utils/load_snp_data.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 psql -c 'DROP DATABASE snp';
   4 psql -c 'CREATE DATABASE snp';
   5
   6 DATA_DIR=/srv/ncbi/db_snp/
   7 SCHEMA_DIR=/srv/ncbi/db_snp_utils/schema
   8 UTIL_DIR=${SCHEMA_DIR}/../utils/
   9
  10 (cd ${SCHEMA_DIR}/shared_schema;
  11     cat dbSNP_main_table_postgresql.sql |psql snp;
  12 )
  13 (cd ${SCHEMA_DIR}/human_9606_schema;
  14     cat *_table_postgresql.sql|psql snp;
  15     ${UTIL_DIR}/human_gty1_indexes_creation.pl create trigger |psql snp;
  16 )
  17 (cd ${DATA_DIR}/shared_data;
  18     for a in $(find -type f -iname '*.bcp.gz' -printf '%f\n'|sort); do
  19         echo $a;
  20         zcat $a | perl -pe 's/\r/\\r/g' |psql snp -c "COPY ${a%%.bcp.gz} FROM STDIN WITH NULL ''";
  21     done;
  22 )
  23 (cd ${DATA_DIR}/organism_data;
  24     for a in $(find -type f -iname '*.bcp.gz' -printf '%f\n'|sort); do
  25         echo $a;
  26         zcat $a | perl -pe 's/\r/\\r/g' |psql snp -c "COPY ${a%%.bcp.gz} FROM STDIN WITH NULL ''";
  27     done;
  28 )
  29 (cd ${SCHEMA_DIR}/shared_schema;
  30     cat dbSNP_main_index_postgresql.sql dbSNP_main_constraint_postgresql.sql|psql snp;
  31 )
  32 (cd ${SCHEMA_DIR}/human_9606_schema;
  33     cat *_{index,constraint}_postgresql.sql|psql snp;
  34     ${UTIL_DIR}/human_gty1_indexes_creation.pl index |psql snp;
  35 )