schema/human_9606_schema/human_9606_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE AlleleFreqBySsPop
   2 (
   3 subsnp_id int NOT NULL ,
   4 pop_id int NOT NULL ,
   5 allele_id int NOT NULL ,
   6 source varchar(2) NOT NULL ,
   7 cnt real NULL ,
   8 freq real NULL ,
   9 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
  10 );
  11 CREATE TABLE Batch
  12 (
  13 batch_id int NOT NULL ,
  14 handle varchar(20) NOT NULL ,
  15 loc_batch_id varchar(64) NOT NULL ,
  16 loc_batch_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
  17 batch_type char(3) NOT NULL ,
  18 status smallint NULL ,
  19 simul_sts_status smallint NOT NULL ,
  20 moltype varchar(8) NOT NULL ,
  21 method_id int NOT NULL ,
  22 samplesize int NULL ,
  23 synonym_type varchar(255) NULL ,
  24 submitted_time TIMESTAMP NOT NULL ,
  25 linkout_url varchar(255) NULL ,
  26 pop_id int NULL ,
  27 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
  28 success_rate_int int NULL ,
  29 build_id int NULL ,
  30 tax_id int NOT NULL ,
  31 ss_cnt int NULL
  32 );
  33 CREATE TABLE BatchCita
  34 (
  35 batch_id int NOT NULL ,
  36 position int NOT NULL ,
  37 pub_id int NOT NULL ,
  38 citation varchar(255) NOT NULL ,
  39 create_time TIMESTAMP NULL ,
  40 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  41 );
  42 CREATE TABLE BatchCommLine
  43 (
  44 batch_id int NOT NULL ,
  45 line_num smallint NOT NULL ,
  46 line varchar(255) NOT NULL ,
  47 create_time TIMESTAMP NULL ,
  48 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  49 );
  50 CREATE TABLE BatchCultivar
  51 (
  52 batch_id int NOT NULL ,
  53 line_num smallint NOT NULL ,
  54 line varchar(255) NULL ,
  55 create_time TIMESTAMP NULL ,
  56 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  57 );
  58 CREATE TABLE BatchMeExLine
  59 (
  60 batch_id int NOT NULL ,
  61 line_num smallint NOT NULL ,
  62 line varchar(255) NOT NULL ,
  63 create_time TIMESTAMP NULL ,
  64 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  65 );
  66 CREATE TABLE BatchStrain
  67 (
  68 batch_id int NOT NULL ,
  69 line_num smallint NOT NULL ,
  70 line varchar(255) NOT NULL ,
  71 create_time TIMESTAMP NULL ,
  72 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  73 );
  74 CREATE TABLE BatchValCode
  75 (
  76 batch_id int NOT NULL ,
  77 validation_status smallint NOT NULL
  78 );
  79 CREATE TABLE ClinSigCode
  80 (
  81 code int NOT NULL ,
  82 abbrev varchar(64) NULL ,
  83 descrip varchar(255) NULL ,
  84 create_time TIMESTAMP NULL ,
  85 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  86 );
  87 CREATE TABLE Contact
  88 (
  89 batch_id int NOT NULL ,
  90 handle varchar(20) NOT NULL ,
  91 name varchar(255) NOT NULL ,
  92 fax varchar(255) NULL ,
  93 phone varchar(255) NULL ,
  94 email varchar(255) NULL ,
  95 lab varchar(255) NULL ,
  96 institution varchar(255) NULL ,
  97 address varchar(255) NULL ,
  98 create_time TIMESTAMP NULL ,
  99 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 100 );
 101 CREATE TABLE FreqSummaryBySsPop
 102 (
 103 subsnp_id int NOT NULL ,
 104 pop_id int NOT NULL ,
 105 source varchar(1) NOT NULL ,
 106 chr_cnt float NULL ,
 107 ind_cnt float NULL ,
 108 non_founder_ind_cnt int NOT NULL ,
 109 chisq float NULL ,
 110 df int NULL ,
 111 hwp float NOT NULL ,
 112 het int NULL ,
 113 het_se int NULL ,
 114 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 115 );
 116 CREATE TABLE GeneIdToName
 117 (
 118 gene_id int NOT NULL ,
 119 gene_symbol varchar(64) NOT NULL ,
 120 gene_name varchar(255) NULL ,
 121 gene_type varchar(255) NULL ,
 122 tax_id int NOT NULL ,
 123 last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 124 ref_tax_id int NOT NULL ,
 125 dbSNP_tax_id int NOT NULL ,
 126 ins_time TIMESTAMP NULL
 127 );
 128 CREATE TABLE GtyFreqBySsPop
 129 (
 130 subsnp_id int NOT NULL ,
 131 pop_id int NOT NULL ,
 132 unigty_id int NOT NULL ,
 133 source varchar(1) NULL ,
 134 cnt real NULL ,
 135 freq real NULL ,
 136 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 137 );
 138 CREATE TABLE IndGrpCode
 139 (
 140 code smallint NOT NULL ,
 141 name varchar(32) NOT NULL ,
 142 descrip varchar(255) NOT NULL
 143 );
 144 CREATE TABLE IndivBySource
 145 (
 146 ind_id int NOT NULL ,
 147 src_id int NOT NULL ,
 148 src_ind_id varchar(64) NOT NULL ,
 149 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 150 src_ind_grp varchar(64) NULL
 151 );
 152 CREATE TABLE IndivSourceCode
 153 (
 154 code int NOT NULL ,
 155 name varchar(22) NOT NULL ,
 156 descrip varchar(255) NULL ,
 157 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 158 src_type varchar(10) NULL ,
 159 display_order smallint NULL
 160 );
 161 CREATE TABLE Individual
 162 (
 163 ind_id int NOT NULL ,
 164 descrip varchar(255) NULL ,
 165 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 166 tax_id int NULL ,
 167 ind_grp smallint NULL
 168 );
 169 CREATE TABLE OmimVarLocusIdSNP
 170 (
 171 omim_id int NOT NULL ,
 172 locus_id int NULL ,
 173 omimvar_id char(4) NULL ,
 174 locus_symbol char(10) NULL ,
 175 var1 char(20) NULL ,
 176 aa_position int NULL ,
 177 var2 char(20) NULL ,
 178 var_class int NOT NULL ,
 179 snp_id int NOT NULL
 180 );
 181 CREATE TABLE Pedigree
 182 (
 183 ped_id numeric NOT NULL ,
 184 curator varchar(12) NOT NULL ,
 185 curator_ped_id varchar(12) NOT NULL ,
 186 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 187 );
 188 CREATE TABLE PedigreeIndividual
 189 (
 190 ped_id decimal NOT NULL ,
 191 ind_id int NOT NULL ,
 192 ma_ind_id int NULL ,
 193 pa_ind_id int NULL ,
 194 sex char(1) NULL ,
 195 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 196 );
 197 CREATE TABLE PopLine
 198 (
 199 pop_id int NOT NULL ,
 200 line_num int NOT NULL ,
 201 line varchar(255) NOT NULL ,
 202 create_time TIMESTAMP NULL ,
 203 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 204 );
 205 CREATE TABLE PopMandLine
 206 (
 207 pop_id int NOT NULL ,
 208 line_num smallint NOT NULL ,
 209 line varchar(255) NOT NULL ,
 210 create_time TIMESTAMP NULL ,
 211 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 212 );
 213 CREATE TABLE Population
 214 (
 215 pop_id int NOT NULL ,
 216 handle varchar(20) NOT NULL ,
 217 loc_pop_id varchar(64) NOT NULL ,
 218 loc_pop_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 219 create_time TIMESTAMP NULL ,
 220 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 221 src_id int NULL
 222 );
 223 CREATE TABLE RsMergeArch
 224 (
 225 rsHigh int NULL ,
 226 rsLow int NULL ,
 227 build_id int NULL ,
 228 orien smallint NULL ,
 229 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 230 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 231 rsCurrent int NULL ,
 232 orien2Current smallint NULL ,
 233 comment varchar(255) NULL
 234 );
 235 CREATE TABLE SNP
 236 (
 237 snp_id int NULL ,
 238 avg_heterozygosity real NULL ,
 239 het_se real NULL ,
 240 create_time TIMESTAMP NULL ,
 241 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 242 CpG_code smallint NULL ,
 243 tax_id int NULL ,
 244 validation_status smallint NULL ,
 245 exemplar_subsnp_id int NULL ,
 246 univar_id int NULL ,
 247 cnt_subsnp int NULL ,
 248 map_property smallint NULL
 249 );
 250 CREATE TABLE SNP3D
 251 (
 252 snp_id int NOT NULL ,
 253 protein_acc char(50) NOT NULL ,
 254 master_gi int NOT NULL ,
 255 neighbor_gi int NOT NULL ,
 256 aa_position int NOT NULL ,
 257 var_res char(1) NOT NULL ,
 258 contig_res char(1) NOT NULL ,
 259 neighbor_res char(1) NOT NULL ,
 260 neighbor_pos int NOT NULL ,
 261 var_color int NOT NULL ,
 262 var_label int NOT NULL
 263 );
 264 CREATE TABLE SNPAlleleFreq
 265 (
 266 snp_id int NOT NULL ,
 267 allele_id int NOT NULL ,
 268 chr_cnt float NULL ,
 269 freq float NULL ,
 270 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 271 );
 272 CREATE TABLE SNPAlleleFreq_TGP
 273 (
 274 snp_id int NOT NULL ,
 275 allele_id int NOT NULL ,
 276 freq float NULL ,
 277 count int NULL ,
 278 is_minor_allele bit NULL
 279 );
 280 CREATE TABLE SNPAncestralAllele
 281 (
 282 snp_id int NOT NULL ,
 283 ancestral_allele_id int NOT NULL ,
 284 batch_id int NOT NULL
 285 );
 286 CREATE TABLE SNPClinSig
 287 (
 288 snp_id int NOT NULL ,
 289 clin_sig_id int NULL ,
 290 upd_time TIMESTAMP NULL ,
 291 clin_test_code varchar(16) NULL
 292 );
 293 CREATE TABLE SNPGtyFreq
 294 (
 295 snp_id int NOT NULL ,
 296 unigty_id int NOT NULL ,
 297 ind_cnt float NULL ,
 298 freq float NULL ,
 299 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 300 );
 301 CREATE TABLE SNPHWProb
 302 (
 303 snp_id int NOT NULL ,
 304 df smallint NULL ,
 305 chisq real NULL ,
 306 hwp real NULL ,
 307 ind_cnt smallint NULL ,
 308 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 309 );
 310 CREATE TABLE SNPHistory
 311 (
 312 snp_id int NOT NULL ,
 313 create_time TIMESTAMP NULL ,
 314 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 315 history_create_time TIMESTAMP NULL ,
 316 comment varchar(255) NULL ,
 317 reactivated_time TIMESTAMP NULL
 318 );
 319 CREATE TABLE SNPPubmed
 320 (
 321 snp_id int NULL ,
 322 subsnp_id int NOT NULL ,
 323 pubmed_id int NULL ,
 324 type varchar(9) NOT NULL ,
 325 score int NOT NULL ,
 326 upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 327 );
 328 CREATE TABLE SNPSubSNPLink
 329 (
 330 subsnp_id int NULL ,
 331 snp_id int NULL ,
 332 substrand_reversed_flag smallint NULL ,
 333 create_time TIMESTAMP NULL ,
 334 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 335 build_id int NULL ,
 336 comment varchar(255) NULL
 337 );
 338 CREATE TABLE SNPSubSNPLinkHistory
 339 (
 340 subsnp_id int NULL ,
 341 snp_id int NULL ,
 342 build_id int NULL ,
 343 history_create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 344 link_create_time TIMESTAMP NULL ,
 345 link_last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 346 orien smallint NULL ,
 347 build_id_when_history_made int NULL ,
 348 comment varchar(255) NULL
 349 );
 350 CREATE TABLE SNPSuspect
 351 (
 352 snp_id int NOT NULL ,
 353 reason_code int NULL ,
 354 upd_time TIMESTAMP NULL
 355 );
 356 CREATE TABLE dbo.SuspectReasonCode(
 357                 code int NOT NULL,
 358                 abbrev varchar(64) NULL,
 359                 descrip varchar(255) NULL,
 360                 create_time TIMESTAMP NULL,
 361                 last_update_time TIMESTAMP NULL,
 362 PRIMARY KEY (
 363                 code)WITH (PAD_INDEX  = OFF, STATISTICS_NORECOMPUTE  = OFF, IGNORE_DUP_KEY = OFF, ALLOW_ROW_LOCKS  = ON, ALLOW_PAGE_LOCKS  = ON) ON PRIMARY
 364 ) ON PRIMARY
 365 CREATE TABLE SNPVal
 366 (
 367 batch_id int NOT NULL ,
 368 snp_id int NOT NULL
 369 );
 370 CREATE TABLE SNP_HGVS
 371 (
 372 snp_id int NULL ,
 373 hgvs_name varchar(4000) NULL ,
 374 source varchar(3) NOT NULL ,
 375 upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 376 );
 377 CREATE TABLE SNP_bitfield
 378 (
 379 snp_id int NOT NULL ,
 380 ver_code smallint NULL ,
 381 link_prop_b1 smallint NULL ,
 382 link_prop_b2 smallint NULL ,
 383 gene_prop_b1 smallint NULL ,
 384 gene_prop_b2 smallint NULL ,
 385 map_prop smallint NULL ,
 386 freq_prop smallint NULL ,
 387 gty_prop smallint NULL ,
 388 hapmap_prop smallint NULL ,
 389 pheno_prop smallint NULL ,
 390 variation_class smallint NOT NULL ,
 391 quality_check smallint NULL ,
 392 upd_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 393 encoding bytea NULL
 394 );
 395 CREATE TABLE SubPop
 396 (
 397 batch_id int NOT NULL ,
 398 subsnp_id int NOT NULL ,
 399 pop_id int NOT NULL ,
 400 type char(3) NOT NULL ,
 401 samplesize int NOT NULL ,
 402 submitted_strand_code smallint NULL ,
 403 submitted_rs int NULL ,
 404 allele_flag smallint NULL ,
 405 ambiguity_status smallint NULL ,
 406 sub_heterozygosity real NULL ,
 407 est_heterozygosity real NULL ,
 408 est_het_se_sq real NULL ,
 409 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 410 observed varchar(1000) NULL ,
 411 sub_het_se_sq real NULL ,
 412 subpop_id SERIAL NOT NULL
 413 );
 414 CREATE TABLE SubPopAllele
 415 (
 416 batch_id int NOT NULL ,
 417 subsnp_id int NOT NULL ,
 418 pop_id int NOT NULL ,
 419 allele char(1) NOT NULL ,
 420 other varchar(255) NULL ,
 421 freq real NULL ,
 422 cnt_int int NULL ,
 423 freq_min real NULL ,
 424 freq_max real NULL ,
 425 data_src varchar(6) NULL ,
 426 type char(3) NULL ,
 427 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 428 allele_flag smallint NULL ,
 429 cnt real NULL ,
 430 allele_id int NULL ,
 431 subpop_id int NOT NULL
 432 );
 433 CREATE TABLE SubPopGty
 434 (
 435 subpop_id int NOT NULL ,
 436 gty_id int NOT NULL ,
 437 gty_str varchar(255) NULL ,
 438 cnt real NULL ,
 439 freq real NULL ,
 440 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 441 );
 442 CREATE TABLE SubSNP
 443 (
 444 subsnp_id int NOT NULL ,
 445 known_snp_handle varchar(20) NULL ,
 446 known_snp_loc_id varchar(64) NULL ,
 447 known_snp_loc_id_upp varchar(64) NULL ,
 448 batch_id int NOT NULL ,
 449 loc_snp_id varchar(64) NULL ,
 450 loc_snp_id_upp varchar(64) NULL ,
 451 synonym_names varchar(255) NULL ,
 452 loc_sts_id varchar(64) NULL ,
 453 loc_sts_id_upp varchar(64) NULL ,
 454 segregate char(1) NOT NULL ,
 455 indiv_homozygosity_detected char(1) NULL ,
 456 PCR_confirmed_ind char(1) NULL ,
 457 gene_name varchar(64) NULL ,
 458 sequence_len int NULL ,
 459 samplesize int NULL ,
 460 EXPRESSED_SEQUENCE_ind char(1) NULL ,
 461 SOMATIC_ind char(1) NULL ,
 462 sub_locus_id int NULL ,
 463 create_time TIMESTAMP NULL ,
 464 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 465 ancestral_allele varchar(255) NULL ,
 466 CpG_code smallint NULL ,
 467 variation_id int NULL ,
 468 top_or_bot_strand char(1) NULL ,
 469 validation_status smallint NULL ,
 470 snp_id int NULL ,
 471 tax_id int NOT NULL ,
 472 chr_id smallint NULL
 473 );
 474 CREATE TABLE SubSNPAcc_ins
 475 (
 476 subsnp_id int NOT NULL ,
 477 acc_type_ind char(1) NOT NULL ,
 478 acc_part varchar(16) NOT NULL ,
 479 acc_ver int NULL
 480 );
 481 CREATE TABLE SubSNPCommLine_ins
 482 (
 483 subsnp_id int NOT NULL ,
 484 line_num smallint NOT NULL ,
 485 line varchar(255) NOT NULL
 486 );
 487 CREATE TABLE SubSNPHGVS
 488 (
 489 subsnp_id int NOT NULL ,
 490 sub_hgvs_c varchar(32) NULL ,
 491 sub_hgvs_g varchar(64) NULL ,
 492 sub_hgvs_p varchar(32) NULL ,
 493 cal_hgvs_c varchar(32) NULL ,
 494 cal_hgvs_g varchar(32) NULL ,
 495 cal_hgvs_p varchar(32) NULL ,
 496 upd_time TIMESTAMP NULL ,
 497 gene_id int NULL
 498 );
 499 CREATE TABLE SubSNPLinkout
 500 (
 501 subsnp_id int NOT NULL ,
 502 url_val varchar(255) NOT NULL ,
 503 updated_time TIMESTAMP NULL ,
 504 link_type varchar(3) NOT NULL
 505 );
 506 CREATE TABLE SubSNPMdFailLn
 507 (
 508 subsnp_id int NOT NULL ,
 509 line_num smallint NOT NULL ,
 510 line varchar(255) NOT NULL
 511 );
 512 CREATE TABLE SubSNPNoVariSeq
 513 (
 514 subsnp_id int NOT NULL ,
 515 line_num smallint NOT NULL ,
 516 line varchar(255) NOT NULL
 517 );
 518 CREATE TABLE SubSNPOmim
 519 (
 520 subsnp_id int NOT NULL ,
 521 omim_id int NOT NULL ,
 522 allele_variant_id varchar(32) NULL ,
 523 update_time TIMESTAMP NULL ,
 524 mutObsCount int NULL
 525 );
 526 CREATE TABLE SubSNPPubmed
 527 (
 528 subsnp_id int NOT NULL ,
 529 line_num int NOT NULL ,
 530 pubmed_id int NOT NULL ,
 531 updated_time TIMESTAMP NULL
 532 );
 533 CREATE TABLE SubSNPSeq3_ins
 534 (
 535 subsnp_id int NOT NULL ,
 536 type smallint NOT NULL ,
 537 line_num smallint NOT NULL ,
 538 line varchar(255) NOT NULL
 539 );
 540 CREATE TABLE SubSNPSeq5_ins
 541 (
 542 subsnp_id int NOT NULL ,
 543 type smallint NOT NULL ,
 544 line_num smallint NOT NULL ,
 545 line varchar(255) NOT NULL
 546 );
 547 CREATE TABLE SubSNPSeqPos
 548 (
 549 subsnp_id int NOT NULL ,
 550 contig_acc varchar(20) NOT NULL ,
 551 contig_pos int NOT NULL ,
 552 chr varchar(2) NULL ,
 553 upstream_len int NOT NULL ,
 554 downstream_len int NOT NULL ,
 555 last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 556 mrna_acc varchar(24) NULL
 557 );
 558 CREATE TABLE SubSNP_top_or_bot
 559 (
 560 subsnp_id int NOT NULL ,
 561 top_or_bot char(1) NULL ,
 562 step smallint NULL ,
 563 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 564 );
 565 CREATE TABLE SubmittedIndividual
 566 (
 567 submitted_ind_id int NOT NULL ,
 568 pop_id int NOT NULL ,
 569 loc_ind_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 570 ind_id int NULL ,
 571 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 572 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 573 tax_id int NOT NULL ,
 574 loc_ind_alias varchar(64) NULL ,
 575 loc_ind_id varchar(64) NULL ,
 576 loc_ind_grp varchar(64) NULL ,
 577 ploidy smallint NULL
 578 );
 579 CREATE TABLE Synonym
 580 (
 581 subsnp_id int NOT NULL ,
 582 type varchar(64) NOT NULL ,
 583 name varchar(64) NULL
 584 );
 585 CREATE TABLE b135_ContigInfo_37_3
 586 (
 587 ctg_id int NOT NULL ,
 588 tax_id int NOT NULL ,
 589 contig_acc varchar(32) NOT NULL ,
 590 contig_ver smallint NOT NULL ,
 591 contig_name varchar(63) NULL ,
 592 contig_chr varchar(32) NULL ,
 593 contig_start int NULL ,
 594 contig_end int NULL ,
 595 orient smallint NULL ,
 596 contig_gi int NOT NULL ,
 597 group_term varchar(32) NULL ,
 598 group_label varchar(32) NULL ,
 599 contig_label varchar(32) NULL ,
 600 build_id int NOT NULL ,
 601 build_ver int NOT NULL ,
 602 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 603 placement_status smallint NOT NULL ,
 604 asm_acc varchar(32) NULL ,
 605 asm_version smallint NULL ,
 606 chr_gi int NULL ,
 607 par_fl smallint NULL ,
 608 top_level_fl smallint NOT NULL ,
 609 gen_rgn varchar(32) NULL
 610 );
 611 CREATE TABLE b135_MapLinkHGVS_37_3
 612 (
 613 snp_type char(2) NOT NULL ,
 614 snp_id int NULL ,
 615 gi int NULL ,
 616 accession_how_cd int NOT NULL ,
 617 offset int NULL ,
 618 asn_to int NULL ,
 619 lf_ngbr int NULL ,
 620 rf_ngbr int NULL ,
 621 lc_ngbr int NULL ,
 622 rc_ngbr int NULL ,
 623 loc_type smallint NULL ,
 624 build_id int NULL ,
 625 process_time TIMESTAMP NULL ,
 626 process_status int NOT NULL ,
 627 orientation smallint NULL ,
 628 allele varchar(255) NULL ,
 629 aln_quality real NULL ,
 630 num_mism int NULL ,
 631 num_del int NULL ,
 632 num_ins int NULL ,
 633 tier smallint NULL ,
 634 ctg_gi int NULL ,
 635 ctg_from int NULL ,
 636 ctg_to int NULL ,
 637 ctg_orient smallint NULL
 638 );
 639 CREATE TABLE b135_MapLinkInfo_37_3
 640 (
 641 gi int NOT NULL ,
 642 accession varchar(32) NOT NULL ,
 643 accession_ver smallint NOT NULL ,
 644 acc varchar(32) NOT NULL ,
 645 version smallint NOT NULL ,
 646 status varchar(32) NULL ,
 647 create_dt TIMESTAMP NULL ,
 648 update_dt TIMESTAMP NULL ,
 649 cds_from int NULL ,
 650 cds_to int NULL
 651 );
 652 CREATE TABLE b135_MapLink_37_3
 653 (
 654 snp_type char(2) NOT NULL ,
 655 snp_id int NULL ,
 656 gi int NULL ,
 657 accession_how_cd int NULL ,
 658 offset int NULL ,
 659 asn_to int NULL ,
 660 lf_ngbr int NULL ,
 661 rf_ngbr int NULL ,
 662 lc_ngbr int NULL ,
 663 rc_ngbr int NULL ,
 664 loc_type smallint NOT NULL ,
 665 build_id int NULL ,
 666 process_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 667 process_status int NOT NULL ,
 668 orientation smallint NULL ,
 669 allele varchar(1024) NULL ,
 670 aln_quality real NULL ,
 671 num_mism int NULL ,
 672 num_ins int NULL ,
 673 num_del int NULL ,
 674 tier smallint NULL ,
 675 ctg_gi int NULL ,
 676 ctg_from int NULL ,
 677 ctg_to int NULL ,
 678 ctg_orient smallint NULL ,
 679 source varchar(5) NOT NULL
 680 );
 681 CREATE TABLE b135_ProteinInfo_37_3
 682 (
 683 gi int NOT NULL ,
 684 acc varchar(32) NOT NULL ,
 685 version smallint NOT NULL ,
 686 prot_gi int NOT NULL ,
 687 prot_acc varchar(32) NOT NULL ,
 688 prot_ver smallint NOT NULL ,
 689 status varchar(32) NULL ,
 690 create_dt TIMESTAMP NULL ,
 691 update_dt TIMESTAMP NULL
 692 );
 693 CREATE TABLE b135_Remapped_37_3
 694 (
 695 snp_type char(2) NOT NULL ,
 696 snp_id int NULL ,
 697 src_gi int NOT NULL ,
 698 src_from int NOT NULL ,
 699 src_to int NOT NULL ,
 700 src_l_ngbr int NOT NULL ,
 701 src_r_ngbr int NOT NULL ,
 702 src_orientation smallint NULL ,
 703 src_aln_quality real NULL ,
 704 tgt_gi int NULL ,
 705 tgt_from int NULL ,
 706 tgt_to int NULL ,
 707 tgt_l_ngbr int NULL ,
 708 tgt_r_ngbr int NULL ,
 709 tgt_loc_type smallint NOT NULL ,
 710 tgt_orientation smallint NULL ,
 711 tgt_allele varchar(1024) NULL ,
 712 tgt_aln_quality real NULL ,
 713 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 714 comment varchar(255) NULL
 715 );
 716 CREATE TABLE b135_SNPChrPosOnRef_37_3
 717 (
 718 snp_id int NOT NULL ,
 719 chr varchar(32) NOT NULL ,
 720 pos int NULL ,
 721 orien int NULL ,
 722 neighbor_snp_list int NULL ,
 723 isPAR varchar(1) NOT NULL
 724 );
 725 CREATE TABLE b135_SNPContigLoc_37_3
 726 (
 727 snp_type char(2) NOT NULL ,
 728 snp_id int NOT NULL ,
 729 ctg_id int NOT NULL ,
 730 asn_from int NOT NULL ,
 731 asn_to int NOT NULL ,
 732 lf_ngbr int NULL ,
 733 rf_ngbr int NULL ,
 734 lc_ngbr int NOT NULL ,
 735 rc_ngbr int NOT NULL ,
 736 loc_type smallint NOT NULL ,
 737 phys_pos_from int NULL ,
 738 snp_bld_id int NOT NULL ,
 739 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 740 process_status smallint NOT NULL ,
 741 orientation smallint NULL ,
 742 allele varchar(1024) NULL ,
 743 loc_sts_uid int NULL ,
 744 aln_quality real NULL ,
 745 num_mism int NULL ,
 746 num_del int NULL ,
 747 num_ins int NULL ,
 748 tier smallint NULL
 749 );
 750 CREATE TABLE b135_SNPContigLocusId_37_3
 751 (
 752 snp_id int NOT NULL ,
 753 contig_acc varchar(32) NULL ,
 754 contig_ver smallint NULL ,
 755 asn_from int NULL ,
 756 asn_to int NULL ,
 757 locus_id int NULL ,
 758 locus_symbol varchar(128) NULL ,
 759 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 760 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 761 protein_acc varchar(32) NULL ,
 762 protein_ver smallint NULL ,
 763 fxn_class int NOT NULL ,
 764 reading_frame int NULL ,
 765 allele varchar(256) NULL ,
 766 residue varchar(1024) NULL ,
 767 aa_position int NULL ,
 768 build_id varchar(4) NOT NULL ,
 769 ctg_id int NULL ,
 770 mrna_start int NULL ,
 771 mrna_stop int NULL ,
 772 codon varchar(1024) NULL ,
 773 protRes char(3) NULL ,
 774 contig_gi int NULL ,
 775 mrna_gi int NOT NULL ,
 776 mrna_orien smallint NULL ,
 777 cp_mrna_ver smallint NULL ,
 778 cp_mrna_gi int NULL ,
 779 verComp varchar(7) NULL
 780 );
 781 CREATE TABLE b135_SNPContigProtein_37_3
 782 (
 783 snp_id int NOT NULL ,
 784 contig_gi int NOT NULL ,
 785 contig_start int NOT NULL ,
 786 contig_stop int NOT NULL ,
 787 contig_orien smallint NOT NULL ,
 788 contig_allele varchar(1024) NULL ,
 789 mrna_gi int NOT NULL ,
 790 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 791 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 792 mrna_start int NULL ,
 793 mrna_stop int NULL ,
 794 mrna_orien smallint NULL ,
 795 gene_symbol varchar(128) NULL ,
 796 gene_id int NULL ,
 797 prot_gi int NULL ,
 798 prot_acc varchar(32) NULL ,
 799 prot_ver smallint NULL ,
 800 prot_start int NULL ,
 801 prot_stop int NULL ,
 802 frame smallint NULL ,
 803 var_allele varchar(1024) NULL ,
 804 residue varchar(1024) NULL ,
 805 mrna_codon varchar(1024) NULL ,
 806 codon varchar(1024) NULL ,
 807 fxn_class int NOT NULL ,
 808 in_stop_codon smallint NULL
 809 );
 810 CREATE TABLE b135_SNPMapInfo_37_3
 811 (
 812 snp_type char(2) NOT NULL ,
 813 snp_id int NOT NULL ,
 814 chr_cnt int NOT NULL ,
 815 contig_cnt int NOT NULL ,
 816 loc_cnt int NOT NULL ,
 817 weight int NOT NULL ,
 818 hap_cnt int NULL ,
 819 placed_cnt int NOT NULL ,
 820 unlocalized_cnt int NOT NULL ,
 821 unplaced_cnt int NOT NULL ,
 822 aligned_cnt int NOT NULL ,
 823 md5 char(32) NULL ,
 824 asm_acc varchar(32) NULL ,
 825 asm_version smallint NULL ,
 826 assembly varchar(32) NULL
 827 );
 828 CREATE TABLE b135_SNPMapLinkProtein_37_3
 829 (
 830 snp_id int NOT NULL ,
 831 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 832 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 833 mrna_gi int NOT NULL ,
 834 mrna_start int NULL ,
 835 mrna_stop int NULL ,
 836 mrna_orien smallint NULL ,
 837 allele varchar(1024) NULL ,
 838 gene_symbol varchar(128) NULL ,
 839 gene_id int NULL ,
 840 prot_gi int NULL ,
 841 prot_acc varchar(32) NULL ,
 842 prot_ver smallint NULL ,
 843 prot_start int NULL ,
 844 prot_stop int NULL ,
 845 frame smallint NULL ,
 846 var_allele varchar(1024) NULL ,
 847 residue varchar(1024) NULL ,
 848 mrna_codon varchar(1024) NULL ,
 849 codon varchar(1024) NULL ,
 850 fxn_class int NOT NULL ,
 851 ctg_gi int NULL ,
 852 ctg_from int NULL ,
 853 ctg_to int NULL ,
 854 ctg_orientation smallint NULL ,
 855 source varchar(7) NULL
 856 );
 857 CREATE TABLE dn_IND_batchCount
 858 (
 859 batch_id int NOT NULL ,
 860 pop_id int NOT NULL ,
 861 ss_cnt int NOT NULL ,
 862 rs_cnt int NOT NULL ,
 863 ind_cnt int NOT NULL ,
 864 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 865 );
 866 CREATE TABLE dn_IND_batch_pop
 867 (
 868 batch_id smallint NOT NULL ,
 869 pop_id int NOT NULL ,
 870 update_time TIMESTAMP NOT NULL
 871 );
 872 CREATE TABLE dn_PopulationIndGrp
 873 (
 874 pop_id int NOT NULL ,
 875 ind_grp_name varchar(32) NOT NULL ,
 876 ind_grp_code smallint NOT NULL
 877 );
 878 CREATE TABLE dn_batchCount
 879 (
 880 batch_id int NOT NULL ,
 881 ss_cnt int NOT NULL ,
 882 rs_cnt int NOT NULL ,
 883 rs_validated_cnt int NOT NULL ,
 884 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 885 pop_cnt int NULL ,
 886 ind_cnt int NULL
 887 );
 888 CREATE TABLE dn_handleCount
 889 (
 890 handle varchar(20) NOT NULL ,
 891 batch_type char(3) NOT NULL ,
 892 ss_cnt int NOT NULL ,
 893 rs_cnt int NULL ,
 894 rs_validated_cnt int NULL ,
 895 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 896 );
 897 CREATE TABLE dn_snpFxnCnt
 898 (
 899 build_id int NOT NULL ,
 900 fxn_class smallint NULL ,
 901 snp_cnt int NOT NULL ,
 902 gene_cnt int NOT NULL ,
 903 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 904 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 905 tax_id int NOT NULL
 906 );
 907 CREATE TABLE dn_table_rowcount
 908 (
 909 tabname varchar(64) NOT NULL ,
 910 row_cnt int NOT NULL ,
 911 build_id int NOT NULL ,
 912 update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 913 rows_in_spaceused int NULL ,
 914 reserved_KB_spaceused int NULL ,
 915 data_KB_spaceused int NULL ,
 916 index_size_KB_spaceused int NULL ,
 917 unused_KB_spaceused int NULL
 918 );