posts/introducing_sweavealike.mdwn

   1 [[!meta title="Introducing Sweavealike"]]
   2
   3 I use [R](http://www.r-project.org) a lot. It's one of the primary
   4 tools I use in my day job as a scientist analyzing large datasets. If
   5 you use [LaTeX](http://ctan.org) with R (as I often do), you probably
   6 use Sweave to interleave R output and figures with your text
   7 describing those figures using the noweb method of literate
   8 programming.
   9
  10 [Sweavealike](http://git.donarmstrong.com/?p=ikiwiki_plugins.git;a=blob;f=sweavealike.pm;hb=HEAD)
  11  is a plugin for [IkiWiki](http://ikiwiki.info) that tries
  12 to do some of the useful things for IkiWiki that sweave does for R and
  13 LaTeX.
  14
  15 You use it like the following:
  16
  17     \[[!sweavealike echo=1 code="""
  18     a <- 1
  19     a <- a + 10
  20     print(a)
  21     """]]
  22
  23 which produces this result when run:
  24
  25 [[!sweavealike echo=1 code="""
  26 a <- 1
  27 a <- a + 10
  28 print(a)
  29 """]]
  30
  31 You can also generate figures with it:
  32
  33     \[[!sweavealike fig=1 echo=1 results="hide" code="""
  34     plot(1:10,(1:10)^2,xlab="x",ylab=expression(x^2),main="Example Figure")
  35     """]]
  36
  37 [[!sweavealike fig=1 echo=1 results="hide" code="""
  38 plot(1:10,(1:10)^2,xlab="x",ylab=expression(x^2),main="Example Figure")
  39 """]]
  40
  41 The plugin itself uses the neat Statistics::R perl module to handle
  42 all of the heavy lifting. I personally plan on using this plugin to
  43 help write some more entries in my learning R series of posts that I'm
  44 beginning to work on. Hopefully I'll find and fix most of the bugs as
  45 I embark on that process so anyone else who uses the plugin won't, but
  46 feel free to e-mail me if something isn't working as it should.
  47
  48 Finally, you shouldn't run this plugin on a publicly editable
  49 IkiWiki instance, because that would be a trivial local user exploit
  50 as R can run arbitrary code, read and write to arbitrary files,
  51 exhaust all memory, etc.
  52
  53 [[!tag ikiwiki debian tech r]]