src/fastq-qual.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-qual :
   8  * Collect quality score statistics.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "common.h"
  13 #include "parse.h"
  14 #include <stdlib.h>
  15 #include <stdio.h>
  16 #include <string.h>
  17 #include <getopt.h>
  18
  19
  20 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  21 #  include <fcntl.h>
  22 #  include <io.h>
  23 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  24 #else
  25 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  26 #endif
  27
  28 static const char* prog_name = "fastq-grep";
  29
  30 void print_help()
  31 {
  32     fprintf(stdout,
  33 "fastq-qual [OPTION]... [FILE]...\n"
  34 "Output a tab-delimnated table such that row i, column j, given \n"
  35 "the number of times that quality score i occured in read position j\n\n."
  36 "Options:\n"
  37 "  -h, --help              print this message\n"
  38 "  -V, --version           output version information and exit\n");
  39 }
  40
  41
  42
  43 void tally_quals(FILE* fin, unsigned int** xs, size_t* n)
  44 {
  45     seq_t* seq = seq_create();
  46     fastq_t* fqf = fastq_create(fin);
  47
  48     size_t i;
  49
  50     while (fastq_read(fqf, seq)) {
  51         if (seq->qual.n > *n) {
  52             *xs = realloc_or_die(*xs, 255 * seq->qual.n * sizeof(unsigned int));
  53             memset(*xs + *n, 0, 255 * (seq->qual.n - *n) * sizeof(unsigned int));
  54             *n  = seq->qual.n;
  55         }
  56
  57
  58         for (i = 0; i < seq->qual.n; ++i) {
  59             (*xs)[i * 255 + (int) seq->qual.s[i]] += 1;
  60         }
  61     }
  62
  63     seq_free(seq);
  64     fastq_free(fqf);
  65 }
  66
  67
  68
  69
  70 void print_table(FILE* fout, unsigned int* xs, size_t n)
  71 {
  72     size_t i, j;
  73
  74     for (j = 0; j < 255; ++j) {
  75         fprintf(fout, "%u", xs[j]);
  76         for (i = 1; i < n; ++i) {
  77             fprintf(fout, "\t%u", xs[i * 255 + j]);
  78         }
  79         fputc('\n', fout);
  80     }
  81 }
  82
  83
  84
  85 int main(int argc, char* argv[])
  86 {
  87     SET_BINARY_MODE(stdin);
  88     SET_BINARY_MODE(stdout);
  89
  90     FILE* fin;
  91
  92     int opt;
  93     int opt_idx;
  94     static struct option long_options[] =
  95         {
  96           {"help",    no_argument,    0, 'h'},
  97           {"version", no_argument, 0, 'V'},
  98           {0, 0, 0, 0}
  99         };
 100
 101     while (1) {
 102         opt = getopt_long(argc, argv, "hV", long_options, &opt_idx);
 103
 104         if( opt == -1 ) break;
 105
 106         switch (opt) {
 107             case 'h':
 108                 print_help();
 109                 return 0;
 110
 111             case 'V':
 112                 print_version(stdout, prog_name);
 113                 return 0;
 114
 115             case '?':
 116                 return 1;
 117
 118             default:
 119                 abort();
 120         }
 121     }
 122
 123
 124     size_t n = 0;
 125     unsigned int* xs = NULL;
 126
 127     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 128         tally_quals(stdin, &xs, &n);
 129     }
 130     else {
 131         for (; optind < argc; optind++) {
 132             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 133             if (fin == NULL) {
 134                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 135                 continue;
 136             }
 137
 138             tally_quals(fin, &xs, &n);
 139         }
 140     }
 141
 142     print_table(stdout, xs, n);
 143
 144     free(xs);
 145
 146     return 0;
 147 }
 148
 149