schema/shared_schema/dbSNP_main_table.sql

   1 CREATE TABLE [Allele]
   2 (
   3 [allele_id] [int] NOT NULL ,
   4 [allele] [varchar](255) NOT NULL ,
   5 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
   6 [rev_allele_id] [int] NULL ,
   7 [src] [varchar](10) NULL ,
   8 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
   9 )\r
  10 GO
  11
  12 CREATE TABLE [AlleleFlagCode]
  13 (
  14 [code] [tinyint] NOT NULL ,
  15 [abbrev] [varchar](12) NOT NULL ,
  16 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
  17 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
  18 )\r
  19 GO
  20
  21 CREATE TABLE [AlleleMotif]
  22 (
  23 [allele_id] [int] NOT NULL ,
  24 [motif_order] [int] NOT NULL ,
  25 [motif_id] [int] NOT NULL ,
  26 [repeat_cnt] [real] NOT NULL ,
  27 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
  28 )\r
  29 GO
  30
  31 CREATE TABLE [AllocIds]
  32 (
  33 [name] [varchar](30) NOT NULL ,
  34 [id] [int] NOT NULL ,
  35 [cycle] [int] NULL ,
  36 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  37 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
  38 [comment] [varchar](255) NULL
  39 )\r
  40 GO
  41
  42 CREATE TABLE [Author]
  43 (
  44 [pub_id] [int] NOT NULL ,
  45 [position] [tinyint] NOT NULL ,
  46 [author] [varchar](255) NOT NULL ,
  47 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  48 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  49 )\r
  50 GO
  51
  52 CREATE TABLE [Batch_tax_id]
  53 (
  54 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  55 [tax_id] [int] NOT NULL ,
  56 [update_time] [datetime] NOT NULL
  57 )\r
  58 GO
  59
  60 CREATE TABLE [ChiSqPValueLookUp]
  61 (
  62 [df] [tinyint] NOT NULL ,
  63 [chisq_from] [float] NOT NULL ,
  64 [chisq_to] [float] NOT NULL ,
  65 [pvalue_upper_bound] [float] NOT NULL
  66 )\r
  67 GO
  68
  69 CREATE TABLE [CpGCode]
  70 (
  71 [code] [tinyint] NOT NULL ,
  72 [abbrev] [varchar](12) NOT NULL ,
  73 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
  74 )\r
  75 GO
  76
  77 CREATE TABLE [GenBankDivisionCode]
  78 (
  79 [code] [varchar](6) NOT NULL ,
  80 [abbrev] [varchar](40) NOT NULL ,
  81 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
  82 [display_order] [tinyint] NOT NULL ,
  83 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
  84 )\r
  85 GO
  86
  87 CREATE TABLE [GenderCode]
  88 (
  89 [code] [char](1) NOT NULL ,
  90 [gender] [varchar](6) NOT NULL
  91 )\r
  92 GO
  93
  94 CREATE TABLE [GenomeBuildInfo]
  95 (
  96 [snp_build_id] [int] NOT NULL ,
  97 [tax_id] [int] NOT NULL ,
  98 [database_name] [varchar](32) NOT NULL ,
  99 [ncbi_build_id] [int] NOT NULL ,
 100 [ncbi_build_ver] [tinyint] NOT NULL ,
 101 [insert_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 102 [is_major] [tinyint] NOT NULL ,
 103 [ncbi_genome_tax_id] [int] NOT NULL ,
 104 [ref_assembly] [varchar](32) NULL ,
 105 [annot_set_acc] [varchar](32) NULL ,
 106 [annot_set_ver] [smallint] NULL
 107 )\r
 108 GO
 109
 110 CREATE TABLE [GtyAllele]
 111 (
 112 [gty_id] [int] NOT NULL ,
 113 [rev_flag] [bit] NOT NULL ,
 114 [chr_num] [tinyint] NOT NULL ,
 115 [fwd_allele_id] [int] NOT NULL ,
 116 [unigty_id] [int] NULL ,
 117 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 118 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 119 )\r
 120 GO
 121
 122 CREATE TABLE [IUPACna]
 123 (
 124 [allele] [varchar](1) NOT NULL ,
 125 [meaning] [varchar](10) NOT NULL ,
 126 [bitcode] [varchar](4) NOT NULL ,
 127 [value] [tinyint] NOT NULL ,
 128 [rev_base] [char](1) NULL
 129 )\r
 130 GO
 131
 132 CREATE TABLE [LoadHistory]
 133 (
 134 [build_id] [int] NOT NULL ,
 135 [loaddate] [smalldatetime] NOT NULL ,
 136 [status] [char](30) NOT NULL ,
 137 [comments] [varchar](255) NULL ,
 138 [script] [varchar](255) NULL ,
 139 [ftp_done_date] [smalldatetime] NULL ,
 140 [entrez_done_date] [smalldatetime] NULL ,
 141 [blastdb_done_date] [smalldatetime] NULL ,
 142 [web_date] [smalldatetime] NULL
 143 )\r
 144 GO
 145
 146 CREATE TABLE [LocTypeCode]
 147 (
 148 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 149 [abbrev] [varchar](12) NOT NULL ,
 150 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
 151 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 152 )\r
 153 GO
 154
 155 CREATE TABLE [MapLinkCode]
 156 (
 157 [which_code] [varchar](20) NOT NULL ,
 158 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 159 [abbr] [varchar](10) NULL ,
 160 [note] [varchar](255) NULL ,
 161 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 162 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 163 )\r
 164 GO
 165
 166 CREATE TABLE [Method]
 167 (
 168 [method_id] [int] NOT NULL ,
 169 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 170 [loc_method_id] [varchar](64) NOT NULL ,
 171 [loc_method_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
 172 [method_class] [tinyint] NULL ,
 173 [template_type] [tinyint] NULL ,
 174 [seq_both_strands] [varchar](3) NULL ,
 175 [mult_pcr_amplification] [varchar](3) NULL ,
 176 [mult_clones_tested] [varchar](3) NULL ,
 177 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 178 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 179 )\r
 180 GO
 181
 182 CREATE TABLE [MethodClass]
 183 (
 184 [meth_class_id] [tinyint] NOT NULL ,
 185 [name] [varchar](64) NOT NULL ,
 186 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 187 [validation_status] [tinyint] NOT NULL
 188 )\r
 189 GO
 190
 191 CREATE TABLE [MethodLine]
 192 (
 193 [method_id] [int] NOT NULL ,
 194 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 195 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
 196 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 197 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 198 )\r
 199 GO
 200
 201 CREATE TABLE [Moltype]
 202 (
 203 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 204 [moltype] [varchar](10) NOT NULL ,
 205 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
 206 )\r
 207 GO
 208
 209 CREATE TABLE [Motif]
 210 (
 211 [motif_id] [int] NOT NULL ,
 212 [motif] [varchar](253) NOT NULL ,
 213 [rev_motif_id] [int] NULL ,
 214 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 215 )\r
 216 GO
 217
 218 CREATE TABLE [ObsGenotype]
 219 (
 220 [gty_id] [int] NOT NULL ,
 221 [obs] [varchar](512) NOT NULL ,
 222 [obs_upp_fix] [varchar](512) NOT NULL ,
 223 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 224 )\r
 225 GO
 226
 227 CREATE TABLE [ObsVariation]
 228 (
 229 [var_id] [int] NOT NULL ,
 230 [pattern] [varchar](255) NOT NULL ,
 231 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 232 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 233 [univar_id] [int] NULL ,
 234 [var_flag] [tinyint] NULL
 235 )\r
 236 GO
 237
 238 CREATE TABLE [OrgDbStatus]
 239 (
 240 [database_name] [varchar](32) NOT NULL ,
 241 [SNP_cnt] [int] NULL ,
 242 [SubSNP_cnt] [int] NULL ,
 243 [cluster_cnt] [int] NULL ,
 244 [unmapped_rs_cnt] [int] NULL ,
 245 [SubInd_cnt] [int] NULL ,
 246 [ind_cnt] [int] NULL ,
 247 [SubInd_ss_cnt] [int] NULL ,
 248 [SubPop_cnt] [int] NULL ,
 249 [pop_cnt] [int] NULL ,
 250 [SubPop_ss_cnt] [int] NULL ,
 251 [GtyFreqBySsPop_ss_cnt] [int] NULL ,
 252 [AlleleFreqBySsPop_ss_cnt] [int] NULL ,
 253 [SNPGtyFreq_rs_cnt] [int] NULL ,
 254 [SNPAlleleFreq_rs_cnt] [int] NULL ,
 255 [snp_build_max] [int] NULL ,
 256 [genome_build_max] [varchar](8) NULL ,
 257 [map_time] [smalldatetime] NULL ,
 258 [cluster_time_max] [smalldatetime] NULL ,
 259 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 260 [last_SNPBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
 261 [last_POPBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
 262 [last_INDBatch_time] [smalldatetime] NULL ,
 263 [rsMax] [int] NULL ,
 264 [rsMissenseMax] [int] NULL ,
 265 [copy2FTP_time] [smalldatetime] NULL
 266 )\r
 267 GO
 268
 269 CREATE TABLE [OrganismTax]
 270 (
 271 [organism] [varchar](128) NOT NULL ,
 272 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 273 [common_name] [varchar](32) NULL ,
 274 [gpipe_abbr] [varchar](7) NOT NULL ,
 275 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 276 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 277 [comment] [varchar](255) NULL ,
 278 [division_cd] [varchar](6) NULL ,
 279 [database_name] [varchar](32) NOT NULL ,
 280 [short_common_name] [varchar](32) NOT NULL ,
 281 [tax_id_rank] [varchar](5) NOT NULL ,
 282 [species_tax_id] [int] NOT NULL ,
 283 [no_freq_summary] [bit] NULL ,
 284 [entrez_index] [smallint] NULL ,
 285 [pub_genome_build] [decimal] NULL
 286 )\r
 287 GO
 288
 289 CREATE TABLE [PopClass]
 290 (
 291 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 292 [pop_class_id] [int] NOT NULL ,
 293 [snp_count] [int] NULL
 294 )\r
 295 GO
 296
 297 CREATE TABLE [PopClassCode]
 298 (
 299 [pop_class_id] [int] NOT NULL ,
 300 [pop_class] [char](50) NOT NULL ,
 301 [pop_class_text] [char](255) NOT NULL
 302 )\r
 303 GO
 304
 305 CREATE TABLE [Publication]
 306 (
 307 [pub_id] [int] NOT NULL ,
 308 [pmid] [int] NULL ,
 309 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 310 [meduid] [int] NULL ,
 311 [title] [varchar](235) NOT NULL ,
 312 [journal] [varchar](255) NULL ,
 313 [vol] [varchar](255) NULL ,
 314 [suppl] [varchar](128) NULL ,
 315 [issue] [varchar](128) NULL ,
 316 [i_suppl] [varchar](128) NULL ,
 317 [pages] [varchar](255) NULL ,
 318 [year] [smallint] NOT NULL ,
 319 [status] [tinyint] NOT NULL ,
 320 [blobflag] [tinyint] NULL ,
 321 [last_updated] [smalldatetime] NOT NULL ,
 322 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 323 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 324 )\r
 325 GO
 326
 327 CREATE TABLE [SNPGlossary]
 328 (
 329 [term] [varchar](256) NOT NULL ,
 330 [description] [varchar](4000) NULL ,
 331 [last_updated] [smalldatetime] NULL ,
 332 [used_in] [varchar](32) NULL
 333 )\r
 334 GO
 335
 336 CREATE TABLE [SNP_tax_id]
 337 (
 338 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 339 [tax_id] [int] NULL ,
 340 [update_time] [smalldatetime] NULL ,
 341 [status] [char](1) NULL
 342 )\r
 343 GO
 344
 345 CREATE TABLE [SnpChrCode]
 346 (
 347 [code] [varchar](8) NOT NULL ,
 348 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
 349 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
 350 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 351 [sort_order] [tinyint] NULL ,
 352 [db_name] [varchar](32) NULL ,
 353 [NC_acc] [varchar](16) NULL
 354 )\r
 355 GO
 356
 357 CREATE TABLE [SnpClassCode]
 358 (
 359 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 360 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
 361 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
 362 [display_str] [varchar](255) NULL
 363 )\r
 364 GO
 365
 366 CREATE TABLE [SnpFunctionCode]
 367 (
 368 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 369 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
 370 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
 371 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 372 [top_level_class] [char](5) NOT NULL ,
 373 [is_coding] [tinyint] NOT NULL ,
 374 [is_exon] [bit] NULL ,
 375 [var_prop_effect_code] [int] NULL ,
 376 [var_prop_gene_loc_code] [int] NULL ,
 377 [SO_id] [varchar](32) NULL
 378 )\r
 379 GO
 380
 381 CREATE TABLE [SnpValidationCode]
 382 (
 383 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 384 [abbrev] [varchar](64) NOT NULL ,
 385 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
 386 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 387 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 388 )\r
 389 GO
 390
 391 CREATE TABLE [StrandCode]
 392 (
 393 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 394 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
 395 [rs_to_ss_orien] [bit] NOT NULL ,
 396 [descrip] [varchar](255) NOT NULL ,
 397 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 398 )\r
 399 GO
 400
 401 CREATE TABLE [SubSNPDelComm]
 402 (
 403 [comment_id] [smallint] NOT NULL ,
 404 [comment] [varchar](400) NULL ,
 405 [create_time] [smalldatetime] NULL
 406 )\r
 407 GO
 408
 409 CREATE TABLE [SubSNPSeqTypeCode]
 410 (
 411 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 412 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
 413 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
 414 )\r
 415 GO
 416
 417 CREATE TABLE [Submitter]
 418 (
 419 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 420 [name] [varchar](255) NOT NULL ,
 421 [fax] [varchar](255) NULL ,
 422 [phone] [varchar](255) NULL ,
 423 [email] [varchar](255) NULL ,
 424 [lab] [varchar](255) NULL ,
 425 [institution] [varchar](255) NULL ,
 426 [address] [varchar](255) NULL ,
 427 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 428 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 429 )\r
 430 GO
 431
 432 CREATE TABLE [TemplateType]
 433 (
 434 [temp_type_id] [tinyint] NOT NULL ,
 435 [name] [varchar](64) NOT NULL ,
 436 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 437 )\r
 438 GO
 439
 440 CREATE TABLE [UniGty]
 441 (
 442 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 443 [gty_str] [varchar](255) NULL ,
 444 [allele_id_1] [int] NOT NULL ,
 445 [allele_id_2] [int] NULL ,
 446 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 447 )\r
 448 GO
 449
 450 CREATE TABLE [UniVariAllele]
 451 (
 452 [univar_id] [int] NOT NULL ,
 453 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 454 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 455 )\r
 456 GO
 457
 458 CREATE TABLE [UniVariation]
 459 (
 460 [univar_id] [int] NOT NULL ,
 461 [var_str] [varchar](900) NULL ,
 462 [allele_cnt] [smallint] NOT NULL ,
 463 [subsnp_class] [tinyint] NOT NULL ,
 464 [iupack_code] [char](1) NOT NULL ,
 465 [top_or_bot_strand] [char](1) NOT NULL ,
 466 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 467 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 468 [src_code] [tinyint] NULL ,
 469 [rev_univar_id] [int] NULL
 470 )\r
 471 GO
 472
 473 CREATE TABLE [UniVariationSrcCode]
 474 (
 475 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 476 [abbrev] [varchar](20) NOT NULL ,
 477 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
 478 )\r
 479 GO
 480
 481 CREATE TABLE [VariAllele]
 482 (
 483 [var_id] [int] NOT NULL ,
 484 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 485 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 486 )\r
 487 GO
 488
 489 CREATE TABLE [db_ftp_table_list]
 490 (
 491 [table_name] [varchar](32) NOT NULL ,
 492 [db_str] [varchar](64) NOT NULL ,
 493 [create_time] [smalldatetime] NULL
 494 )\r
 495 GO
 496
 497 CREATE TABLE [db_map_table_name]
 498 (
 499 [table_name] [varchar](32) NOT NULL ,
 500 [to_index] [bit] NULL ,
 501 [isCurrent] [char](1) NULL ,
 502 [inNonHuman] [char](1) NOT NULL
 503 )\r
 504 GO
 505
 506 CREATE TABLE [dn_Allele_rev]
 507 (
 508 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 509 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 510 [fwd_allele_id] [int] NOT NULL ,
 511 [fwd_allele] [varchar](255) NOT NULL
 512 )\r
 513 GO
 514
 515 CREATE TABLE [dn_Motif_rev]
 516 (
 517 [motif_id] [int] NOT NULL ,
 518 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 519 [fwd_motif] [varchar](253) NULL ,
 520 [fwd_motif_id] [int] NULL
 521 )\r
 522 GO
 523
 524 CREATE TABLE [dn_UniGty_allele]
 525 (
 526 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 527 [chr_num] [tinyint] NOT NULL ,
 528 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 529 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 530 )\r
 531 GO
 532
 533 CREATE TABLE [dn_UniGty_rev]
 534 (
 535 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 536 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 537 [fwd_unigty_id] [int] NOT NULL ,
 538 [fwd_gty_str] [varchar](255) NULL
 539 )\r
 540 GO
 541
 542 CREATE TABLE [dn_UniVariation_rev]
 543 (
 544 [univar_id] [int] NOT NULL ,
 545 [rev_flag] [tinyint] NOT NULL ,
 546 [fwd_univar_id] [int] NULL ,
 547 [fwd_univar_str] [varchar](900) NULL
 548 )\r
 549 GO
 550
 551 CREATE TABLE [dn_baseFlip]
 552 (
 553 [base] [char](1) NULL ,
 554 [rev_flag] [tinyint] NULL ,
 555 [fwd_base] [char](1) NULL
 556 )\r
 557 GO
 558
 559 CREATE TABLE [dn_gty2unigty_trueSNP]
 560 (
 561 [gty_id] [int] NOT NULL ,
 562 [rev_flag] [bit] NOT NULL ,
 563 [unigty_id] [int] NULL ,
 564 [obs] [varchar](512) NOT NULL ,
 565 [gty_str] [varchar](255) NULL
 566 )\r
 567 GO
 568
 569 CREATE TABLE [dn_summary]
 570 (
 571 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 572 [build_id] [int] NOT NULL ,
 573 [type] [varchar](20) NOT NULL ,
 574 [cnt] [int] NOT NULL ,
 575 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 576 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 577 )\r
 578 GO
 579