src/fastq-grep.c

   1
   2
   3 /*
   4  * fastq-grep: regular expression searches of the sequences within a fastq file
   5  *
   6  * Febuary 2011 / Daniel Jones <dcjones@cs.washington.edu>
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 #include <stdio.h>
  12 #include <string.h>
  13 #include <getopt.h>
  14 #include <zlib.h>
  15 #include <pcre.h>
  16
  17 #include "kseq.h"
  18 KSEQ_INIT(gzFile, gzread)
  19
  20
  21 void print_help()
  22 {
  23     fprintf( stderr,
  24 "fastq-grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...\n"
  25 "Search for PATTERN in the read sequence in each FILE or standard input.\n"
  26 "PATTERN, by default, is a perl compatible regular expression."
  27     );
  28
  29 }
  30
  31 static int invert_flag;
  32 static int help_flag;
  33
  34 int main(int argc, char* argv[])
  35 {
  36
  37     int opt;
  38     int opt_idx;
  39
  40     static struct option long_options[] =
  41         {
  42           {"help", no_argument, &help_flag, 1},
  43           {"invert-match", no_argument, &invert_flag, 1},
  44           {0, 0, 0, 0}
  45         };
  46
  47     while (1) {
  48         opt = getopt_long(argc, argv, "hv", long_options, &opt_idx);
  49
  50         if( opt == -1 ) break;
  51
  52         switch (opt) {
  53             case 0:
  54                 if (long_options[opt_idx].flag != 0) break;
  55                 if (optarg) {
  56                     /* TODO */
  57                 }
  58                 break;
  59
  60             case 'h':
  61                 help_flag = 1;
  62                 break;
  63
  64             case 'v':
  65                 invert_flag = 1;
  66                 break;
  67
  68             default:
  69                 abort();
  70         }
  71     }
  72
  73     if (help_flag) {
  74         print_help();
  75         return 0;
  76     }
  77
  78     /* TODO */
  79
  80     return 0;
  81 }
  82
  83
  84