doc/fastq-grep.1

   1 .TH FASTQ-GREP 1
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   3 .SH NAME
   4 fastq-grep - print sequences matching a pattern
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   6 .SH SYNOPSIS
   7 .B fastq-grep [OPTION]... PATTERN [FILE]...
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   9 .SH DESCRIPTION
  10 Given a PATTERN, specified as a perl-compatible regular expression, print every
  11 FASTQ entry with a matching nucleotide sequence.
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  13 One ore more FILEs may be specified, otherwise input is read from standard input.
  14 Input files may be gziped.
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  16 .SH OPTIONS
  17 .TP
  18 \fB\-i\fR, \fB\-\-id\fR
  19 Match the read ID (by default, the sequence is matched).
  20 .TP
  21 \fB\-v\fR, \fB\-\-invert\-match\fR
  22 Invert the sense of matching, to select non-matching entries.
  23 .TP
  24 \fB\-m\fR, \fB\-\-mismatches=FILE\fR
  25 Output non-matching entries to the given file.
  26 .TP
  27 \fB\-c\fR, \fB\-\-count\fR
  28 Suppress normal output; instead output the number of matching (or, non-matching,
  29 with '-v') entries.
  30 .TP
  31 \fB\-h\fR, \fB\-\-help\fR
  32 Output a help message and exit.
  33 .TP
  34 \fB\-V\fR, \fB\-\-version\fR
  35 Output version information and exit.
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  37 .SH AUTHOR
  38 Written by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
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