src/fastq-sw.h

   1 /*
   2  * This file is part of fastq-tools.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   5  *
   6  * fastq-sw :
   7  * Local alignments of nucleotide sequences via Smith-Waterman.
   8  *
   9  */
  10
  11 #ifndef FASTQ_TOOLS_SW_H
  12 #define FASTQ_TOOLS_SW_H
  13
  14
  15 typedef struct
  16 {
  17     unsigned char* subject;
  18     int size;
  19
  20     int d[25];      /* cost matrix */
  21     int gap_open;   /* gap open    */
  22     int gap_extend; /* gap extend  */
  23
  24     /* matrix rows, used internally */
  25     int* work0;
  26     int* work1;
  27
  28 } sw_t;
  29
  30 /* convert a n ASCII nucleotide sequence to one suitable for fastq_sw */
  31 void fastq_sw_conv_seq(unsigned char*, int n);
  32
  33 sw_t* fastq_alloc_sw(const unsigned char *subject, int size);
  34 void  fastq_free_sw(sw_t*);
  35
  36 int fastq_sw(sw_t*, const unsigned char* query, int size);
  37
  38 #endif
  39