save-match-data
1559       (save-restriction
1560         (widen)
1561         (goto-char (point-min))
1562         (search-forward-regexp "^$")
1563         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1564                 description "\n"))
1565         (message (concat "Attached '" file "'."))
1566         (setq post-has-attachment t))))))
1567
1568   (setq mail-yank-prefix "> ")
1569   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1570 )
1571 #+END_SRC
1572 *** Muttrc mode
1573 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1574 (use-package mutt-mode
1575   :mode "muttngrc"
1576   :mode "muttrc"
1577   :config
1578   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1579 )
1580 #+END_SRC
1581 *** Set mail User agent
1582 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1583 (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1584 #+END_SRC
1585 * Base emacs
1586 ** Reverting buffers
1587 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1588 (use-package autorevert
1589   :delight auto-revert-mode
1590   :demand t
1591   :config
1592   (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1593         global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1594         auto-revert-verbose nil)
1595   (global-auto-revert-mode 1))
1596 #+END_SRC
1597 * Org Mode
1598 ** Use-package and load things
1599 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1600
1601 (use-package org
1602   :delight (org-mode "ø")
1603   :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1604   :bind (("C-c l l" . org-store-link)
1605          ("C-c a"  . org-agenda)
1606          ("C-c b"  . org-iswitchb))
1607 #+END_SRC
1608 ** Agenda Configuration
1609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1610   :config
1611   (setq-default org-log-done 'time)
1612   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1613
1614   (setq org-agenda-sticky t)
1615   (defun dla/show-org-agenda ()
1616     (interactive)
1617     (let (agendabuffer
1618           '(delq nil 
1619                 (mapcar (lambda (x)
1620                           (and (string-match-p
1621                                 "\*Org Agenda.*\*"
1622                                 (buffer-name x))
1623                                x)
1624                           )
1625                         (buffer-list))))
1626       (if agendabuffer
1627           (switch-to-buffer
1628            (buffer-name agendabuffer))
1629         (org-agenda-list)))
1630       (delete-other-windows))
1631
1632   ;; agenda configuration
1633   ;; Do not dim blocked tasks
1634   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1635   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1636   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1637
1638   ;; Compact the block agenda view
1639   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1640
1641   ;; Custom agenda command definitions
1642   (setq org-agenda-custom-commands
1643         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1644                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1645                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1646                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1647                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1648                   (org-agenda-sorting-strategy
1649                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1650                 (" " "Agenda"
1651                  ((agenda "" nil)
1652                   (tags "REFILE"
1653                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1654                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1655                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1656                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1657                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1658                               (org-agenda-sorting-strategy
1659                                '(category-keep))))
1660                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1661                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1662                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1663                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1664                               (org-agenda-sorting-strategy
1665                                '(category-keep))))
1666                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1667                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1668                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1669                                                                         ""
1670                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1671                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1672                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1673                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1674                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1675                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1676                               (org-agenda-sorting-strategy
1677                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1678                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1679                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1680                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1681                                                                         ""
1682                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1683                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1684                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1685                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1686                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1687                               (org-agenda-sorting-strategy
1688                                '(category-keep))))
1689                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1690                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1691                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1692                                                                         ""
1693                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1694                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1695                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1696                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1697                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1698                               (org-agenda-sorting-strategy
1699                                '(category-keep))))
1700                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1701                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1702                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1703                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1704                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1705                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1706                   (tags "-REFILE/"
1707                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1708                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1709                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1710                  nil))))
1711
1712   ; org mode agenda files
1713   (setq org-agenda-files
1714         (append
1715         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1716         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1717         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1718         )
1719   )
1720   (setq my/org-refile-file
1721         (car (seq-filter
1722               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1723               org-agenda-files)))
1724
1725   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1726   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1727   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1728   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1729   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1730   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1731   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1732   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1733   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1734   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1735   ; (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1736   ;   (interactive "P")
1737   ;   (with-temp-buffer
1738   ;     (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1739   ;       (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1740   ;       (goto-char (point-max))
1741   ;       (newline))
1742   ;     (write-file "/tmp/timeline.org")
1743   ;     (org-agenda arg "L")))
1744   ; (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1745
1746 #+END_SRC
1747 ** General config
1748 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1749   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1750   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1751
1752   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1753   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1754 #+END_SRC
1755 ** Capture Templates
1756 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1757   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1758         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1759            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1760           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1761            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1762           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1763            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1764           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1765            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1766           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1767            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1768           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1769            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1770           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1771            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1772           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1773            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1774           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1775            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1776           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1777            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1778           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1779            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1780            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1781                                        "Jobs"
1782                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1783            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1784           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1785            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1786           )
1787         )
1788
1789   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1790   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1791     (interactive)
1792     (save-excursion
1793       (beginning-of-line 0)
1794       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1795
1796   (defun my/org-add-id ()
1797     (interactive)
1798     (save-excursion
1799       (if (org-current-level)
1800           ()
1801         (forward-char 1)
1802         )
1803       (org-id-get-create)
1804       )
1805   )
1806
1807 #+END_SRC
1808 ** Org mode key bindings
1809 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1810   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1811   ;; Custom Key Bindings
1812   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1813           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1814           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1815           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1816           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1817           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1818           ("<S-f5>" . bh/widen)
1819           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1820           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1821           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1822           ("<f9> b" . bbdb)
1823           ("<f9> c" . calendar)
1824           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1825           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1826           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1827           ("<f9> w" . widen)
1828
1829           ("<f9> r" . boxquote-region)
1830           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1831
1832           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1833           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1834
1835           ("<f9> v" . visible-mode)
1836           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1837           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1838           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1839           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1840           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1841           ("C-<f10>" . next-buffer)
1842           ("<f11>" . org-clock-goto)
1843           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1844           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1845           ("C-c c" . org-capture))
1846   :config
1847 #+END_SRC
1848 ** Utility Functions
1849 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1850 (defun bh/hide-other ()
1851   (interactive)
1852   (save-excursion
1853     (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1854     (outline-hide-other)
1855     (org-cycle)
1856     (org-cycle)
1857     (org-cycle)))
1858
1859 (defun bh/set-truncate-lines ()
1860   "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1861   (interactive)
1862   (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1863   ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1864   (save-excursion
1865     (set-window-start (selected-window)
1866                       (window-start (selected-window)))))
1867
1868 (defun bh/switch-to-scratch ()
1869   (interactive)
1870   (switch-to-buffer "*scratch*"))
1871
1872 (setq org-use-fast-todo-selection t)
1873 (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1874
1875 ; create function to create headlines in file. This comes from
1876 ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1877 (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1878   "Add ID properties to all headlines in the current file which
1879 do not already have one."
1880   (interactive)
1881   (save-excursion
1882     (widen)
1883     (goto-char (point-min))
1884     (when (not (re-search-forward "^#\\+OPTIONS:.*auto-id:f" (point-max) t))
1885       (org-map-entries 'org-id-get-create))))
1886 (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1887   "Add or replace ID properties to all headlines in the current file 
1888 (or narrowed region)."
1889   (interactive)
1890
1891   (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1892 ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1893 (add-hook 'org-mode-hook
1894           (lambda ()
1895             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1896 #+END_SRC
1897 ** Org ID locations
1898 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1899 (use-package find-lisp
1900   :demand t)
1901 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1902       (append '(agenda-archives)
1903               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1904               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1905               ))
1906 #+END_SRC
1907 ** Keywords (TODO)
1908 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1909 (setq org-todo-keywords
1910       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1911               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1912
1913 (setq org-todo-keyword-faces
1914       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1915               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1916               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1917               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1918               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1919               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1920               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1921               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1922
1923 (setq org-todo-state-tags-triggers
1924       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1925               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1926               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1927               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1928               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1929               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1930               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1931
1932
1933
1934 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1935 ; add ids on creation of nodes
1936 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1937
1938
1939 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1940 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1941 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1942
1943 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1944 ; use C-M-r for org mode capture
1945 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1946
1947 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1948 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1949                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1950
1951 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1952 (setq org-refile-use-outline-path t)
1953
1954 ; Targets complete directly with IDO
1955 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1956
1957 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1958 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1959
1960 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1961 ; (setq org-completion-use-ido t)
1962 ; (setq ido-everywhere t)
1963 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1964 ; (ido-mode (quote both))
1965 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1966 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1967 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1968 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1969 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1970
1971
1972 ;;;; Refile settings
1973 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1974 (defun bh/verify-refile-target ()
1975   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1976   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1977
1978 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1979
1980 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1981 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1982 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1983 (require 'org-protocol)
1984 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1985 (setq my-org-protocol-flag nil)
1986 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1987   "Delete frame at remember finalization"
1988   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1989          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1990 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1991   "Delete frame at remember refile"
1992   (if my-org-protocol-flag
1993       (progn
1994         (setq my-org-protocol-flag nil)
1995         ad-do-it
1996         (delete-frame))
1997     ad-do-it)
1998   )
1999 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
2000   "Delete frame at remember abort"
2001   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
2002          (setq my-org-protocol-flag nil)))
2003 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
2004   (setq my-org-protocol-flag t))
2005
2006 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
2007   (unless (org-in-item-p)
2008     (org-id-get-create)
2009     )
2010   )
2011
2012 ;; org modules
2013 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
2014
2015 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
2016 (defun open-mail-in-mutt (message)
2017   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
2018
2019 Message can be specified either by a path pointing inside a
2020 Maildir, or by Message-ID."
2021   (interactive "MPath or Message-ID: ")
2022   (shell-command
2023    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
2024        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
2025
2026 ;; add support for "mutt:ID" links
2027 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
2028
2029 (defun my-org-mode-setup ()
2030   ; (load-library "reftex")
2031   (and (buffer-file-name)
2032        (file-exists-p (buffer-file-name))
2033        (progn
2034          ; (reftex-parse-all)
2035          (reftex-set-cite-format
2036           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
2037             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
2038             (?c . "\\cite{%l}")
2039             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
2040          ))
2041   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
2042   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
2043   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
2044   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
2045   )
2046 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
2047
2048 (defun org-mode-reftex-search ()
2049   (interactive)
2050   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
2051
2052 (defun open-research-paper (bibtexkey)
2053   "Open a paper by bibtex key"
2054   (interactive "bibtex key: ")
2055   (shell-command
2056    (format "%s %s"
2057        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2058 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
2059 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
2060   "Open a paper pdf by bibtex key"
2061   (interactive "bibtex key: ")
2062   (shell-command
2063    (format "%s -p evince_annot %s"
2064        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2065 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
2066
2067 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
2068              '("notes" .
2069                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
2070
2071 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
2072 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
2073
2074 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
2075 (add-to-list 'org-structure-template-alist
2076              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
2077
2078  ;; stolen from
2079 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
2080 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
2081   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
2082   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
2083                    (match-string 1 path)))
2084          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
2085     (cond ((eq format 'latex)
2086            (if (or (not desc) 
2087                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
2088                (format "\\cite{%s}" search)
2089              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
2090
2091 (org-add-link-type "rtcite" 
2092                    'org-bibtex-open
2093                    'my-rtcite-export-handler)
2094
2095
2096 #+END_SRC
2097 ** Org Mobile Configuration
2098 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2099   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
2100   (when (string= system-name "linnode")
2101     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
2102   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
2103   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
2104
2105 #+END_SRC
2106 ** Org iCal Support
2107 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2108   ;; org mode ical export
2109   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
2110   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
2111   ;; we already add the id manually
2112   (setq org-icalendar-store-UID t)
2113
2114 #+END_SRC
2115 ** General Org Babel Configuration
2116 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2117 ;; org babel support
2118 (org-babel-do-load-languages
2119  'org-babel-load-languages
2120  '((emacs-lisp . t )
2121    (R . t)
2122    (latex . t)
2123    (ditaa . t)
2124    (dot . t)
2125    ))
2126 ;; set the right path to ditaa.jar
2127 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
2128 ;; use graphviz-dot for dot things
2129 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2130 ;; do not indent begin_src blocks
2131 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2132 ;; org-babel-by-backend
2133 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2134    `(case (if (boundp 'backend) 
2135               (org-export-backend-name backend)
2136             nil) ,@body))
2137
2138 (defun my/fix-inline-images ()
2139   (when org-inline-image-overlays
2140     (org-redisplay-inline-images)))
2141
2142 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2143            'my/fix-inline-images)
2144
2145 #+END_SRC
2146 ** LaTeX configuration
2147 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2148 (use-package org-contrib
2149   :no-require t
2150   :after org
2151   :config
2152   (require 'ox-extra)
2153   (ox-extras-activate '(latex-header-blocks ignore-headlines))
2154   (require 'ox-latex)
2155 (add-to-list 'org-latex-classes
2156          '("memarticle"
2157        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2158        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2159        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2160        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2161        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2162        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2163
2164 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2165 (add-to-list 'org-latex-classes
2166          '("beamer"
2167        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2168 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2169 [PACKAGES]
2170 [EXTRA]"
2171        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2172        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2173        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2174        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2175        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2176
2177 (add-to-list 'org-latex-classes
2178          '("membook"
2179        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2180        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2181        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2182        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2183        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2184
2185 (add-to-list 'org-latex-classes
2186          '("letter"
2187        "\\documentclass[11pt]{letter}
2188 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2189 [PACKAGES]
2190 [EXTRA]"
2191    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2192        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2193        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2194        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2195        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2196
2197 (add-to-list 'org-latex-classes
2198          '("dlacv"
2199        "\\documentclass{dlacv}
2200 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2201 [NO-PACKAGES]
2202 [NO-EXTRA]"
2203        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2204        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2205        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2206        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2207        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2208
2209
2210 (add-to-list 'org-latex-classes
2211          '("dlaresume"
2212        "\\documentclass{dlaresume}
2213 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2214 [NO-PACKAGES]
2215 [NO-EXTRA]"
2216        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2217        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2218        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2219        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2220        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2221
2222
2223 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2224 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
2225 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2226
2227 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2228 (setq org-latex-default-packages-alist
2229   '(("" "amsmath" t)
2230     ("" "unicode-math" t)
2231     ))
2232 (setq org-latex-packages-alist
2233   '(("" "graphicx" t)
2234     ("" "fontspec" t)
2235     ("" "xunicode" t)
2236     ("" "hyperref" t)
2237     ("" "url" t)
2238     ("" "rotating" t)
2239     ("" "longtable" nil)
2240     ("" "float" )))
2241
2242 ;; make equations larger
2243 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2244
2245 (defun org-create-formula--latex-header ()
2246   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2247   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2248            (org-export-get-backend 'latex))
2249           (org-export--get-inbuffer-options
2250            (org-export-get-backend 'latex)))))
2251     (org-latex-guess-babel-language
2252      (org-latex-guess-inputenc
2253   (org-splice-latex-header
2254    org-format-latex-header
2255    org-latex-default-packages-alist
2256    nil t
2257    (plist-get info :latex-header)))
2258      info)))
2259
2260
2261 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2262 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2263 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2264                   (headline contents info) activate)
2265   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2266   (setq ad-return-value contents)
2267     ad-do-it))
2268
2269 ;; keep latex logfiles
2270
2271 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2272 )
2273
2274 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2275 (org-clock-persistence-insinuate)
2276 ;;
2277 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2278 (setq org-clock-history-length 23)
2279 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2280 (setq org-clock-in-resume t)
2281 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2282 ;; there are things like PHONE calls
2283 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2284 ;; Separate drawers for clocking and logs
2285 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2286 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2287 (setq org-clock-into-drawer t)
2288 (setq org-log-into-drawer t)
2289 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2290 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2291 ;; Clock out when moving task to a done state
2292 (setq org-clock-out-when-done t)
2293 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2294 (setq org-clock-persist t)
2295 ;; Do not prompt to resume an active clock
2296 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2297 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2298 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2299 ;; Include current clocking task in clock reports
2300 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2301
2302 ;; the cache seems to be broken
2303 (setq org-element-use-cache nil)
2304
2305 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2306
2307 (defun bh/is-task-p ()
2308   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2309   (save-restriction
2310     (widen)
2311     (let ((has-subtask)
2312           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2313           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2314       (save-excursion
2315         (forward-line 1)
2316         (while (and (not has-subtask)
2317                     (< (point) subtree-end)
2318                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2319           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2320             (setq has-subtask t))))
2321       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2322 (defun bh/is-project-p ()
2323   "Any task with a todo keyword subtask"
2324   (save-restriction
2325     (widen)
2326     (let ((has-subtask)
2327           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2328           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2329       (save-excursion
2330         (forward-line 1)
2331         (while (and (not has-subtask)
2332                     (< (point) subtree-end)
2333                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2334           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2335             (setq has-subtask t))))
2336       (and is-a-task has-subtask))))
2337
2338 (defun bh/is-subproject-p ()
2339   "Any task which is a subtask of another project"
2340   (let ((is-subproject)
2341         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2342     (save-excursion
2343       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2344         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2345           (setq is-subproject t))))
2346     (and is-a-task is-subproject)))
2347
2348
2349 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2350   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2351 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2352 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2353   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2354     (cond
2355      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2356        (bh/is-task-p))
2357   "NEXT")
2358      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2359        (bh/is-project-p))
2360   "TODO"))))
2361
2362 (defun bh/punch-in (arg)
2363   "Start continuous clocking and set the default task to the
2364 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2365 as the default task."
2366   (interactive "p")
2367   (setq bh/keep-clock-running t)
2368   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2369   ;;
2370   ;; We're in the agenda
2371   ;;
2372   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2373          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags))))
2374     (if (and (eq arg 4) tags)
2375         (org-agenda-clock-in '(16))
2376       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2377     ;;
2378     ;; We are not in the agenda
2379     ;;
2380     (save-restriction
2381   (widen)
2382   ; Find the tags on the current task
2383   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2384       (org-clock-in '(16))
2385     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2386
2387 (defun bh/punch-out ()
2388   (interactive)
2389   (setq bh/keep-clock-running nil)
2390   (when (org-clock-is-active)
2391     (org-clock-out))
2392   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2393
2394 (defun bh/clock-in-default-task ()
2395   (save-excursion
2396     (org-with-point-at org-clock-default-task
2397   (org-clock-in))))
2398
2399 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2400   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2401   (let ((parent-task))
2402     (save-excursion
2403   (save-restriction
2404     (widen)
2405     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2406       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2407         (setq parent-task (point))))
2408     (if parent-task
2409         (org-with-point-at parent-task
2410       (org-clock-in))
2411       (when bh/keep-clock-running
2412         (bh/clock-in-default-task)))))))
2413
2414 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2415
2416 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2417   (interactive)
2418   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2419     (org-clock-in '(16))))
2420
2421 (defun bh/clock-out-maybe ()
2422   (when (and bh/keep-clock-running
2423          (not org-clock-clocking-in)
2424          (marker-buffer org-clock-default-task)
2425          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2426     (bh/clock-in-parent-task)))
2427
2428 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2429
2430 (require 'org-id)
2431 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2432   "Clock in a task by id"
2433   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2434     (org-clock-in nil)))
2435
2436 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2437   "Clock in the interrupted task if there is one
2438 Skip the default task and get the next one.
2439 A prefix arg forces clock in of the default task."
2440   (interactive "p")
2441   (let ((clock-in-to-task
2442      (cond
2443       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2444       ((and (org-clock-is-active)
2445         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2446        (caddr org-clock-history))
2447       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2448       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2449       (t (car org-clock-history)))))
2450     (widen)
2451     (org-with-point-at clock-in-to-task
2452   (org-clock-in nil))))
2453
2454
2455 (defun org-export-to-ods ()
2456   (interactive)
2457   (let ((csv-file "data.csv"))
2458     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2459     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2460
2461 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2462 ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
2463 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2464 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2465
2466 ;; support inserting screen shots
2467 (defun my/org-insert-screenshot ()
2468   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2469 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2470   (interactive)
2471   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2472   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2473     (read-file-name
2474      "Screenshot to insert: "
2475      nil
2476      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2477      )
2478     )
2479   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2480   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2481   (org-display-inline-images))
2482
2483 (defun my/fix-inline-images ()
2484   (when org-inline-image-overlays
2485     (org-redisplay-inline-images)))
2486
2487 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2488
2489 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2490 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2491          '(xelateximagemagick
2492       :programs ("xelatex" "convert")
2493       :description "pdf > png"
2494       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2495       :use-xcolor t
2496       :image-input-type "pdf"
2497       :image-output-type "png"
2498       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2499       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2500       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2501          )
2502 ;; use xelatex by default
2503 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2504
2505 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2506 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2507   "Fix properties drawers in current buffer.
2508  Ignore non Org buffers."
2509   (interactive)
2510   (when (eq major-mode 'org-mode)
2511     (org-with-wide-buffer
2512      (goto-char (point-min))
2513      (let ((case-fold-search t)
2514        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2515                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2516                    "END[ \t]*$"))))
2517    (org-map-entries
2518     (lambda ()
2519       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2520         (save-excursion
2521       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2522         (forward-line)
2523         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2524         (when (and (< (point) end)
2525                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2526                (save-excursion
2527                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2528                   (eq (org-element-type
2529                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2530                   'drawer))))
2531           (insert (delete-and-extract-region
2532                (match-beginning 0)
2533                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2534           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2535
2536 #+END_SRC
2537 ** Org-Gcal
2538 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2539 (use-package calfw
2540   :ensure f
2541   )
2542 (use-package calfw-org
2543   :ensure f
2544   )
2545 (use-package org-gcal
2546   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2547   :ensure f
2548   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2549                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2550             )
2551   )
2552 #+END_SRC
2553 ** appt integration
2554 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2555 (use-package appt
2556   :straight nil
2557   :config
2558   ;; Show notification 10 minutes before event
2559   (setq appt-message-warning-time 10)
2560   ;; Disable multiple reminders
2561   (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2562   (setq appt-display-mode-line nil)
2563
2564   ;; add automatic reminders for appointments
2565   (defun my/org-agenda-to-appt ()
2566     (interactive)
2567     (setq appt-time-msg-list nil)
2568     (org-agenda-to-appt))
2569   ;; add reminders when starting emacs
2570   (my/org-agenda-to-appt)
2571   ;; when rebuilding the agenda
2572   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2573     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2574     (my/org-agenda-to-appt)
2575     )
2576   ;; when saving all org buffers
2577   (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2578     "Re-add appts after saving all org buffers"
2579     (my/org-agenda-to-appt))
2580   ;; Display appointments as a window manager notification
2581   (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2582   (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2583
2584   (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2585
2586   (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2587     (if (atom min-to-app)
2588     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2589   (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2590     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2591              (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2592     )
2593   )
2594
2595
2596 #+END_SRC
2597 ** End use-package
2598 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2599   )
2600 #+END_SRC
2601 * Keybindings
2602 ** Home/End Begining/End of line
2603 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2604   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2605   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2606 #+END_SRC
2607 ** Goto line
2608 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2609   ; (global-unset-key "\M-g")
2610   ; (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2611 #+END_SRC
2612 * Debian
2613 ** debian-changelog
2614 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2615 (use-package debian-changelog-mode
2616   :mode "debian/changelog"
2617   :ensure debian-el
2618   :config
2619   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2620   (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2621 #+END_SRC
2622 * Misc (uncharacterized)
2623 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2624   (setq calendar-latitude 38.6)
2625   (setq calendar-longitude -121.5)
2626   (setq case-fold-search t)
2627   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2628
2629 #+END_SRC
2630 ** Turn on fontlock
2631 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2632   (global-font-lock-mode 1)
2633 #+END_SRC
2634 ** PS Printing
2635 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2636   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2637   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2638   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2639   (setq ps-line-number-color "blue")
2640   (setq ps-print-footer t)
2641   (setq ps-print-footer-frame nil)
2642   (setq ps-print-only-one-header t)
2643 #+END_SRC
2644 ** Only single spacing on sentences
2645 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2646   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
2647   ]*")
2648   (setq sentence-end-double-space nil)
2649   ; enable matching parenthesis
2650 #+END_SRC
2651 ** Display paren mode
2652 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2653   (show-paren-mode 1)
2654   (setq show-paren-delay 0.2)
2655
2656 #+END_SRC
2657 ** My Username
2658 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2659   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2660
2661 #+END_SRC
2662 ** Use primary selection on unix machines
2663 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2664 ;; switch back to the old primary selection method
2665 (if (or (string-equal system-type "darwin")
2666         (string-equal system-type "windows")
2667         )
2668     (progn
2669       (setq select-enable-clipboard t)
2670       (setq select-enable-primary nil)
2671       )
2672   (progn
2673     (setq select-enable-clipboard nil)
2674     (setq select-enable-primary t)
2675     ))
2676 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2677
2678 (setq-default c-indent-level 4)
2679 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2680 (setq-default c-brace-offset -4)
2681 (setq-default c-argdecl-indent 4)
2682 (setq-default c-label-offset -4)
2683 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2684 ; tabs are annoying
2685 (setq-default indent-tabs-mode nil)
2686 (setq-default tab-width 4)
2687
2688 (defun insert-date ()
2689   "Insert date at point."
2690   (interactive)
2691   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2692 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2693
2694 (defun unfill-paragraph (arg)
2695   "Pull this whole paragraph up onto one line."
2696   (interactive "*p")
2697   (let ((fill-column 10000))
2698     (fill-paragraph arg))
2699   )
2700
2701 (column-number-mode t)
2702
2703 #+END_SRC
2704 ** Desktop-save-mode
2705 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2706 emacs, and use a different desktop file to restore history
2707 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2708 (use-package desktop
2709   :demand
2710   :config
2711   (setq desktop-base-file-name
2712         (convert-standard-filename
2713          (concat ".emacs"
2714                  (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2715                      "")
2716                  ".desktop")
2717          ))
2718   (setq desktop-base-lock-name
2719         (convert-standard-filename
2720          (concat desktop-base-file-name
2721                  ".lock")))
2722   (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2723   (setq desktop-restore-eager 5)
2724   (setq desktop-lazy-verbose nil)
2725   (desktop-save-mode 1)
2726   ; (desktop-read)
2727 )
2728 #+END_SRC
2729 ** Misc (Uncharacterized)
2730 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2731
2732 (put 'upcase-region 'disabled nil)
2733 (put 'downcase-region 'disabled nil)
2734 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2735
2736 ; fix up tmux xterm keys
2737 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2738 (defun fix-up-tmux-keys ()
2739     "Fix up tmux xterm keys"
2740     (if (getenv "TMUX")
2741         (progn
2742           (let ((x 2) (tkey ""))
2743             (while (<= x 8)
2744               ;; shift
2745               (if (= x 2)
2746                   (setq tkey "S-"))
2747               ;; alt
2748               (if (= x 3)
2749                   (setq tkey "M-"))
2750               ;; alt + shift
2751               (if (= x 4)
2752                   (setq tkey "M-S-"))
2753               ;; ctrl
2754               (if (= x 5)
2755                   (setq tkey "C-"))
2756               ;; ctrl + shift
2757               (if (= x 6)
2758                   (setq tkey "C-S-"))
2759               ;; ctrl + alt
2760               (if (= x 7)
2761                   (setq tkey "C-M-"))
2762               ;; ctrl + alt + shift
2763               (if (= x 8)
2764                   (setq tkey "C-M-S-"))
2765
2766               ;; arrows
2767               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2768               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2769               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2770               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2771               ;; home
2772               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2773               ;; end
2774               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2775               ;; page up
2776               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2777               ;; page down
2778               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2779               ;; insert
2780               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2781               ;; delete
2782               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2783               ;; f1
2784               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2785               ;; f2
2786               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2787               ;; f3
2788               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2789               ;; f4
2790               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2791               ;; f5
2792               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2793               ;; f6
2794               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2795               ;; f7
2796               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2797               ;; f8
2798               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2799               ;; f9
2800               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2801               ;; f10
2802               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2803               ;; f11
2804               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2805               ;; f12
2806               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2807               ;; f13
2808               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2809               ;; f14
2810               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2811               ;; f15
2812               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2813               ;; f16
2814               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2815               ;; f17
2816               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2817               ;; f18
2818               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2819               ;; f19
2820               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2821               ;; f20
2822               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2823
2824               (setq x (+ x 1))
2825               ))
2826           )
2827       )
2828     )
2829 ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2830
2831 (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2832   "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2833   (if (or (buffer-modified-p)
2834           (verify-visited-file-modtime)
2835           (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2836           (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2837       ad-do-it
2838     (clear-visited-file-modtime)
2839     (not-modified)))
2840 (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2841 #+END_SRC
2842
2843 * Start Server
2844 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2845   (use-package server
2846     :config
2847     (setq server-name
2848           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2849               "server"))
2850     (unless (server-running-p)
2851       ; (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2852       (server-start)))
2853 #+END_SRC
2854
2855 * END
2856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2857 (provide 'don-configuration)
2858 #+END_SRC