mk/microarray.mk

   1 analyses.mk: analysis_to_run
   2         echo 'ANALYSES='$$(echo 'load("analysis_to_run"); print(names(analysis.to.run),width=5)'|\
   3         $(R) $(ROPTS)|grep -v '^>'|\
   4         perl -n -e 'print map {s{\.}{_}g; qq{$$_\n}} m{"([^\"]+)"}g;') > analyses.mk
   5
   6 sample_information.txt: sample_information.org
   7         grep -v -e '---' -e '^$$' $< |perl -pe 's/^\|\s*|\s*\|$$//g; s/\ *\|\ */\t/g;' > $@;
   8
   9 sample_information.xls: sample_information.txt
  10         txt2xls $< > $@
  11
  12 compare_analysis.txt: compare_analysis.R significant_cut combine_analysis
  13         $(R) $(ROPTS) -f $<
  14
  15 significant_cut_summary.txt: array_to_text.R significant_cut
  16         $(R) $(ROPTS) -f $< --args significant_cut significant.cuts.summary.table $@
  17
  18 significant_cut.txt: array_to_text.R significant_cut annotation_comp
  19         $(R) $(ROPTS) -f $< --args significant_cut combined.analysis.cut.array $@
  20
  21 significant_cut_plot.pdf: significant_cut_plot.R significant_cut
  22         $(R) $(ROPTS) -f $<
  23         ps2pdf $(patsubst %.pdf,%.ps,$@) $@
  24         rm -f $(patsubst %.pdf,%.ps,$@)
  25
  26 significant_cut_simplified.txt: array_to_text.R significant_cut_simplified
  27         $(R) $(ROPTS) -f $< --args significant_cut_simplified significant.cuts.simplified $@
  28
  29 significant_cut_simplified: simplify_significant_cut.R significant_cut
  30         $(R) $(ROPTS) -f $<
  31
  32 significant_cut: significant_cut.R combine_analysis
  33         $(R) $(ROPTS) -f $<
  34
  35 combine_analysis.txt: array_to_text.R combine_analysis
  36         $(R) $(ROPTS) -f $< --args combine_analysis combined.analysis.array $@
  37
  38 combine_analysis: combine_analysis.R  $(patsubst %,%_analysis,$(ANALYSES)) annotation_comp
  39         $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(patsubst %,%_analysis,$(ANALYSES))
  40
  41 %_analysis_plot.pdf: %_analysis plot_analysis.R
  42         $(R) $(ROPTS) -f $(filter %plot_analysis.R,$^) --args $< $@
  43
  44 %_analysis.txt: %_analysis array_to_text.R
  45         $(R) $(ROPTS) -f $(filter %array_to_text.R,$^) --args $< $(subst _,.,$(patsubst %_analysis.txt,%,$@)) $@
  46
  47 %_analysis: run_analysis.R sample_information analysis_to_run sample_expression_mas5
  48         $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(wordlist 2,$(words $^),$^) $@
  49
  50 analysis_to_run: analysis_to_run.R sample_grouping
  51         $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(wordlist 2,$(words $^),$^) $@
  52
  53 sample_grouping: sample_grouping.R sample_information
  54         $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(wordlist 2,$(words $^),$^) $@
  55
  56 sample_expression_mas5: make_mas5_expression.R sample_information
  57         $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(wordlist 2,$(words $^),$^) $@
  58
  59 sample_expression_mas5_normalized: make_normalized_expression.R sample_expression_mas5 sample_information
  60         $(R) $(ROPTS) -f $<
  61
  62 sample_expression_mas5_normalized_annotated: make_normalized_annotated.R annotation_comp sample_expression_mas5_normalized
  63         $(R) $(ROPTS) -f $<
  64
  65 sample_expression_mas5_normalized_annotated.txt: array_to_text.R sample_expression_mas5_normalized_annotated
  66         $(R) $(ROPTS) -f $< --args sample_expression_mas5_normalized_annotated sample.expression.mas5.normalized.annotated $@
  67
  68
  69 sample_expression_mva_plots.pdf: sample_expression_mva_plots.R sample_information sample_expression_mas5 sample_expression_mas5_normalized
  70         $(R) $(ROPTS) -f $<
  71
  72 annotation_comp: make_annotation.R
  73         $(R) $(ROPTS) -f $<
  74
  75 sample_information: make_sample_information.R sample_information.txt
  76         $(R) $(ROPTS) -f $< --args $(wordlist 2,$(words $^),$^) $@