schema/shared_schema/dbSNP_main_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE Allele
   2 (
   3 allele_id int NOT NULL ,
   4 allele varchar(255) NOT NULL ,
   5 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
   6 rev_allele_id int NULL ,
   7 src varchar(10) NULL ,
   8 last_updated_time TIMESTAMP NULL
   9 );
  10 CREATE TABLE AlleleFlagCode
  11 (
  12 code smallint NOT NULL ,
  13 abbrev varchar(12) NOT NULL ,
  14 descrip varchar(255) NOT NULL ,
  15 create_time TIMESTAMP NOT NULL
  16 );
  17 CREATE TABLE AlleleMotif
  18 (
  19 allele_id int NOT NULL ,
  20 motif_order int NOT NULL ,
  21 motif_id int NOT NULL ,
  22 repeat_cnt real NOT NULL ,
  23 create_time TIMESTAMP NOT NULL
  24 );
  25 CREATE TABLE AllocIds
  26 (
  27 name varchar(30) NOT NULL ,
  28 id int NOT NULL ,
  29 cycle int NULL ,
  30 create_time TIMESTAMP NULL ,
  31 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
  32 comment varchar(255) NULL
  33 );
  34 CREATE TABLE Author
  35 (
  36 pub_id int NOT NULL ,
  37 position smallint NOT NULL ,
  38 author varchar(255) NOT NULL ,
  39 create_time TIMESTAMP NULL ,
  40 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  41 );
  42 CREATE TABLE Batch_tax_id
  43 (
  44 batch_id int NOT NULL ,
  45 tax_id int NOT NULL ,
  46 update_time TIMESTAMP NOT NULL
  47 );
  48 CREATE TABLE ChiSqPValueLookUp
  49 (
  50 df smallint NOT NULL ,
  51 chisq_from float NOT NULL ,
  52 chisq_to float NOT NULL ,
  53 pvalue_upper_bound float NOT NULL
  54 );
  55 CREATE TABLE CpGCode
  56 (
  57 code smallint NOT NULL ,
  58 abbrev varchar(12) NOT NULL ,
  59 descrip varchar(255) NOT NULL
  60 );
  61 CREATE TABLE GenBankDivisionCode
  62 (
  63 code varchar(6) NOT NULL ,
  64 abbrev varchar(40) NOT NULL ,
  65 descrip varchar(255) NOT NULL ,
  66 display_order smallint NOT NULL ,
  67 create_time TIMESTAMP NOT NULL
  68 );
  69 CREATE TABLE GenderCode
  70 (
  71 code char(1) NOT NULL ,
  72 gender varchar(6) NOT NULL
  73 );
  74 CREATE TABLE GenomeBuildInfo
  75 (
  76 snp_build_id int NOT NULL ,
  77 tax_id int NOT NULL ,
  78 database_name varchar(32) NOT NULL ,
  79 ncbi_build_id int NOT NULL ,
  80 ncbi_build_ver smallint NOT NULL ,
  81 insert_time TIMESTAMP NOT NULL ,
  82 is_major smallint NOT NULL ,
  83 ncbi_genome_tax_id int NOT NULL ,
  84 ref_assembly varchar(32) NULL ,
  85 annot_set_acc varchar(32) NULL ,
  86 annot_set_ver smallint NULL
  87 );
  88 CREATE TABLE GtyAllele
  89 (
  90 gty_id int NOT NULL ,
  91 rev_flag bit NOT NULL ,
  92 chr_num smallint NOT NULL ,
  93 fwd_allele_id int NOT NULL ,
  94 unigty_id int NULL ,
  95 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
  96 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
  97 );
  98 CREATE TABLE IUPACna
  99 (
 100 allele varchar(1) NOT NULL ,
 101 meaning varchar(10) NOT NULL ,
 102 bitcode varchar(4) NOT NULL ,
 103 value smallint NOT NULL ,
 104 rev_base char(1) NULL
 105 );
 106 CREATE TABLE LoadHistory
 107 (
 108 build_id int NOT NULL ,
 109 loaddate TIMESTAMP NOT NULL ,
 110 status char(30) NOT NULL ,
 111 comments varchar(255) NULL ,
 112 script varchar(255) NULL ,
 113 ftp_done_date TIMESTAMP NULL ,
 114 entrez_done_date TIMESTAMP NULL ,
 115 blastdb_done_date TIMESTAMP NULL ,
 116 web_date TIMESTAMP NULL
 117 );
 118 CREATE TABLE LocTypeCode
 119 (
 120 code smallint NOT NULL ,
 121 abbrev varchar(12) NOT NULL ,
 122 descrip varchar(255) NOT NULL ,
 123 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 124 );
 125 CREATE TABLE MapLinkCode
 126 (
 127 which_code varchar(20) NOT NULL ,
 128 code smallint NOT NULL ,
 129 abbr varchar(10) NULL ,
 130 note varchar(255) NULL ,
 131 create_time TIMESTAMP NULL ,
 132 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 133 );
 134 CREATE TABLE Method
 135 (
 136 method_id int NOT NULL ,
 137 handle varchar(20) NOT NULL ,
 138 loc_method_id varchar(64) NOT NULL ,
 139 loc_method_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 140 method_class smallint NULL ,
 141 template_type smallint NULL ,
 142 seq_both_strands varchar(3) NULL ,
 143 mult_pcr_amplification varchar(3) NULL ,
 144 mult_clones_tested varchar(3) NULL ,
 145 create_time TIMESTAMP NULL ,
 146 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 147 );
 148 CREATE TABLE MethodClass
 149 (
 150 meth_class_id smallint NOT NULL ,
 151 name varchar(64) NOT NULL ,
 152 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 153 validation_status smallint NOT NULL
 154 );
 155 CREATE TABLE MethodLine
 156 (
 157 method_id int NOT NULL ,
 158 line_num smallint NOT NULL ,
 159 line varchar(255) NOT NULL ,
 160 create_time TIMESTAMP NULL ,
 161 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 162 );
 163 CREATE TABLE Moltype
 164 (
 165 code smallint NOT NULL ,
 166 moltype varchar(10) NOT NULL ,
 167 descrip varchar(255) NOT NULL
 168 );
 169 CREATE TABLE Motif
 170 (
 171 motif_id int NOT NULL ,
 172 motif varchar(253) NOT NULL ,
 173 rev_motif_id int NULL ,
 174 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 175 );
 176 CREATE TABLE ObsGenotype
 177 (
 178 gty_id int NOT NULL ,
 179 obs varchar(512) NOT NULL ,
 180 obs_upp_fix varchar(512) NOT NULL ,
 181 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 182 );
 183 CREATE TABLE ObsVariation
 184 (
 185 var_id int NOT NULL ,
 186 pattern varchar(255) NOT NULL ,
 187 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 188 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 189 univar_id int NULL ,
 190 var_flag smallint NULL
 191 );
 192 CREATE TABLE OrgDbStatus
 193 (
 194 database_name varchar(32) NOT NULL ,
 195 SNP_cnt int NULL ,
 196 SubSNP_cnt int NULL ,
 197 cluster_cnt int NULL ,
 198 unmapped_rs_cnt int NULL ,
 199 SubInd_cnt int NULL ,
 200 ind_cnt int NULL ,
 201 SubInd_ss_cnt int NULL ,
 202 SubPop_cnt int NULL ,
 203 pop_cnt int NULL ,
 204 SubPop_ss_cnt int NULL ,
 205 GtyFreqBySsPop_ss_cnt int NULL ,
 206 AlleleFreqBySsPop_ss_cnt int NULL ,
 207 SNPGtyFreq_rs_cnt int NULL ,
 208 SNPAlleleFreq_rs_cnt int NULL ,
 209 snp_build_max int NULL ,
 210 genome_build_max varchar(8) NULL ,
 211 map_time TIMESTAMP NULL ,
 212 cluster_time_max TIMESTAMP NULL ,
 213 create_time TIMESTAMP NULL ,
 214 last_SNPBatch_time TIMESTAMP NULL ,
 215 last_POPBatch_time TIMESTAMP NULL ,
 216 last_INDBatch_time TIMESTAMP NULL ,
 217 rsMax int NULL ,
 218 rsMissenseMax int NULL ,
 219 copy2FTP_time TIMESTAMP NULL
 220 );
 221 CREATE TABLE OrganismTax
 222 (
 223 organism varchar(128) NOT NULL ,
 224 tax_id int NOT NULL ,
 225 common_name varchar(32) NULL ,
 226 gpipe_abbr varchar(7) NOT NULL ,
 227 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 228 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 229 comment varchar(255) NULL ,
 230 division_cd varchar(6) NULL ,
 231 database_name varchar(32) NOT NULL ,
 232 short_common_name varchar(32) NOT NULL ,
 233 tax_id_rank varchar(5) NOT NULL ,
 234 species_tax_id int NOT NULL ,
 235 no_freq_summary bit NULL ,
 236 entrez_index smallint NULL ,
 237 pub_genome_build decimal NULL
 238 );
 239 CREATE TABLE PopClass
 240 (
 241 pop_id int NOT NULL ,
 242 pop_class_id int NOT NULL ,
 243 snp_count int NULL
 244 );
 245 CREATE TABLE PopClassCode
 246 (
 247 pop_class_id int NOT NULL ,
 248 pop_class char(50) NOT NULL ,
 249 pop_class_text char(255) NOT NULL
 250 );
 251 CREATE TABLE Publication
 252 (
 253 pub_id int NOT NULL ,
 254 pmid int NULL ,
 255 handle varchar(20) NOT NULL ,
 256 meduid int NULL ,
 257 title varchar(235) NOT NULL ,
 258 journal varchar(255) NULL ,
 259 vol varchar(255) NULL ,
 260 suppl varchar(128) NULL ,
 261 issue varchar(128) NULL ,
 262 i_suppl varchar(128) NULL ,
 263 pages varchar(255) NULL ,
 264 year smallint NOT NULL ,
 265 status smallint NOT NULL ,
 266 blobflag smallint NULL ,
 267 last_updated TIMESTAMP NOT NULL ,
 268 create_time TIMESTAMP NULL ,
 269 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 270 );
 271 CREATE TABLE SNPGlossary
 272 (
 273 term varchar(256) NOT NULL ,
 274 description varchar(4000) NULL ,
 275 last_updated TIMESTAMP NULL ,
 276 used_in varchar(32) NULL
 277 );
 278 CREATE TABLE SNP_tax_id
 279 (
 280 snp_id int NOT NULL ,
 281 tax_id int NULL ,
 282 update_time TIMESTAMP NULL ,
 283 status char(1) NULL
 284 );
 285 CREATE TABLE SnpChrCode
 286 (
 287 code varchar(8) NOT NULL ,
 288 abbrev varchar(20) NOT NULL ,
 289 descrip varchar(255) NOT NULL ,
 290 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 291 sort_order smallint NULL ,
 292 db_name varchar(32) NULL ,
 293 NC_acc varchar(16) NULL
 294 );
 295 CREATE TABLE SnpClassCode
 296 (
 297 code smallint NOT NULL ,
 298 abbrev varchar(20) NOT NULL ,
 299 descrip varchar(255) NOT NULL ,
 300 display_str varchar(255) NULL
 301 );
 302 CREATE TABLE SnpFunctionCode
 303 (
 304 code smallint NOT NULL ,
 305 abbrev varchar(20) NOT NULL ,
 306 descrip varchar(255) NOT NULL ,
 307 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 308 top_level_class char(5) NOT NULL ,
 309 is_coding smallint NOT NULL ,
 310 is_exon bit NULL ,
 311 var_prop_loc_code int NULL ,
 312 var_prop_effect_code int NULL
 313 );
 314 CREATE TABLE SnpValidationCode
 315 (
 316 code smallint NOT NULL ,
 317 abbrev varchar(64) NOT NULL ,
 318 descrip varchar(255) NOT NULL ,
 319 create_time TIMESTAMP NULL ,
 320 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 321 );
 322 CREATE TABLE StrandCode
 323 (
 324 code smallint NOT NULL ,
 325 abbrev varchar(20) NOT NULL ,
 326 rs_to_ss_orien bit NOT NULL ,
 327 descrip varchar(255) NOT NULL ,
 328 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 329 );
 330 CREATE TABLE SubSNPDelComm
 331 (
 332 comment_id smallint NOT NULL ,
 333 comment varchar(255) NOT NULL ,
 334 create_time TIMESTAMP NULL
 335 );
 336 CREATE TABLE SubSNPSeqTypeCode
 337 (
 338 code smallint NOT NULL ,
 339 abbrev varchar(20) NOT NULL ,
 340 descrip varchar(255) NOT NULL
 341 );
 342 CREATE TABLE Submitter
 343 (
 344 handle varchar(20) NOT NULL ,
 345 name varchar(255) NOT NULL ,
 346 fax varchar(255) NULL ,
 347 phone varchar(255) NULL ,
 348 email varchar(255) NULL ,
 349 lab varchar(255) NULL ,
 350 institution varchar(255) NULL ,
 351 address varchar(255) NULL ,
 352 create_time TIMESTAMP NULL ,
 353 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 354 );
 355 CREATE TABLE TemplateType
 356 (
 357 temp_type_id smallint NOT NULL ,
 358 name varchar(64) NOT NULL ,
 359 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 360 );
 361 CREATE TABLE UniGty
 362 (
 363 unigty_id int NOT NULL ,
 364 gty_str varchar(255) NULL ,
 365 allele_id_1 int NOT NULL ,
 366 allele_id_2 int NULL ,
 367 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 368 );
 369 CREATE TABLE UniVariAllele
 370 (
 371 univar_id int NOT NULL ,
 372 allele_id int NOT NULL ,
 373 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 374 );
 375 CREATE TABLE UniVariation
 376 (
 377 univar_id int NOT NULL ,
 378 var_str varchar(900) NULL ,
 379 allele_cnt smallint NOT NULL ,
 380 subsnp_class smallint NOT NULL ,
 381 iupack_code char(1) NOT NULL ,
 382 top_or_bot_strand char(1) NOT NULL ,
 383 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 384 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 385 src_code smallint NULL ,
 386 rev_univar_id int NULL
 387 );
 388 CREATE TABLE UniVariationSrcCode
 389 (
 390 code smallint NOT NULL ,
 391 abbrev varchar(20) NOT NULL ,
 392 descrip varchar(255) NOT NULL
 393 );
 394 CREATE TABLE VariAllele
 395 (
 396 var_id int NOT NULL ,
 397 allele_id int NOT NULL ,
 398 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 399 );
 400 CREATE TABLE db_ftp_table_list
 401 (
 402 table_name varchar(32) NOT NULL ,
 403 db_str varchar(64) NOT NULL ,
 404 create_time TIMESTAMP NULL
 405 );
 406 CREATE TABLE db_map_table_name
 407 (
 408 table_name varchar(32) NOT NULL ,
 409 to_index bit NULL ,
 410 isCurrent char(1) NULL ,
 411 inNonHuman char(1) NOT NULL
 412 );
 413 CREATE TABLE dn_Allele_rev
 414 (
 415 allele_id int NOT NULL ,
 416 rev_flag smallint NOT NULL ,
 417 fwd_allele_id int NOT NULL ,
 418 fwd_allele varchar(255) NOT NULL
 419 );
 420 CREATE TABLE dn_Motif_rev
 421 (
 422 motif_id int NOT NULL ,
 423 rev_flag smallint NOT NULL ,
 424 fwd_motif varchar(253) NULL ,
 425 fwd_motif_id int NULL
 426 );
 427 CREATE TABLE dn_UniGty_allele
 428 (
 429 unigty_id int NOT NULL ,
 430 chr_num smallint NOT NULL ,
 431 allele_id int NOT NULL ,
 432 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 433 );
 434 CREATE TABLE dn_UniGty_rev
 435 (
 436 unigty_id int NOT NULL ,
 437 rev_flag smallint NOT NULL ,
 438 fwd_unigty_id int NOT NULL ,
 439 fwd_gty_str varchar(255) NULL
 440 );
 441 CREATE TABLE dn_UniVariation_rev
 442 (
 443 univar_id int NOT NULL ,
 444 rev_flag smallint NOT NULL ,
 445 fwd_univar_id int NULL ,
 446 fwd_univar_str varchar(900) NULL
 447 );
 448 CREATE TABLE dn_baseFlip
 449 (
 450 base char(1) NULL ,
 451 rev_flag smallint NULL ,
 452 fwd_base char(1) NULL
 453 );
 454 CREATE TABLE dn_gty2unigty_trueSNP
 455 (
 456 gty_id int NOT NULL ,
 457 rev_flag bit NOT NULL ,
 458 unigty_id int NULL ,
 459 obs varchar(512) NOT NULL ,
 460 gty_str varchar(255) NULL
 461 );
 462 CREATE TABLE dn_summary
 463 (
 464 tax_id int NOT NULL ,
 465 build_id int NOT NULL ,
 466 type varchar(20) NOT NULL ,
 467 cnt int NOT NULL ,
 468 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 469 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 470 );