utils/human_gty1_indexes_creation.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use warnings;
   4 use strict;
   5 my @chr = (1..22,
   6            qw(AltOnly MT NewSs NotOn PAR Un X Y)
   7           );
   8 my %chr;
   9 @chr{@chr} = @chr;
  10 $chr{NewSs} = 'ss';
  11
  12 my %args;
  13 @args{map {my $a = $_; lc($a)} @ARGV} = 1;
  14
  15 if ($args{drop}) {
  16     for my $chr (@chr) {
  17         print "DROP TABLE SubInd_ch${chr};\n";
  18     }
  19     print "DROP TABLE SubInd;\n";
  20 }
  21 if ($args{create}) {
  22     print <<END;
  23 CREATE TABLE SubInd (
  24         chr VARCHAR NOT NULL ,
  25         batch_id int NOT NULL ,
  26         subsnp_id int NOT NULL ,
  27         submitted_ind_id int NOT NULL ,
  28         submitted_strand_code int NULL ,
  29         allele_flag int NULL ,
  30         gty_id int NULL ,
  31         submitted_rs int NULL
  32 );
  33 END
  34     for my $chr (@chr) {
  35         print "CREATE TABLE SubInd_ch${chr} (CHECK (chr = '$chr{${chr}}')) INHERITS (SubInd);\n";
  36     }
  37 }
  38 if ($args{trigger}) {
  39     print <<EOF;
  40 CREATE OR REPLACE FUNCTION subind_insert_trigger()
  41 RETURNS TRIGGER AS \$\$
  42 BEGIN
  43 EOF
  44     for my $chr (@chr) {
  45         print <<EOF;
  46 IF (NEW.chr = '${chr}') THEN
  47    INSERT INTO SubInd_ch${chr} VALUES (NEW.*);
  48 EOF
  49         print "ELS";
  50     }
  51     print <<EOF;
  52 E
  53 RAISE EXCEPTION 'chr out of range!';
  54 END IF;
  55 RETURN NULL;
  56 END;
  57 \$\$
  58 LANGUAGE plpgsql;
  59 EOF
  60 }
  61 if ($args{index}) {
  62     for my $chr (@chr) {
  63         print "CREATE INDEX ON SubInd_ch${chr}(subsnp_id);\n";
  64         print "CREATE INDEX ON SubInd_ch${chr}(submitted_ind_id,subsnp_id,gty_id);\n";
  65     }
  66 }
  67