doc/fastq-kmers.1

   1 .TH FASTQ-KMERS 1
   2
   3 .SH NAME
   4 fastq-kmers - print the frequency of all k-mers for a given k
   5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 .B fastq-kmers [OPTION]... [FILE]...
   8
   9 .SH DESCRIPTION
  10 For a given k, for example k = 4, a table in the following format is output,
  11
  12 .fc # ^
  13 .ta T 2i
  14 #kmer^frequency#
  15 .br
  16 #AAAA^1358#
  17 .br
  18 #AAAC^2393#
  19 .br
  20 #AAAG^1039#
  21 .br
  22 #AAAT^964#
  23 .br
  24 #AACA^4076#
  25 .br
  26 #...^...#
  27 .br
  28 #TTTT^876#
  29
  30 One ore more FILEs may be specified, otherwise input is read from standard input.
  31 Input files may be gziped.
  32
  33 .SH OPTIONS
  34 .TP
  35 \fB\-k NUM\fR, \fB\-\-size=NUM\fR
  36 The size of the k-mers to count, where 1 <= k <= 16. (default: 1)
  37 .TP
  38 \fB\-h\fR, \fB\-\-help\fR
  39 Output a help message and exit.
  40 .TP
  41 \fB\-V\fR, \fB\-\-version\fR
  42 Output version information and exit.
  43
  44 .SH AUTHOR
  45 Written by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
  46