TODO

   1
   2 Rename hash.h/c to hash_table.h/c.
   3
   4 Seperate murmurhash into it's own file: hash.h/hash.c.
   5
   6 Document fastq-sort.
   7
   8 More comparison functions for fastq-sort.
   9
  10 Link against quip so we can run these tools on quip/fastq/bam/sam with one
  11 interface.
  12
  13 Make a website for fastq-tools.
  14
  15
  16 fastq-match
  17 -----------
  18
  19 Specifying the score matrix, rather than using a hardcoded.
  20
  21 The implementation of the Smith-Waterman algorithm could be more efficient. We
  22 might look to Phil Green's cross_match implementation for ideas.
  23
  24 An option to return the sequences that match past a certain threshold would be
  25 useful.
  26