doc/fastq-match.1

   1 .TH FASTQ-MATCH 1
   2
   3 .SH NAME
   4 fastq-match - print sequences matching a pattern
   5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 .B fastq-match [OPTION]... QUERY [FILE]...
   8
   9 .SH DESCRIPTION
  10 Given a nucleotide sequence QUERY, perform local alignment against every FASTQ
  11 sequence using the Smith-Waterman algorithm. For each read, an alignment score
  12 is printed, so that the output consists of a simple list of scores.
  13
  14 One ore more FILEs may be specified, otherwise input is read from standard input.
  15 Input files may be gziped.
  16
  17 .SH OPTIONS
  18 .TP
  19 \fB\-h\fR, \fB\-\-help\fR
  20 Output a help message and exit.
  21 .TP
  22 \fB\-V\fR, \fB\-\-version\fR
  23 Output version information and exit.
  24
  25 .SH AUTHOR
  26 Written by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
  27