doc/fastq-uniq.1

   1 .TH FASTQ-UNIQ 1
   2
   3 .SH NAME
   4 fastq-uniq - print sequences matching a pattern
   5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 .B fastq-uniq [OPTION]... PATTERN [FILE]...
   8
   9 .SH DESCRIPTION
  10 Print a non-redundant list of occurring sequences, removing all duplicate
  11 sequences. Output is in FASTA format (as quality strings are ignored), with
  12 sequence identifiers formatted as,
  13
  14 >uniq-read-N (M copies)
  15
  16 Where, N in a unique number assigned to the sequence and M is the number of
  17 copies occurring.
  18
  19 One ore more FILEs may be specified, otherwise input is read from standard input.
  20 Input files may be gziped.
  21
  22 .SH OPTIONS
  23 .TP
  24 \fB\-v\fR, \fB\-\-verbose\fR
  25 Print status updates along the way.
  26 .TP
  27 \fB\-h\fR, \fB\-\-help\fR
  28 Output a help message and exit.
  29 .TP
  30 \fB\-V\fR, \fB\-\-version\fR
  31 Output version information and exit.
  32
  33 .SH AUTHOR
  34 Written by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
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