src/fastq-match.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-match :
   8  * Smith-Waterman alignments against sequences within a fastq file.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "common.h"
  14 #include "parse.h"
  15 #include "sw.h"
  16 #include <stdlib.h>
  17 #include <string.h>
  18 #include <zlib.h>
  19 #include <getopt.h>
  20
  21 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  22 #  include <fcntl.h>
  23 #  include <io.h>
  24 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  25 #else
  26 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  27 #endif
  28
  29
  30 static const char* prog_name = "fastq-match";
  31
  32
  33 void print_help()
  34 {
  35     fprintf(stdout,
  36 "fastq-match [OPTION]... QUERY [FILE]...\n"
  37 "Perform Smith-Waterman local alignment of a query sequence\n"
  38 "against each sequence in a fastq file.\n\n"
  39 "Options:\n"
  40 "  -h, --help              print this message\n"
  41 "  -V, --version           output version information and exit\n"
  42     );
  43 }
  44
  45
  46 void fastq_match(FILE* fin, FILE* fout,
  47                  sw_t* sw,
  48                  unsigned char* query, int n)
  49 {
  50     int score;
  51
  52     fastq_t* fqf = fastq_open(fin);
  53     seq_t* seq = fastq_alloc_seq();
  54
  55     while (fastq_next(fqf, seq)) {
  56         fprintf(fout, "%s\t", seq->seq.s);
  57
  58         fastq_sw_conv_seq((unsigned char*)seq->seq.s, seq->seq.n);
  59         score = fastq_sw(sw, (unsigned char*)seq->seq.s, seq->seq.n);
  60
  61         fprintf(fout, "%d\n", score);
  62     }
  63
  64     fastq_free_seq(seq);
  65     fastq_close(fqf);
  66 }
  67
  68
  69
  70 int main(int argc, char* argv[])
  71 {
  72     SET_BINARY_MODE(stdin);
  73     SET_BINARY_MODE(stdout);
  74
  75     unsigned char* query;
  76     int query_len;
  77
  78     sw_t* sw;
  79
  80     FILE*  fin;
  81
  82     int opt;
  83     int opt_idx;
  84
  85     static struct option long_options[] =
  86         {
  87           {"help",       no_argument,       NULL, 'h'},
  88           {"version",    no_argument,       NULL, 'V'},
  89           {0, 0, 0, 0}
  90         };
  91
  92
  93     while (1) {
  94         opt = getopt_long(argc, argv, "hV", long_options, &opt_idx);
  95
  96         if (opt == -1) break;
  97
  98         switch (opt) {
  99             case 0:
 100                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
 101                 if (optarg) {
 102                 }
 103                 break;
 104
 105             case 'h':
 106                 print_help();
 107                 return 0;
 108
 109             case 'V':
 110                 print_version(stdout, prog_name);
 111                 return 0;
 112
 113             case '?':
 114                 return 1;
 115
 116             default:
 117                 abort();
 118         }
 119     }
 120
 121
 122     if (optind >= argc) {
 123         fprintf(stderr, "A query sequence must be specified.\n");
 124         return 1;
 125     }
 126
 127     query = (unsigned char*)argv[optind++];
 128     query_len = strlen((char*)query);
 129     fastq_sw_conv_seq(query, query_len);
 130
 131     sw = fastq_alloc_sw(query, query_len);
 132
 133     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 134         fastq_match(stdin, stdout, sw, query, query_len);
 135     }
 136     else {
 137         for (; optind < argc; optind++) {
 138             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 139             if (fin == NULL) {
 140                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 141                 continue;
 142             }
 143
 144             fastq_match(fin, stdout, sw, query, query_len);
 145         }
 146     }
 147
 148     fastq_free_sw(sw);
 149
 150     return 0;
 151 }
 152
 153
 154