fix academic information section
[don.git] / projects.mdwn
1 [[!meta title="Projects"]]
2
3 Here are some of the many projects I'm working on or have previously
4 worked on.
5
6 [[!toc levels=2]]
7
8 Debian
9 ======
10
11 I use [Debian](http://www.debian.org) on all of my computers and
12 regularly contribute to it. You can see some of the work I'm doing in
13 Debian below.
14
15 * [My Debian packages](http://qa.debian.org/developer.php?login=don)
16 * [Debbugs](http://wiki.debian.org/Teams/Debbugs) -- the bug tracking
17   system for Debian
18 * [Listmaster](http://wiki.debian.org/Teams/Listmaster) -- mailing
19   list maintainers for [lists.debian.org](http://lists.debian.org)
20 * [Technical Committee](http://www.debian.org/devel/ctte) -- Debian's
21   technical decision making board; responsible for resolving technical
22   disputes between developers
23
24
25 Debbugs
26 -------
27
28 Debbugs is Debian's Bug Tracking System. I am currently the primary
29 maintainer of debbugs. You can see what I'm working on in
30 [my git repositories](http://git.donarmstrong.com/debbugs.git), what I
31 need to work on in
32 [Debbug's bug list](https://bugs.debian.org/debbugs),
33 [read more information](http://wiki.debian.org/Teams/Debbugs) about
34 contributing to Debbugs yourself, and see all of
35 [my posts](/tags/debbugs/) about Debbugs.
36
37
38 Debian R Packages
39 -----------------
40
41 I maintain
42 [builds of the vast majority of R packages for Debian](/r/debian_r).
43 You can also see [my posts](/tags/debian-r) about the Debian-r archive.
44
45 Bioinformatics
46 ==============
47
48 Below are some of the bioinformatics and biologically relevant tools I
49 have built.
50
51 Postgresql Mirror of dbSNP
52 --------------------------
53
54 Being able to query [dbSNP](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) locally
55 is very useful for adding annotations to deep sequencing results and
56 other DNA polymorphism based analyses. See how to set up a
57 [postgresql mirror of dbsnp](/genetics/dbsnp_mirror/) yourself using
58 my scripts.
59
60 Helical Wheel Plots
61 -------------------
62 Plots alpha helical wheels with hydrophobic moment according to the
63 wif scale (not woct).
64
65  * [Program](<http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit)
66  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.html)
67  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/wheel.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
68  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/wheel/?root=RZ+Lab+CVS)
69
70 Ikiwiki Plugins
71 ===============
72
73 My entire website is now built using [ikiwiki](http://ikiwiki.info).
74 Here are some ikiwiki plugins I have written:
75
76 * [Sweavealike](http://git.donarmstrong.com/?p=ikiwiki_plugins.git;a=blob;f=sweavealike.pm;hb=HEAD)
77   is a plugin for [IkiWiki](http://ikiwiki.info) that tries to do some
78   of the useful things for IkiWiki that Sweave/Knitr does for R and
79   LaTeX. See [my blog post](/posts/introducingsweavealike) for more
80   information.
81
82
83 Perl Modules
84 ============
85
86 * Class::Modular is a superclass that allows one to generate a single
87    class from modules spread throughout multiple files and overload
88    methods within that class at will. Da::DB inherits from
89    Class::Modular.
90    [svn repository](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/?root=Class+Modular)
91
92
93 LaTeX Math to PNG
94 -----------------
95 Converts LaTeX math formula to PNG files. ($$x^2_0+y^2_0=r^2_0$$)
96 becomes ![rendered equation](http://rzlab.ucr.edu/scripts/latexmath2png/latexmath2png.pl)
97
98  * [CVS](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/?root=RZ+Lab+CVS)
99  * [Source](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.pl?rev=HEAD&root=RZ+Lab+CVS&content-type=text/vnd.viewcvs-markup)
100  * [Download](http://rzlab.ucr.edu/cgi-bin/viewcvs.cgi/latexmath2png/latexmath2png.tar.gz?tarball=1&root=RZ+Lab+CVS)
101