TODO

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   2 general
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   5 Man pages!
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   8 I would like to encorporate some domain-specific compression algorithm. Options
   9 I know of:
  10   * G-SQZ (http://www.tgen.org/research/gsqueez.cfm) : not open source (i.e. not an option)
  11   * fqzcomp (http://seqanswers.com/forums/archive/index.php/t-6349.html)
  12   * DSRC (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/27/6/860?rss=1) :
  13     Not yet available?
  14   * Invent my own.
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  21 program specific
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  25 fastq-grep
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  30 fastq-kmers
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  35 fastq-match
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  38 Specifying the score matrix, rather than using a hardcoded.
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  40 The implementation of the Smith-Waterman algorithm could be more efficient. We
  41 might look to Phil Green's cross_match implementation for ideas.
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  43 An option to return the sequences that match past a certain threshold would be
  44 useful.
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  48 fastq-uniq
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