schema/shared_schema/dbSNP_main_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE "Allele" (
   2         "allele_id" "int" NOT NULL ,
   3         "allele" "varchar" (255) NOT NULL ,
   4         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
   5         "rev_allele_id" "int" NULL ,
   6         "src" "varchar" (10) NULL ,
   7         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
   8 )
   9 ;
  10
  11 CREATE TABLE "AlleleFlagCode" (
  12         "code" "smallint" NOT NULL ,
  13         "abbrev" "varchar" (12) NOT NULL ,
  14         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
  15         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
  16 )
  17 ;
  18
  19 CREATE TABLE "AlleleMotif" (
  20         "allele_id" "int" NOT NULL ,
  21         "motif_order" "int" NOT NULL ,
  22         "motif_id" "int" NOT NULL ,
  23         "repeat_cnt" "real" NOT NULL ,
  24         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
  25 )
  26 ;
  27
  28 CREATE TABLE "AllocIds" (
  29         "name" "varchar" (30) NOT NULL ,
  30         "id" "int" NOT NULL ,
  31         "cycle" "int" NULL ,
  32         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
  33         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
  34 )
  35 ;
  36
  37 CREATE TABLE "Author" (
  38         "pub_id" "int" NOT NULL ,
  39         "position" "smallint" NOT NULL ,
  40         "author" "varchar" (255) NOT NULL ,
  41         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
  42         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
  43 )
  44 ;
  45
  46 CREATE TABLE "Batch_tax_id" (
  47         "batch_id" "int" NOT NULL ,
  48         "tax_id" "int" NOT NULL ,
  49         "update_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
  50 )
  51 ;
  52
  53 CREATE TABLE "ChiSqPValueLookUp" (
  54         "df" "smallint" NOT NULL ,
  55         "chisq_from" "float" NOT NULL ,
  56         "chisq_to" "float" NOT NULL ,
  57         "pvalue_upper_bound" "float" NOT NULL
  58 )
  59 ;
  60
  61 CREATE TABLE "CpGCode" (
  62         "code" "smallint" NOT NULL ,
  63         "abbrev" "varchar" (12) NOT NULL ,
  64         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL
  65 )
  66 ;
  67
  68 CREATE TABLE "GenBankDivisionCode" (
  69         "code" "varchar" (6) NOT NULL ,
  70         "abbrev" "varchar" (40) NOT NULL ,
  71         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
  72         "display_order" "smallint" NOT NULL ,
  73         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
  74 )
  75 ;
  76
  77 CREATE TABLE "GenderCode" (
  78         "code" "char" (1) NOT NULL ,
  79         "gender" "varchar" (6) NOT NULL
  80 )
  81 ;
  82
  83 CREATE TABLE "GenomeBuildInfo" (
  84         "snp_build_id" "int" NOT NULL ,
  85         "tax_id" "int" NOT NULL ,
  86         "database_name" "varchar" (32) NOT NULL ,
  87         "ncbi_build_id" "int" NOT NULL ,
  88         "ncbi_build_ver" "smallint" NOT NULL ,
  89         "insert_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
  90         "is_major" "smallint" NOT NULL ,
  91         "ncbi_genome_tax_id" "int" NOT NULL ,
  92         "ref_assembly" "varchar" (255) NULL
  93 )
  94 ;
  95
  96 CREATE TABLE "GtyAllele" (
  97         "gty_id" "int" NOT NULL ,
  98         "rev_flag" "bit" NOT NULL ,
  99         "chr_num" "smallint" NOT NULL ,
 100         "fwd_allele_id" "int" NOT NULL ,
 101         "unigty_id" "int" NULL ,
 102         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 103         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 104 )
 105 ;
 106
 107 CREATE TABLE "IUPACna" (
 108         "allele" "varchar" (1) NOT NULL ,
 109         "meaning" "varchar" (10) NOT NULL ,
 110         "bitcode" "varchar" (4) NOT NULL ,
 111         "value" "smallint" NOT NULL ,
 112         "rev_base" "char" (1) NULL
 113 )
 114 ;
 115
 116 CREATE TABLE "LoadHistory" (
 117         "build_id" "int" NOT NULL ,
 118         "loaddate" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 119         "status" "char" (30) NOT NULL ,
 120         "comments" "varchar" (255) NULL ,
 121         "script" "varchar" (255) NULL ,
 122         "ftp_done_date" "TIMESTAMP" NULL ,
 123         "entrez_done_date" "TIMESTAMP" NULL ,
 124         "blastdb_done_date" "TIMESTAMP" NULL ,
 125         "web_date" "TIMESTAMP" NULL
 126 )
 127 ;
 128
 129 CREATE TABLE "LocTypeCode" (
 130         "code" "smallint" NOT NULL ,
 131         "abbrev" "varchar" (12) NOT NULL ,
 132         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
 133         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 134 )
 135 ;
 136
 137 CREATE TABLE "MapLinkCode" (
 138         "which_code" "varchar" (20) NOT NULL ,
 139         "code" "smallint" NOT NULL ,
 140         "abbr" "varchar" (10) NULL ,
 141         "note" "varchar" (255) NULL ,
 142         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 143         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 144 )
 145 ;
 146
 147 CREATE TABLE "Method" (
 148         "method_id" "int" NOT NULL ,
 149         "handle" "varchar" (20) NOT NULL ,
 150         "loc_method_id" "varchar" (64) NOT NULL ,
 151         "loc_method_id_upp" "varchar" (64) NOT NULL ,
 152         "method_class" "smallint" NULL ,
 153         "template_type" "smallint" NULL ,
 154         "seq_both_strands" "varchar" (3) NULL ,
 155         "mult_pcr_amplification" "varchar" (3) NULL ,
 156         "mult_clones_tested" "varchar" (3) NULL ,
 157         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 158         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 159 )
 160 ;
 161
 162 CREATE TABLE "MethodClass" (
 163         "meth_class_id" "smallint" NOT NULL ,
 164         "name" "varchar" (64) NOT NULL ,
 165         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 166         "validation_status" "smallint" NOT NULL
 167 )
 168 ;
 169
 170 CREATE TABLE "MethodLine" (
 171         "method_id" "int" NOT NULL ,
 172         "line_num" "smallint" NOT NULL ,
 173         "line" "varchar" (255) NOT NULL ,
 174         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 175         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 176 )
 177 ;
 178
 179 CREATE TABLE "Moltype" (
 180         "code" "smallint" NOT NULL ,
 181         "moltype" "varchar" (10) NOT NULL ,
 182         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL
 183 )
 184 ;
 185
 186 CREATE TABLE "Motif" (
 187         "motif_id" "int" NOT NULL ,
 188         "motif" "varchar" (253) NOT NULL ,
 189         "rev_motif_id" "int" NULL ,
 190         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 191 )
 192 ;
 193
 194 CREATE TABLE "ObsGenotype" (
 195         "gty_id" "int" NOT NULL ,
 196         "obs" "varchar" (512) NOT NULL ,
 197         "obs_upp_fix" "varchar" (512) NOT NULL ,
 198         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 199 )
 200 ;
 201
 202 CREATE TABLE "ObsVariation" (
 203         "var_id" "int" NOT NULL ,
 204         "pattern" "varchar" (255) NOT NULL ,
 205         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 206         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 207         "univar_id" "int" NULL ,
 208         "var_flag" "smallint" NULL
 209 )
 210 ;
 211
 212 CREATE TABLE "OrgDbStatus" (
 213         "database_name" "varchar" (32) NOT NULL ,
 214         "SNP_cnt" "int" NULL ,
 215         "SubSNP_cnt" "int" NULL ,
 216         "cluster_cnt" "int" NULL ,
 217         "unmapped_rs_cnt" "int" NULL ,
 218         "SubInd_cnt" "int" NULL ,
 219         "ind_cnt" "int" NULL ,
 220         "SubInd_ss_cnt" "int" NULL ,
 221         "SubPop_cnt" "int" NULL ,
 222         "pop_cnt" "int" NULL ,
 223         "SubPop_ss_cnt" "int" NULL ,
 224         "GtyFreqBySsPop_ss_cnt" "int" NULL ,
 225         "AlleleFreqBySsPop_ss_cnt" "int" NULL ,
 226         "SNPGtyFreq_rs_cnt" "int" NULL ,
 227         "SNPAlleleFreq_rs_cnt" "int" NULL ,
 228         "snp_build_max" "int" NULL ,
 229         "genome_build_max" "varchar" (8) NULL ,
 230         "map_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 231         "cluster_time_max" "TIMESTAMP" NULL ,
 232         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 233         "last_SNPBatch_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 234         "last_POPBatch_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 235         "last_INDBatch_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 236         "rsMax" "int" NULL ,
 237         "rsMissenseMax" "int" NULL
 238 )
 239 ;
 240
 241 CREATE TABLE "OrganismTax" (
 242         "organism" "varchar" (40) NOT NULL ,
 243         "tax_id" "int" NOT NULL ,
 244         "common_name" "varchar" (32) NULL ,
 245         "gpipe_abbr" "varchar" (7) NOT NULL ,
 246         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 247         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 248         "comment" "varchar" (255) NULL ,
 249         "division_cd" "varchar" (6) NULL ,
 250         "database_name" "varchar" (32) NOT NULL ,
 251         "short_common_name" "varchar" (32) NOT NULL ,
 252         "tax_id_rank" "varchar" (5) NOT NULL ,
 253         "species_tax_id" "int" NOT NULL ,
 254         "no_freq_summary" "bit" NULL ,
 255         "entrez_index" "smallint" NULL ,
 256         "pub_genome_build" "decimal"(4, 1) NULL
 257 )
 258 ;
 259
 260 CREATE TABLE "PopClass" (
 261         "pop_id" "int" NOT NULL ,
 262         "pop_class_id" "int" NOT NULL ,
 263         "snp_count" "int" NULL
 264 )
 265 ;
 266
 267 CREATE TABLE "PopClassCode" (
 268         "pop_class_id" "int" NOT NULL ,
 269         "pop_class" "char" (50) NOT NULL ,
 270         "pop_class_text" "char" (255) NOT NULL
 271 )
 272 ;
 273
 274 CREATE TABLE "Publication" (
 275         "pub_id" "int" NOT NULL ,
 276         "pmid" "int" NULL ,
 277         "handle" "varchar" (20) NOT NULL ,
 278         "meduid" "int" NULL ,
 279         "title" "varchar" (235) NOT NULL ,
 280         "journal" "varchar" (255) NULL ,
 281         "vol" "varchar" (255) NULL ,
 282         "suppl" "varchar" (128) NULL ,
 283         "issue" "varchar" (128) NULL ,
 284         "i_suppl" "varchar" (128) NULL ,
 285         "pages" "varchar" (255) NULL ,
 286         "year" "smallint" NOT NULL ,
 287         "status" "smallint" NOT NULL ,
 288         "blobflag" "smallint" NULL ,
 289         "last_updated" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 290         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 291         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 292 )
 293 ;
 294
 295 CREATE TABLE "SNPGlossary" (
 296         "term" "varchar" (256) NOT NULL ,
 297         "description" "varchar" (4000) NULL ,
 298         "last_updated" "TIMESTAMP" NULL ,
 299         "used_in" "varchar" (32) NULL
 300 )
 301 ;
 302
 303 CREATE TABLE "SNP_tax_id" (
 304         "snp_id" "int" NOT NULL ,
 305         "tax_id" "int" NULL ,
 306         "update_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 307         "status" "char" (1) NULL
 308 )
 309 ;
 310
 311 CREATE TABLE "SnpChrCode" (
 312         "code" "varchar" (8) NOT NULL ,
 313         "abbrev" "varchar" (20) NOT NULL ,
 314         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
 315         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 316         "sort_order" "smallint" NULL ,
 317         "db_name" "varchar" (32) NULL
 318 )
 319 ;
 320
 321 CREATE TABLE "SnpClassCode" (
 322         "code" "smallint" NOT NULL ,
 323         "abbrev" "varchar" (20) NOT NULL ,
 324         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
 325         "display_str" "varchar" (255) NULL
 326 )
 327 ;
 328
 329 CREATE TABLE "SnpFunctionCode" (
 330         "code" "smallint" NOT NULL ,
 331         "abbrev" "varchar" (20) NOT NULL ,
 332         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
 333         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 334         "top_level_class" "char" (5) NOT NULL ,
 335         "is_coding" "smallint" NOT NULL ,
 336         "is_exon" "bit" NULL
 337 )
 338 ;
 339
 340 CREATE TABLE "SnpValidationCode" (
 341         "code" "smallint" NOT NULL ,
 342         "abbrev" "varchar" (40) NOT NULL ,
 343         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
 344         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 345         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 346 )
 347 ;
 348
 349 CREATE TABLE "StrandCode" (
 350         "code" "smallint" NOT NULL ,
 351         "abbrev" "varchar" (20) NOT NULL ,
 352         "rs_to_ss_orien" "bit" NOT NULL ,
 353         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL ,
 354         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 355 )
 356 ;
 357
 358 CREATE TABLE "SubSNPDelComm" (
 359         "comment_id" "smallint" NOT NULL ,
 360         "comment" "varchar" (255) NOT NULL ,
 361         "create_time" "TIMESTAMP" NULL
 362 )
 363 ;
 364
 365 CREATE TABLE "SubSNPSeqTypeCode" (
 366         "code" "smallint" NOT NULL ,
 367         "abbrev" "varchar" (20) NOT NULL ,
 368         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL
 369 )
 370 ;
 371
 372 CREATE TABLE "Submitter" (
 373         "handle" "varchar" (20) NOT NULL ,
 374         "name" "varchar" (255) NOT NULL ,
 375         "fax" "varchar" (255) NULL ,
 376         "phone" "varchar" (255) NULL ,
 377         "email" "varchar" (255) NULL ,
 378         "lab" "varchar" (255) NULL ,
 379         "institution" "varchar" (255) NULL ,
 380         "address" "varchar" (255) NULL ,
 381         "create_time" "TIMESTAMP" NULL ,
 382         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NULL
 383 )
 384 ;
 385
 386 CREATE TABLE "TemplateType" (
 387         "temp_type_id" "smallint" NOT NULL ,
 388         "name" "varchar" (64) NOT NULL ,
 389         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 390 )
 391 ;
 392
 393 CREATE TABLE "UniGty" (
 394         "unigty_id" "int" NOT NULL ,
 395         "gty_str" "varchar" (255) NULL ,
 396         "allele_id_1" "int" NOT NULL ,
 397         "allele_id_2" "int" NULL ,
 398         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 399 )
 400 ;
 401
 402 CREATE TABLE "UniVariAllele" (
 403         "univar_id" "int" NOT NULL ,
 404         "allele_id" "int" NOT NULL ,
 405         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 406 )
 407 ;
 408
 409 CREATE TABLE "UniVariation" (
 410         "univar_id" "int" NOT NULL ,
 411         "var_str" "varchar" (900) NULL ,
 412         "allele_cnt" "smallint" NOT NULL ,
 413         "subsnp_class" "smallint" NOT NULL ,
 414         "iupack_code" "char" (1) NOT NULL ,
 415         "top_or_bot_strand" "char" (1) NOT NULL ,
 416         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 417         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 418         "src_code" "smallint" NULL ,
 419         "rev_univar_id" "int" NULL
 420 )
 421 ;
 422
 423 CREATE TABLE "UniVariationSrcCode" (
 424         "code" "smallint" NOT NULL ,
 425         "abbrev" "varchar" (20) NOT NULL ,
 426         "descrip" "varchar" (255) NOT NULL
 427 )
 428 ;
 429
 430 CREATE TABLE "VariAllele" (
 431         "var_id" "int" NOT NULL ,
 432         "allele_id" "int" NOT NULL ,
 433         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 434 )
 435 ;
 436
 437 CREATE TABLE "db_DataDictionaryNew" (
 438         "tab" "varchar" (64) NULL ,
 439         "col" "varchar" (32) NULL ,
 440         "col_order" "int" NULL ,
 441         "typ" "varchar" (16) NULL ,
 442         "length" "int" NULL ,
 443         "description" "varchar" (6000) NULL ,
 444         "todo" "varchar" (1000) NULL ,
 445         "update_time" "TIMESTAMP" NULL
 446 )
 447 ;
 448
 449 CREATE TABLE "db_ftp_table_list" (
 450         "table_name" "varchar" (32) NOT NULL ,
 451         "db_str" "varchar" (64) NOT NULL ,
 452         "create_time" "TIMESTAMP" NULL
 453 )
 454 ;
 455
 456 CREATE TABLE "db_map_table_name" (
 457         "table_name" "varchar" (32) NOT NULL ,
 458         "to_index" "bit" NULL
 459 )
 460 ;
 461
 462 CREATE TABLE "dn_Allele_rev" (
 463         "allele_id" "int" NOT NULL ,
 464         "rev_flag" "smallint" NOT NULL ,
 465         "fwd_allele_id" "int" NOT NULL ,
 466         "fwd_allele" "varchar" (255) NOT NULL
 467 )
 468 ;
 469
 470 CREATE TABLE "dn_Motif_rev" (
 471         "motif_id" "int" NOT NULL ,
 472         "rev_flag" "smallint" NOT NULL ,
 473         "fwd_motif" "varchar" (253) NULL ,
 474         "fwd_motif_id" "int" NULL
 475 )
 476 ;
 477
 478 CREATE TABLE "dn_UniGty_allele" (
 479         "unigty_id" "int" NOT NULL ,
 480         "chr_num" "smallint" NOT NULL ,
 481         "allele_id" "int" NOT NULL ,
 482         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 483 )
 484 ;
 485
 486 CREATE TABLE "dn_UniGty_rev" (
 487         "unigty_id" "int" NOT NULL ,
 488         "rev_flag" "smallint" NOT NULL ,
 489         "fwd_unigty_id" "int" NOT NULL ,
 490         "fwd_gty_str" "varchar" (255) NULL
 491 )
 492 ;
 493
 494 CREATE TABLE "dn_UniVariation_rev" (
 495         "univar_id" "int" NOT NULL ,
 496         "rev_flag" "smallint" NOT NULL ,
 497         "fwd_univar_id" "int" NULL ,
 498         "fwd_univar_str" "varchar" (900) NULL
 499 )
 500 ;
 501
 502 CREATE TABLE "dn_baseFlip" (
 503         "base" "char" (1) NULL ,
 504         "rev_flag" "smallint" NULL ,
 505         "fwd_base" "char" (1) NULL
 506 )
 507 ;
 508
 509 CREATE TABLE "dn_gty2unigty_trueSNP" (
 510         "gty_id" "int" NOT NULL ,
 511         "rev_flag" "bit" NOT NULL ,
 512         "unigty_id" "int" NULL ,
 513         "obs" "varchar" (512) NOT NULL ,
 514         "gty_str" "varchar" (255) NULL
 515 )
 516 ;
 517
 518 CREATE TABLE "dn_summary" (
 519         "tax_id" "int" NOT NULL ,
 520         "build_id" "int" NOT NULL ,
 521         "type" "varchar" (20) NOT NULL ,
 522         "cnt" "int" NOT NULL ,
 523         "create_time" "TIMESTAMP" NOT NULL ,
 524         "last_updated_time" "TIMESTAMP" NOT NULL
 525 )
 526 ;
 527