src/fastq-qualadj.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-qualadj:
   8  * Adjust quality scores by a given offset.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "common.h"
  14 #include "parse.h"
  15 #include <stdlib.h>
  16 #include <stdio.h>
  17 #include <string.h>
  18 #include <getopt.h>
  19 #include <zlib.h>
  20
  21
  22 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  23 #  include <fcntl.h>
  24 #  include <io.h>
  25 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  26 #else
  27 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  28 #endif
  29
  30
  31 static const char* prog_name = "fastq-grep";
  32
  33 void print_help()
  34 {
  35     fprintf(stdout,
  36 "fastq-qualadj [OPTION]... OFFSET [FILE]...\n"
  37 "The given offset is added to each and every quality score, where\n"
  38 "the offset may be negative.\n"
  39 "Options:\n"
  40 "  -h, --help              print this message\n"
  41 "  -V, --version           output version information and exit\n"
  42     );
  43 }
  44
  45 void fastq_qualadj(FILE* fin, FILE* fout, int offset)
  46 {
  47     fastq_t* fqf = fastq_create(fin);
  48     seq_t* seq = seq_create();
  49     size_t i;
  50     int c;
  51
  52     while (fastq_read(fqf, seq)) {
  53         for (i = 0; i < seq->qual.n; ++i) {
  54             c = (int) seq->qual.s[i] + offset;
  55             c = c < 0 ? 0 : (c > 126 ? 126: c);
  56             seq->qual.s[i] = (char) c;
  57         }
  58
  59         fastq_print(fout, seq);
  60     }
  61
  62     seq_free(seq);
  63     fastq_free(fqf);
  64 }
  65
  66
  67 int main(int argc, char* argv[])
  68 {
  69     SET_BINARY_MODE(stdin);
  70     SET_BINARY_MODE(stdout);
  71
  72     char offset = 0;
  73
  74     static struct option long_options[] =
  75         {
  76           {"help",         no_argument, NULL, 'h'},
  77           {"version",      no_argument, NULL, 'V'},
  78           {0, 0, 0, 0}
  79         };
  80
  81     int opt;
  82     int opt_idx;
  83
  84     char* tmp;
  85     size_t tmplen;
  86
  87     while (1) {
  88         opt = getopt_long(argc, argv, "hV0:1::2::3::4::5::6::7::8::9::", long_options, &opt_idx);
  89
  90         if (opt == -1) break;
  91
  92         switch(opt) {
  93
  94             /* this is a bit of a hack to prevent getopt from choking on
  95              * negative numbers. */
  96             case '0':
  97             case '1':
  98             case '2':
  99             case '3':
 100             case '4':
 101             case '5':
 102             case '6':
 103             case '7':
 104             case '8':
 105             case '9':
 106                 tmplen = 2;
 107                 if (optarg) tmplen += strlen(optarg);
 108                 tmp = malloc(tmplen + 1);
 109
 110                 if (optarg) snprintf(tmp, tmplen + 1, "-%c%s", (char) opt, optarg);
 111                 else        snprintf(tmp, tmplen + 1, "-%c",   (char) opt);
 112
 113                 offset = atoi(tmp);
 114                 free(tmp);
 115                 break;
 116
 117
 118             case 'h':
 119                 print_help();
 120                 return 0;
 121
 122             case 'V':
 123                 print_version(stdout, prog_name);
 124                 return 0;
 125
 126             case '?':
 127                 return 1;
 128
 129             default:
 130                 abort();
 131         }
 132     }
 133
 134     if (offset == 0 && optind >= argc) {
 135         fprintf(stderr, "An offset must be specified.\n");
 136         return 1;
 137     }
 138     else if (offset == 0) offset = atoi(argv[optind++]);
 139
 140     FILE* fin;
 141
 142     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 143         fastq_qualadj(stdin, stdout, offset);
 144     }
 145     else {
 146         for (; optind < argc; optind++) {
 147             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 148             if (fin == NULL) {
 149                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 150                 continue;
 151             }
 152
 153             fastq_qualadj(fin, stdout, offset);
 154
 155             fclose(fin);
 156         }
 157     }
 158
 159     return 0;
 160 }
 161
 162