]> git.donarmstrong.com Git - imprinted_genes.git/commitdiff
sort and add missing genes to the list of imporinted genes
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Wed, 19 Aug 2015 22:03:11 +0000 (17:03 -0500)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Wed, 19 Aug 2015 22:03:11 +0000 (17:03 -0500)
Makefile
combine_imprinted_genes.R
imprinted_genes.txt
imprinted_genes_information.txt

index 18dfbad2a43c5847e8354d30a42ead694b122e73..193e28d99615c78204bc5b738b0c0eb72538da7d 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -3,6 +3,8 @@
 R=R
 ROPTS=-q --no-save --no-restore-data
 
+all: imprinted_genes_information.txt
+
 geneimprint_human.html:
        wget -O $@ "http://www.geneimprint.com/site/genes-by-species.Homo+sapiens"
 
@@ -16,7 +18,8 @@ geneimprint_human.txt: geneimprint_human.html parse_geneimprint.pl
 parent_of_origin.txt: parent_of_origin.html parse_parent_of_origin.pl
        ./parse_parent_of_origin.pl $< > $@
 
-imprinted_genes.txt: combine_imprinted_genes.R geneimprint_human.txt parent_of_origin.txt
+imprinted_genes.txt: combine_imprinted_genes.R geneimprint_human.txt \
+       parent_of_origin.txt gene_aliases.txt
        $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(wordlist 2,$(words $^),$^) $@
 
 imprinted_genes_information.txt: imprinted_genes.txt
index 782da8e011fcda6fd2791b1f23b9f1b63079affc..7b75d523fd5cd0bcc440435b5b1ab73491d13e1b 100644 (file)
@@ -3,6 +3,7 @@ library(data.table)
 args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
 
 geneimprint <- fread(args[1])
+geneimprint <- geneimprint[!grepl(" ",Gene),]
 parent <- fread(args[2])
 ### fix up the 0 prefixed chromosomes
 parent[,chr:=gsub("^0","",chromosome)]
@@ -12,11 +13,25 @@ parent[,Gene:=gsub("\\s*\\([^\\)]+\\)\\s*","",gene)]
 parent[,Gene:=gsub("\\s*,\\s*.+","",Gene)]
 
 parent <- parent[grepl("^[A-Z0-9]+$",Gene),]
+
+
 setkey(parent,"Gene")
 setkey(geneimprint,"Gene")
 
 imprinted.genes <-
-    union(parent[,Gene],geneimprint[,Gene])
+    union(gsub("[\\*\\@]$","",parent[,Gene]),
+          gsub("[\\*\\@]$","",geneimprint[,Gene]))
+
+gene.aliases <- fread(args[3])
+setkey(gene.aliases,"alias")
+
+imprinted.genes <-
+    sort(sapply(imprinted.genes,
+           function(x){if(is.na(gene.aliases[x,gene])) {
+                           return(x)
+                       } else {
+                           return(gene.aliases[x,gene])
+                       }}))
 
 write.table(file=args[length(args)],
             imprinted.genes,
index 65c1491fc02d8576b4dc6b187f4b3fa174f7a90e..80012f5463756bfade54375587c4db43b636ca32 100644 (file)
@@ -1,31 +1,56 @@
+ABCC9
+ABCG8
+ACD
+ADAMTS16
 AIM1
+ALDH1L1
 AMPD3
 ANO1
+APBA1
 APC
-APS
 ASB4
 ASCL2
+ATP10A
 ATXN7
-AWT1
+ATXN8OS
+B4GALNT4
 BDNF
 BEGAIN
 BLCAP
+BMP8B
 BRD2
+BTNL2
+C10orf91
 C19MC
+C9orf116
+C9orf85
 CALCR
 CASD1
+CCDC85A
 CD44
 CD81
+CDH18
+CDK4
 CDKN1C
+CELF4
+CFAP46
+CHMP2A
+CHST8
 CNTNAP2
+COL9A3
 COMMD1
 COPG2
 COPG2IT1
 CPA4
+CSF2
 CTNNA3
+CYP1B1
 DCN
 DDC
+DGCR6
+DGCR6L
 DHCR7
+DHRS12
 DIO3
 DIRAS3
 DLGAP2
@@ -33,96 +58,199 @@ DLK1
 DLX5
 DNMT1
 DSCR3
+DVL1
+E2F7
+EGFL7
 EPS15
-FLJ13639
+EVX1
+FAM50B
+FASTK
+FBRSL1
+FBRSL1
+FERMT2
+FGFRL1
+FOXF1
+FOXG1
+FUCA1
 GAB1
+GABRA5
 GABRB3
+GABRG3
+GAREM
+GATA3
+GATM
+GDAP1L1
+GFI1
+GLI3
+GLIS3
 GNAL
-GNAS1
+GNAS
+GNAS
+GNAS-AS1
+GNAS-AS1
 GNGT1
 GPR1
+GPT
 GRB10
 H19
 H73492
+HES1
 HFE
+HIST3H2BB
 HM13
+HOXA11
+HOXA2
+HOXA3
+HOXA4
+HOXA5
+HOXB2
+HOXB3
+HOXC4
+HOXC9
+HSPA6
 HTR2A
 HYMAI
-IDDM10
 IDDM8
+IFITM1
 IGF2
-IGF2AS
+IGF2-AS
 IGF2R
+IL2RA
 IL4R
 IMPACT
 INPP5F
 INS
-ITUP1
+IRAIN
+ISM1
+ISM1
+KBTBD3
+KCNK9
 KCNK9
 KCNQ1
 KCNQ1DN
 KCNQ1OT1
 KLF14
+KLK3
 L211
-L3MBTL
+L3MBTL1
+LDB1
 LGALS14
 LGALS8
+LILRB4
 LIN28B
+LINC01521
+LMX1B
+LOC100131170
 LRRTM1
+LY6D
 MAGEL2
 MAGI2
 MAS1
+MCTS2P
+MCTS2P
 MEG3
 MEG8
 MEST
 MESTIT1
+MIMT1
+MIMT1
+MIR184
+MIR296
+MIR298
+MIR371A
 MIR483
 MKRN3
+MKRN3-AS1
+MPC1
+MRAP2
+MRAP2
+MRGBP
 MS4A2
 MYCN
+MYEOV2
+MZF1
 NAA60
+NAP1L4
 NAP1L5
 NDN
+NDUFA4P1
 NDUFAF4
+NKAIN3
+NKX6-2
 NLRP2
 NNAT
 NPAP1
 NTM
+OBSCN
+OR11L1
 OSBPL1A
 OSBPL5
+OTX1
+PAOX
 PAPPA2
 PDGFC
 PEG10
 PEG3
+PEX10
 PHACTR2
 PHF11
 PHLDA2
+PHPT1
+PKP3
 PLAGL1
 PON1
 PON2
 PON3
+PPAP2C
 PPP1R9A
+PRDM16
 PRIM2
+PRR20A
+PTPN14
+PURG
 PWRN1
 PWRN2
+PYY2
+RAB1B
 RASGRF1
 RASSF1
 RB1
+RBP5
 RHOBTB3
+RNU5D-1
+RPL22
 RTL1
+SALL1
 SBK1
-SCA8
 SDHD
 SFMBT2
 SFRP2
 SGCE
+SGK2
+SIM2
+SLC22A18
 SLC22A18AS
 SLC22A2
 SLC22A3
+SLC26A10
 SLC38A4
+SLC4A2
 SMPD1
+SNORD107
+SNORD108
+SNORD109A
+SNORD109B
+SNORD115
+SNORD115-48
+SNORD116
+SNORD116
+SNORD64
+SNRPN
 SNURF
+SOX8
+SPATA31D1
 SPINK5
+SPON2
 SPTLC3
 STOX1
 TCEB3C
@@ -130,174 +258,42 @@ TCOF1
 TFPI2
 TGFB3
 TH
+TIGD1
+TMEM255B
+TMEM52
+TMEM60
+TMEM88
 TP73
 TRPM5
+TSHZ3
+TSIX
 TSPAN32
 TSPEAR
 TSSC4
-U2AF1L1
 UBE3A
-UPD
+UROD
+USB1
 USP29
-W89101
-WIF1
-ZFAT
-ZNF215
-ZNF331
-ZNF597
-ABCC9
-ABCG8
-ACD
-ADAMTS16
-ALDH1L1
-APBA1
-ATP10A
-B4GALNT4
-BMP8B
-BRP44L
-BRUNOL4
-BTNL2
-C10orf91
-C10orf93
-C16orf57
-C20orf20
-C20orf82
-C6orf117
-C9orf116
-C9orf85
-CCDC85A
-CDH18
-CDK4
-CHMP2A
-CHST8
-COL9A3
-CSF2
-CYP1B1
-DGCR6
-DGCR6L
-DVL1
-E2F7
-EGFL7
-EVX1
-FAM50B
-FAM59A
-FAM70B
-FASTK
-FBRSL1
-FERMT2
-FGFRL1
-FLJ20464
-FLJ40296
-FLJ46321
-FOXF1
-FOXG1
-FUCA1
-GABRA5
-GABRG3
-GATA3
-GATM
-GDAP1L1
-GFI1
-GLI3
-GLIS3
-GNAS
-GNASAS
-GPT
-HES1
-HIST3H2BB
-HOXA11
-HOXA2
-HOXA3
-HOXA4
-HOXA5
-HOXB2
-HOXB3
-HOXC4
-HOXC9
-HSPA6
-IFITM1
-INPP5F V2
-IRAIN
-ISM1
-KBTBD3
-KIAA1530
-KIAA1545
-LDB1
-LILRB4
-LMX1B
-LOC100131170
-LY6D
-MCTS2
-MIMT1
-MIR184
-MIR296
-MIR298
-MIR371A
-MRAP2
-MYEOV2
-MZF1
-NAP1L4
-NDUFA4P1
-NKAIN3
-NKX6-2
-OBSCN
-OR11L1
-OTX1
-PAOX
-PEG13
-PEX10
-PHPT1
-PKP3
-PPAP2C
-PRDM16
-PSIMCT-1
-PTPN14
-PURG
-PWCR1
-PYY2
-RAB1B
-RBP5
-RNU5D-1
-RPL22
-SALL1
-SANG
-SGK2
-SIM2
-SLC22A18
-SLC22A2*
-SLC22A3*
-SLC26A10
-SLC4A2
-SNORD107
-SNORD108
-SNORD109A
-SNORD109B
-SNORD115-48
-SNORD115@
-SNORD116@
-SNORD64
-SNRPN
-SOX8
-SPON2
-TIGD1
-TMEM52
-TMEM60
-TMEM88
-TSHZ3
-TSIX
+UVSSA
 VAX2
 VENTX
-WDR8
-WT1-Alt trans
+W89101
+WIF1
+WRAP73
+WT1
 XIST
 ZC3H12C
 ZDBF2
+ZFAT
 ZFAT-AS1
 ZFP36L2
 ZIC1
 ZIM2
 ZIM3
-ZNF127AS
+ZNF215
 ZNF225
 ZNF229
 ZNF264
+ZNF331
+ZNF597
+ZRSR1
index 505a9824bca53a84366b34d2598f8587f3d5fcc1..ae3e1ba273945ecc399de072a8ccfa59956650d1 100644 (file)
 gene   chr     ideogram        complement      start   stop    name
-AIM1   6       6q21    0       106959730       107018335       absent in melanoma 1
-AMPD3  11      11p15.4 0       10471868        10529126        adenosine monophosphate deaminase 3
-ANO1   11      11q13.3 0       69924408        70035651        anoctamin 1, calcium activated chloride channel
-APC    5       5q22.2  0       112043202       112181936       adenomatous polyposis coli
-APS    NA      NA      NA      NA      NA      NA
-ASB4   7       7q21.3  0       95115213        95169543        ankyrin repeat and SOCS box containing 4
-ASCL2  11      11p15.5 1       2289728 2292182 achaete-scute complex homolog 2 (Drosophila)
-ATXN7  3       3p14.1  0       63850233        63989138        ataxin 7
-AWT1   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-BDNF   11      11p14.1 1       27676440        27743605        brain-derived neurotrophic factor
-BEGAIN 14      14q32.2 1       101003484       101036131       brain-enriched guanylate kinase-associated homolog (rat)
-BLCAP  20      20q11.23        1       36145819        36156333        bladder cancer associated protein
-BRD2   6       6p21.32 0       32936437        32949282        bromodomain containing 2
+ABCC9  12      12p12.1 -       21950335        22094336        ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 9
+ABCG8  2       2p21    +       44066103        44105605        ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), member 8
+ACD    16      16q22.1 -       67691415        67694713        adrenocortical dysplasia homolog (mouse)
+ADAMTS16       5       5p15.32 +       5140443 5320417 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 16
+AIM1   6       6q21    +       106959730       107018326       absent in melanoma 1
+ALDH1L1        3       3q21.3  -       125822412       125916837       aldehyde dehydrogenase 1 family, member L1
+AMPD3  11      11p15.4 +       10329860        10529126        adenosine monophosphate deaminase 3
+ANO1   11      11q13.3 +       69924408        70035634        anoctamin 1, calcium activated chloride channel
+APBA1  9       9q21.11 -       72042446        72287222        amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 1
+APC    5       5q22.2  +       112043195       112181936       adenomatous polyposis coli
+ASB4   7       7q21.3  +       95107756        95169544        ankyrin repeat and SOCS box containing 4
+ASCL2  11      11p15.5 -       2289725 2292182 achaete-scute complex homolog 2 (Drosophila)
+ATP10A 15      15q12   -       25922420        26110317        ATPase, class V, type 10A
+ATXN7  3       3p14.1  +       63850233        63989138        ataxin 7
+ATXN8OS        13      13q21.33        +       70681345        70713561        ATXN8 opposite strand (non-protein coding)
+B4GALNT4       11      11p15.5 +       369796  382116  beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyl transferase 4
+BDNF   11      11p14.1 -       27676440        27743605        brain-derived neurotrophic factor
+BEGAIN 14      14q32.2 -       101003486       101053750       brain-enriched guanylate kinase-associated homolog (rat)
+BLCAP  20      20q11.23        -       36120874        36156333        bladder cancer associated protein
+BMP8B  1       1p34.2  -       40222854        40254533        bone morphogenetic protein 8b
+BRD2   6       6p21.32 +       32936437        32949282        bromodomain containing 2
+BTNL2  6       6p21.32 -       32361740        32374905        butyrophilin-like 2 (MHC class II associated)
+C10orf91       10      10q26.3 +       134257831       134262912       chromosome 10 open reading frame 91
 C19MC  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-CALCR  7       7q21.3  1       93053799        93204042        calcitonin receptor
-CASD1  7       7q21.3  0       94139170        94186331        CAS1 domain containing 1
-CD44   11      11p13   0       35160417        35253949        CD44 molecule (Indian blood group)
-CD81   11      11p15.5 0       2398547 2418649 CD81 molecule
-CDKN1C 11      11p15.4 1       2904448 2906995 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2)
-CNTNAP2        7       7q35    0       145813453       148118090       contactin associated protein-like 2
-COMMD1 2       2p15    0       62132803        62363205        copper metabolism (Murr1) domain containing 1
-COPG2  7       7q32.2  1       130146079       130353598       coatomer protein complex, subunit gamma 2
-COPG2IT1       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-CPA4   7       7q32.2  0       129932974       129964020       carboxypeptidase A4
-CTNNA3 10      10q21.3 1       67679725        69455949        catenin (cadherin-associated protein), alpha 3
-DCN    12      12q21.33        1       91539035        91576806        decorin
-DDC    7       7p12.1  1       50526134        50633154        dopa decarboxylase (aromatic L-amino acid decarboxylase)
-DHCR7  11      11q13.4 1       71145457        71159477        7-dehydrocholesterol reductase
-DIO3   14      14q32.31        0       102027688       102029789       deiodinase, iodothyronine, type III
-DIRAS3 1       1p31.3  1       68511645        68516460        DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3
-DLGAP2 8       8p23.3  0       1449569 1656642 discs, large (Drosophila) homolog-associated protein 2
-DLK1   14      14q32.2 0       101193202       101201467       delta-like 1 homolog (Drosophila)
-DLX5   7       7q21.3  1       96649702        96654143        distal-less homeobox 5
-DNMT1  19      19p13.2 1       10244022        10305755        DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 1
-DSCR3  21      21q22.13        1       38595726        38639833        Down syndrome critical region gene 3
-EPS15  1       1p32.3  1       51819935        51984995        epidermal growth factor receptor pathway substrate 15
-FLJ13639       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-GAB1   4       4q31.21 0       144257983       144395718       GRB2-associated binding protein 1
-GABRB3 15      15q12   1       26788693        27018935        gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, beta 3
-GNAL   18      18p11.21        0       11689136        11883144        guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha activating activity polypeptide, olfactory type
-GNAS1  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-GNGT1  7       7q21.3  0       93535820        93540485        guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma transducing activity polypeptide 1
-GPR1   2       2q33.3  1       207040040       207082771       G protein-coupled receptor 1
-GRB10  7       7p12.1  1       50657760        50861159        growth factor receptor-bound protein 10
-H19    NA      NA      NA      NA      NA      NA
+C9orf116       9       9q34.3  -       138387027       138393580       chromosome 9 open reading frame 116
+C9orf85        9       9q21.13 +       74526426        74600970        chromosome 9 open reading frame 85
+CALCR  7       7q21.3  -       93053799        93204042        calcitonin receptor
+CASD1  7       7q21.3  +       94138531        94186331        CAS1 domain containing 1
+CCDC85A        2       2p16.1  +       56411258        56613308        coiled-coil domain containing 85A
+CD44   11      11p13   +       35160417        35253949        CD44 molecule (Indian blood group)
+CD81   11      11p15.5 +       2397407 2418649 CD81 molecule
+CDH18  5       5p14.3  -       19473060        20575982        cadherin 18, type 2
+CDK4   12      12q14.1 -       58141510        58149796        cyclin-dependent kinase 4
+CDKN1C 11      11p15.4 -       2904443 2907111 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2)
+CELF4  18      18q12.2 -       34823010        35146000        CUGBP, Elav-like family member 4
+CFAP46 NA      NA      NA      NA      NA      NA
+CHMP2A 19      19q13.43        -       59062933        59066491        charged multivesicular body protein 2A
+CHST8  19      19q13.11        +       34112861        34264414        carbohydrate (N-acetylgalactosamine 4-0) sulfotransferase 8
+CNTNAP2        7       7q35    +       145813453       148118090       contactin associated protein-like 2
+COL9A3 20      20q13.33        +       61447596        61472511        collagen, type IX, alpha 3
+COMMD1 2       2p15    +       62115859        62374382        copper metabolism (Murr1) domain containing 1
+COPG2  7       7q32.2  -       130146089       130353598       coatomer protein complex, subunit gamma 2
+COPG2IT1       HG1308_PATCH    NA      +       130207103       130210545       COPG2 imprinted transcript 1 (non-protein coding)
+CPA4   7       7q32.2  +       129932974       129964020       carboxypeptidase A4
+CSF2   5       5q31.1  +       131409483       131411859       colony stimulating factor 2 (granulocyte-macrophage)
+CTNNA3 10      10q21.3 -       67672276        69455927        catenin (cadherin-associated protein), alpha 3
+CYP1B1 2       2p22.2  -       38294116        38337044        cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1
+DCN    12      12q21.33        -       91539025        91576900        decorin
+DDC    7       7p12.1  -       50526134        50633154        dopa decarboxylase (aromatic L-amino acid decarboxylase)
+DGCR6  22      22q11.21        +       18893541        18901751        DiGeorge syndrome critical region gene 6
+DGCR6L 22      22q11.21        -       20301799        20307603        DiGeorge syndrome critical region gene 6-like
+DHCR7  11      11q13.4 -       71139239        71163914        7-dehydrocholesterol reductase
+DHRS12 13      13q14.3 -       52342129        52378293        dehydrogenase/reductase (SDR family) member 12
+DIO3   14      14q32.31        +       102027688       102029789       deiodinase, iodothyronine, type III
+DIRAS3 1       1p31.3  -       68511645        68517314        DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3
+DLGAP2 8       8p23.3  +       1449532 1656642 discs, large (Drosophila) homolog-associated protein 2
+DLK1   14      14q32.2 +       101192042       101201539       delta-like 1 homolog (Drosophila)
+DLX5   7       7q21.3  -       96649704        96654409        distal-less homeobox 5
+DNMT1  19      19p13.2 -       10244021        10341962        DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 1
+DSCR3  21      21q22.13        -       38595721        38640262        Down syndrome critical region gene 3
+DVL1   1       1p36.33 -       1270656 1284730 dishevelled, dsh homolog 1 (Drosophila)
+E2F7   12      12q21.2 -       77415027        77459360        E2F transcription factor 7
+EGFL7  9       9q34.3  +       139553308       139567130       EGF-like-domain, multiple 7
+EPS15  1       1p32.3  -       51819935        51985000        epidermal growth factor receptor pathway substrate 15
+EVX1   7       7p15.2  +       27282164        27290112        even-skipped homeobox 1
+FAM50B 6       6p25.2  +       3849620 3851551 family with sequence similarity 50, member B
+FASTK  7       7q36.1  -       150773711       150777953       Fas-activated serine/threonine kinase
+FBRSL1 12      12q24.33        +       133066137       133161774       fibrosin-like 1
+FBRSL1 12      12q24.33        +       133066137       133161774       fibrosin-like 1
+FERMT2 14      14q22.1 -       53323986        53419153        fermitin family member 2
+FGFRL1 4       4p16.3  +       1003724 1020685 fibroblast growth factor receptor-like 1
+FOXF1  16      16q24.1 +       86544133        86548076        forkhead box F1
+FOXG1  14      14q12   +       29235050        29238870        forkhead box G1
+FUCA1  1       1p36.11 -       24171567        24194784        fucosidase, alpha-L- 1, tissue
+GAB1   4       4q31.21 +       144257915       144395721       GRB2-associated binding protein 1
+GABRA5 15      15q12   +       27111510        27194354        gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, alpha 5
+GABRB3 15      15q12   -       26788693        27184686        gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, beta 3
+GABRG3 15      15q12   +       27216429        27778373        gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, gamma 3
+GAREM  18      18q12.1 -       29704840        30050447        NA
+GATA3  10      10p14   +       8095567 8117161 GATA binding protein 3
+GATM   15      15q21.1 -       45653322        45694525        glycine amidinotransferase (L-arginine:glycine amidinotransferase)
+GDAP1L1        20      20q13.12        +       42875887        42909013        ganglioside induced differentiation associated protein 1-like 1
+GFI1   1       1p22.1  -       92940319        92952433        growth factor independent 1 transcription repressor
+GLI3   7       7p14.1  -       42000548        42277469        GLI family zinc finger 3
+GLIS3  9       9p24.2  -       3824127 4348392 GLIS family zinc finger 3
+GNAL   18      18p11.21        +       11688955        11885684        guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha activating activity polypeptide, olfactory type
+GNAS   20      20q13.32        +       57414773        57486247        GNAS complex locus
+GNAS   20      20q13.32        +       57414773        57486247        GNAS complex locus
+GNAS-AS1       20      20q13.32        -       57393974        57425958        GNAS antisense RNA 1 (non-protein coding)
+GNAS-AS1       20      20q13.32        -       57393974        57425958        GNAS antisense RNA 1 (non-protein coding)
+GNGT1  7       7q21.3  +       93220885        93540577        guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma transducing activity polypeptide 1
+GPR1   2       2q33.3  -       207040040       207082771       G protein-coupled receptor 1
+GPT    8       8q24.3  +       145728356       145732557       glutamic-pyruvate transaminase (alanine aminotransferase)
+GRB10  7       7p12.1  -       50657760        50861159        growth factor receptor-bound protein 10
+H19    11      11p15.5 -       2016406 2022700 H19, imprinted maternally expressed transcript (non-protein coding)
 H73492 NA      NA      NA      NA      NA      NA
-HFE    6       6p22.2  0       26087509        26095469        hemochromatosis
-HM13   20      20q11.21        0       30102241        30157370        histocompatibility (minor) 13
-HTR2A  13      13q14.2 1       47407513        47471169        5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2A, G protein-coupled
+HES1   3       3q29    +       193853934       193856521       hairy and enhancer of split 1, (Drosophila)
+HFE    6       6p22.2  +       26087509        26098571        hemochromatosis
+HIST3H2BB      1       1q42.13 +       228645808       228646259       histone cluster 3, H2bb
+HM13   20      20q11.21        +       30102231        30157370        histocompatibility (minor) 13
+HOXA11 7       7p15.2  -       27221129        27224842        homeobox A11
+HOXA2  7       7p15.2  -       27139721        27142430        homeobox A2
+HOXA3  7       7p15.2  -       27145803        27192200        homeobox A3
+HOXA4  7       7p15.2  -       27168126        27170418        homeobox A4
+HOXA5  7       7p15.2  -       27180671        27183287        homeobox A5
+HOXB2  17      17q21.32        -       46618256        46623441        homeobox B2
+HOXB3  17      17q21.32        -       46626232        46682274        homeobox B3
+HOXC4  12      12q13.13        +       54410715        54449813        homeobox C4
+HOXC9  12      12q13.13        +       54388679        54397121        homeobox C9
+HSPA6  1       1q23.3  +       161494036       161496681       heat shock 70kDa protein 6 (HSP70B')
+HTR2A  13      13q14.2 -       47405685        47471169        5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 2A, G protein-coupled
 HYMAI  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-IDDM10 NA      NA      NA      NA      NA      NA
 IDDM8  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-IGF2   11      11p15.5 1       2150347 2170833 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A)
-IGF2AS NA      NA      NA      NA      NA      NA
-IGF2R  6       6q25.3  0       160390131       160527583       insulin-like growth factor 2 receptor
-IL4R   16      16p12.1 0       27325251        27376099        interleukin 4 receptor
-IMPACT 18      18q11.2 0       22006609        22033495        Impact homolog (mouse)
-INPP5F 10      10q26.11        0       121485609       121588659       inositol polyphosphate-5-phosphatase F
-INS    11      11p15.5 1       2181009 2182439 insulin
-ITUP1  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-KCNK9  8       8q24.3  1       140624804       140715299       potassium channel, subfamily K, member 9
-KCNQ1  11      11p15.5 0       2466221 2870340 potassium voltage-gated channel, KQT-like subfamily, member 1
-KCNQ1DN        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-KCNQ1OT1       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-KLF14  7       7q32.3  1       130417396       130418888       Kruppel-like factor 14
-L211   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-L3MBTL NA      NA      NA      NA      NA      NA
-LGALS14        19      19q13.2 0       40194946        40200088        lectin, galactoside-binding, soluble, 14
-LGALS8 1       1q43    0       236681514       236716281       lectin, galactoside-binding, soluble, 8
-LIN28B 6       6q16.3  0       105404923       105531206       lin-28 homolog B (C. elegans)
-LRRTM1 2       2p12    1       80529003        80531487        leucine rich repeat transmembrane neuronal 1
-MAGEL2 15      15q11.2 1       23888696        23892993        MAGE-like 2
-MAGI2  7       7q21.11 1       77646374        79082890        membrane associated guanylate kinase, WW and PDZ domain containing 2
-MAS1   6       6q25.3  0       160327974       160329108       MAS1 oncogene
-MEG3   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MEG8   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MEST   7       7q32.2  0       130126046       130146133       mesoderm specific transcript homolog (mouse)
-MESTIT1        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MIR483 NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MKRN3  15      15q11.2 0       23810454        23813167        makorin ring finger protein 3
-MS4A2  11      11q12.1 0       59856137        59865940        membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 2
-MYCN   2       2p24.3  0       16080683        16087129        v-myc myelocytomatosis viral related oncogene, neuroblastoma derived (avian)
-NAA60  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-NAP1L5 4       4q22.1  1       89617066        89619023        nucleosome assembly protein 1-like 5
-NDN    15      15q11.2 1       23930554        23932450        necdin homolog (mouse)
-NDUFAF4        6       6q16.1  1       97337187        97345767        NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex, assembly factor 4
-NLRP2  19      19q13.42        0       55476652        55512510        NLR family, pyrin domain containing 2
-NNAT   20      20q11.23        0       36149607        36152092        neuronatin
-NPAP1  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-NTM    11      11q25   0       131240371       132206716       neurotrimin
-OSBPL1A        18      18q11.2 1       21742009        21977833        oxysterol binding protein-like 1A
-OSBPL5 11      11p15.4 1       3108346 3186582 oxysterol binding protein-like 5
-PAPPA2 1       1q25.2  0       176432307       176811972       pappalysin 2
-PDGFC  4       4q32.1  1       157682763       157892546       platelet derived growth factor C
-PEG10  7       7q21.3  0       94285637        94299007        paternally expressed 10
-PEG3   19      19q13.43        1       57321445        57352094        paternally expressed 3
-PHACTR2        6       6q24.2  0       143929317       144152322       phosphatase and actin regulator 2
-PHF11  13      13q14.2 0       50069801        50103117        PHD finger protein 11
-PHLDA2 11      11p15.4 1       2949503 2950650 pleckstrin homology-like domain, family A, member 2
-PLAGL1 6       6q24.2  1       144261437       144385735       pleiomorphic adenoma gene-like 1
-PON1   7       7q21.3  1       94927669        94953884        paraoxonase 1
-PON2   7       7q21.3  1       95034174        95064384        paraoxonase 2
-PON3   7       7q21.3  1       94989184        95025687        paraoxonase 3
-PPP1R9A        7       7q21.3  0       94536949        94925727        protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A
-PRIM2  6       6p11.2  0       57182415        57512702        primase, DNA, polypeptide 2 (58kDa)
-PWRN1  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-PWRN2  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-RASGRF1        15      15q25.1 1       79252289        79383215        Ras protein-specific guanine nucleotide-releasing factor 1
-RASSF1 3       3p21.31 1       50367217        50378367        Ras association (RalGDS/AF-6) domain family member 1
-RB1    13      13q14.2 0       48877883        49056026        retinoblastoma 1
-RHOBTB3        5       5q15    0       95066850        95132071        Rho-related BTB domain containing 3
-RTL1   14      14q32.2 1       101346992       101351184       retrotransposon-like 1
-SBK1   16      16p11.2 0       28303840        28335170        SH3-binding domain kinase 1
-SCA8   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SDHD   11      11q23.1 0       111957571       111966518       succinate dehydrogenase complex, subunit D, integral membrane protein
-SFMBT2 10      10p14   1       7200586 7453448 Scm-like with four mbt domains 2
-SFRP2  4       4q31.3  1       154701742       154710228       secreted frizzled-related protein 2
-SGCE   7       7q21.3  1       94214536        94285521        sarcoglycan, epsilon
-SLC22A18AS     11      11p15.4 1       2909327 2925175 solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 18 antisense
-SLC22A2        6       6q25.3  1       160637794       160679963       solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 2
-SLC22A3        6       6q25.3  0       160769425       160876014       solute carrier family 22 (extraneuronal monoamine transporter), member 3
-SLC38A4        12      12q13.11        1       47158544        47219780        solute carrier family 38, member 4
-SMPD1  11      11p15.4 0       6411644 6416228 sphingomyelin phosphodiesterase 1, acid lysosomal
-SNURF  15      15q11.2 0       25200070        25223729        SNRPN upstream reading frame
-SPINK5 5       5q32    0       147443535       147516925       serine peptidase inhibitor, Kazal type 5
-SPTLC3 20      20p12.1 0       12989627        13147411        serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
-STOX1  10      10q21.3 0       70587294        70655209        storkhead box 1
-TCEB3C 18      18q21.1 1       44554573        44556449        transcription elongation factor B polypeptide 3C (elongin A3)
-TCOF1  5       5q32    0       149737202       149779871       Treacher Collins-Franceschetti syndrome 1
-TFPI2  7       7q21.3  1       93515745        93520065        tissue factor pathway inhibitor 2
-TGFB3  14      14q24.3 1       76424442        76448092        transforming growth factor, beta 3
-TH     11      11p15.5 1       2185159 2193035 tyrosine hydroxylase
-TP73   1       1p36.32 0       3569129 3652765 tumor protein p73
-TRPM5  11      11p15.5 1       2425745 2444275 transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 5
-TSPAN32        11      11p15.5 0       2323243 2339430 tetraspanin 32
-TSPEAR 21      21q22.3 1       45917775        46131495        thrombospondin-type laminin G domain and EAR repeats
-TSSC4  11      11p15.5 0       2423523 2425106 tumor suppressing subtransferable candidate 4
-U2AF1L1        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-UBE3A  15      15q11.2 1       25582396        25684175        ubiquitin protein ligase E3A
-UPD    NA      NA      NA      NA      NA      NA
-USP29  19      19q13.43        0       57631509        57643294        ubiquitin specific peptidase 29
-W89101 NA      NA      NA      NA      NA      NA
-WIF1   12      12q14.3 1       65444404        65515346        WNT inhibitory factor 1
-ZFAT   8       8q24.22 1       135490031       135725292       zinc finger and AT hook domain containing
-ZNF215 11      11p15.4 0       6947654 6979278 zinc finger protein 215
-ZNF331 19      19q13.42        0       54024177        54083523        zinc finger protein 331
-ZNF597 16      16p13.3 1       3486110 3493490 zinc finger protein 597
-ABCC9  12      12p12.1 1       21950323        22089628        ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 9
-ABCG8  2       2p21    0       44066103        44105605        ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), member 8
-ACD    16      16q22.1 1       67691415        67694718        adrenocortical dysplasia homolog (mouse)
-ADAMTS16       5       5p15.32 0       5140443 5320412 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 16
-ALDH1L1        3       3q21.3  1       125822408       125899485       aldehyde dehydrogenase 1 family, member L1
-APBA1  9       9q21.11 1       72042449        72287275        amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 1
-ATP10A 15      15q12   1       25923859        26108349        ATPase, class V, type 10A
-B4GALNT4       11      11p15.5 0       369795  382117  beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyl transferase 4
-BMP8B  1       1p34.2  1       40223903        40254533        bone morphogenetic protein 8b
-BRP44L 6       6q27    1       166778407       166796486       brain protein 44-like
-BRUNOL4        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-BTNL2  6       6p21.32 1       32362513        32374900        butyrophilin-like 2 (MHC class II associated)
-C10orf91       10      10q26.3 0       134258714       134261825       chromosome 10 open reading frame 91
-C10orf93       10      10q26.3 1       134742689       134756089       NA
-C16orf57       16      16q21   0       58035277        58055527        chromosome 16 open reading frame 57
-C20orf20       20      20q13.33        0       61427805        61431945        chromosome 20 open reading frame 20
-C20orf82       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-C6orf117       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-C9orf116       9       9q34.3  1       138387026       138391761       chromosome 9 open reading frame 116
-C9orf85        9       9q21.13 0       74526423        74588373        chromosome 9 open reading frame 85
-CCDC85A        2       2p16.1  0       56411258        56613309        coiled-coil domain containing 85A
-CDH18  5       5p14.3  1       19473140        19988353        cadherin 18, type 2
-CDK4   12      12q14.1 1       58142003        58146164        cyclin-dependent kinase 4
-CHMP2A 19      19q13.43        1       59062933        59066486        charged multivesicular body protein 2A
-CHST8  19      19q13.11        0       34112861        34264414        carbohydrate (N-acetylgalactosamine 4-0) sulfotransferase 8
-COL9A3 20      20q13.33        0       61448414        61472511        collagen, type IX, alpha 3
-CSF2   5       5q31.1  0       131409485       131411859       colony stimulating factor 2 (granulocyte-macrophage)
-CYP1B1 2       2p22.2  1       38294746        38303323        cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1
-DGCR6  22      22q11.21        0       18893736        18899601        DiGeorge syndrome critical region gene 6
-DGCR6L 22      22q11.21        1       20301761        20307628        DiGeorge syndrome critical region gene 6-like
-DVL1   1       1p36.33 1       1270658 1284492 dishevelled, dsh homolog 1 (Drosophila)
-E2F7   12      12q21.2 1       77415026        77459360        E2F transcription factor 7
-EGFL7  9       9q34.3  0       139557377       139567130       EGF-like-domain, multiple 7
-EVX1   7       7p15.2  0       27282164        27286192        even-skipped homeobox 1
-FAM50B 6       6p25.2  0       3849632 3851551 family with sequence similarity 50, member B
-FAM59A 18      18q12.1 1       29843484        30050447        family with sequence similarity 59, member A
-FAM70B 13      13q34   0       114462216       114514899       family with sequence similarity 70, member B
-FASTK  7       7q36.1  1       150773708       150777951       Fas-activated serine/threonine kinase
-FBRSL1 12      12q24.33        0       133067157       133161774       fibrosin-like 1
-FERMT2 14      14q22.1 1       53323989        53417815        fermitin family member 2
-FGFRL1 4       4p16.3  0       1005610 1020686 fibroblast growth factor receptor-like 1
-FLJ20464       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-FLJ40296       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-FLJ46321       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-FOXF1  16      16q24.1 0       86544133        86548070        forkhead box F1
-FOXG1  14      14q12   0       29236287        29238871        forkhead box G1
-FUCA1  1       1p36.11 1       24171567        24194859        fucosidase, alpha-L- 1, tissue
-GABRA5 15      15q12   0       27111866        27194357        gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, alpha 5
-GABRG3 15      15q12   0       27216429        27778373        gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, gamma 3
-GATA3  10      10p14   0       8096667 8117164 GATA binding protein 3
-GATM   15      15q21.1 1       45653322        45670980        glycine amidinotransferase (L-arginine:glycine amidinotransferase)
-GDAP1L1        20      20q13.12        0       42875908        42909013        ganglioside induced differentiation associated protein 1-like 1
-GFI1   1       1p22.1  1       92940318        92952433        growth factor independent 1 transcription repressor
-GLI3   7       7p14.1  1       42000547        42276618        GLI family zinc finger 3
-GLIS3  9       9p24.2  1       3824128 4300035 GLIS family zinc finger 3
-GNAS   20      20q13.32        0       57414795        57486250        GNAS complex locus
-GNASAS NA      NA      NA      NA      NA      NA
-GPT    8       8q24.3  0       145729465       145732555       glutamic-pyruvate transaminase (alanine aminotransferase)
-HES1   3       3q29    0       193853931       193856401       hairy and enhancer of split 1, (Drosophila)
-HIST3H2BB      1       1q42.13 0       228645808       228646259       histone cluster 3, H2bb
-HOXA11 7       7p15.2  1       27220776        27224835        homeobox A11
-HOXA2  7       7p15.2  1       27139973        27142394        homeobox A2
-HOXA3  7       7p15.2  1       27145809        27166639        homeobox A3
-HOXA4  7       7p15.2  1       27168126        27170399        homeobox A4
-HOXA5  7       7p15.2  1       27180671        27183287        homeobox A5
-HOXB2  17      17q21.32        1       46620017        46622393        homeobox B2
-HOXB3  17      17q21.32        1       46626232        46651810        homeobox B3
-HOXC4  12      12q13.13        0       54410642        54449814        homeobox C4
-HOXC9  12      12q13.13        0       54393877        54397121        homeobox C9
-HSPA6  1       1q23.3  0       161494036       161496687       heat shock 70kDa protein 6 (HSP70B')
-IFITM1 11      11p15.5 0       313991  315272  interferon induced transmembrane protein 1
-INPP5F V2      NA      NA      NA      NA      NA      NA
+IFITM1 11      11p15.5 +       313506  315272  interferon induced transmembrane protein 1
+IGF2   11      11p15.5 -       2150342 2170833 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A)
+IGF2-AS        11      11p15.5 +       2161731 2169894 NA
+IGF2R  6       6q25.3  +       160390131       160534539       insulin-like growth factor 2 receptor
+IL2RA  10      10p15.1 -       6052652 6104288 interleukin 2 receptor, alpha
+IL4R   16      16p12.1 +       27324989        27376099        interleukin 4 receptor
+IMPACT 18      18q11.2 +       22006580        22033499        Impact homolog (mouse)
+INPP5F 10      10q26.11        +       121485609       121588652       inositol polyphosphate-5-phosphatase F
+INS    11      11p15.5 -       2181009 2182571 insulin
 IRAIN  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-ISM1   20      20p12.1 0       13202418        13281297        isthmin 1 homolog (zebrafish)
-KBTBD3 11      11q22.3 1       105921825       105948465       kelch repeat and BTB (POZ) domain containing 3
-KIAA1530       4       4p16.3  0       1341104 1381837 KIAA1530
-KIAA1545       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-LDB1   10      10q24.32        1       103867317       103880210       LIM domain binding 1
-LILRB4 19      19q13.42        0       55174124        55179848        leukocyte immunoglobulin-like receptor, subfamily B (with TM and ITIM domains), member 4
-LMX1B  9       9q33.3  0       129376722       129463311       LIM homeobox transcription factor 1, beta
+ISM1   20      20p12.1 +       13202418        13281298        isthmin 1 homolog (zebrafish)
+ISM1   20      20p12.1 +       13202418        13281298        isthmin 1 homolog (zebrafish)
+KBTBD3 11      11q22.3 -       105921825       105948492       kelch repeat and BTB (POZ) domain containing 3
+KCNK9  8       8q24.3  -       140613081       140715299       potassium channel, subfamily K, member 9
+KCNK9  8       8q24.3  -       140613081       140715299       potassium channel, subfamily K, member 9
+KCNQ1  11      11p15.5 +       2465914 2870339 potassium voltage-gated channel, KQT-like subfamily, member 1
+KCNQ1DN        11      11p15.4 +       2891263 2893335 KCNQ1 downstream neighbor (non-protein coding)
+KCNQ1OT1       11      11p15.5 -       2629558 2721224 KCNQ1 opposite strand/antisense transcript 1 (non-protein coding)
+KLF14  7       7q32.3  -       130417401       130418888       Kruppel-like factor 14
+KLK3   19      19q13.33        +       51358171        51364020        kallikrein-related peptidase 3
+L211   NA      NA      NA      NA      NA      NA
+L3MBTL1        20      20q13.12        +       42136320        42179590        l(3)mbt-like 1 (Drosophila)
+LDB1   10      10q24.32        -       103867317       103880210       LIM domain binding 1
+LGALS14        19      19q13.2 +       40194946        40200084        lectin, galactoside-binding, soluble, 14
+LGALS8 1       1q43    +       236681300       236716281       lectin, galactoside-binding, soluble, 8
+LILRB4 19      19q13.42        +       55155340        55181810        leukocyte immunoglobulin-like receptor, subfamily B (with TM and ITIM domains), member 4
+LIN28B 6       6q16.3  +       105404923       105531207       lin-28 homolog B (C. elegans)
+LINC01521      NA      NA      NA      NA      NA      NA
+LMX1B  9       9q33.3  +       129376722       129463311       LIM homeobox transcription factor 1, beta
 LOC100131170   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-LY6D   8       8q24.3  1       143866298       143868008       lymphocyte antigen 6 complex, locus D
-MCTS2  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MIMT1  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MIR184 NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MIR296 NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MIR298 NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MIR371A        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-MRAP2  6       6q14.2  0       84743420        84800606        melanocortin 2 receptor accessory protein 2
-MYEOV2 2       2q37.3  1       241065980       241075764       myeloma overexpressed 2
-MZF1   19      19q13.43        1       59073284        59084942        myeloid zinc finger 1
-NAP1L4 11      11p15.4 1       2965660 3013607 nucleosome assembly protein 1-like 4
+LRRTM1 2       2p12    -       80515483        80531874        leucine rich repeat transmembrane neuronal 1
+LY6D   8       8q24.3  -       143866296       143868008       lymphocyte antigen 6 complex, locus D
+MAGEL2 15      15q11.2 -       23888691        23891175        MAGE-like 2
+MAGI2  7       7q21.11 -       77646393        79082890        membrane associated guanylate kinase, WW and PDZ domain containing 2
+MAS1   6       6q25.3  +       160327974       160329108       MAS1 oncogene
+MCTS2P NA      NA      NA      NA      NA      NA
+MCTS2P NA      NA      NA      NA      NA      NA
+MEG3   14      14q32.2 +       101245747       101327368       maternally expressed 3 (non-protein coding)
+MEG8   14      14q32.2 +       101361107       101402336       maternally expressed 8 (non-protein coding)
+MEST   7       7q32.2  +       130126012       130146133       mesoderm specific transcript homolog (mouse)
+MESTIT1        NA      NA      NA      NA      NA      NA
+MIMT1  19      19q13.43        +       57352270        57359924        MER1 repeat containing imprinted transcript 1 (non-protein coding)
+MIMT1  19      19q13.43        +       57352270        57359924        MER1 repeat containing imprinted transcript 1 (non-protein coding)
+MIR184 15      15q25.1 +       79502130        79502213        microRNA 184
+MIR296 20      20q13.32        -       57392187        57392780        microRNA 296
+MIR298 20      20q13.32        -       57393281        57393368        microRNA 298
+MIR371A        19      19q13.42        +       54290929        54290995        microRNA 371a
+MIR483 11      11p15.5 -       2155364 2155439 microRNA 483
+MKRN3  15      15q11.2 +       23810454        23873064        makorin ring finger protein 3
+MKRN3-AS1      NA      NA      NA      NA      NA      NA
+MPC1   6       6q27    -       166778407       166796486       NA
+MRAP2  6       6q14.2  +       84743475        84800600        melanocortin 2 receptor accessory protein 2
+MRAP2  6       6q14.2  +       84743475        84800600        melanocortin 2 receptor accessory protein 2
+MRGBP  20      20q13.33        +       61427805        61431945        NA
+MS4A2  11      11q12.1 +       59855734        59863444        membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 2
+MYCN   2       2p24.3  +       16080686        16087129        v-myc myelocytomatosis viral related oncogene, neuroblastoma derived (avian)
+MYEOV2 2       2q37.3  -       241065980       241076224       myeloma overexpressed 2
+MZF1   19      19q13.43        -       59073298        59084942        myeloid zinc finger 1
+NAA60  16      16p13.3 +       3415099 3536960 N(alpha)-acetyltransferase 60, NatF catalytic subunit
+NAP1L4 11      11p15.4 -       2965667 3013607 nucleosome assembly protein 1-like 4
+NAP1L5 4       4q22.1  -       89617066        89619386        nucleosome assembly protein 1-like 5
+NDN    15      15q11.2 -       23930565        23932450        necdin homolog (mouse)
 NDUFA4P1       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-NKAIN3 8       8q12.3  0       63161501        63903628        Na+/K+ transporting ATPase interacting 3
-NKX6-2 10      10q26.3 1       134598320       134599537       NK6 homeobox 2
-OBSCN  1       1q42.13 0       228395861       228566575       obscurin, cytoskeletal calmodulin and titin-interacting RhoGEF
-OR11L1 1       1q44    1       248004230       248005198       olfactory receptor, family 11, subfamily L, member 1
-OTX1   2       2p15    0       63277192        63284966        orthodenticle homeobox 1
-PAOX   10      10q26.3 0       135192741       135205198       polyamine oxidase (exo-N4-amino)
-PEG13  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-PEX10  1       1p36.32 1       2336241 2344010 peroxisomal biogenesis factor 10
-PHPT1  9       9q34.3  0       139743256       139745490       phosphohistidine phosphatase 1
-PKP3   11      11p15.5 0       394217  404908  plakophilin 3
-PPAP2C 19      19p13.3 1       281043  291435  phosphatidic acid phosphatase type 2C
-PRDM16 1       1p36.32 0       2985742 3355185 PR domain containing 16
-PSIMCT-1       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-PTPN14 1       1q41    1       214522039       214725024       protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14
-PURG   8       8p12    1       30853321        30891231        purine-rich element binding protein G
-PWCR1  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-PYY2   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-RAB1B  11      11q13.2 0       66036056        66044963        RAB1B, member RAS oncogene family
-RBP5   12      12p13.31        1       7276280 7281466 retinol binding protein 5, cellular
-RNU5D-1        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-RPL22  1       1p36.31 1       6245080 6259679 ribosomal protein L22
-SALL1  16      16q12.1 1       51169886        51185183        sal-like 1 (Drosophila)
-SANG   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SGK2   20      20q13.12        0       42187635        42214273        serum/glucocorticoid regulated kinase 2
-SIM2   21      21q22.13        0       38071991        38122510        single-minded homolog 2 (Drosophila)
-SLC22A18       11      11p15.4 0       2920951 2946476 solute carrier family 22, member 18
-SLC22A2*       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SLC22A3*       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SLC26A10       12      12q13.3 0       58013693        58019934        solute carrier family 26, member 10
-SLC4A2 7       7q36.1  0       150755299       150773614       solute carrier family 4, anion exchanger, member 2 (erythrocyte membrane protein band 3-like 1)
+NDUFAF4        6       6q16.1  -       97337189        97345757        NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1 alpha subcomplex, assembly factor 4
+NKAIN3 8       8q12.3  +       63161150        63912211        Na+/K+ transporting ATPase interacting 3
+NKX6-2 10      10q26.3 -       134598297       134599556       NK6 homeobox 2
+NLRP2  19      19q13.42        +       55464498        55512510        NLR family, pyrin domain containing 2
+NNAT   20      20q11.23        +       36149617        36152092        neuronatin
+NPAP1  15      15q11.2 +       24920541        24928593        NA
+NTM    11      11q25   +       131240373       132206716       neurotrimin
+OBSCN  1       1q42.13 +       228395831       228566577       obscurin, cytoskeletal calmodulin and titin-interacting RhoGEF
+OR11L1 1       1q44    -       248004199       248005254       olfactory receptor, family 11, subfamily L, member 1
+OSBPL1A        18      18q11.2 -       21742008        21977844        oxysterol binding protein-like 1A
+OSBPL5 11      11p15.4 -       3108346 3187969 oxysterol binding protein-like 5
+OTX1   2       2p15    +       63277192        63284971        orthodenticle homeobox 1
+PAOX   10      10q26.3 +       135192695       135205198       polyamine oxidase (exo-N4-amino)
+PAPPA2 1       1q25.2  +       176432307       176814735       pappalysin 2
+PDGFC  4       4q32.1  -       157681606       157892546       platelet derived growth factor C
+PEG10  7       7q21.3  +       94285637        94299007        paternally expressed 10
+PEG3   19      19q13.43        -       57321445        57352096        paternally expressed 3
+PEX10  1       1p36.32 -       2336236 2345236 peroxisomal biogenesis factor 10
+PHACTR2        6       6q24.2  +       143857982       144152322       phosphatase and actin regulator 2
+PHF11  13      13q14.2 +       50069746        50103123        PHD finger protein 11
+PHLDA2 11      11p15.4 -       2949503 2950685 pleckstrin homology-like domain, family A, member 2
+PHPT1  9       9q34.3  +       139743176       139745488       phosphohistidine phosphatase 1
+PKP3   11      11p15.5 +       392614  404908  plakophilin 3
+PLAGL1 6       6q24.2  -       144261437       144385735       pleiomorphic adenoma gene-like 1
+PON1   7       7q21.3  -       94926988        95025673        paraoxonase 1
+PON2   7       7q21.3  -       95034175        95064510        paraoxonase 2
+PON3   7       7q21.3  -       94989256        95025680        paraoxonase 3
+PPAP2C 19      19p13.3 -       281040  291393  phosphatidic acid phosphatase type 2C
+PPP1R9A        7       7q21.3  +       94536514        94925727        protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A
+PRDM16 1       1p36.32 +       2985732 3355185 PR domain containing 16
+PRIM2  6       6p11.2  +       57179603        57513375        primase, DNA, polypeptide 2 (58kDa)
+PRR20A 13      13q21.1 +       57715052        57718073        proline rich 20A
+PTPN14 1       1q41    -       214522039       214725792       protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 14
+PURG   8       8p12    -       30853321        30891231        purine-rich element binding protein G
+PWRN1  15      15q11.2 +       24738284        24897277        Prader-Willi region non-protein coding RNA 1
+PWRN2  15      15q11.2 -       24407901        24415095        Prader-Willi region non-protein coding RNA 2
+PYY2   17      17q11.2 +       26553589        26555091        peptide YY, 2 (seminalplasmin)
+RAB1B  11      11q13.2 +       66036004        66044963        RAB1B, member RAS oncogene family
+RASGRF1        15      15q25.1 -       79252289        79383115        Ras protein-specific guanine nucleotide-releasing factor 1
+RASSF1 3       3p21.31 -       50367219        50378411        Ras association (RalGDS/AF-6) domain family member 1
+RB1    13      13q14.2 +       48877887        49056122        retinoblastoma 1
+RBP5   12      12p13.31        -       7276280 7281538 retinol binding protein 5, cellular
+RHOBTB3        5       5q15    +       95049226        95160087        Rho-related BTB domain containing 3
+RNU5D-1        1       1p34.1  -       45196727        45196842        RNA, U5D small nuclear 1
+RPL22  1       1p36.31 -       6241329 6269449 ribosomal protein L22
+RTL1   14      14q32.2 -       101346992       101351184       retrotransposon-like 1
+SALL1  16      16q12.1 -       51169886        51185278        sal-like 1 (Drosophila)
+SBK1   16      16p11.2 +       28303840        28335170        SH3-binding domain kinase 1
+SDHD   11      11q23.1 +       111957497       111990353       succinate dehydrogenase complex, subunit D, integral membrane protein
+SFMBT2 10      10p14   -       7200586 7453450 Scm-like with four mbt domains 2
+SFRP2  4       4q31.3  -       154701744       154710272       secreted frizzled-related protein 2
+SGCE   7       7q21.3  -       94214542        94285521        sarcoglycan, epsilon
+SGK2   20      20q13.12        +       42187608        42216877        serum/glucocorticoid regulated kinase 2
+SIM2   21      21q22.13        +       38071433        38122218        single-minded homolog 2 (Drosophila)
+SLC22A18       11      11p15.4 +       2920951 2946476 solute carrier family 22, member 18
+SLC22A18AS     11      11p15.4 -       2909010 2924970 solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 18 antisense
+SLC22A2        6       6q25.3  -       160592093       160698670       solute carrier family 22 (organic cation transporter), member 2
+SLC22A3        6       6q25.3  +       160769300       160876014       solute carrier family 22 (extraneuronal monoamine transporter), member 3
+SLC26A10       12      12q13.3 +       58013310        58019934        solute carrier family 26, member 10
+SLC38A4        12      12q13.11        -       47158546        47226191        solute carrier family 38, member 4
+SLC4A2 7       7q36.1  +       150754297       150773614       solute carrier family 4, anion exchanger, member 2 (erythrocyte membrane protein band 3-like 1)
+SMPD1  11      11p15.4 +       6411655 6416228 sphingomyelin phosphodiesterase 1, acid lysosomal
 SNORD107       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD108       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD109A      NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD109B      NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD115-48    NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD115@      NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD116@      NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNORD64        NA      NA      NA      NA      NA      NA
-SNRPN  15      15q11.2 0       25068794        25223729        small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N
-SOX8   16      16p13.3 0       1031808 1036979 SRY (sex determining region Y)-box 8
-SPON2  4       4p16.3  1       1160720 1202750 spondin 2, extracellular matrix protein
-TIGD1  2       2q37.1  1       233412779       233415226       tigger transposable element derived 1
-TMEM52 1       1p36.33 1       1849029 1850740 transmembrane protein 52
-TMEM60 7       7q11.23 1       77423045        77427747        transmembrane protein 60
-TMEM88 17      17p13.1 0       7758384 7759417 transmembrane protein 88
-TSHZ3  19      19q12   1       31765851        31840190        teashirt zinc finger homeobox 3
-TSIX   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-VAX2   2       2p13.3  0       71127720        71160576        ventral anterior homeobox 2
-VENTX  10      10q26.3 0       135051408       135055433       VENT homeobox
-WDR8   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-WT1-Alt trans  NA      NA      NA      NA      NA      NA
-XIST   NA      NA      NA      NA      NA      NA
-ZC3H12C        11      11q22.3 0       109964087       110042566       zinc finger CCCH-type containing 12C
-ZDBF2  2       2q33.3  0       207139523       207179148       zinc finger, DBF-type containing 2
-ZFAT-AS1       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-ZFP36L2        2       2p21    1       43449541        43453745        zinc finger protein 36, C3H type-like 2
-ZIC1   3       3q24    0       147127181       147134506       Zic family member 1
-ZIM2   19      19q13.43        1       57285915        57352097        zinc finger, imprinted 2
-ZIM3   19      19q13.43        1       57645464        57656570        zinc finger, imprinted 3
-ZNF127AS       NA      NA      NA      NA      NA      NA
-ZNF225 19      19q13.31        0       44617548        44637255        zinc finger protein 225
-ZNF229 19      19q13.31        1       44930426        44952665        zinc finger protein 229
-ZNF264 19      19q13.43        0       57702868        57734214        zinc finger protein 264
+SNORD108       15      15q11.2 +       25232072        25232142        small nucleolar RNA, C/D box 108
+SNORD109A      15      15q11.2 +       25287065        25287575        small nucleolar RNA, C/D box 109A
+SNORD109B      15      15q11.2 +       25523490        25523556        small nucleolar RNA, C/D box 109B
+SNORD115       10      10p11.23        +       29864235        29864310        NA
+SNORD115-48    15      15q11.2 +       25514930        25515005        small nucleolar RNA, C/D box 115-48
+SNORD116       1       1q41    -       215803368       215803459       NA
+SNORD116       1       1q41    -       215803368       215803459       NA
+SNORD64        1       1q23.2  -       159821696       159821762       small nucleolar RNA, C/D box 64
+SNRPN  15      15q11.2 +       25068794        25223870        small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N
+SNURF  15      15q11.2 +       25200133        25223729        SNRPN upstream reading frame
+SOX8   16      16p13.3 +       1031808 1036979 SRY (sex determining region Y)-box 8
+SPATA31D1      9       9q21.32 +       84603687        84610171        NA
+SPINK5 5       5q32    +       147405246       147516852       serine peptidase inhibitor, Kazal type 5
+SPON2  4       4p16.3  -       1160720 1202750 spondin 2, extracellular matrix protein
+SPTLC3 20      20p12.1 +       12989627        13147411        serine palmitoyltransferase, long chain base subunit 3
+STOX1  10      10q21.3 +       70587298        70655188        storkhead box 1
+TCEB3C 18      18q21.1 -       44554573        44556449        transcription elongation factor B polypeptide 3C (elongin A3)
+TCOF1  5       5q32    +       149737202       149779871       Treacher Collins-Franceschetti syndrome 1
+TFPI2  7       7q21.3  -       93514709        93520303        tissue factor pathway inhibitor 2
+TGFB3  14      14q24.3 -       76424442        76449334        transforming growth factor, beta 3
+TH     11      11p15.5 -       2185159 2193107 tyrosine hydroxylase
+TIGD1  2       2q37.1  -       233412779       233415226       tigger transposable element derived 1
+TMEM255B       13      13q34   +       114462216       114514926       NA
+TMEM52 1       1p36.33 -       1849029 1850712 transmembrane protein 52
+TMEM60 7       7q11.23 -       77423045        77427897        transmembrane protein 60
+TMEM88 17      17p13.1 +       7758383 7759417 transmembrane protein 88
+TP73   1       1p36.32 +       3569084 3652765 tumor protein p73
+TRPM5  11      11p15.5 -       2425745 2444275 transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 5
+TSHZ3  19      19q12   -       31765851        31840453        teashirt zinc finger homeobox 3
+TSIX   X       Xq13.2  +       73012040        73049066        TSIX transcript, XIST antisense RNA (non-protein coding)
+TSPAN32        11      11p15.5 +       2323227 2339430 tetraspanin 32
+TSPEAR 21      21q22.3 -       45917775        46131495        thrombospondin-type laminin G domain and EAR repeats
+TSSC4  11      11p15.5 +       2421718 2425106 tumor suppressing subtransferable candidate 4
+UBE3A  15      15q11.2 -       25582381        25684128        ubiquitin protein ligase E3A
+UROD   1       1p34.1  +       45477819        45481247        uroporphyrinogen decarboxylase
+USB1   16      16q21   +       58033450        58055522        NA
+USP29  19      19q13.43        +       57630506        57643294        ubiquitin specific peptidase 29
+UVSSA  4       4p16.3  +       1341054 1381837 NA
+VAX2   2       2p13.3  +       71127720        71160576        ventral anterior homeobox 2
+VENTX  10      10q26.3 +       135050908       135055433       VENT homeobox
+W89101 NA      NA      NA      NA      NA      NA
+WIF1   12      12q14.3 -       65444406        65515346        WNT inhibitory factor 1
+WRAP73 1       1p36.32 -       3547331 3569325 WD repeat containing, antisense to TP73
+WT1    11      11p13   -       32409321        32457176        Wilms tumor 1
+XIST   X       Xq13.2  -       73040486        73072588        X (inactive)-specific transcript (non-protein coding)
+ZC3H12C        11      11q22.3 +       109964087       110042566       zinc finger CCCH-type containing 12C
+ZDBF2  2       2q33.3  +       207139387       207179148       zinc finger, DBF-type containing 2
+ZFAT   8       8q24.22 -       135490031       135725292       zinc finger and AT hook domain containing
+ZFAT-AS1       8       8q24.22 +       135610314       135612932       ZFAT antisense RNA 1 (non-protein coding)
+ZFP36L2        2       2p21    -       43449541        43453748        zinc finger protein 36, C3H type-like 2
+ZIC1   3       3q24    +       147111209       147228080       Zic family member 1
+ZIM2   19      19q13.43        -       57285920        57352097        zinc finger, imprinted 2
+ZIM3   19      19q13.43        -       57645464        57656570        zinc finger, imprinted 3
+ZNF215 11      11p15.4 +       6947635 7005863 zinc finger protein 215
+ZNF225 19      19q13.31        +       44616334        44637027        zinc finger protein 225
+ZNF229 19      19q13.31        -       44921685        44952766        zinc finger protein 229
+ZNF264 19      19q13.43        +       57702868        57724724        zinc finger protein 264
+ZNF331 19      19q13.42        +       54024235        54083523        zinc finger protein 331
+ZNF597 16      16p13.3 -       3486104 3493542 zinc finger protein 597
+ZRSR1  5       5q22.2  +       112227313       112228791       zinc finger (CCCH type), RNA-binding motif and serine/arginine rich 1