emacs_el/configuration/don-configuration.org

   1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
   2 * Load debugger
   3
   4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
   5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
   6
   7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
   8 (setq debug-on-event 'siguser2)
   9 #+END_SRC
  10 * Initial startup stuff
  11 ** Disable startup screen
  12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  13   (setq inhibit-startup-screen t)
  14 #+END_SRC
  15 ** Disable cluter
  16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
  18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
  19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
  20 #+END_SRC
  21 ** Fullscreen
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  23   (setq frame-resize-pixelwise t)
  24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
  25 #+END_SRC
  26 * Package management
  27 ** package repositories and package manager
  28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
  29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  31   (eval-and-compile
  32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
  33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
  34     ;; list of available certificates
  35     (require 'gnutls)
  36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
  37     (setq package-enable-at-startup nil)
  38     (setq package--init-file-ensured t)
  39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
  40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
  41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
  42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
  43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
  44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
  45     (eval-when-compile
  46       (package-initialize)
  47       (unless (package-installed-p 'use-package)
  48         (package-refresh-contents)
  49         (package-install 'use-package))
  50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
  51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
  52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
  53         (nreverse (apply #'nconc
  54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
  55                  (mapcar #'(lambda (path)
  56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
  57                          (list path)
  58                        nil))
  59                      load-path))))))
  60
  61   ;;; fix up info paths for packages
  62   (with-eval-after-load "info"
  63     (info-initialize)
  64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
  65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
  66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
  67                     (not (file-directory-p fdir))
  68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
  69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
  70
  71
  72   (eval-when-compile
  73     (require 'use-package))
  74   (require 'diminish)
  75   (require 'bind-key)
  76 #+END_SRC
  77 ** Paradox
  78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  79   (use-package paradox
  80     :ensure paradox
  81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
  82     :config (setq paradox-execute-asynchronously t)
  83     )
  84 #+END_SRC
  85 * Add library paths
  86
  87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  88   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  89   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
  90 #+END_SRC
  91 * Disable custom-vars
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
  94   (setq custom-file "/dev/null")
  95 #+END_SRC
  96 * Misc functions
  97 ** with-library
  98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  99 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
 100 ;; execute conditional code when loading libraries
 101 (defmacro with-library (symbol &rest body)
 102   `(when (require ,symbol nil t)
 103      ,@body))
 104 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
 105 #+END_SRC
 106
 107 * Variables
 108 ** Safe Local Variables
 109 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 110 (setq safe-local-variable-values
 111       (quote ((auto-save-default)
 112               (make-backup-files)
 113               (cperl-indent-level . 4)
 114               (indent-level . 4)
 115               (indent-tabs-mode . f)
 116               (vcl-indent-level . 4)
 117               )))
 118 #+END_SRC
 119 * Memory
 120 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 121   (setq global-mark-ring-max 128
 122         mark-ring-max 128
 123         kill-ring-max 128)
 124
 125   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
 126     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
 127
 128   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
 129     (setq gc-cons-threshold 1048576))
 130
 131   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
 132   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
 133 #+END_SRC
 134 * Modules
 135 ** Spacemacs theme
 136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 137 (use-package spacemacs-theme
 138   :ensure t
 139   :init
 140   (load-theme 'spacemacs-dark)
 141   )
 142 #+END_SRC
 143 ** Hippie Expand
 144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 145   (use-package hippie-exp
 146     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
 147     )
 148 #+END_SRC
 149 ** Flyspell 🐝
 150 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 151   (use-package flyspell
 152     :ensure t
 153     :diminish flyspell-mode 🐝
 154     :config
 155     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 156     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 157     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 158     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 159     :init
 160     (setq ispell-program-name "ispell")
 161     )
 162
 163 #+END_SRC
 164 ** Flymake
 165 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
 166   (use-package flymake
 167     :diminish "Φ")
 168 #+end_src
 169
 170 ** Winnermode
 171 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 172   (winner-mode 1)
 173 #+END_SRC
 174 ** Eyebrowse
 175
 176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 177   (use-package eyebrowse
 178     :ensure t
 179     :diminish eyebrowse-mode
 180     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
 181     :config (progn
 182               (setq eyebrowse-wrap-around t)
 183               (eyebrowse-mode t)
 184
 185               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
 186                 (interactive)
 187                 (let ((done nil))
 188                   (dotimes (i 10)
 189                     ;; start at 1 run till 0
 190                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
 191                       (when (and (not done)
 192                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
 193                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
 194                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
 195                         (setq done t)
 196                         ))
 197                     )))
 198
 199               ;; I don't use latex-preview-pane
 200               ;; (require 'latex-preview-pane)
 201               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
 202               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
 203               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
 204               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
 205               ;;   ;; edit the TeX file.
 206               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
 207               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
 208
 209               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
 210               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
 211
 212               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
 213               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
 214               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
 215               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
 216               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
 217               )
 218     )
 219 #+END_SRC
 220
 221 ** Window handling
 222
 223 *** Splitting
 224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 225   (defun my/vsplit-last-buffer ()
 226     "Split the window vertically and display the previous buffer."
 227     (interactive)
 228     (split-window-vertically)
 229     (other-window 1 nil)
 230     (switch-to-next-buffer))
 231
 232   (defun my/hsplit-last-buffer ()
 233     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
 234     (interactive)
 235     (split-window-horizontally)
 236     (other-window 1 nil)
 237     (switch-to-next-buffer))
 238
 239   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
 240   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
 241
 242   (setq split-width-threshold  100)
 243   (setq split-height-threshold 60)
 244
 245   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
 246     "If there's only one window (excluding any possibly active
 247            minibuffer), then split the current window horizontally."
 248     (if (and (one-window-p t)
 249              (not (active-minibuffer-window))
 250              ( < (frame-width) (frame-height))
 251              )
 252         (let ((split-width-threshold nil))
 253           (split-window-sensibly window))
 254       (split-window-sensibly window)))
 255
 256   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
 257   (setq window-combination-resize t)
 258 #+END_SRC
 259
 260 *** Compilation window
 261
 262 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
 263 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
 264 the former case, if there was no error the window closes
 265 automatically.
 266
 267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 268   (add-to-list 'display-buffer-alist
 269                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
 270                  (display-buffer-reuse-window
 271                   display-buffer-in-side-window)
 272                  (reusable-frames . visible)
 273                  (side            . bottom)
 274                  (window-height   . 0.4)))
 275 #+END_SRC
 276
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 278   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
 279     ;; If M-x compile exists with a 0
 280     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
 281       ;; and delete the *compilation* window
 282       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
 283         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
 284                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
 285                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
 286           (delete-window compilation-window))))
 287     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
 288     (cons msg code))
 289
 290   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
 291   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
 292 #+END_SRC
 293
 294 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
 295 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
 296 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
 297 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
 298 value, scrolling continues until there is no more output.
 299
 300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 301   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
 302 #+END_SRC
 303
 304 ** Mode line cleaning
 305 *** Diminish
 306 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 307   (use-package diminish
 308     :ensure t)
 309 #+END_SRC
 310
 311 *** Delight
 312 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 313   (use-package delight
 314     :ensure t)
 315 #+END_SRC
 316
 317 ** Jumping
 318 *** Avy
 319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 320   (use-package avy
 321     :if (>= emacs-major-version 25)
 322     :ensure t
 323     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
 324            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
 325            ("M-g g" . avy-goto-line))
 326     :config (progn (setq avy-background t))
 327     )
 328 #+END_SRC
 329 *** Ace-link (jumping to links)
 330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 331   (use-package ace-link
 332     :ensure t
 333     ; bind o in most modes
 334     :config (ace-link-setup-default))
 335 #+END_SRC
 336 *** Jumping through edit points (goto-chg)
 337 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 338   (use-package goto-chg
 339     :ensure t
 340     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
 341            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
 342     )
 343 #+END_SRC
 344 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
 345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 346   (use-package bm
 347     :ensure t
 348     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
 349            ("C-c j b ," . bm-previous)
 350            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
 351 #+END_SRC
 352
 353 ** Snippets
 354 *** Yasnippet
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 356   (use-package yasnippet
 357     :ensure t
 358     :diminish yas-minor-mode
 359     :config (progn
 360               (yas-global-mode)
 361               (setq yas-verbosity 1)
 362               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
 363               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
 364               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
 365               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
 366                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
 367               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
 368                                'yas-hippie-try-expand)
 369               (yas-reload-all)
 370               )
 371     )
 372 #+END_SRC
 373 *** Auto-YASnippet
 374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 375   (use-package auto-yasnippet
 376     :ensure t
 377     :bind (("H-w" . aya-create)
 378            ("H-y" . aya-expand)
 379            )
 380     )
 381 #+END_SRC
 382 ** Company
 383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 384 (use-package company
 385   :ensure t
 386   :bind (("M-/" . company-complete))
 387   :config
 388   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
 389         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
 390         company-selection-wrap-around t
 391         company-require-match nil
 392         company-dabbrev-ignore-case t
 393         company-dabbrev-ignore-invisible t
 394         company-dabbrev-other-buffers t
 395         company-dabbrev-downcase nil
 396         company-dabbrev-code-everywhere t
 397         company-tooltip-align-annotations t
 398         company-minimum-prefix-length 1
 399         company-global-modes '(not)
 400         company-lighter-base "(C)")
 401   (global-company-mode 1)
 402   :bind (:map company-active-map
 403               ("C-n" . company-select-next)
 404               ("C-p" . company-select-previous)
 405               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
 406               ("M-." . company-show-location)
 407               )
 408   )
 409 #+END_SRC
 410 *** C/C++
 411 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 412   (use-package company-c-headers
 413     :ensure t
 414     :config (progn
 415               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
 416                 "Return the system include path for the current buffer."
 417                 (when ede-object
 418                   (ede-system-include-path ede-object)))
 419
 420               (setq company-c-headers-path-system
 421                     #'malb/ede-object-system-include-path)
 422
 423               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
 424 #+END_SRC
 425 *** Python
 426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 427 (use-package company-anaconda
 428   :ensure t
 429   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
 430 #+END_SRC
 431 *** Perl
 432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 433   (use-package company-plsense
 434     :ensure t
 435     )
 436 #+END_SRC
 437 *** LaTeX
 438 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 439   (use-package company-math
 440     :ensure t)
 441 #+END_SRC
 442 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 443   (use-package company-auctex
 444     :ensure t
 445     :config (progn
 446               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
 447                 "company-auctex-labels backend"
 448                 (interactive (list 'interactive))
 449                 (case command
 450                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
 451                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
 452                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
 453
 454               (add-to-list 'company-backends
 455                            '(company-auctex-macros
 456                              company-auctex-environments
 457                              company-math-symbols-unicode
 458                              company-math-symbols-latex))
 459
 460               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
 461               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
 462               )
 463     )
 464 #+END_SRC
 465 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 466   (use-package company-bibtex
 467     :ensure t
 468     )
 469 #+END_SRC
 470 *** Shell
 471
 472  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 473    (use-package company-shell
 474      :ensure t
 475      :config (progn
 476                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
 477                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
 478  #+END_SRC
 479
 480 *** YaSnippet
 481
 482  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
 483
 484  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
 485
 486  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 487    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
 488      "Enable yasnippet for all backends.")
 489
 490    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
 491      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
 492              (and (listp backend)
 493                   (member 'company-yasnippet backend)))
 494          backend
 495        (append (if (consp backend) backend (list backend))
 496                '(:with company-yasnippet))))
 497
 498    (setq company-backends
 499          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
 500  #+END_SRC
 501
 502 *** All the words
 503
 504  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
 505
 506  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 507    (defun malb/toggle-company-ispell ()
 508      (interactive)
 509      (cond
 510       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
 511        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
 512        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
 513        (message "company-ispell disabled"))
 514       (t
 515        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 516        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 517        (message "company-ispell enabled!"))))
 518
 519    (defun malb/company-ispell-setup ()
 520      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
 521      (when (boundp 'company-backends)
 522        (make-local-variable 'company-backends)
 523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
 524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
 525        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
 526        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
 527                 ispell-alternate-dictionary)
 528            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
 529  #+END_SRC
 530
 531 *** Tab DWIM
 532
 533  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
 534
 535  2. This function then hopefully does what I want:
 536
 537     a. if a region is active, just indent
 538     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
 539     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
 540     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
 541
 542  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
 543
 544 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 545   (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
 546     (interactive "P")
 547     (cond
 548      ;; if a region is active, indent
 549      ((use-region-p)
 550       (indent-region (region-beginning)
 551                      (region-end)))
 552      ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
 553      ((and (not (active-minibuffer-window))
 554            (or (looking-at " ")
 555                (looking-at "$"))
 556            (looking-back "[^[:space:]]")
 557            (not (looking-back "^")))
 558
 559       (cond (company-mode (company-complete-common))
 560             (auto-complete-mode (auto-complete))))
 561
 562      ;; no whitespace anywhere
 563      ((and (not (active-minibuffer-window))
 564            (looking-at "[^[:space:]]")
 565            (looking-back "[^[:space:]]")
 566            (not (looking-back "^")))
 567       (cond
 568        ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 569         (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
 570        ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 571         (save-excursion (outline-cycle)))))
 572
 573      ;; by default just call whatever was bound
 574      (t
 575       (let ((fn (or (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB"))
 576                     'indent-for-tab-command)))
 577         (if (not (called-interactively-p 'any))
 578             (fn arg)
 579           (setq this-command fn)
 580           (call-interactively fn))))))
 581
 582   (defun malb/toggle-fold ()
 583     (interactive)
 584     (cond ((eq major-mode 'org-mode)
 585            (org-force-cycle-archived))
 586           ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
 587            (save-excursion
 588              (end-of-line)
 589              (hs-toggle-hiding)))
 590
 591           ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
 592            (save-excursion
 593              (outline-cycle)))))
 594
 595   (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
 596   (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
 597 #+END_SRC
 598 ** Tinyprocmail
 599
 600 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 601   ;; load tinyprocmail
 602   (use-package tinyprocmail
 603     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
 604     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
 605     )
 606 #+END_SRC
 607
 608 ** Magit
 609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
 610   (use-package magit
 611     :ensure t
 612     :bind (("C-x g" . magit-status)
 613            ("C-x C-g" . magit-status))
 614     :config
 615     ;; refine diffs always (hilight words)
 616     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
 617     )
 618   (use-package magit-annex
 619     :ensure t
 620     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
 621     )
 622   (use-package magit-vcsh
 623     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
 624     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-vcsh/"
 625     )
 626 #+END_SRC
 627
 628 ** Perl
 629 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 630   (use-package cperl-mode
 631     :config
 632     (progn
 633       ;; Use c-mode for perl .xs files
 634       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 635       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 636       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 637       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 638       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 639       (setq cperl-hairy t
 640             cperl-indent-level 4
 641             cperl-auto-newline nil
 642             cperl-auto-newline-after-colon nil
 643             cperl-continued-statement-offset 4
 644             cperl-brace-offset -1
 645             cperl-continued-brace-offset 0
 646             cperl-label-offset -4
 647             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 648             cperl-electric-lbrace-space nil
 649             cperl-indent-parens-as-block nil
 650             cperl-close-paren-offset -1
 651             cperl-tab-always-indent t)
 652       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 653   ))
 654 #+END_SRC
 655
 656 ** Markdown mode
 657 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 658   (use-package markdown-mode
 659     :ensure t
 660     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
 661            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
 662            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
 663            )
 664     :config
 665     (setq markdown-enable-math t)
 666     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
 667     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
 668     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
 669     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
 670     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
 671   )
 672
 673 #+END_SRC
 674 ** SQL mode
 675 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 676   ; load sql-indent when sql is loaded
 677 (use-package sql
 678   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
 679   :config
 680   (require sql-indent))
 681 #+END_SRC
 682 ** Ediff
 683 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 684   (use-package ediff
 685     :commands ediff ediff3
 686     :ensure f
 687     :config
 688     ;; ediff configuration
 689     ;; don't use the multi-window configuration
 690     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 691   )
 692 #+END_SRC
 693 ** Do the Right Thing Indenting
 694 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
 695 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 696 (use-package dtrt-indent
 697   :ensure t
 698 )
 699 #+END_SRC
 700 ** VCL --editing varnish configuration files
 701 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 702   (use-package vcl-mode
 703     :ensure t
 704     :mode "\\.vcl\\'"
 705     )
 706
 707 #+END_SRC
 708 ** Helm
 709 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 710   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
 711     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
 712     (interactive)
 713     (unless helm-source-buffers-list
 714       (setq helm-source-buffers-list
 715             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
 716     (helm-other-buffer
 717      (append
 718
 719      (if (projectile-project-p)
 720           '(helm-source-projectile-buffers-list
 721             helm-source-buffers-list)
 722         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
 723
 724       `(((name . "Virtual Workspace")
 725          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
 726                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
 727          (action . (lambda (candidate)
 728                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
 729
 730       (if (projectile-project-p)
 731           '(helm-source-projectile-recentf-list
 732             helm-source-recentf)
 733         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
 734
 735       ;; always make some common files easily accessible
 736       ;;'(((name . "Common Files")
 737        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
 738         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
 739
 740       '(helm-source-files-in-current-dir
 741         helm-source-locate
 742         helm-source-bookmarks
 743         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
 744         ))
 745      "*Helm all the things*"))
 746   (use-package helm
 747     :ensure helm
 748     :diminish helm-mode
 749     :bind (("M-x" . helm-M-x)
 750            ("C-x C-f" . helm-find-files)
 751            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 752            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
 753            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
 754     :config
 755     (require 'helm-config)
 756     (require 'helm-for-files)
 757     (require 'helm-bookmark)
 758
 759     (helm-mode 1)
 760     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
 761     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
 762     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
 763     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
 764     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
 765       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
 766       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
 767     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
 768   )
 769 #+END_SRC
 770 *** Helm Flx
 771
 772  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
 773
 774  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 775  (use-package helm-flx
 776    :ensure t
 777    :config (progn
 778              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
 779              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
 780                    helm-bookmark-show-location           t
 781                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
 782                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
 783                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
 784                    helm-imenu-fuzzy-match                t
 785                    helm-mode-fuzzy-match                 t
 786                    helm-locate-fuzzy-match               nil
 787                    helm-quick-update                     t
 788                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
 789                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
 790              (helm-flx-mode +1)))
 791  #+END_SRC
 792 *** Helm Swoop
 793 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 794
 795   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
 796   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
 797     (thing-at-point 'symbol))
 798     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
 799     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
 800           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
 801           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
 802           ein:notebook-multilang-mode))
 803
 804     (defun malb/swoop-or-search ()
 805       (interactive)
 806       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
 807               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
 808           (isearch-forward)
 809         (helm-swoop)))
 810
 811     (use-package helm-swoop
 812       :ensure t
 813       :commands helm-swoop
 814       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
 815              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
 816              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
 817       :config (progn
 818
 819                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
 820                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
 821                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
 822                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
 823                       helm-swoop-speed-or-color t)
 824
 825                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
 826                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
 827                   (interactive)
 828                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
 829                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
 830                           (previous-history-element 1)
 831                         (helm-next-line))
 832                     (helm-next-line)))
 833
 834                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
 835                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
 836                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
 837                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
 838                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
 839                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
 840       )
 841
 842 #+END_SRC
 843 *** Helm Ag
 844 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 845 (use-package helm-ag
 846   :ensure t
 847   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
 848                 helm-ag-command-option "--all-text"
 849                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
 850                 helm-ag-fuzzy-match t
 851                 helm-ag-use-temp-buffer t
 852                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
 853                 helm-ag-use-agignore t))
 854 #+END_SRC
 855 *** Helm Descbinds
 856 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 857   (use-package helm-descbinds
 858     :ensure t
 859     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
 860     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
 861 #+END_SRC
 862
 863 *** Helm YaSnippet
 864 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 865   (use-package helm-c-yasnippet
 866     :ensure t
 867     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
 868     :config (progn
 869               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
 870 #+END_SRC
 871 *** Helm Org Rifle
 872 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 873   (use-package helm-org-rifle
 874     :ensure t
 875     :config (progn
 876               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
 877                 (interactive "p")
 878                 (let ((current-prefix-arg nil))
 879                   (cond
 880                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
 881                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
 882                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
 883 #+END_SRC
 884 *** Helm Google
 885 This can be used to link things pretty quickly if necessary
 886 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 887   (use-package helm-google
 888     :ensure t
 889     :bind ("C-c h g" . helm-google)
 890     :config
 891     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
 892                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
 893                                          (let ((url
 894                                                 (replace-regexp-in-string
 895                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 896                                                  "\\1" candidate)))
 897                                            (kill-new url))))
 898                         t
 899                         )
 900
 901            (add-to-list 'helm-google-actions
 902                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
 903                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
 904                                                      (url
 905                                                       (replace-regexp-in-string
 906                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
 907                                                        "\\1" candidate)))
 908                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
 909                         t)
 910            ))
 911 #+END_SRC
 912
 913 ** Projectile -- Project management
 914 #+begin_src emacs-lisp
 915   (use-package projectile
 916     :ensure t
 917     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
 918            ("<f6>" . next-error))
 919     :config (progn
 920               (use-package magit :ensure t)
 921               (require 'helm-projectile)
 922               (helm-projectile-on)
 923
 924               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
 925                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
 926                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
 927
 928               (projectile-global-mode)))
 929 #+end_src
 930
 931 *** helm integration
 932 #+begin_src emacs-lisp
 933   (use-package helm-projectile
 934     :ensure t
 935     :config (progn
 936               (defvar malb/helm-source-file-not-found
 937                 (helm-build-dummy-source
 938                     "Create file"
 939                   :action 'find-file))
 940
 941               (add-to-list
 942                'helm-projectile-sources-list
 943                malb/helm-source-file-not-found t)
 944
 945               (helm-delete-action-from-source
 946                "Grep in projects `C-s'"
 947                helm-source-projectile-projects)
 948
 949               (helm-add-action-to-source
 950                "Grep in projects `C-s'"
 951                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
 952 #+end_src
 953 ** Zap to char
 954 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 955   (use-package avy-zap
 956     :ensure t
 957     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
 958 #+END_SRC
 959 ** Hydra
 960 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 961   (use-package hydra
 962     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
 963            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
 964            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
 965            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
 966            )
 967     :config
 968     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
 969     "
 970   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
 971   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh
 972   _p_: read papers      _R_: paper notes
 973   _h_: hpcbio
 974   _q_: quit
 975   _z_: quit
 976   "
 977     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
 978     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
 979     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
 980     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
 981     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
 982     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
 983     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
 984     ("r" (find-file "~/projects/org-notes/refile.org"))
 985     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
 986     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
 987     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
 988     ("q" nil "quit")
 989     ("z" nil "quit")
 990     )
 991
 992     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
 993     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
 994     "
 995   ^Hide^             ^Show^           ^Move
 996   ^^^^^^------------------------------------------------------
 997   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
 998   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
 999   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1000   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1001   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1002   _d_: subtree
1003
1004   "
1005     ;; Hide
1006     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1007     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1008     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1009     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1010     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1011     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1012     ;; Show
1013     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1014     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1015     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1016     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1017     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1018     ;; Move
1019     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1020     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1021     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1022     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1023     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1024     ("z" nil "leave"))
1025   )
1026 #+END_SRC
1027
1028 ** Tramp
1029 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1030   (use-package tramp
1031     :config
1032     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1033                                   (tramp-login-program "vcsh")
1034                                   (tramp-login-args
1035                                    (("enter")
1036                                     ("%h")))
1037                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1038                                   (tramp-remote-shell-args
1039                                    ("-c")))))
1040 #+END_SRC
1041 ** Reftex
1042 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1043   (use-package reftex
1044     :ensure t
1045     :config
1046     (setq-default reftex-default-bibliography
1047                     '("~/projects/research/references.bib")))
1048 #+END_SRC
1049 ** BibTex
1050 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1051   (use-package bibtex
1052     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1053                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1054                           ("abstract" "")
1055                   ("pmid" "")
1056                   ("doi" ""))))
1057     )
1058
1059 #+END_SRC
1060 ** LaTeX
1061 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1062   (use-package tex
1063     :defer t
1064     :ensure auctex
1065     :config
1066     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1067     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1068     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1069     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1070     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1071     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1072     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1073     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1074     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1075     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1076     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1077
1078     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1079     ;; support fake section headers
1080     (setq TeX-outline-extra
1081           '(("%chapter" 1)
1082             ("%section" 2)
1083             ("%subsection" 3)
1084             ("%subsubsection" 4)
1085             ("%paragraph" 5)))
1086     ;; add font locking to the headers
1087     (font-lock-add-keywords
1088      'latex-mode
1089      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1090         0 'font-lock-keyword-face t)
1091        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1092        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1093        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1094        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1095        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1096
1097     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1098     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1099     (setq TeX-open-quote "“")
1100     (setq TeX-close-quote "”")
1101
1102     ;; (TeX-add-style-hook
1103     ;;  "latex"
1104     ;;  (lambda ()
1105     ;;    (TeX-add-symbols
1106     ;;     '("DLA" 1))))
1107     ;; (custom-set-variables
1108     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
1109     ;;    '(("fixme"
1110     ;;       ("DLA" "RZ")
1111     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1112     ;; )
1113     (setq-default TeX-parse-self t)
1114     (setq-default TeX-auto-save t)
1115     (setq-default TeX-master nil)
1116     (eval-after-load
1117         "latex"
1118       '(TeX-add-style-hook
1119         "cleveref"
1120         (lambda ()
1121           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1122               (add-to-list
1123                'reftex-ref-style-alist
1124                '("Cleveref" "cleveref"
1125                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1126           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1127           (TeX-add-symbols
1128            '("cref" TeX-arg-ref)
1129            '("Cref" TeX-arg-ref)
1130            '("cpageref" TeX-arg-ref)
1131            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1132     (eval-after-load
1133         "latex"
1134       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1135                     '("Sexpr")))
1136
1137     (use-package font-latex
1138       :config
1139       (setq font-latex-match-reference-keywords
1140             '(
1141               ("fref" "{")
1142               ("Fref" "{")
1143               ("citep" "{")
1144               ("citet" "{")
1145               ("acs" "{")
1146               ("acsp" "{")
1147               ("ac" "{")
1148               ("acp" "{")
1149               ("acl" "{")
1150               ("aclp" "{")
1151               ("acsu" "{")
1152               ("aclu" "{")
1153               ("acused" "{")
1154               ("DLA" "{")
1155               ("RZ" "{")
1156               ("OM" "{")
1157               ("DL" "{")
1158               ("fixme" "{"))
1159             )
1160       )
1161     (setq font-latex-fontify-script nil)
1162     (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1163     (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1164   )
1165
1166 #+END_SRC
1167 ** ESS
1168 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1169   (use-package ess
1170     :ensure t
1171     :commands R
1172     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1173     :bind (:map ess-mode-map
1174                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1175     :init
1176     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1177     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1178     :config
1179     ; actually load the rest of ess
1180     (require 'ess-site)
1181     (defun ess-change-directory (path)
1182       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1183       (interactive "Directory to change to: ")
1184
1185       (when (file-exists-p path)
1186         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1187         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1188         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1189     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1190     ;; outlining support for ess modes
1191     (add-hook
1192      'ess-mode-hook
1193      '(lambda ()
1194         (outline-minor-mode)
1195         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1196         (defun outline-level ()
1197           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1198                 ((looking-at "^#### ") 2)
1199                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1200                 (t 1000)))
1201         ))
1202     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1203       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1204       (interactive "r")
1205       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***"))
1206       kill-buffer "***essregionremoteeval***")
1207     ;; Don't restore history or save workspace image
1208     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1209     )
1210 #+END_SRC
1211
1212 ** Rainbowmode
1213 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1214
1215 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1216   (use-package rainbow-mode
1217     ;; add ess to the x major mode
1218     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1219     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1220   )
1221 #+END_SRC
1222
1223 ** Polymode
1224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1225 (use-package poly-R
1226   :ensure t
1227   :after polymode
1228   )
1229 (use-package poly-noweb
1230   :ensure t
1231   :after polymode
1232
1233   )
1234 (use-package poly-markdown
1235   :ensure t
1236   :after polymode
1237   )
1238 (use-package polymode
1239   :ensure t
1240   :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1241   :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1242   :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1243   )
1244
1245 #+END_SRC
1246
1247 ** Outlining
1248 *** Outline magic
1249 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1250   (use-package outline-magic)
1251 #+END_SRC
1252 *** Outline mode
1253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1254 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1255 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1256 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1257 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1258 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1259
1260 #+END_SRC
1261 ** Writeroom Mode
1262 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1263   (use-package writeroom-mode
1264     :config
1265     (defun my/writing-mode ()
1266       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1267       (interactive)
1268       (if writeroom-mode
1269           (progn
1270             (writeroom-mode -1)
1271             (visual-line-mode -1)
1272             (auto-fill-mode -1)
1273             (visual-fill-column-mode -1)
1274             )
1275         (visual-line-mode 1)
1276         (auto-fill-mode 1)
1277         (visual-fill-column-mode 1)
1278         (writeroom-mode 1))
1279       )
1280     )
1281 #+END_SRC
1282 ** GhostText/Atomic Chrome
1283 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1284   (use-package atomic-chrome
1285     :config
1286     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1287     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1288     )
1289 #+END_SRC
1290 ** Multiple Cursors
1291    :PROPERTIES:
1292    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1293    :END:
1294 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1295 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1296   (use-package multiple-cursors
1297     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1298             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1299             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1300             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1301     )
1302 #+END_SRC
1303 ** Web Mode
1304 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1305   (use-package web-mode
1306     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1307     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1308     :config
1309     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1310     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1311     (setq web-mode-engines-alist
1312           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1313     )
1314 #+END_SRC
1315 ** Spamassassin Mode
1316 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1317   (use-package spamassassin-mode
1318     :commands spamassassin-mode
1319     :ensure f
1320     )
1321 #+END_SRC
1322 ** Password Store
1323 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1324   (use-package password-store
1325     :ensure f
1326     :commands password-store-edit password-store-generate
1327     )
1328 #+END_SRC
1329 ** CSS mode
1330 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1331   (use-package css
1332     :mode "\\.css'"
1333     :config
1334     ;; fix up css mode to not be silly
1335     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1336     (setq cssm-indent-level 4)
1337     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1338     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1339     (setq cssm-mirror-mode nil))
1340 #+END_SRC
1341 ** Abbrev Mode
1342 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1343   (use-package abbrev
1344     :diminish abbrev-mode
1345     :config
1346     ;; load abbreviations from
1347     (setq abbrev-file-name
1348           "~/.emacs_abbrev_def")
1349
1350     ;; read the abbrev file if it exists
1351     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1352         (quietly-read-abbrev-file))
1353
1354     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1355     (setq default-abbrev-mode t))
1356 #+END_SRC
1357
1358 ** Go language
1359 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1360 (use-package go-mode
1361              :diminish "go"
1362              :mode "\\.go"
1363              )
1364 #+END_SRC
1365
1366 * Email
1367 ** Mutt
1368 *** Message-mode
1369 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1370   (use-package message
1371     :ensure f
1372     :diminish (message "✉")
1373     :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1374     :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1375     :hook 'my/message-mode-settings
1376     :hook 'turn-on-flyspell
1377     :bind (:map message-mode-map
1378         ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1379     :delight (message-mode "✉")
1380     :config
1381     (defun my/message-mode-settings ()
1382       (font-lock-add-keywords nil
1383                   '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1384                  (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1385                 ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1386                  (0 'message-double-quoted-text-face))))
1387       )
1388
1389     (defun my/post-attach-file ()
1390       "Prompt for an attachment."
1391       (interactive)
1392       (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1393         (my/header-attach-file file "")))
1394
1395     (defun my/header-attach-file (file description)
1396       "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1397     Argument DESCRIPTION MIME description."
1398       (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1399       (when (> (length file) 0)
1400     (save-excursion
1401       (save-match-data
1402         (save-restriction
1403           (widen)
1404           (goto-char (point-min))
1405           (search-forward-regexp "^$")
1406           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1407                   description "\n"))
1408           (message (concat "Attached '" file "'."))
1409           (setq post-has-attachment t))))))
1410
1411     (setq mail-yank-prefix "> ")
1412   )
1413 #+END_SRC
1414 *** Muttrc mode
1415 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1416   (use-package muttrc-mode
1417     :mode "muttngrc"
1418     :mode "muttrc"
1419   )
1420
1421 #+END_SRC
1422 * Base emacs
1423 ** Reverting buffers
1424 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1425   (use-package autorevert
1426     :diminish auto-revert-mode
1427     :config
1428     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1429           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1430           auto-revert-verbose nil)
1431     (global-auto-revert-mode 1))
1432 #+END_SRC
1433 * Org Mode
1434 ** Use-package and load things
1435 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1436
1437   (use-package org
1438     :delight (org-mode "ø")
1439     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1440     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1441            ("C-c a"  . org-agenda)
1442            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1443 #+END_SRC
1444 ** Agenda Configuration
1445 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1446   :config
1447   (setq-default org-log-done 'time)
1448   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1449
1450   (setq org-agenda-sticky t)
1451   (defun dla/show-org-agenda ()
1452     (interactive)
1453     (let (agendabuffer
1454           '(delq nil
1455                 (mapcar (lambda (x)
1456                           (and (string-match-p
1457                                 "\*Org Agenda.*\*"
1458                                 (buffer-name x))
1459                                x)
1460                           )
1461                         (buffer-list))))
1462       (if agendabuffer
1463           (switch-to-buffer
1464            (buffer-name agendabuffer))
1465         (org-agenda-list)))
1466       (delete-other-windows))
1467
1468   ;; agenda configuration
1469   ;; Do not dim blocked tasks
1470   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1471   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1472   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1473
1474   ;; Compact the block agenda view
1475   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1476
1477   ;; Custom agenda command definitions
1478   (setq org-agenda-custom-commands
1479         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1480                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1481                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1482                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1483                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1484                   (org-agenda-sorting-strategy
1485                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1486                 (" " "Agenda"
1487                  ((agenda "" nil)
1488                   (tags "REFILE"
1489                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1490                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1491                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1492                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1493                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1494                               (org-agenda-sorting-strategy
1495                                '(category-keep))))
1496                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1497                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1498                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1499                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1500                               (org-agenda-sorting-strategy
1501                                '(category-keep))))
1502                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1503                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1504                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1505                                                                         ""
1506                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1507                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1508                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1509                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1510                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1511                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1512                               (org-agenda-sorting-strategy
1513                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1514                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1515                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1516                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1517                                                                         ""
1518                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1519                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1520                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1521                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1522                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1523                               (org-agenda-sorting-strategy
1524                                '(category-keep))))
1525                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1526                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1527                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1528                                                                         ""
1529                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1530                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1531                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1532                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1533                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1534                               (org-agenda-sorting-strategy
1535                                '(category-keep))))
1536                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1537                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1538                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1539                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1540                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1541                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1542                   (tags "-REFILE/"
1543                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1544                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1545                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1546                  nil))))
1547
1548   ; org mode agenda files
1549   (setq org-agenda-files
1550         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
1551             "~/projects/org-notes/notes.org"
1552             "~/projects/org-notes/holidays.org"
1553             "~/projects/org-notes/refile.org"
1554             "~/projects/org-notes/diary.org"
1555             "~/projects/org-notes/ool.org"
1556             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
1557             "~/projects/org-notes/chaim.org"
1558             "~/projects/org-notes/wildman.org"
1559             "~/projects/org-notes/uddin.org"
1560             "~/projects/org-notes/reviews.org"
1561             "~/projects/org-notes/laurel.org"
1562             "~/projects/org-notes/from-calendar.org"
1563             "~/org-mode/from-mobile.org"
1564             "~/projects/org-notes/fh.org")))
1565
1566   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1567   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
1568   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1569   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1570   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1571   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1572   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1573   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1574   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1575   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1576   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1577     (interactive "P")
1578     (with-temp-buffer
1579       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1580         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1581         (goto-char (point-max))
1582         (newline))
1583       (write-file "/tmp/timeline.org")
1584       (org-agenda arg "L")))
1585   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1586
1587 #+END_SRC
1588 ** General config
1589 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1590   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1591   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1592
1593   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1594   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1595 #+END_SRC
1596 ** Capture Templates
1597 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1598   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1599         `(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1600            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1601           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1602            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1603           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1604            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1605           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1606            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1607           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1608            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1609           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1610            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1611           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1612            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1613           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1614            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1615           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1616            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1617           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1618            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1619           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1620            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1621            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1622                                        "Jobs"
1623                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1624            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1625           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
1626            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1627           )
1628         )
1629
1630   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1631   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1632     (interactive)
1633     (save-excursion
1634       (beginning-of-line 0)
1635       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1636
1637   (defun my/org-add-id ()
1638     (interactive)
1639     (save-excursion
1640       (if (org-current-level)
1641           ()
1642         (forward-char 1)
1643         )
1644       (org-id-get-create)
1645       )
1646   )
1647
1648 #+END_SRC
1649 ** Org mode key bindings
1650 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1651   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1652   ;; Custom Key Bindings
1653   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1654           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1655           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1656           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1657           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1658           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1659           ("<S-f5>" . bh/widen)
1660           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1661           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1662           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1663           ("<f9> b" . bbdb)
1664           ("<f9> c" . calendar)
1665           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1666           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1667           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1668           ("<f9> w" . widen)
1669
1670           ("<f9> r" . boxquote-region)
1671           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1672
1673           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1674           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1675
1676           ("<f9> v" . visible-mode)
1677           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1678           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1679           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1680           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1681           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1682           ("C-<f10>" . next-buffer)
1683           ("<f11>" . org-clock-goto)
1684           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1685           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1686           ("C-c c" . org-capture))
1687   :config
1688 #+END_SRC
1689 ** Utility Functions
1690 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1691   (defun bh/hide-other ()
1692     (interactive)
1693     (save-excursion
1694       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1695       (hide-other)
1696       (org-cycle)
1697       (org-cycle)
1698       (org-cycle)))
1699
1700   (defun bh/set-truncate-lines ()
1701     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1702     (interactive)
1703     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1704     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1705     (save-excursion
1706       (set-window-start (selected-window)
1707                         (window-start (selected-window)))))
1708
1709   (defun bh/switch-to-scratch ()
1710     (interactive)
1711     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1712
1713   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1714   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1715
1716   ; create function to create headlines in file. This comes from
1717   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1718   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1719     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1720   do not already have one."
1721     (interactive)
1722     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1723   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1724     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file
1725   (or narrowed region)."
1726     (interactive)
1727     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1728   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1729   ; (add-hook 'org-mode-hook
1730   ;           (lambda ()
1731   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1732 #+END_SRC
1733 ** Org ID locations
1734 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1735 (use-package find-lisp
1736   :ensure t)
1737 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1738       (append '(agenda-archives)
1739               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1740               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1741               ))
1742 #+END_SRC
1743 ** Keywords (TODO)
1744 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1745   (setq org-todo-keywords
1746         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1747                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1748
1749   (setq org-todo-keyword-faces
1750         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1751                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1752                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1753                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1754                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1755                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1756                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1757                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1758
1759   (setq org-todo-state-tags-triggers
1760         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1761                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
1762                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1763                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
1764                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1765                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1766                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1767
1768
1769
1770   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1771   ; add ids on creation of nodes
1772   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1773
1774
1775   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1776   ; (setq org-clock-idle-time 10)
1777   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1778
1779   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1780   ; use C-M-r for org mode capture
1781   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1782
1783   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1784   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1785                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1786
1787   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1788   (setq org-refile-use-outline-path t)
1789
1790   ; Targets complete directly with IDO
1791   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1792
1793   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1794   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1795
1796   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1797   ; (setq org-completion-use-ido t)
1798   ; (setq ido-everywhere t)
1799   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1800   ; (ido-mode (quote both))
1801   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1802   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1803   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1804   ; ; Use the current window for indirect buffer display
1805   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1806
1807
1808   ;;;; Refile settings
1809   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1810   (defun bh/verify-refile-target ()
1811     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1812     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1813
1814   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1815
1816   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1817   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1818   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1819   (require 'org-protocol)
1820   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1821   (setq my-org-protocol-flag nil)
1822   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1823     "Delete frame at remember finalization"
1824     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1825            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1826   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1827     "Delete frame at remember refile"
1828     (if my-org-protocol-flag
1829         (progn
1830           (setq my-org-protocol-flag nil)
1831           ad-do-it
1832           (delete-frame))
1833       ad-do-it)
1834     )
1835   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1836     "Delete frame at remember abort"
1837     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1838            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1839   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1840     (setq my-org-protocol-flag t))
1841
1842   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1843     (unless (org-in-item-p)
1844       (org-id-get-create)
1845       )
1846     )
1847
1848   ;; org modules
1849   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1850
1851   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1852   (defun open-mail-in-mutt (message)
1853     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1854
1855   Message can be specified either by a path pointing inside a
1856   Maildir, or by Message-ID."
1857     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1858     (shell-command
1859      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1860          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1861
1862   ;; add support for "mutt:ID" links
1863   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1864
1865   (defun my-org-mode-setup ()
1866     ; (load-library "reftex")
1867     (and (buffer-file-name)
1868          (file-exists-p (buffer-file-name))
1869          (progn
1870            ; (reftex-parse-all)
1871            (reftex-set-cite-format
1872             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1873               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1874               (?c . "\\cite{%l}")
1875               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1876            ))
1877     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1878     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1879     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1880     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1881     )
1882   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1883
1884   (defun org-mode-reftex-search ()
1885     (interactive)
1886     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1887
1888   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1889     "Open a paper by bibtex key"
1890     (interactive "bibtex key: ")
1891     (shell-command
1892      (format "%s %s"
1893          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1894   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1895   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1896     "Open a paper pdf by bibtex key"
1897     (interactive "bibtex key: ")
1898     (shell-command
1899      (format "%s -p evince_annot %s"
1900          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1901   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1902
1903   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1904                '("notes" .
1905                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1906
1907   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1908   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1909
1910   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1911   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1912                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1913
1914    ;; stolen from
1915   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1916   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1917     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1918     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1919                      (match-string 1 path)))
1920            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1921       (cond ((eq format 'latex)
1922              (if (or (not desc)
1923                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1924                  (format "\\cite{%s}" search)
1925                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1926
1927   (org-add-link-type "rtcite"
1928                      'org-bibtex-open
1929                      'my-rtcite-export-handler)
1930
1931
1932 #+END_SRC
1933 ** Org Mobile Configuration
1934 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1935   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1936   (when (string= system-name "linnode")
1937     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1938   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1939   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1940
1941 #+END_SRC
1942 ** Org iCal Support
1943 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1944   ;; org mode ical export
1945   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1946   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1947   ;; we already add the id manually
1948   (setq org-icalendar-store-UID t)
1949
1950 #+END_SRC
1951 ** General Org Babel Configuration
1952 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1953 ;; org babel support
1954 (org-babel-do-load-languages
1955  'org-babel-load-languages
1956  '((emacs-lisp . t )
1957    (R . t)
1958    (latex . t)
1959    (ditaa . t)
1960    (dot . t)
1961    ))
1962 ;; set the right path to ditaa.jar
1963 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
1964 ;; use graphviz-dot for dot things
1965 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1966 ;; do not indent begin_src blocks
1967 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
1968 ;; org-babel-by-backend
1969 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1970    `(case (if (boundp 'backend)
1971               (org-export-backend-name backend)
1972             nil) ,@body))
1973
1974 (defun my/fix-inline-images ()
1975   (when org-inline-image-overlays
1976     (org-redisplay-inline-images)))
1977
1978 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1979            'my/fix-inline-images)
1980
1981 #+END_SRC
1982 ** LaTeX configuration
1983    :PROPERTIES:
1984    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1985    :END:
1986 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1987   (require 'ox-latex)
1988   (add-to-list 'org-latex-classes
1989            '("memarticle"
1990          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1991          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1992          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1993          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1994          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1995          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1996
1997   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1998   (add-to-list 'org-latex-classes
1999            '("beamer"
2000          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2001   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2002   [PACKAGES]
2003   [EXTRA]"
2004          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2005          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2006          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2007          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2008          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2009
2010   (add-to-list 'org-latex-classes
2011            '("membook"
2012          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2013          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2014          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2015          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2016          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2017
2018   (add-to-list 'org-latex-classes
2019            '("letter"
2020          "\\documentclass[11pt]{letter}
2021   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2022   [PACKAGES]
2023   [EXTRA]"
2024      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2025          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2026          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2027          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2028          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2029
2030   (add-to-list 'org-latex-classes
2031            '("dlacv"
2032          "\\documentclass{dlacv}
2033   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2034   [NO-PACKAGES]
2035   [NO-EXTRA]"
2036          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2037          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2038          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2039          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2040          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2041
2042
2043   (add-to-list 'org-latex-classes
2044            '("dlaresume"
2045          "\\documentclass{dlaresume}
2046   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2047   [NO-PACKAGES]
2048   [NO-EXTRA]"
2049          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2050          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2051          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2052          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2053          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2054
2055
2056   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2057   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
2058   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2059
2060   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2061   (setq org-latex-default-packages-alist
2062     '(("" "amsmath" t)
2063       ("" "unicode-math" t)
2064       ))
2065   (setq org-latex-packages-alist
2066     '(("" "graphicx" t)
2067       ("" "fontspec" t)
2068       ("" "xunicode" t)
2069       ("" "hyperref" t)
2070       ("" "url" t)
2071       ("" "rotating" t)
2072       ("" "longtable" nil)
2073       ("" "float" )))
2074
2075   ;; make equations larger
2076   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2077
2078   (defun org-create-formula--latex-header ()
2079     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2080     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2081              (org-export-get-backend 'latex))
2082             (org-export--get-inbuffer-options
2083              (org-export-get-backend 'latex)))))
2084       (org-latex-guess-babel-language
2085        (org-latex-guess-inputenc
2086     (org-splice-latex-header
2087      org-format-latex-header
2088      org-latex-default-packages-alist
2089      nil t
2090      (plist-get info :latex-header)))
2091        info)))
2092
2093
2094   ; support ignoring headers in org mode export to latex
2095   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2096   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2097                     (headline contents info) activate)
2098     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2099     (setq ad-return-value contents)
2100       ad-do-it))
2101
2102   ;; keep latex logfiles
2103
2104   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2105
2106   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2107   (org-clock-persistence-insinuate)
2108   ;;
2109   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2110   (setq org-clock-history-length 23)
2111   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2112   (setq org-clock-in-resume t)
2113   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2114   ;; there are things like PHONE calls
2115   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2116   ;; Separate drawers for clocking and logs
2117   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2118   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2119   (setq org-clock-into-drawer t)
2120   (setq org-log-into-drawer t)
2121   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2122   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2123   ;; Clock out when moving task to a done state
2124   (setq org-clock-out-when-done t)
2125   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2126   (setq org-clock-persist t)
2127   ;; Do not prompt to resume an active clock
2128   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2129   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2130   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2131   ;; Include current clocking task in clock reports
2132   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2133
2134   ;; the cache seems to be broken
2135   (setq org-element-use-cache nil)
2136
2137   (defvar bh/keep-clock-running nil)
2138
2139   (defun bh/is-task-p ()
2140     "Any task with a todo keyword and no subtask"
2141     (save-restriction
2142       (widen)
2143       (let ((has-subtask)
2144             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2145             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2146         (save-excursion
2147           (forward-line 1)
2148           (while (and (not has-subtask)
2149                       (< (point) subtree-end)
2150                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2151             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2152               (setq has-subtask t))))
2153         (and is-a-task (not has-subtask)))))
2154   (defun bh/is-project-p ()
2155     "Any task with a todo keyword subtask"
2156     (save-restriction
2157       (widen)
2158       (let ((has-subtask)
2159             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2160             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2161         (save-excursion
2162           (forward-line 1)
2163           (while (and (not has-subtask)
2164                       (< (point) subtree-end)
2165                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2166             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2167               (setq has-subtask t))))
2168         (and is-a-task has-subtask))))
2169
2170   (defun bh/is-subproject-p ()
2171     "Any task which is a subtask of another project"
2172     (let ((is-subproject)
2173           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2174       (save-excursion
2175         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2176           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2177             (setq is-subproject t))))
2178       (and is-a-task is-subproject)))
2179
2180
2181   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2182     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2183   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2184   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2185     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2186       (cond
2187        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2188          (bh/is-task-p))
2189     "NEXT")
2190        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2191          (bh/is-project-p))
2192     "TODO"))))
2193
2194   (defun bh/punch-in (arg)
2195     "Start continuous clocking and set the default task to the
2196   selected task.  If no task is selected set the Organization task
2197   as the default task."
2198     (interactive "p")
2199     (setq bh/keep-clock-running t)
2200     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2201     ;;
2202     ;; We're in the agenda
2203     ;;
2204     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2205            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2206       (if (and (eq arg 4) tags)
2207           (org-agenda-clock-in '(16))
2208         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2209       ;;
2210       ;; We are not in the agenda
2211       ;;
2212       (save-restriction
2213     (widen)
2214     ; Find the tags on the current task
2215     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2216         (org-clock-in '(16))
2217       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2218
2219   (defun bh/punch-out ()
2220     (interactive)
2221     (setq bh/keep-clock-running nil)
2222     (when (org-clock-is-active)
2223       (org-clock-out))
2224     (org-agenda-remove-restriction-lock))
2225
2226   (defun bh/clock-in-default-task ()
2227     (save-excursion
2228       (org-with-point-at org-clock-default-task
2229     (org-clock-in))))
2230
2231   (defun bh/clock-in-parent-task ()
2232     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2233     (let ((parent-task))
2234       (save-excursion
2235     (save-restriction
2236       (widen)
2237       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2238         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2239           (setq parent-task (point))))
2240       (if parent-task
2241           (org-with-point-at parent-task
2242         (org-clock-in))
2243         (when bh/keep-clock-running
2244           (bh/clock-in-default-task)))))))
2245
2246   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2247
2248   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2249     (interactive)
2250     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2251       (org-clock-in '(16))))
2252
2253   (defun bh/clock-out-maybe ()
2254     (when (and bh/keep-clock-running
2255            (not org-clock-clocking-in)
2256            (marker-buffer org-clock-default-task)
2257            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2258       (bh/clock-in-parent-task)))
2259
2260   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2261
2262   (require 'org-id)
2263   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2264     "Clock in a task by id"
2265     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2266       (org-clock-in nil)))
2267
2268   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2269     "Clock in the interrupted task if there is one
2270   Skip the default task and get the next one.
2271   A prefix arg forces clock in of the default task."
2272     (interactive "p")
2273     (let ((clock-in-to-task
2274        (cond
2275         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2276         ((and (org-clock-is-active)
2277           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2278          (caddr org-clock-history))
2279         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2280         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2281         (t (car org-clock-history)))))
2282       (widen)
2283       (org-with-point-at clock-in-to-task
2284     (org-clock-in nil))))
2285
2286
2287   (defun org-export-to-ods ()
2288     (interactive)
2289     (let ((csv-file "data.csv"))
2290       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2291       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2292
2293   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2294   ; (setcar org-emphasis-regexp-components " [:space:] \t('\"{")
2295   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) " [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2296   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2297
2298   ;; support inserting screen shots
2299   (defun my/org-insert-screenshot ()
2300     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2301   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2302     (interactive)
2303     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2304     (setq my/org-insert-screenshot/filename
2305       (read-file-name
2306        "Screenshot to insert: "
2307        nil
2308        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2309        )
2310       )
2311     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2312     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2313     (org-display-inline-images))
2314
2315   (defun my/fix-inline-images ()
2316     (when org-inline-image-overlays
2317       (org-redisplay-inline-images)))
2318
2319   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2320
2321   ;; use xelatex to preview with imagemagick
2322   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2323            '(xelateximagemagick
2324         :programs ("xelatex" "convert")
2325         :description "pdf > png"
2326         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2327         :use-xcolor t
2328         :image-input-type "pdf"
2329         :image-output-type "png"
2330         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2331         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2332         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2333            )
2334   ;; use xelatex by default
2335   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2336
2337   ; from http://orgmode.org/Changes.html
2338   (defun my/org-repair-property-drawers ()
2339     "Fix properties drawers in current buffer.
2340    Ignore non Org buffers."
2341     (interactive)
2342     (when (eq major-mode 'org-mode)
2343       (org-with-wide-buffer
2344        (goto-char (point-min))
2345        (let ((case-fold-search t)
2346          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2347                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2348                      "END[ \t]*$"))))
2349      (org-map-entries
2350       (lambda ()
2351         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2352           (save-excursion
2353         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2354           (forward-line)
2355           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2356           (when (and (< (point) end)
2357                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2358                  (save-excursion
2359                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2360                     (eq (org-element-type
2361                      (save-match-data (org-element-at-point)))
2362                     'drawer))))
2363             (insert (delete-and-extract-region
2364                  (match-beginning 0)
2365                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
2366             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2367
2368 #+END_SRC
2369 ** Org-Gcal
2370 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2371 (use-package calfw
2372   :ensure f
2373   )
2374 (use-package calfw-org
2375   :ensure f
2376   )
2377 (use-package org-gcal
2378   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2379   :ensure f
2380   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2381                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2382             )
2383   )
2384 #+END_SRC
2385 ** appt integration
2386 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2387   (use-package appt
2388     :ensure f
2389     :config
2390     ;; Show notification 10 minutes before event
2391     (setq appt-message-warning-time 10)
2392     ;; Disable multiple reminders
2393     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2394     (setq appt-display-mode-line nil)
2395
2396     ;; add automatic reminders for appointments
2397     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2398       (interactive)
2399       (setq appt-time-msg-list nil)
2400       (org-agenda-to-appt))
2401     ;; add reminders when starting emacs
2402     (my/org-agenda-to-appt)
2403     ;; when rebuilding the agenda
2404     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2405       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2406       (my/org-agenda-to-appt)
2407       )
2408     ;; when saving all org buffers
2409     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2410       "Re-add appts after saving all org buffers"
2411       (my/org-agenda-to-appt))
2412     ;; Display appointments as a window manager notification
2413     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2414     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2415
2416     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2417
2418     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2419       (if (atom min-to-app)
2420       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2421     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2422       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2423                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2424       )
2425     )
2426
2427
2428 #+END_SRC
2429 ** End use-package
2430 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2431   )
2432 #+END_SRC
2433 * Keybindings
2434 ** Goto line
2435 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2436   (global-unset-key "\M-g")
2437   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2438 #+END_SRC
2439 * Debian
2440 ** debian-changelog
2441 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2442   (use-package debian-changelog-mode
2443     :mode "debian/changelog"
2444     :config
2445     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2446     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2447 #+END_SRC
2448 * Misc (uncharacterized)
2449 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2450   (setq calendar-latitude 38.6)
2451   (setq calendar-longitude -121.5)
2452   (setq case-fold-search t)
2453   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2454   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2455   (global-font-lock-mode 1)
2456   (icomplete-mode 1)
2457   (setq log-edit-keep-buffer t)
2458   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2459   (setq markdown-enable-math t)
2460   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
2461   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2462   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2463   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2464   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2465   (setq ps-line-number-color "blue")
2466   (setq ps-print-footer t)
2467   (setq ps-print-footer-frame nil)
2468   (setq ps-print-only-one-header t)
2469   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
2470   ]*")
2471   (setq sentence-end-double-space nil)
2472   ; enable matching parenthesis
2473   (show-paren-mode 1)
2474   (tool-bar-mode -1)
2475   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2476   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
2477   (setq vc-follow-symlinks t)
2478
2479   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
2480   ;; repositories inside of git directories
2481   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
2482
2483   ;; switch back to the old primary selection method
2484   (setq x-select-enable-clipboard nil)
2485   (setq x-select-enable-primary t)
2486   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2487
2488   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2489   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2490
2491   ;; tramp configuration
2492   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2493
2494   (setq-default c-indent-level 4)
2495   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2496   (setq-default c-brace-offset -4)
2497   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2498   (setq-default c-label-offset -4)
2499   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2500   ; tabs are annoying
2501   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2502   (setq-default tab-width 4)
2503
2504
2505   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2506   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2507   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2508   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2509   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2510
2511
2512   (defun insert-date ()
2513     "Insert date at point."
2514     (interactive)
2515     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2516   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2517
2518   (defun unfill-paragraph (arg)
2519     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2520     (interactive "*p")
2521     (let ((fill-column 10000))
2522       (fill-paragraph arg))
2523     )
2524
2525   (column-number-mode t)
2526
2527 #+END_SRC
2528 ** Desktop-save-mode
2529 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2530 emacs, and use a different desktop file to restore history
2531 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2532   (use-package desktop
2533     :demand
2534     :config
2535     (setq desktop-base-file-name
2536           (convert-standard-filename
2537            (concat ".emacs"
2538                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2539                        "")
2540                    ".desktop")
2541            ))
2542     (setq desktop-base-lock-name
2543           (convert-standard-filename
2544            (concat desktop-base-file-name
2545                    ".lock")))
2546     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2547     (setq desktop-restore-eager 5)
2548     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2549     (desktop-save-mode 1)
2550     ; (desktop-read)
2551   )
2552 #+END_SRC
2553 ** Misc (Uncharacterized)
2554 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2555   '(icomplete-mode on)
2556   (custom-set-faces
2557    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2558    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2559    ;; Your init file should contain only one such instance.
2560    ;; If there is more than one, they won't work right.
2561    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2562
2563
2564   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2565   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2566   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2567
2568   ; (defun turn-on-flyspell ()
2569   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2570   ;    (interactive)
2571   ;    (flyspell-mode 1))
2572
2573
2574    ; Outline-minor-mode key map
2575    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2576    ; HIDE
2577    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2578    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2579    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2580    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2581    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2582    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2583    ; SHOW
2584    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2585    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2586    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2587    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2588    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2589    ; MOVE
2590    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2591    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2592    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2593    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2594    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2595    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2596   ; fix up tmux xterm keys
2597   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2598   (defun fix-up-tmux-keys ()
2599       "Fix up tmux xterm keys"
2600       (if (getenv "TMUX")
2601           (progn
2602             (let ((x 2) (tkey ""))
2603               (while (<= x 8)
2604                 ;; shift
2605                 (if (= x 2)
2606                     (setq tkey "S-"))
2607                 ;; alt
2608                 (if (= x 3)
2609                     (setq tkey "M-"))
2610                 ;; alt + shift
2611                 (if (= x 4)
2612                     (setq tkey "M-S-"))
2613                 ;; ctrl
2614                 (if (= x 5)
2615                     (setq tkey "C-"))
2616                 ;; ctrl + shift
2617                 (if (= x 6)
2618                     (setq tkey "C-S-"))
2619                 ;; ctrl + alt
2620                 (if (= x 7)
2621                     (setq tkey "C-M-"))
2622                 ;; ctrl + alt + shift
2623                 (if (= x 8)
2624                     (setq tkey "C-M-S-"))
2625
2626                 ;; arrows
2627                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2628                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2629                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2630                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2631                 ;; home
2632                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2633                 ;; end
2634                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2635                 ;; page up
2636                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2637                 ;; page down
2638                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2639                 ;; insert
2640                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2641                 ;; delete
2642                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2643                 ;; f1
2644                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2645                 ;; f2
2646                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2647                 ;; f3
2648                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2649                 ;; f4
2650                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2651                 ;; f5
2652                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2653                 ;; f6
2654                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2655                 ;; f7
2656                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2657                 ;; f8
2658                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2659                 ;; f9
2660                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2661                 ;; f10
2662                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2663                 ;; f11
2664                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2665                 ;; f12
2666                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2667                 ;; f13
2668                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2669                 ;; f14
2670                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2671                 ;; f15
2672                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2673                 ;; f16
2674                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2675                 ;; f17
2676                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2677                 ;; f18
2678                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2679                 ;; f19
2680                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2681                 ;; f20
2682                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2683
2684                 (setq x (+ x 1))
2685                 ))
2686             )
2687         )
2688       )
2689   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2690
2691   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2692     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2693     (if (or (buffer-modified-p)
2694             (verify-visited-file-modtime)
2695             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2696             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2697         ad-do-it
2698       (clear-visited-file-modtime)
2699       (not-modified)))
2700   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2701 #+END_SRC
2702
2703 * Start Server
2704 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2705   (use-package server
2706     :config
2707     (setq server-name
2708           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2709               "server"))
2710     (unless (server-running-p)
2711       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2712       (server-start)))
2713 #+END_SRC
2714
2715
2716
2717 * END
2718 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2719   (provide 'don-configuration)
2720 #+END_SRC