src/swsse2/swsse2.h

   1 /******************************************************************\r
   2   Copyright 2006 by Michael Farrar.  All rights reserved.\r
   3   This program may not be sold or incorporated into a commercial product,\r
   4   in whole or in part, without written consent of Michael Farrar.  For \r
   5   further information regarding permission for use or reproduction, please \r
   6   contact: Michael Farrar at farrar.michael@gmail.com.\r
   7 *******************************************************************/\r
   8 \r
   9 /*\r
  10   Written by Michael Farrar, 2006.\r
  11   Please send bug reports and/or suggestions to farrar.michael@gmail.com.\r
  12 */\r
  13 \r
  14 #ifndef INCLUDE_SWSSE2_H\r
  15 #define INCLUDE_SWSSE2_H\r
  16 \r
  17 typedef void SW_DATA;\r
  18 \r
  19 #define ALPHA_SIZE 23\r
  20 \r
  21 extern const char AMINO_ACIDS[ALPHA_SIZE];\r
  22 extern const int AMINO_ACID_VALUE[256];\r
  23 \r
  24 #define SHORT_BIAS 32768\r
  25 \r
  26 typedef struct {\r
  27     short gapInit;\r
  28     short gapExt;\r
  29     int   threshold;\r
  30 } SEARCH_OPTIONS;\r
  31 \r
  32 #define MAX_SCORE_NAME 64\r
  33 typedef struct SCORE_STRUCT {\r
  34     int score;\r
  35     char name[MAX_SCORE_NAME];\r
  36     struct SCORE_STRUCT *prev;\r
  37     struct SCORE_STRUCT *next;\r
  38 } SCORE_NODE;\r
  39 \r
  40 typedef struct {\r
  41     int minScore;\r
  42     SCORE_NODE *first;\r
  43     SCORE_NODE *last;\r
  44     SCORE_NODE *free;\r
  45     void *buffer;\r
  46 } SCORE_LIST;\r
  47 \r
  48 int insertList (SCORE_LIST *list, int score, char *name);\r
  49 \r
  50 #endif /* INCLUDE_SWSSE2_H */\r