src/fastq-grep.c

   1
   2 /*
   3  * This file is part of fastq-tools.
   4  *
   5  * Copyright (c) 2011 by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   6  *
   7  * fastq-grep :
   8  * Regular expression searches of the sequences within a FASTQ file.
   9  *
  10  */
  11
  12
  13 #include "common.h"
  14 #include "parse.h"
  15 #include <stdio.h>
  16 #include <string.h>
  17 #include <getopt.h>
  18 #include <zlib.h>
  19 #include <pcre.h>
  20
  21
  22 #if defined(MSDOS) || defined(OS2) || defined(WIN32) || defined(__CYGWIN__)
  23 #  include <fcntl.h>
  24 #  include <io.h>
  25 #  define SET_BINARY_MODE(file) setmode(fileno(file), O_BINARY)
  26 #else
  27 #  define SET_BINARY_MODE(file)
  28 #endif
  29
  30
  31 void print_help()
  32 {
  33     fprintf( stderr,
  34 "fastq-grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...\n"
  35 "Search for PATTERN in the read sequences in each FILE or standard input.\n"
  36 "PATTERN, by default, is a perl compatible regular expression.\n\n"
  37 "Options:\n"
  38 "  -h, --help              print this message\n"
  39 "  -v, --invert-match      select nonmatching entries\n"
  40 "  -c, --count             output only the number of matching sequences\n"
  41     );
  42 }
  43
  44 static int invert_flag;
  45 static int help_flag;
  46 static int count_flag;
  47
  48
  49
  50 void fastq_grep(FILE* fin, FILE* fout, pcre* re)
  51 {
  52     int rc;
  53     int ovector[3];
  54     size_t count = 0;
  55
  56     fastq_t* fqf = fastq_open(fin);
  57     seq_t* seq = fastq_alloc_seq();
  58
  59     while (fastq_next(fqf, seq)) {
  60         rc = pcre_exec(re,          /* pattern */
  61                        NULL,        /* extre data */
  62                        seq->seq.s,  /* subject */
  63                        seq->seq.n,  /* subject length */
  64                        0,           /* subject offset */
  65                        0,           /* options */
  66                        ovector,     /* output vector */
  67                        3         ); /* output vector length */
  68
  69         if ((invert_flag && rc == PCRE_ERROR_NOMATCH) || rc >= 0) {
  70             if (count_flag) count++;
  71             else            fastq_print(fout, seq);
  72         }
  73     }
  74
  75     fastq_free_seq(seq);
  76     fastq_close(fqf);
  77
  78     if (count_flag) fprintf(fout, "%zu\n", count);
  79 }
  80
  81
  82
  83 int main(int argc, char* argv[])
  84 {
  85     SET_BINARY_MODE(stdin);
  86     SET_BINARY_MODE(stdout);
  87
  88     const char* pat;
  89     pcre* re;
  90     const char* pat_error;
  91     int pat_error_offset;
  92
  93     FILE*  fin;
  94
  95
  96     invert_flag  = 0;
  97     help_flag    = 0;
  98     count_flag   = 0;
  99
 100     int opt;
 101     int opt_idx;
 102
 103
 104     static struct option long_options[] =
 105         {
 106           {"help", no_argument, &help_flag, 1},
 107           {"invert-match", no_argument, &invert_flag, 1},
 108           {"count", no_argument, &count_flag, 1},
 109           {0, 0, 0, 0}
 110         };
 111
 112     while (1) {
 113         opt = getopt_long(argc, argv, "hvc", long_options, &opt_idx);
 114
 115         if( opt == -1 ) break;
 116
 117         switch (opt) {
 118             case 0:
 119                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
 120                 if (optarg) {
 121                 }
 122                 break;
 123
 124             case 'h':
 125                 help_flag = 1;
 126                 break;
 127
 128             case 'v':
 129                 invert_flag = 1;
 130                 break;
 131
 132             case 'c':
 133                 count_flag = 1;
 134                 break;
 135
 136             case '?':
 137                 return 1;
 138
 139             default:
 140                 abort();
 141         }
 142     }
 143
 144     if (help_flag) {
 145         print_help();
 146         return 0;
 147     }
 148
 149     if (optind >= argc) {
 150         fprintf(stderr, "A pattern must be specified.\n");
 151         return 1;
 152     }
 153
 154     pat = argv[optind++];
 155     re = pcre_compile( pat, PCRE_CASELESS, &pat_error, &pat_error_offset, NULL );
 156
 157
 158     if (re == NULL) {
 159         fprintf(stderr, "Syntax error in PCRE pattern at offset: %d: %s\n",
 160                 pat_error_offset, pat_error );
 161         return 1;
 162     }
 163
 164
 165     if (optind >= argc || (argc - optind == 1 && strcmp(argv[optind],"-") == 0)) {
 166         fastq_grep(stdin, stdout, re);
 167     }
 168     else {
 169         for (; optind < argc; optind++) {
 170             fin = fopen(argv[optind], "rb");
 171             if (fin == NULL) {
 172                 fprintf(stderr, "No such file '%s'.\n", argv[optind]);
 173                 continue;
 174             }
 175
 176             fastq_grep(fin, stdout, re);
 177
 178             fclose(fin);
 179         }
 180     }
 181
 182     pcre_free(re);
 183
 184     return 0;
 185 }
 186
 187
 188