]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
5b84028e2c55419632e36ebf43c244e5348aa5bf
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 * Load debugger
3
4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
6
7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
8 (setq debug-on-event 'siguser2)
9 #+END_SRC
10 * Add library paths
11
12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
13   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
14   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
15   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
16   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
17 #+END_SRC
18
19 * Package management
20 ** package repositories and package manager
21 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
22   (require 'package)
23   (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
24                            ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
25                            ("org" . "http://orgmode.org/elpa/") ))
26 #+END_SRC
27 ** [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]]
28 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
29   (package-initialize)
30   (require 'use-package)
31 #+END_SRC
32 ** Paradox
33 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
34   (use-package paradox
35     :ensure paradox
36   )
37 #+END_SRC
38 * Disable custom-vars
39 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
40   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
41   (setq custom-file "/dev/null")
42 #+END_SRC
43 * Misc functions
44 ** with-library
45 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
46 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
47 ;; execute conditional code when loading libraries
48 (defmacro with-library (symbol &rest body)
49   `(when (require ,symbol nil t)
50      ,@body))
51 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
52 #+END_SRC
53
54 * Variables
55 ** Safe Local Variables
56 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
57   (setq safe-local-variable-values 
58         (quote ((auto-save-default)
59                 (make-backup-files)
60                 (cperl-indent-level . 4)
61                 (indent-level . 4)
62                 (indent-tabs-mode . f)
63                 )))
64 #+END_SRC
65 * Memory
66 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
67   (setq global-mark-ring-max 128
68         mark-ring-max 128
69         kill-ring-max 128)
70
71   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
72     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
73
74   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
75     (setq gc-cons-threshold 1048576))
76
77   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
78   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
79 #+END_SRC
80 * Modules
81 ** Flyspell 🐝 
82 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
83   (use-package flyspell
84     :ensure t
85     :diminish flyspell-mode 🐝
86     :config
87     (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
88     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
89     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
90     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
91     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
92     :init
93     (setq ispell-program-name "ispell")
94     )
95
96 #+END_SRC
97 ** Winnermode
98 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
99   (winner-mode 1)
100 #+END_SRC
101 ** Eyebrowse
102
103 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
104   ;; (use-package eyebrowse
105   ;;   :ensure t
106   ;;   :diminish eyebrowse-mode
107   ;;   :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c C-\\"))
108   ;;   :config (progn
109   ;;             (setq eyebrowse-wrap-around t)
110   ;;             (eyebrowse-mode t)
111   ;; 
112   ;;             (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
113   ;;               (interactive)
114   ;;               (let ((done nil))
115   ;;                 (dotimes (i 10)
116   ;;                   ;; start at 1 run till 0
117   ;;                   (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
118   ;;                     (when (and (not done)
119   ;;                                (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
120   ;;                       (eyebrowse-switch-to-window-config j)
121   ;;                       (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
122   ;;                       (setq done t)
123   ;;                       ))
124   ;;                   )))
125   ;; 
126   ;;             ;; I don't use latex-preview-pane
127   ;;             ;; (require 'latex-preview-pane)
128   ;;             ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
129   ;;             ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
130   ;;             ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
131   ;;             ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
132   ;;             ;;   ;; edit the TeX file.
133   ;;             ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
134   ;;             ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
135   ;; 
136   ;;             ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
137   ;;             ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
138   ;; 
139   ;;             ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
140   ;;             ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
141   ;;             ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
142   ;;             ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
143   ;;             ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
144   ;;             )
145   ;;   )
146 #+END_SRC
147
148 ** Window handling
149
150 *** Splitting
151 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
152   (defun my/vsplit-last-buffer ()
153     "Split the window vertically and display the previous buffer."
154     (interactive)
155     (split-window-vertically)
156     (other-window 1 nil)
157     (switch-to-next-buffer))
158
159   (defun my/hsplit-last-buffer ()
160     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
161     (interactive)
162     (split-window-horizontally)
163     (other-window 1 nil)
164     (switch-to-next-buffer))
165
166   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
167   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
168
169   (setq split-width-threshold  100)
170   (setq split-height-threshold 60)
171
172   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
173     "If there's only one window (excluding any possibly active
174            minibuffer), then split the current window horizontally."
175     (if (and (one-window-p t)
176              (not (active-minibuffer-window))
177              ( < (frame-width) (frame-height))
178              )
179         (let ((split-width-threshold nil))
180           (split-window-sensibly window))
181       (split-window-sensibly window)))
182
183   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
184   (setq window-combination-resize t)
185 #+END_SRC
186
187 *** Compilation window
188
189 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
190 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
191 the former case, if there was no error the window closes
192 automatically.
193
194 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
195   (add-to-list 'display-buffer-alist
196                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
197                  (display-buffer-reuse-window
198                   display-buffer-in-side-window)
199                  (reusable-frames . visible)
200                  (side            . bottom)
201                  (window-height   . 0.4)))
202 #+END_SRC
203
204 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
205   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
206     ;; If M-x compile exists with a 0
207     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
208       ;; and delete the *compilation* window
209       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
210         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
211                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
212                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
213           (delete-window compilation-window))))
214     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
215     (cons msg code))
216
217   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
218   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
219 #+END_SRC
220
221 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
222 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
223 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
224 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
225 value, scrolling continues until there is no more output.
226
227 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
228   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
229 #+END_SRC
230
231 ** Mode line cleaning
232 *** Diminish
233 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
234   (use-package diminish
235     :ensure t)
236 #+END_SRC
237
238 *** Delight 
239 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
240   (use-package delight
241     :ensure t)
242 #+END_SRC
243
244 ** Jumping
245 *** Avy
246 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
247 (use-package avy
248   :ensure t
249   :bind ("C-c C-SPC" . avy-goto-word-1)
250   :config (progn
251             (setq avy-background t)
252             (key-chord-define-global "jj"  #'avy-goto-word-1)))
253 #+END_SRC
254
255 ** Snippets
256 *** Yasnippet
257 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
258   (use-package yasnippet
259     :ensure t
260     :diminish yas-minor-mode
261     :config (progn
262               (yas-global-mode)
263               (setq yas-verbosity 1)
264               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
265               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
266               (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") 'yas-expand)
267               (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
268                                        "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
269               (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
270                                'yas-hippie-try-expand)
271               )
272     )
273 #+END_SRC
274 *** Auto-YASnippet
275 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
276   (use-package auto-yasnippet
277     :bind (("H-w" . aya-create)
278            ("H-y" . aya-expand)
279            )
280     )
281 #+END_SRC
282 ** Helm Flx
283
284 [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
285
286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
287 (use-package helm-flx
288   :ensure t
289   :config (progn
290             ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
291             (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
292                   helm-bookmark-show-location           t
293                   helm-buffers-fuzzy-matching           t
294                   helm-completion-in-region-fuzzy-match t
295                   helm-file-cache-fuzzy-match           t
296                   helm-imenu-fuzzy-match                t
297                   helm-mode-fuzzy-match                 t
298                   helm-locate-fuzzy-match               nil
299                   helm-quick-update                     t
300                   helm-recentf-fuzzy-match              nil
301                   helm-semantic-fuzzy-match             t)
302             (helm-flx-mode +1)))
303 #+END_SRC
304
305
306 ** Tinyprocmail
307
308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
309   ;; load tinyprocmail
310   (use-package tinyprocmail
311     :ensure f
312     :config (with-library 'tinyprocmail
313               ;; (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
314               (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install))
315   )
316 #+END_SRC
317
318 ** Magit
319 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
320   (use-package magit
321     :ensure t
322     :bind (("C-x g" . magit-status)
323            ("C-x C-g" . magit-status))
324     :config
325     ;; don't verify where we are pushing
326     (setq magit-push-always-verify nil)
327     ;; refine diffs always (hilight words)
328     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
329     ;; load magit-annex
330     (setq load-path
331           (append '("~/lib/emacs_el/magit-annex")
332                   load-path))
333     ;; load magit-vcsh
334     (setq load-path
335           (append '("~/lib/emacs_el/magit-vcsh")
336                   load-path))
337     )
338   (use-package magit-annex
339     :ensure t
340   )
341   (use-package magit-vcsh
342     :ensure f ; currently not in melpa, so don't try to install
343   )
344 #+END_SRC
345
346 ** Perl
347 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
348   (require 'cperl-mode)
349   ;; Use c-mode for perl .xs files
350   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
351   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
352   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
353   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
354   (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
355   (setq cperl-hairy t
356         cperl-indent-level 4
357         cperl-auto-newline nil
358         cperl-auto-newline-after-colon nil
359         cperl-continued-statement-offset 4
360         cperl-brace-offset -1
361         cperl-continued-brace-offset 0
362         cperl-label-offset -4
363         cperl-highlight-variables-indiscriminately t
364         cperl-electric-lbrace-space nil
365         cperl-indent-parens-as-block nil
366         cperl-close-paren-offset -1
367         cperl-tab-always-indent t)
368   ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
369 #+END_SRC
370
371 ** Helm
372 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
373   (use-package helm
374     :ensure t
375     :config
376     (helm-mode 1)
377     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
378     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
379     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
380     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
381     (global-set-key (kbd "M-x") 'helm-M-x)
382     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
383       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
384       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
385     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
386   )
387 #+END_SRC
388 ** Hydra
389 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
390 (require 'don-hydra)
391 #+END_SRC
392
393 ** Tramp
394 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
395   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
396                                 (tramp-login-program "vcsh")
397                                 (tramp-login-args
398                                  (("enter")
399                                   ("%h")))
400                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
401                                 (tramp-remote-shell-args
402                                  ("-c"))))
403 #+END_SRC
404 ** Reftex
405 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
406   (use-package reftex
407     :ensure t
408     :config
409     (setq-default reftex-default-bibliography
410                     '("~/projects/research/references.bib")))
411 #+END_SRC
412 ** LaTeX
413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
414   (use-package tex
415     :defer t
416     :ensure auctex
417     :config
418     ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
419     ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
420     ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
421     ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
422     ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
423     ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
424     ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
425     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
426     (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
427     (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
428     (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
429
430     (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
431     ;; support fake section headers
432     (setq TeX-outline-extra
433           '(("%chapter" 1)
434             ("%section" 2)
435             ("%subsection" 3)
436             ("%subsubsection" 4)
437             ("%paragraph" 5)))
438     ;; add font locking to the headers
439     (font-lock-add-keywords
440      'latex-mode
441      '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
442         0 'font-lock-keyword-face t)
443        ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
444        ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
445        ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
446        ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
447        ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
448
449     ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
450     ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
451     (setq TeX-open-quote "“")
452     (setq TeX-close-quote "”")
453
454     ;; (TeX-add-style-hook
455     ;;  "latex"
456     ;;  (lambda ()
457     ;;    (TeX-add-symbols
458     ;;     '("DLA" 1))))
459     ;; (custom-set-variables
460     ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
461     ;;    '(("fixme" 
462     ;;       ("DLA" "RZ")
463     ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
464     ;; ) 
465     (setq-default TeX-parse-self t)
466     (setq-default TeX-auto-save t)
467     (setq-default TeX-master nil)
468     (eval-after-load
469         "latex"
470       '(TeX-add-style-hook
471         "cleveref"
472         (lambda ()
473           (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
474               (add-to-list
475                'reftex-ref-style-alist
476                '("Cleveref" "cleveref"
477                  (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
478           (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
479           (TeX-add-symbols
480            '("cref" TeX-arg-ref)
481            '("Cref" TeX-arg-ref)
482            '("cpageref" TeX-arg-ref)
483            '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
484     (eval-after-load
485         "latex"
486       '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
487                     '("Sexpr")))
488
489     (use-package font-latex
490       :config
491       (setq font-latex-match-reference-keywords
492             '(
493               ("fref" "{")
494               ("Fref" "{")
495               ("citep" "{")
496               ("citet" "{")
497               ("acs" "{")
498               ("acsp" "{")
499               ("ac" "{")
500               ("acp" "{")
501               ("acl" "{")
502               ("aclp" "{")
503               ("acsu" "{")
504               ("aclu" "{")
505               ("acused" "{")
506               ("DLA" "{")
507               ("RZ" "{")
508               ("OM" "{")
509               ("DL" "{")
510               ("fixme" "{"))
511             )
512       )
513   )
514
515 #+END_SRC
516 *** Org-Gcal
517 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
518   (use-package calfw
519     :ensure f
520     )
521   (use-package calfw-org
522     :ensure f
523     )
524   (use-package org-gcal
525     :ensure f
526     :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
527                   (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
528               )
529     )
530 #+END_SRC
531 ** ESS
532 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
533   (use-package ess
534     :ensure t
535     :config
536     (defun ess-change-directory (path)
537       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
538       (interactive "DDirectory to change to: ")
539     
540       (when (file-exists-p path)
541         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
542         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
543         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
544     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
545     ;; outlining support for ess modes
546     (add-hook
547      'ess-mode-hook
548      '(lambda ()
549         (outline-minor-mode)
550         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
551         (defun outline-level ()
552           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
553                 ((looking-at "^#### ") 2)
554                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
555                 (t 1000)))
556         ))
557     (add-hook 'ess-mode-hook
558               '(lambda ()
559                  (local-set-key (kbd "C-c C-R")
560                                 'dla/ess-region-remote-eval)))
561
562     ;; Don't restore history or save workspace image
563     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
564     )
565 #+END_SRC
566
567 ** Rainbowmode
568 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
569
570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
571   (use-package rainbow-mode
572     ;; add ess to the x major mode
573     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
574     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
575   )
576 #+END_SRC
577
578 ** Polymode
579 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
580   (use-package polymode
581     :config
582     (use-package poly-R)
583     (use-package poly-noweb)
584     (use-package poly-markdown)
585     :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
586     :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
587     :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
588     )
589 #+END_SRC
590
591 ** Outlining
592 *** Outline magic
593 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
594   (use-package outline-magic)
595 #+END_SRC
596 ** Writeroom Mode
597 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
598   (use-package writeroom-mode
599     :config (add-hook 'writeroom-mode-hook 'auto-fill-mode)
600     )
601 #+END_SRC
602 ** GhostText/Atomic Chrome
603 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
604   (use-package atomic-chrome
605     :config (atomic-chrome-start-server)
606     )
607 #+END_SRC
608 ** Multiple Cursors
609    :PROPERTIES:
610    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
611    :END:
612 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
613 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
614   (use-package multiple-cursors
615     :bind (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
616            ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
617            ("C->" . mc/mark-next-like-this)
618            ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
619     )
620 #+END_SRC
621 * Org Mode
622 ** Use-package and load things
623 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
624
625   (use-package org
626     :config 
627
628 #+END_SRC
629 ** Agenda Configuration
630 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
631   ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
632   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)$" . org-mode))
633   (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
634   (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
635   (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
636   (setq-default org-log-done 'time)
637   (setq-default org-agenda-ndays 5)
638
639   ;; agenda configuration
640   ;; Do not dim blocked tasks
641   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
642   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
643   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
644
645   ;; Compact the block agenda view
646   (setq org-agenda-compact-blocks t)
647
648   ;; Custom agenda command definitions
649   (setq org-agenda-custom-commands
650         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
651                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
652                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
653                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
654                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
655                   (org-agenda-sorting-strategy
656                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
657                 (" " "Agenda"
658                  ((agenda "" nil)
659                   (tags "REFILE"
660                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
661                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
662                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
663                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
664                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
665                               (org-agenda-sorting-strategy
666                                '(category-keep))))
667                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
668                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
669                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
670                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
671                               (org-agenda-sorting-strategy
672                                '(category-keep))))
673                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
674                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
675                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
676                                                                         ""
677                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
678                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
679                               (org-tags-match-list-sublevels t)
680                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
681                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
682                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
683                               (org-agenda-sorting-strategy
684                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
685                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
686                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
687                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
688                                                                         ""
689                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
690                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
691                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
692                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
693                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
694                               (org-agenda-sorting-strategy
695                                '(category-keep))))
696                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
697                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
698                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
699                                                                         ""
700                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
701                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
702                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
703                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
704                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
705                               (org-agenda-sorting-strategy
706                                '(category-keep))))
707                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
708                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
709                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
710                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
711                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
712                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
713                   (tags "-REFILE/"
714                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
715                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
716                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
717                  nil))))
718
719   ; org mode agenda files
720   (setq org-agenda-files
721         (quote ("~/projects/org-notes/debbugs.org"
722             "~/projects/org-notes/notes.org"
723             "~/projects/org-notes/holidays.org"
724             "~/projects/org-notes/refile.org"
725             "~/projects/org-notes/diary.org"
726             "~/projects/org-notes/ool.org"
727             "~/projects/org-notes/sndservers.org"
728             "~/projects/org-notes/chaim.org"
729             "~/projects/org-notes/wildman.org"
730             "~/projects/org-notes/uddin.org"
731             "~/projects/org-notes/reviews.org"
732             "~/projects/org-notes/hpcbio.org"
733             "~/org-mode/from-mobile.org"
734             "~/projects/org-notes/fh.org")))
735
736   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
737   (set-register ?r (cons 'file "~/projects/org-notes/refile.org"))
738   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
739   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
740   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
741   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
742   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
743   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
744   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
745   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
746   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
747     (interactive "P")
748     (with-temp-buffer
749       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
750         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
751         (end-of-buffer)
752         (newline))
753       (write-file "/tmp/timeline.org")
754       (org-agenda arg "L")))
755   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
756   ;; add automatic reminders for appointments
757   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
758     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
759     (progn 
760       (setq appt-time-msg-list nil)
761       (org-agenda-to-appt)))
762
763 #+END_SRC
764 ** General config
765 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
766   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
767   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
768
769   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
770   (setq org-id-link-to-org-use-id t)
771 #+END_SRC
772 ** Capture Templates
773 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
774   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
775         '(("m" "Mail" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
776            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
777           ("t" "todo" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
778            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
779           ("r" "respond" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
780            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
781           ("n" "note" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
782            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
783           ("s" "schedule" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
784            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
785           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
786            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
787           ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
788            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
789           ("M" "Meeting" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
790            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
791           ("S" "Seminar" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
792            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
793           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
794            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
795           ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
796            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
797           ("J" "job" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
798            "* TODO Apply for %a%? :job:\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d 17:00-17:30>\")\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
799           ("h" "Habit" entry (file "~/projects/org-notes/refile.org")
800            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
801           )
802         )
803
804   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
805   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
806     (interactive)
807     (save-excursion
808       (beginning-of-line 0)
809       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
810
811   (defun my/org-add-id ()
812     (interactive)
813     (save-excursion
814       (if (org-current-level)
815           ()
816         (forward-char 1)
817         )
818       (org-id-get-create)
819       )
820   )
821
822 #+END_SRC
823 ** Org mode key bindings
824 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
825   ; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
826   ;; Custom Key Bindings
827   (global-set-key (kbd "<f12>") 'org-agenda)
828   (global-set-key (kbd "<f5>") 'bh/org-todo)
829   (global-set-key (kbd "<S-f5>") 'bh/widen)
830   (global-set-key (kbd "<f7>") 'bh/set-truncate-lines)
831   (global-set-key (kbd "<f8>") 'org-cycle-agenda-files)
832   (global-set-key (kbd "<f9> <f9>") 'bh/show-org-agenda)
833   (global-set-key (kbd "<f9> b") 'bbdb)
834   (global-set-key (kbd "<f9> c") 'calendar)
835   (global-set-key (kbd "<f9> f") 'boxquote-insert-file)
836   (global-set-key (kbd "<f9> h") 'bh/hide-other)
837   (global-set-key (kbd "<f9> n") 'bh/toggle-next-task-display)
838   (global-set-key (kbd "<f9> w") 'widen)
839
840   ; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
841   (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
842   ;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
843   ;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
844   ;                                    outline-mode-prefix-map)))
845
846   (global-set-key (kbd "<f9> I") 'bh/punch-in)
847   (global-set-key (kbd "<f9> O") 'bh/punch-out)
848
849   (global-set-key (kbd "<f9> o") 'bh/make-org-scratch)
850
851   (global-set-key (kbd "<f9> r") 'boxquote-region)
852   (global-set-key (kbd "<f9> s") 'bh/switch-to-scratch)
853
854   (global-set-key (kbd "<f9> t") 'bh/insert-inactive-timestamp)
855   (global-set-key (kbd "<f9> T") 'bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
856
857   (global-set-key (kbd "<f9> v") 'visible-mode)
858   (global-set-key (kbd "<f9> l") 'org-toggle-link-display)
859   (global-set-key (kbd "<f9> SPC") 'bh/clock-in-last-task)
860   (global-set-key (kbd "C-<f9>") 'previous-buffer)
861   (global-set-key (kbd "M-<f9>") 'org-toggle-inline-images)
862   (global-set-key (kbd "C-x n r") 'narrow-to-region)
863   (global-set-key (kbd "C-<f10>") 'next-buffer)
864   (global-set-key (kbd "<f11>") 'org-clock-goto)
865   (global-set-key (kbd "C-<f11>") 'org-clock-in)
866   (global-set-key (kbd "C-s-<f12>") 'bh/save-then-publish)
867   (global-set-key (kbd "C-c c") 'org-capture)
868
869 #+END_SRC
870 ** Utility Functions
871 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
872   (defun bh/hide-other ()
873     (interactive)
874     (save-excursion
875       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
876       (hide-other)
877       (org-cycle)
878       (org-cycle)
879       (org-cycle)))
880
881   (defun bh/set-truncate-lines ()
882     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
883     (interactive)
884     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
885     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
886     (save-excursion
887       (set-window-start (selected-window)
888                         (window-start (selected-window)))))
889
890   (defun bh/make-org-scratch ()
891     (interactive)
892     (find-file "/tmp/publish/scratch.org")
893     (gnus-make-directory "/tmp/publish"))
894
895   (defun bh/switch-to-scratch ()
896     (interactive)
897     (switch-to-buffer "*scratch*"))
898
899   (setq org-use-fast-todo-selection t)
900   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
901
902   ; create function to create headlines in file. This comes from
903   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
904   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
905     "Add ID properties to all headlines in the current file which
906   do not already have one."
907     (interactive)
908     (org-map-entries 'org-id-get-create))
909   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
910   ; (add-hook 'org-mode-hook
911   ;           (lambda ()
912   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
913 #+END_SRC
914 ** Keywords (TODO)
915 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
916   (setq org-todo-keywords
917         (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
918                 (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
919
920   (setq org-todo-keyword-faces
921         (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
922                 ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
923                 ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
924                 ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
925                 ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
926                 ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
927                 ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
928                 ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
929
930   (setq org-todo-state-tags-triggers
931         (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
932                 ("WAITING" ("WAITING" . t))
933                 ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
934                 (done ("WAITING") ("HOLD"))
935                 ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
936                 ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
937                 ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
938
939
940
941   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
942   ; add ids on creation of nodes
943   (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
944
945
946   ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
947   ; (setq org-clock-idle-time 10)
948   ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
949
950   ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
951   ; use C-M-r for org mode capture
952   (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
953
954   ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
955   (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
956                                    (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
957
958   ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
959   (setq org-refile-use-outline-path t)
960
961   ; Targets complete directly with IDO
962   (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
963
964   ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
965   (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
966
967   ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
968   ; (setq org-completion-use-ido t)
969   ; (setq ido-everywhere t)
970   ; (setq ido-max-directory-size 100000)
971   ; (ido-mode (quote both))
972   ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
973   ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
974   ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
975   ; ; Use the current window for indirect buffer display
976   ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
977
978
979   ;;;; Refile settings
980   ; Exclude DONE state tasks from refile targets
981   (defun bh/verify-refile-target ()
982     "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
983     (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
984
985   (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
986
987   ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
988   ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
989   ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
990   (require 'org-protocol)
991   ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
992   (setq my-org-protocol-flag nil)
993   (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
994     "Delete frame at remember finalization"
995     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
996            (setq my-org-protocol-flag nil)))
997   (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
998     "Delete frame at remember refile"
999     (if my-org-protocol-flag
1000         (progn
1001           (setq my-org-protocol-flag nil)
1002           ad-do-it
1003           (delete-frame))
1004       ad-do-it)
1005     )
1006   (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1007     "Delete frame at remember abort"
1008     (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1009            (setq my-org-protocol-flag nil)))
1010   (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1011     (setq my-org-protocol-flag t))
1012
1013   (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1014     (org-id-get-create)
1015     )
1016
1017   ;; org modules
1018   (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1019
1020   ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1021   (defun open-mail-in-mutt (message)
1022     "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1023
1024   Message can be specified either by a path pointing inside a
1025   Maildir, or by Message-ID."
1026     (interactive "MPath or Message-ID: ")
1027     (shell-command
1028      (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1029          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1030
1031   ;; add support for "mutt:ID" links
1032   (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1033
1034   (defun my-org-mode-setup ()
1035     (load-library "reftex")
1036     (and (buffer-file-name)
1037          (file-exists-p (buffer-file-name))
1038          (progn
1039            (reftex-parse-all)
1040            (reftex-set-cite-format
1041             '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1042               (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1043               (?c . "\\cite{%l}")
1044               (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1045            ))
1046     (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1047     (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1048     (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1049     (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1050     )
1051   (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1052
1053   (defun org-mode-reftex-search ()
1054     (interactive)
1055     (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1056
1057   (defun open-research-paper (bibtexkey)
1058     "Open a paper by bibtex key"
1059     (interactive "bibtex key: ")
1060     (shell-command
1061      (format "%s %s"
1062          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1063   (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1064   (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1065     "Open a paper pdf by bibtex key"
1066     (interactive "bibtex key: ")
1067     (shell-command
1068      (format "%s -p evince_annot %s"
1069          (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1070   (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1071
1072   (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1073                '("notes" .
1074                  "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1075
1076   ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1077   (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1078
1079   ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1080   (add-to-list 'org-structure-template-alist
1081                '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1082
1083    ;; stolen from
1084   ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1085   (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1086     (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1087     (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1088                      (match-string 1 path)))
1089            (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1090       (cond ((eq format 'latex)
1091              (if (or (not desc) 
1092                      (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1093                  (format "\\cite{%s}" search)
1094                (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1095
1096   (org-add-link-type "rtcite" 
1097                      'org-bibtex-open
1098                      'my-rtcite-export-handler)
1099
1100
1101 #+END_SRC
1102 ** Org Mobile Configuration
1103 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1104   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
1105   (when (string= system-name "linnode")
1106     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
1107   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
1108   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
1109
1110 #+END_SRC
1111 ** Org iCal Support
1112 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1113   ;; org mode ical export
1114   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
1115   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
1116   ;; we already add the id manually
1117   ;; (setq org-icalendar-store-UID t)
1118
1119 #+END_SRC
1120 ** General Org Babel Configuration
1121 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1122   ;; org babel support
1123   (org-babel-do-load-languages
1124    'org-babel-load-languages
1125    '((emacs-lisp . t )
1126      (R . t)
1127      (latex . t)
1128      (ditaa . t)
1129      (dot . t)
1130      ))
1131   ;; use graphviz-dot for dot things
1132   (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
1133   ;; org-babel-by-backend
1134   (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
1135      `(case (if (boundp 'backend) 
1136                 (org-export-backend-name backend)
1137               nil) ,@body))
1138
1139   (defun my/fix-inline-images ()
1140     (when org-inline-image-overlays
1141       (org-redisplay-inline-images)))
1142
1143   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
1144              'my/fix-inline-images)
1145
1146 #+END_SRC
1147 ** LaTeX configuration
1148    :PROPERTIES:
1149    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
1150    :END:
1151 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1152   (require 'ox-latex)
1153   (add-to-list 'org-latex-classes
1154            '("memarticle"
1155          "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
1156          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1157          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1158          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1159          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1160          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1161
1162   (setq org-beamer-outline-frame-options "")
1163   (add-to-list 'org-latex-classes
1164            '("beamer"
1165          "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
1166   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1167   [PACKAGES]
1168   [EXTRA]"
1169          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1170          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1171          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1172          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1173          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1174
1175   (add-to-list 'org-latex-classes
1176            '("membook"
1177          "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
1178          ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
1179          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1180          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1181          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
1182
1183   (add-to-list 'org-latex-classes
1184            '("letter"
1185          "\\documentclass[11pt]{letter}
1186   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1187   [PACKAGES]
1188   [EXTRA]"
1189      ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1190          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1191          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1192          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1193          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1194
1195   (add-to-list 'org-latex-classes
1196            '("dlacv"
1197          "\\documentclass{dlacv}
1198   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1199   [NO-PACKAGES]
1200   [NO-EXTRA]"
1201          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1202          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1203          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1204          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1205          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1206
1207
1208   (add-to-list 'org-latex-classes
1209            '("dlaresume"
1210          "\\documentclass{dlaresume}
1211   [NO-DEFAULT-PACKAGES]
1212   [NO-PACKAGES]
1213   [NO-EXTRA]"
1214          ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
1215          ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
1216          ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
1217          ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
1218          ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
1219
1220
1221   ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
1222   ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
1223   (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
1224
1225   ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
1226   (setq org-latex-default-packages-alist
1227     '(("" "amsmath" t)
1228       ("" "unicode-math" t)
1229       ))
1230   (setq org-latex-packages-alist
1231     '(("" "graphicx" t)
1232       ("" "fontspec" t)
1233       ("" "xunicode" t)
1234       ("" "hyperref" t)
1235       ("" "url" t)
1236       ("" "rotating" t)
1237       ("" "longtable" nil)
1238       ("" "float" )))
1239
1240   ;; make equations larger
1241   (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
1242
1243   (defun org-create-formula--latex-header ()
1244     "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
1245     (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
1246              (org-export-get-backend 'latex))
1247             (org-export--get-inbuffer-options
1248              (org-export-get-backend 'latex)))))
1249       (org-latex-guess-babel-language
1250        (org-latex-guess-inputenc
1251     (org-splice-latex-header
1252      org-format-latex-header
1253      org-latex-default-packages-alist
1254      nil t
1255      (plist-get info :latex-header)))
1256        info)))
1257
1258
1259   ; support ignoring headers in org mode export to latex
1260   ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
1261   (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
1262                     (headline contents info) activate)
1263     (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
1264     (setq ad-return-value contents)
1265       ad-do-it))
1266
1267   ;; keep latex logfiles
1268
1269   (setq org-latex-remove-logfiles nil)
1270
1271   ;; Resume clocking task when emacs is restarted
1272   (org-clock-persistence-insinuate)
1273   ;;
1274   ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
1275   (setq org-clock-history-length 23)
1276   ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
1277   (setq org-clock-in-resume t)
1278   ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
1279   ;; there are things like PHONE calls
1280   (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
1281   ;; Separate drawers for clocking and logs
1282   (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
1283   ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
1284   (setq org-clock-into-drawer t)
1285   (setq org-log-into-drawer t)
1286   ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
1287   (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
1288   ;; Clock out when moving task to a done state
1289   (setq org-clock-out-when-done t)
1290   ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
1291   (setq org-clock-persist t)
1292   ;; Do not prompt to resume an active clock
1293   (setq org-clock-persist-query-resume nil)
1294   ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
1295   (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
1296   ;; Include current clocking task in clock reports
1297   (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
1298
1299   ;; the cache seems to be broken
1300   (setq org-element-use-cache nil)
1301
1302   (defvar bh/keep-clock-running nil)
1303
1304   (defun bh/is-task-p ()
1305     "Any task with a todo keyword and no subtask"
1306     (save-restriction
1307       (widen)
1308       (let ((has-subtask)
1309             (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
1310             (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1311         (save-excursion
1312           (forward-line 1)
1313           (while (and (not has-subtask)
1314                       (< (point) subtree-end)
1315                       (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
1316             (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
1317               (setq has-subtask t))))
1318         (and is-a-task (not has-subtask)))))
1319
1320   (defun bh/is-subproject-p ()
1321     "Any task which is a subtask of another project"
1322     (let ((is-subproject)
1323           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
1324       (save-excursion
1325         (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
1326           (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1327             (setq is-subproject t))))
1328       (and is-a-task is-subproject)))
1329
1330
1331   (defun bh/clock-in-to-next (kw)
1332     "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
1333   Skips capture tasks, projects, and subprojects.
1334   Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
1335     (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
1336       (cond
1337        ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
1338          (bh/is-task-p))
1339     "NEXT")
1340        ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
1341          (bh/is-project-p))
1342     "TODO"))))
1343
1344   (defun bh/punch-in (arg)
1345     "Start continuous clocking and set the default task to the
1346   selected task.  If no task is selected set the Organization task
1347   as the default task."
1348     (interactive "p")
1349     (setq bh/keep-clock-running t)
1350     (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
1351     ;;
1352     ;; We're in the agenda
1353     ;;
1354     (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
1355            (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
1356       (if (and (eq arg 4) tags)
1357           (org-agenda-clock-in '(16))
1358         (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
1359       ;;
1360       ;; We are not in the agenda
1361       ;;
1362       (save-restriction
1363     (widen)
1364     ; Find the tags on the current task
1365     (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
1366         (org-clock-in '(16))
1367       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
1368
1369   (defun bh/punch-out ()
1370     (interactive)
1371     (setq bh/keep-clock-running nil)
1372     (when (org-clock-is-active)
1373       (org-clock-out))
1374     (org-agenda-remove-restriction-lock))
1375
1376   (defun bh/clock-in-default-task ()
1377     (save-excursion
1378       (org-with-point-at org-clock-default-task
1379     (org-clock-in))))
1380
1381   (defun bh/clock-in-parent-task ()
1382     "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
1383     (let ((parent-task))
1384       (save-excursion
1385     (save-restriction
1386       (widen)
1387       (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
1388         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
1389           (setq parent-task (point))))
1390       (if parent-task
1391           (org-with-point-at parent-task
1392         (org-clock-in))
1393         (when bh/keep-clock-running
1394           (bh/clock-in-default-task)))))))
1395
1396   (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
1397
1398   (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
1399     (interactive)
1400     (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
1401       (org-clock-in '(16))))
1402
1403   (defun bh/clock-out-maybe ()
1404     (when (and bh/keep-clock-running
1405            (not org-clock-clocking-in)
1406            (marker-buffer org-clock-default-task)
1407            (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
1408       (bh/clock-in-parent-task)))
1409
1410   ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
1411
1412   (require 'org-id)
1413   (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
1414     "Clock in a task by id"
1415     (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
1416       (org-clock-in nil)))
1417
1418   (defun bh/clock-in-last-task (arg)
1419     "Clock in the interrupted task if there is one
1420   Skip the default task and get the next one.
1421   A prefix arg forces clock in of the default task."
1422     (interactive "p")
1423     (let ((clock-in-to-task
1424        (cond
1425         ((eq arg 4) org-clock-default-task)
1426         ((and (org-clock-is-active)
1427           (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
1428          (caddr org-clock-history))
1429         ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
1430         ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
1431         (t (car org-clock-history)))))
1432       (widen)
1433       (org-with-point-at clock-in-to-task
1434     (org-clock-in nil))))
1435
1436
1437   (defun org-export-to-ods ()
1438     (interactive)
1439     (let ((csv-file "data.csv"))
1440       (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
1441       (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
1442
1443   ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
1444   ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
1445   ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
1446   ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
1447
1448   ;; support inserting screen shots
1449   (defun my/org-insert-screenshot ()
1450     "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
1451   same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
1452     (interactive)
1453     (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
1454     (setq my/org-insert-screenshot/filename
1455       (read-file-name
1456        "Screenshot to insert: "
1457        nil
1458        (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
1459        )
1460       )
1461     (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
1462     (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
1463     (org-display-inline-images))
1464
1465   (defun my/fix-inline-images ()
1466     (when org-inline-image-overlays
1467       (org-redisplay-inline-images)))
1468
1469   (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
1470
1471   ;; use xelatex to preview with imagemagick
1472   (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
1473            '(xelateximagemagick
1474         :programs ("xelatex" "convert")
1475         :description "pdf > png"
1476         :message "you need to install xelatex and imagemagick"
1477         :use-xcolor t
1478         :image-input-type "pdf"
1479         :image-output-type "png"
1480         :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
1481         :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
1482         :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
1483            )
1484   ;; use xelatex by default
1485   (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
1486
1487   ; from http://orgmode.org/Changes.html
1488   (defun my/org-repair-property-drawers ()
1489     "Fix properties drawers in current buffer.
1490    Ignore non Org buffers."
1491     (interactive)
1492     (when (eq major-mode 'org-mode)
1493       (org-with-wide-buffer
1494        (goto-char (point-min))
1495        (let ((case-fold-search t)
1496          (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
1497                  (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
1498                      "END[ \t]*$"))))
1499      (org-map-entries
1500       (lambda ()
1501         (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
1502           (save-excursion
1503         (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
1504           (forward-line)
1505           (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
1506           (when (and (< (point) end)
1507                  (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
1508                  (save-excursion
1509                    (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
1510                     (eq (org-element-type
1511                      (save-match-data (org-element-at-point)))
1512                     'drawer))))
1513             (insert (delete-and-extract-region
1514                  (match-beginning 0)
1515                  (min (1+ (match-end 0)) end)))
1516             (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
1517
1518 #+END_SRC
1519 ** End use-package
1520 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1521   )
1522 #+END_SRC
1523 * Keybindings
1524 ** Override other things
1525 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1526   ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
1527   ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
1528
1529   (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
1530
1531   ; use iedit everywhere
1532   (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
1533   ;; use outline mode keybindings everywhere
1534   ;; (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'my/mydra-outline/body)
1535
1536   (define-minor-mode my-keys-minor-mode
1537     "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
1538     t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
1539
1540   (my-keys-minor-mode 1)
1541   (defun my-minibuffer-setup-hook ()
1542     (my-keys-minor-mode 0))
1543
1544   (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
1545   (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
1546     "Try to ensure that my keybindings always have priority."
1547     (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
1548         (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
1549           (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
1550           (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
1551   (ad-activate 'load)
1552 #+END_SRC
1553
1554 * Misc (uncharacterized)
1555 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1556   (setq bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
1557   (setq calendar-latitude 40.11)
1558   (setq calendar-longitude -88.24)
1559   (setq case-fold-search t)
1560   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
1561   (setq cperl-lazy-help-time nil)
1562   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
1563   (display-time)
1564   (setq display-time-24hr-format t)
1565   (setq display-time-day-and-date t)
1566   (display-time-mode 1)
1567   (setq font-latex-fontify-script nil)
1568   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1569   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1570   (global-auto-revert-mode 1)
1571   (global-font-lock-mode 1)
1572   (icomplete-mode 1)
1573   (setq log-edit-keep-buffer t)
1574   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1575   (setq markdown-enable-math t)
1576   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
1577   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1578   (setq post-email-address "don@donarmstrong.com")
1579   (setq post-kill-quoted-sig nil)
1580   (setq post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
1581   (setq post-uses-fill-mode nil)
1582   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
1583   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
1584   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
1585   (setq ps-line-number-color "blue")
1586   (setq ps-print-footer t)
1587   (setq ps-print-footer-frame nil)
1588   (setq ps-print-only-one-header t)
1589   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
1590   ]*")
1591   (setq sentence-end-double-space nil)
1592   ; enable matching parenthesis
1593   (show-paren-mode 1)
1594   (tool-bar-mode -1)
1595   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
1596   (setq vc-delete-logbuf-window nil)
1597   (setq vc-follow-symlinks t)
1598
1599   ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
1600   ;; repositories inside of git directories
1601   (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
1602
1603   ;; switch back to the old primary selection method
1604   (setq x-select-enable-clipboard nil)
1605   (setq x-select-enable-primary t)
1606   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
1607
1608   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
1609   ;;(load-file "cperl-mode.el")
1610
1611   (require 'vcl-mode)
1612
1613   (require 'tex-site)
1614   ;;(require 'psvn)
1615   ;;(require 'ecasound)
1616   ;;(require 'emacs-wiki)
1617   (require 'bibtex)
1618   (require 'post)
1619   ;;(require 'fixme)
1620   ; (require 'google-weather)
1621   ; (require 'org-google-weather)
1622   ; (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
1623   
1624   (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
1625
1626   (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" . 
1627                     (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
1628                   auto-mode-alist))
1629
1630
1631   ; use markdown mode for mdwn files
1632   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
1633   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.md$" . markdown-mode))
1634
1635
1636   ;; tramp configuration
1637   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1638
1639   ; mail configuration
1640   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
1641   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
1642
1643   (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
1644   (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
1645   (defun my-message-mode-settings ()
1646     (font-lock-add-keywords nil
1647                             '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1648                                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1649                               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1650                                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1651     (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
1652     )
1653   (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
1654
1655   (defun my-post-attach-file ()
1656     "Prompt for an attachment."
1657     (interactive)
1658     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
1659           (description (string-read "Description: ")))
1660       (my-header-attach-file file description)))
1661
1662   (symbol-function 'my-post-attach-file)
1663
1664   (defun my-header-attach-file (file description)
1665     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1666   Argument DESCRIPTION MIME description."
1667     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1668     (when (> (length file) 0)
1669       (save-excursion
1670         (save-match-data
1671           (save-restriction
1672             (widen)
1673             (goto-char (point-min))
1674             (search-forward-regexp "^$")
1675             (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1676                             description "\n"))
1677             (message (concat "Attached '" file "'."))
1678             (setq post-has-attachment t))))))
1679
1680
1681
1682   (setq mail-yank-prefix "> ")
1683
1684   (global-unset-key "\M-g")
1685   (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
1686
1687   ;; self-insert-command hack.
1688   ;;   Without this, "if<SP>" expands to
1689   ;;   if ( -!-) {
1690   ;;   }
1691   ;;   which really should be,
1692   ;;   if (-!-) {
1693   ;;   }
1694
1695
1696
1697   ;(load-library "php-mode")
1698
1699   (setq-default c-indent-level 4)
1700   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
1701   (setq-default c-brace-offset -4)
1702   (setq-default c-argdecl-indent 4)
1703   (setq-default c-label-offset -4)
1704   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
1705   ; tabs are annoying
1706   (setq-default indent-tabs-mode nil)
1707   (setq-default tab-width 4)
1708
1709
1710   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
1711   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
1712   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
1713   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
1714   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
1715
1716
1717   (defun insert-date ()
1718     "Insert date at point."
1719     (interactive)
1720     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
1721   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
1722
1723   (defun unfill-paragraph (arg)
1724     "Pull this whole paragraph up onto one line."
1725     (interactive "*p")
1726     (let ((fill-column 10000))
1727       (fill-paragraph arg))
1728     )
1729
1730   (column-number-mode t)
1731
1732   (server-start)
1733
1734   ; (require 'mode-compile)
1735
1736   (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
1737     "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
1738       message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
1739     (if (eq major-mode 'post-mode)
1740         (message
1741          (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
1742                       ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
1743                       ; number if you have a faster computer or read slower than me.
1744   '(font-lock-verbose 1000)
1745   ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
1746   ; (add-hook 'server-switch-hook 
1747   ;     (function (lambda()
1748   ;             (cond ((string-match "Post" mode-name)
1749   ;                (post-goto-body)))
1750   ;             set-buffer-file-coding-system 'utf-8
1751   ;             )))
1752   ; 
1753
1754   (add-hook 'post-mode-hook
1755         (auto-fill-mode nil)
1756         )
1757   ; abbrev mode settings
1758   ; load abbreviations from 
1759   (setq abbrev-file-name       
1760         "~/.emacs_abbrev_def")
1761
1762   ; read the abbrev file if it exists
1763   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1764       (quietly-read-abbrev-file))
1765
1766   ; for now, use abbrev mode everywhere
1767   (setq default-abbrev-mode t)
1768
1769
1770   (defun insert-function-documentation ()
1771     "Insert function documentation"
1772     (interactive)
1773     (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
1774   (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
1775
1776   (eval-after-load "lilypond-mode" 
1777     '(progn
1778        (load-library "lyqi-mode")
1779        (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
1780
1781   (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
1782
1783   (desktop-load-default)
1784   (desktop-read)
1785   '(icomplete-mode on)
1786   (custom-set-faces
1787    ;; custom-set-faces was added by Custom.
1788    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
1789    ;; Your init file should contain only one such instance.
1790    ;; If there is more than one, they won't work right.
1791    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
1792
1793
1794   (put 'upcase-region 'disabled nil)
1795   (put 'downcase-region 'disabled nil)
1796   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
1797
1798   ; (defun turn-on-flyspell ()
1799   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
1800   ;    (interactive)
1801   ;    (flyspell-mode 1))
1802
1803
1804    ; Outline-minor-mode key map
1805    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
1806    ; HIDE
1807    (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1808    (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1809    (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
1810    (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
1811    (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1812    (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1813    ; SHOW
1814    (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
1815    (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
1816    (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1817    (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1818    (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1819    ; MOVE
1820    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
1821    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
1822    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1823    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1824    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1825    (global-set-key "\M-o" cm-map)
1826
1827
1828   ; debian stuff
1829   (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
1830   (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
1831
1832   ; ediff configuration
1833   ; don't use the multi-window configuration
1834   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
1835
1836   ; fix up css mode to not be silly
1837   ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1838   (setq cssm-indent-level 4)
1839   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1840   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1841   (setq cssm-mirror-mode nil)
1842
1843   (require 'multi-web-mode)
1844   (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
1845   (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
1846                     (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
1847                     (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
1848   (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
1849   (multi-web-global-mode 1)
1850
1851   ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
1852   ;;; `flymake-report-status'
1853   (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
1854   (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
1855     "Show \"slim\" flymake status in mode line."
1856     (when e-w
1857       (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
1858     (when status
1859       (setq flymake-mode-line-status status))
1860     (let* ((mode-line " Φ"))
1861       (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
1862         (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
1863       (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
1864       (setq flymake-mode-line mode-line)
1865       (force-mode-line-update)))
1866
1867   ; load sql-indent when sql is loaded
1868   (eval-after-load "sql"
1869     '(load-library "sql-indent"))
1870
1871   ; fix up tmux xterm keys
1872   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
1873   (defun fix-up-tmux-keys ()
1874       "Fix up tmux xterm keys"
1875       (if (getenv "TMUX")
1876           (progn
1877             (let ((x 2) (tkey ""))
1878               (while (<= x 8)
1879                 ;; shift
1880                 (if (= x 2)
1881                     (setq tkey "S-"))
1882                 ;; alt
1883                 (if (= x 3)
1884                     (setq tkey "M-"))
1885                 ;; alt + shift
1886                 (if (= x 4)
1887                     (setq tkey "M-S-"))
1888                 ;; ctrl
1889                 (if (= x 5)
1890                     (setq tkey "C-"))
1891                 ;; ctrl + shift
1892                 (if (= x 6)
1893                     (setq tkey "C-S-"))
1894                 ;; ctrl + alt
1895                 (if (= x 7)
1896                     (setq tkey "C-M-"))
1897                 ;; ctrl + alt + shift
1898                 (if (= x 8)
1899                     (setq tkey "C-M-S-"))
1900
1901                 ;; arrows
1902                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
1903                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
1904                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
1905                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
1906                 ;; home
1907                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
1908                 ;; end
1909                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
1910                 ;; page up
1911                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
1912                 ;; page down
1913                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
1914                 ;; insert
1915                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
1916                 ;; delete
1917                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
1918                 ;; f1
1919                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
1920                 ;; f2
1921                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
1922                 ;; f3
1923                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
1924                 ;; f4
1925                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
1926                 ;; f5
1927                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
1928                 ;; f6
1929                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
1930                 ;; f7
1931                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
1932                 ;; f8
1933                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
1934                 ;; f9
1935                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
1936                 ;; f10
1937                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
1938                 ;; f11
1939                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
1940                 ;; f12
1941                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
1942                 ;; f13
1943                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
1944                 ;; f14
1945                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
1946                 ;; f15
1947                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
1948                 ;; f16
1949                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
1950                 ;; f17
1951                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
1952                 ;; f18
1953                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
1954                 ;; f19
1955                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
1956                 ;; f20
1957                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
1958
1959                 (setq x (+ x 1))
1960                 ))
1961             )
1962         )
1963       )
1964   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
1965
1966   ; procmailmode configuration
1967   (load "procmail_mode")
1968
1969   (load "mode-line-cleaner")
1970
1971   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
1972     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
1973     (if (or (buffer-modified-p)
1974             (verify-visited-file-modtime)
1975             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
1976             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
1977         ad-do-it
1978       (clear-visited-file-modtime)
1979       (not-modified)))
1980   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
1981
1982   ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
1983   ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
1984
1985   (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
1986
1987   ; use iedit everywhere
1988   (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'mc/mark-all-dwim)
1989
1990   (define-minor-mode my-keys-minor-mode
1991     "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
1992     t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
1993
1994   (my-keys-minor-mode 1)
1995   (defun my-minibuffer-setup-hook ()
1996     (my-keys-minor-mode 0))
1997
1998   (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
1999   (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
2000     "Try to ensure that my keybindings always have priority."
2001     (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
2002         (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
2003           (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
2004           (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
2005   (ad-activate 'load)
2006   (global-set-key "\M- " 'hippie-expand)
2007
2008 #+END_SRC
2009
2010 * END
2011 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2012   (provide 'don-configuration)
2013 #+END_SRC