src/fastq-grep.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-grep :
   8  * Regular expression searches of the sequences within a FASTQ file.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "fastq-common.h"
  14 #include "fastq-parse.h"
  15 #include <stdio.h>
  16 #include <string.h>
  17 #include <getopt.h>
  18 #include <zlib.h>
  19 #include <pcre.h>
  20
  21
  22 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  23 #  include <fcntl.h>
  24 #  include <io.h>
  25 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  26 #else
  27 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  28 #endif
  29
  30
  31 void print_help()
  32 {
  33     fprintf( stderr,
  34 "fastq-grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...\n"
  35 "Search for PATTERN in the read sequences in each FILE or standard input.\n"
  36 "PATTERN, by default, is a perl compatible regular expression.\n\n"
  37 "Options:\n"
  38 "  -h, --help              print this message\n"
  39 "  -v, --invert-match      select nonmatching entries\n"
  40 "  -c, --count             output only the number of matching sequences\n"
  41     );
  42 }
  43
  44 static int invert_flag;
  45 static int help_flag;
  46 static int count_flag;
  47
  48
  49
  50 void print_fastq_entry(FILE* fout, seq_t* seq)
  51 {
  52     fprintf(fout, "@%s\n%s\n+%s\n%s\n",
  53                   seq->id1.s,
  54                   seq->seq.s,
  55                   seq->id2.s,
  56                   seq->qual.s );
  57 }
  58
  59
  60 void fastq_grep(FILE* fin, FILE* fout, pcre* re)
  61 {
  62     int rc;
  63     int ovector[3];
  64     size_t count = 0;
  65
  66     fastq_t* fqf = fastq_open(fin);
  67     seq_t* seq = fastq_alloc_seq();
  68
  69     while (fastq_next(fqf, seq)) {
  70         rc = pcre_exec(re,          /* pattern */
  71                        NULL,        /* extre data */
  72                        seq->seq.s,  /* subject */
  73                        seq->seq.n,  /* subject length */
  74                        0,           /* subject offset */
  75                        0,           /* options */
  76                        ovector,     /* output vector */
  77                        3         ); /* output vector length */
  78
  79         if ((invert_flag && rc == PCRE_ERROR_NOMATCH) || rc >= 0) {
  80             if (count_flag) count++;
  81             else            print_fastq_entry(fout, seq);
  82         }
  83     }
  84
  85     fastq_free_seq(seq);
  86     fastq_close(fqf);
  87
  88     if (count_flag) fprintf(fout, "%zu\n", count);
  89 }
  90
  91
  92
  93 int main(int argc, char* argv[])
  94 {
  95     SET_BINARY_MODE(stdin);
  96     SET_BINARY_MODE(stdout);
  97
  98     const char* pat;
  99     pcre* re;
 100     const char* pat_error;
 101     int pat_error_offset;
 102
 103     FILE*  fin;
 104
 105
 106     invert_flag  = 0;
 107     help_flag    = 0;
 108     count_flag   = 0;
 109
 110     int opt;
 111     int opt_idx;
 112
 113
 114     static struct option long_options[] =
 115         {
 116           {"help", no_argument, &help_flag, 1},
 117           {"invert-match", no_argument, &invert_flag, 1},
 118           {"count", no_argument, &count_flag, 1},
 119           {0, 0, 0, 0}
 120         };
 121
 122     while (1) {
 123         opt = getopt_long(argc, argv, "hvc", long_options, &opt_idx);
 124
 125         if( opt == -1 ) break;
 126
 127         switch (opt) {
 128             case 0:
 129                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
 130                 if (optarg) {
 131                 }
 132                 break;
 133
 134             case 'h':
 135                 help_flag = 1;
 136                 break;
 137
 138             case 'v':
 139                 invert_flag = 1;
 140                 break;
 141
 142             case 'c':
 143                 count_flag = 1;
 144                 break;
 145
 146             case '?':
 147                 return 1;
 148
 149             default:
 150                 abort();
 151         }
 152     }
 153
 154     if (help_flag) {
 155         print_help();
 156         return 0;
 157     }
 158
 159     if (optind >= argc) {
 160         fprintf(stderr, "A pattern must be specified.\n");
 161         return 1;
 162     }
 163
 164     pat = argv[optind++];
 165     re = pcre_compile( pat, PCRE_CASELESS, &pat_error, &pat_error_offset, NULL );
 166
 167
 168     if (re == NULL) {
 169         fprintf(stderr, "Syntax error in PCRE pattern at offset: %d: %s\n",
 170                 pat_error_offset, pat_error );
 171         return 1;
 172     }
 173
 174
 175     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 176         fastq_grep(stdin, stdout, re);
 177     }
 178     else {
 179         for (; optind < argc; optind++) {
 180             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 181             if (fin == NULL) {
 182                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 183                 continue;
 184             }
 185
 186             fastq_grep(fin, stdout, re);
 187
 188             fclose(fin);
 189         }
 190     }
 191
 192     pcre_free(re);
 193
 194     return 0;
 195 }
 196
 197
 198