src/fastq-grep.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-grep :
   8  * Regular expression searches of the sequences within a FASTQ file.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "common.h"
  14 #include "parse.h"
  15 #include <stdio.h>
  16 #include <string.h>
  17 #include <getopt.h>
  18 #include <zlib.h>
  19 #include <pcre.h>
  20
  21
  22 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  23 #  include <fcntl.h>
  24 #  include <io.h>
  25 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  26 #else
  27 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  28 #endif
  29
  30
  31 static const char* prog_name = "fastq-grep";
  32
  33
  34 void print_help()
  35 {
  36     fprintf(stdout,
  37 "fastq-grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...\n"
  38 "Search for PATTERN in the read sequences in each FILE or standard input.\n"
  39 "PATTERN, by default, is a perl compatible regular expression.\n\n"
  40 "Options:\n"
  41 "  -v, --invert-match      select nonmatching entries\n"
  42 "  -c, --count             output only the number of matching sequences\n"
  43 "  -h, --help              print this message\n"
  44 "  -V, --version           output version information and exit\n"
  45     );
  46 }
  47
  48 static int invert_flag;
  49 static int count_flag;
  50
  51
  52
  53 void fastq_grep(FILE* fin, FILE* fout, pcre* re)
  54 {
  55     int rc;
  56     int ovector[3];
  57     size_t count = 0;
  58
  59     fastq_t* fqf = fastq_open(fin);
  60     seq_t* seq = fastq_alloc_seq();
  61
  62     while (fastq_next(fqf, seq)) {
  63         rc = pcre_exec(re,          /* pattern */
  64                        NULL,        /* extre data */
  65                        seq->seq.s,  /* subject */
  66                        seq->seq.n,  /* subject length */
  67                        0,           /* subject offset */
  68                        0,           /* options */
  69                        ovector,     /* output vector */
  70                        3         ); /* output vector length */
  71
  72         if ((invert_flag && rc == PCRE_ERROR_NOMATCH) || rc >= 0) {
  73             if (count_flag) count++;
  74             else            fastq_print(fout, seq);
  75         }
  76     }
  77
  78     fastq_free_seq(seq);
  79     fastq_close(fqf);
  80
  81     if (count_flag) fprintf(fout, "%zu\n", count);
  82 }
  83
  84
  85
  86 int main(int argc, char* argv[])
  87 {
  88     SET_BINARY_MODE(stdin);
  89     SET_BINARY_MODE(stdout);
  90
  91     const char* pat;
  92     pcre* re;
  93     const char* pat_error;
  94     int pat_error_offset;
  95
  96     FILE*  fin;
  97
  98
  99     invert_flag  = 0;
 100     count_flag   = 0;
 101
 102     int opt;
 103     int opt_idx;
 104
 105
 106     static struct option long_options[] =
 107         {
 108           {"invert-match", no_argument, &invert_flag, 1},
 109           {"count",        no_argument, &count_flag,  1},
 110           {"help",         no_argument, NULL, 'h'},
 111           {"version",      no_argument, NULL, 'V'},
 112           {0, 0, 0, 0}
 113         };
 114
 115     while (1) {
 116         opt = getopt_long(argc, argv, "vchV", long_options, &opt_idx);
 117
 118         if( opt == -1 ) break;
 119
 120         switch (opt) {
 121             case 0:
 122                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
 123                 if (optarg) {
 124                 }
 125                 break;
 126
 127             case 'v':
 128                 invert_flag = 1;
 129                 break;
 130
 131             case 'c':
 132                 count_flag = 1;
 133                 break;
 134
 135             case 'h':
 136                 print_help();
 137                 return 0;
 138
 139             case 'V':
 140                 print_version(stdout, prog_name);
 141                 return 0;
 142
 143             case '?':
 144                 return 1;
 145
 146             default:
 147                 abort();
 148         }
 149     }
 150
 151     if (optind >= argc) {
 152         fprintf(stderr, "A pattern must be specified.\n");
 153         return 1;
 154     }
 155
 156     pat = argv[optind++];
 157     re = pcre_compile( pat, PCRE_CASELESS, &pat_error, &pat_error_offset, NULL );
 158
 159
 160     if (re == NULL) {
 161         fprintf(stderr, "Syntax error in PCRE pattern at offset: %d: %s\n",
 162                 pat_error_offset, pat_error );
 163         return 1;
 164     }
 165
 166
 167     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 168         fastq_grep(stdin, stdout, re);
 169     }
 170     else {
 171         for (; optind < argc; optind++) {
 172             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 173             if (fin == NULL) {
 174                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 175                 continue;
 176             }
 177
 178             fastq_grep(fin, stdout, re);
 179
 180             fclose(fin);
 181         }
 182     }
 183
 184     pcre_free(re);
 185
 186     return 0;
 187 }
 188
 189
 190