TODO

   1
   2 Link against quip so we can run these tools on quip/fastq/bam/sam with one
   3 interface.
   4
   5 Make a website for fastq-tools.
   6
   7
   8 fastq-match
   9 -----------
  10
  11 Specifying the score matrix, rather than using a hardcoded.
  12
  13 The implementation of the Smith-Waterman algorithm could be more efficient. We
  14 might look to Phil Green's cross_match implementation for ideas.
  15
  16 An option to return the sequences that match past a certain threshold would be
  17 useful.
  18