src/fastq-match.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-match :
   8  * Smith-Waterman alignments against sequences within a fastq file.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "common.h"
  14 #include "parse.h"
  15 #include "sw.h"
  16 #include <stdlib.h>
  17 #include <string.h>
  18 #include <zlib.h>
  19 #include <getopt.h>
  20
  21 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  22 #  include <fcntl.h>
  23 #  include <io.h>
  24 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  25 #else
  26 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  27 #endif
  28
  29
  30 static const char* prog_name = "fastq-match";
  31
  32
  33 void print_help()
  34 {
  35     fprintf(stdout,
  36 "fastq-match [OPTION]... QUERY [FILE]...\n"
  37 "Perform Smith-Waterman local alignment of a query sequence\n"
  38 "against each sequence in a fastq file.\n\n"
  39 "Options:\n"
  40 "  -h, --help              print this message\n"
  41 "  -V, --version           output version information and exit\n"
  42     );
  43 }
  44
  45
  46 void fastq_match(FILE* fin, FILE* fout, sw_t* sw)
  47 {
  48     int score;
  49
  50     fastq_t* fqf = fastq_create(fin);
  51     seq_t* seq = seq_create();
  52
  53     while (fastq_read(fqf, seq)) {
  54         fprintf(fout, "%s\t", seq->seq.s);
  55
  56         fastq_sw_conv_seq((unsigned char*)seq->seq.s, seq->seq.n);
  57         score = fastq_sw(sw, (unsigned char*)seq->seq.s, seq->seq.n);
  58
  59         fprintf(fout, "%d\n", score);
  60     }
  61
  62     seq_free(seq);
  63     fastq_free(fqf);
  64 }
  65
  66
  67
  68 int main(int argc, char* argv[])
  69 {
  70     SET_BINARY_MODE(stdin);
  71     SET_BINARY_MODE(stdout);
  72
  73     unsigned char* query;
  74     int query_len;
  75
  76     sw_t* sw;
  77
  78     FILE*  fin;
  79
  80     int opt;
  81     int opt_idx;
  82
  83     static struct option long_options[] =
  84         {
  85           {"help",       no_argument,       NULL, 'h'},
  86           {"version",    no_argument,       NULL, 'V'},
  87           {0, 0, 0, 0}
  88         };
  89
  90
  91     while (1) {
  92         opt = getopt_long(argc, argv, "hV", long_options, &opt_idx);
  93
  94         if (opt == -1) break;
  95
  96         switch (opt) {
  97             case 0:
  98                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
  99                 if (optarg) {
 100                 }
 101                 break;
 102
 103             case 'h':
 104                 print_help();
 105                 return 0;
 106
 107             case 'V':
 108                 print_version(stdout, prog_name);
 109                 return 0;
 110
 111             case '?':
 112                 return 1;
 113
 114             default:
 115                 abort();
 116         }
 117     }
 118
 119
 120     if (optind >= argc) {
 121         fprintf(stderr, "A query sequence must be specified.\n");
 122         return 1;
 123     }
 124
 125     query = (unsigned char*)argv[optind++];
 126     query_len = strlen((char*)query);
 127     fastq_sw_conv_seq(query, query_len);
 128
 129     sw = fastq_alloc_sw(query, query_len);
 130
 131     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 132         fastq_match(stdin, stdout, sw);
 133     }
 134     else {
 135         for (; optind < argc; optind++) {
 136             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 137             if (fin == NULL) {
 138                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 139                 continue;
 140             }
 141
 142             fastq_match(fin, stdout, sw);
 143         }
 144     }
 145
 146     fastq_free_sw(sw);
 147
 148     return 0;
 149 }
 150
 151
 152