schema/human_9606_schema/human_9606_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE AlleleFreqBySsPop
   2 (
   3 subsnp_id int NOT NULL ,
   4 pop_id int NOT NULL ,
   5 allele_id int NOT NULL ,
   6 source varchar(2) NOT NULL ,
   7 cnt real NULL ,
   8 freq real NULL ,
   9 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
  10 );
  11 CREATE TABLE Batch
  12 (
  13 batch_id int NOT NULL ,
  14 handle varchar(20) NOT NULL ,
  15 loc_batch_id varchar(64) NOT NULL ,
  16 loc_batch_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
  17 batch_type char(3) NOT NULL ,
  18 status smallint NULL ,
  19 simul_sts_status smallint NOT NULL ,
  20 moltype varchar(8) NOT NULL ,
  21 method_id int NOT NULL ,
  22 samplesize int NULL ,
  23 synonym_type varchar(255) NULL ,
  24 submitted_time TIMESTAMP NOT NULL ,
  25 linkout_url varchar(255) NULL ,
  26 pop_id int NULL ,
  27 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
  28 success_rate_int int NULL ,
  29 build_id int NULL ,
  30 tax_id int NOT NULL ,
  31 ss_cnt int NULL
  32 );
  33 CREATE TABLE BatchCita
  34 (
  35 batch_id int NOT NULL ,
  36 position int NOT NULL ,
  37 pub_id int NOT NULL ,
  38 citation varchar(255) NOT NULL ,
  39 create_time TIMESTAMP NULL ,
  40 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  41 );
  42 CREATE TABLE BatchCommLine
  43 (
  44 batch_id int NOT NULL ,
  45 line_num smallint NOT NULL ,
  46 line varchar(255) NOT NULL ,
  47 create_time TIMESTAMP NULL ,
  48 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  49 );
  50 CREATE TABLE BatchCultivar
  51 (
  52 batch_id int NOT NULL ,
  53 line_num smallint NOT NULL ,
  54 line varchar(255) NULL ,
  55 create_time TIMESTAMP NULL ,
  56 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  57 );
  58 CREATE TABLE BatchMeExLine
  59 (
  60 batch_id int NOT NULL ,
  61 line_num smallint NOT NULL ,
  62 line varchar(255) NOT NULL ,
  63 create_time TIMESTAMP NULL ,
  64 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  65 );
  66 CREATE TABLE BatchStrain
  67 (
  68 batch_id int NOT NULL ,
  69 line_num smallint NOT NULL ,
  70 line varchar(255) NOT NULL ,
  71 create_time TIMESTAMP NULL ,
  72 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  73 );
  74 CREATE TABLE BatchValCode
  75 (
  76 batch_id int NOT NULL ,
  77 validation_status smallint NOT NULL
  78 );
  79 CREATE TABLE ClinSigCode
  80 (
  81 code int NOT NULL ,
  82 abbrev varchar(64) NULL ,
  83 descrip varchar(255) NULL ,
  84 create_time TIMESTAMP NULL ,
  85 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
  86 severity_level smallint NOT NULL
  87 );
  88 CREATE TABLE Contact
  89 (
  90 batch_id int NOT NULL ,
  91 handle varchar(20) NOT NULL ,
  92 name varchar(255) NOT NULL ,
  93 fax varchar(255) NULL ,
  94 phone varchar(255) NULL ,
  95 email varchar(255) NULL ,
  96 lab varchar(255) NULL ,
  97 institution varchar(255) NULL ,
  98 address varchar(255) NULL ,
  99 create_time TIMESTAMP NULL ,
 100 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 101 );
 102 CREATE TABLE FreqSummaryBySsPop
 103 (
 104 subsnp_id int NOT NULL ,
 105 pop_id int NOT NULL ,
 106 source varchar(1) NOT NULL ,
 107 chr_cnt float NULL ,
 108 ind_cnt float NULL ,
 109 non_founder_ind_cnt int NOT NULL ,
 110 chisq float NULL ,
 111 df int NULL ,
 112 hwp float NOT NULL ,
 113 het int NULL ,
 114 het_se int NULL ,
 115 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 116 );
 117 CREATE TABLE GeneIdToName
 118 (
 119 gene_id int NOT NULL ,
 120 gene_symbol varchar(64) NOT NULL ,
 121 gene_name varchar(255) NULL ,
 122 gene_type varchar(255) NULL ,
 123 tax_id int NOT NULL ,
 124 last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 125 ref_tax_id int NOT NULL ,
 126 dbSNP_tax_id int NOT NULL ,
 127 ins_time TIMESTAMP NULL
 128 );
 129 CREATE TABLE GtyFreqBySsPop
 130 (
 131 subsnp_id int NOT NULL ,
 132 pop_id int NOT NULL ,
 133 unigty_id int NOT NULL ,
 134 source varchar(1) NULL ,
 135 cnt real NULL ,
 136 freq real NULL ,
 137 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 138 );
 139 CREATE TABLE IndGrpCode
 140 (
 141 code smallint NOT NULL ,
 142 name varchar(32) NOT NULL ,
 143 descrip varchar(255) NOT NULL
 144 );
 145 CREATE TABLE IndivBySource
 146 (
 147 ind_id int NOT NULL ,
 148 src_id int NOT NULL ,
 149 src_ind_id varchar(64) NOT NULL ,
 150 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 151 src_ind_grp varchar(64) NULL
 152 );
 153 CREATE TABLE IndivSourceCode
 154 (
 155 code int NOT NULL ,
 156 name varchar(22) NOT NULL ,
 157 descrip varchar(255) NULL ,
 158 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 159 src_type varchar(10) NULL ,
 160 display_order smallint NULL
 161 );
 162 CREATE TABLE Individual
 163 (
 164 ind_id int NOT NULL ,
 165 descrip varchar(255) NULL ,
 166 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 167 tax_id int NULL ,
 168 ind_grp smallint NULL
 169 );
 170 CREATE TABLE OmimVarLocusIdSNP
 171 (
 172 omim_id int NOT NULL ,
 173 locus_id int NULL ,
 174 omimvar_id char(4) NULL ,
 175 locus_symbol char(10) NULL ,
 176 var1 char(20) NULL ,
 177 aa_position int NULL ,
 178 var2 char(20) NULL ,
 179 var_class int NOT NULL ,
 180 snp_id int NOT NULL
 181 );
 182 CREATE TABLE Pedigree
 183 (
 184 ped_id numeric NOT NULL ,
 185 curator varchar(12) NOT NULL ,
 186 curator_ped_id varchar(12) NOT NULL ,
 187 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 188 );
 189 CREATE TABLE PedigreeIndividual
 190 (
 191 ped_id decimal NOT NULL ,
 192 ind_id int NOT NULL ,
 193 ma_ind_id int NULL ,
 194 pa_ind_id int NULL ,
 195 sex char(1) NULL ,
 196 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 197 );
 198 CREATE TABLE PopLine
 199 (
 200 pop_id int NOT NULL ,
 201 line_num int NOT NULL ,
 202 line varchar(255) NOT NULL ,
 203 create_time TIMESTAMP NULL ,
 204 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 205 );
 206 CREATE TABLE PopMandLine
 207 (
 208 pop_id int NOT NULL ,
 209 line_num smallint NOT NULL ,
 210 line varchar(255) NOT NULL ,
 211 create_time TIMESTAMP NULL ,
 212 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 213 );
 214 CREATE TABLE Population
 215 (
 216 pop_id int NOT NULL ,
 217 handle varchar(20) NOT NULL ,
 218 loc_pop_id varchar(64) NOT NULL ,
 219 loc_pop_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 220 create_time TIMESTAMP NULL ,
 221 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 222 src_id int NULL
 223 );
 224 CREATE TABLE RsMergeArch
 225 (
 226 rsHigh int NULL ,
 227 rsLow int NULL ,
 228 build_id int NULL ,
 229 orien smallint NULL ,
 230 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 231 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 232 rsCurrent int NULL ,
 233 orien2Current smallint NULL ,
 234 comment varchar(255) NULL
 235 );
 236 CREATE TABLE SNP
 237 (
 238 snp_id int NULL ,
 239 avg_heterozygosity real NULL ,
 240 het_se real NULL ,
 241 create_time TIMESTAMP NULL ,
 242 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 243 CpG_code smallint NULL ,
 244 tax_id int NULL ,
 245 validation_status smallint NULL ,
 246 exemplar_subsnp_id int NOT NULL ,
 247 univar_id int NULL ,
 248 cnt_subsnp int NULL ,
 249 map_property smallint NULL
 250 );
 251 CREATE TABLE SNP3D
 252 (
 253 snp_id int NOT NULL ,
 254 protein_acc char(50) NOT NULL ,
 255 master_gi int NOT NULL ,
 256 neighbor_gi int NOT NULL ,
 257 aa_position int NOT NULL ,
 258 var_res char(1) NOT NULL ,
 259 contig_res char(1) NOT NULL ,
 260 neighbor_res char(1) NOT NULL ,
 261 neighbor_pos int NOT NULL ,
 262 var_color int NOT NULL ,
 263 var_label int NOT NULL
 264 );
 265 CREATE TABLE SNPAlleleFreq
 266 (
 267 snp_id int NOT NULL ,
 268 allele_id int NOT NULL ,
 269 chr_cnt float NULL ,
 270 freq float NULL ,
 271 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 272 );
 273 CREATE TABLE SNPAlleleFreq_TGP
 274 (
 275 snp_id int NULL ,
 276 allele_id int NOT NULL ,
 277 freq float NOT NULL ,
 278 count int NOT NULL ,
 279 is_minor_allele int NOT NULL
 280 );
 281 CREATE TABLE SNPAncestralAllele
 282 (
 283 snp_id int NOT NULL ,
 284 ancestral_allele_id int NOT NULL ,
 285 batch_id int NOT NULL
 286 );
 287 CREATE TABLE SNPClinSig
 288 (
 289 hgvs_g varchar(255) NULL ,
 290 snp_id int NULL ,
 291 tested char(1) NULL ,
 292 clin_sig_id int NOT NULL ,
 293 upd_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 294 clin_sig_id_by_rs int NOT NULL
 295 );
 296 CREATE TABLE SNPGtyFreq
 297 (
 298 snp_id int NOT NULL ,
 299 unigty_id int NOT NULL ,
 300 ind_cnt float NULL ,
 301 freq float NULL ,
 302 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 303 );
 304 CREATE TABLE SNPHWProb
 305 (
 306 snp_id int NOT NULL ,
 307 df smallint NULL ,
 308 chisq real NULL ,
 309 hwp real NULL ,
 310 ind_cnt smallint NULL ,
 311 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 312 );
 313 CREATE TABLE SNPHistory
 314 (
 315 snp_id int NOT NULL ,
 316 create_time TIMESTAMP NULL ,
 317 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 318 history_create_time TIMESTAMP NULL ,
 319 comment varchar(255) NULL ,
 320 reactivated_time TIMESTAMP NULL
 321 );
 322 CREATE TABLE SNPPubmed
 323 (
 324 snp_id int NULL ,
 325 subsnp_id int NULL ,
 326 pubmed_id int NULL ,
 327 type varchar(16) NULL ,
 328 score int NOT NULL ,
 329 upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 330 );
 331 CREATE TABLE SNPSubSNPLink
 332 (
 333 subsnp_id int NULL ,
 334 snp_id int NULL ,
 335 substrand_reversed_flag smallint NULL ,
 336 create_time TIMESTAMP NULL ,
 337 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 338 build_id int NULL ,
 339 comment varchar(255) NULL
 340 );
 341 CREATE TABLE SNPSubSNPLinkHistory
 342 (
 343 subsnp_id int NULL ,
 344 snp_id int NULL ,
 345 build_id int NULL ,
 346 history_create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 347 link_create_time TIMESTAMP NULL ,
 348 link_last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 349 orien smallint NULL ,
 350 build_id_when_history_made int NULL ,
 351 comment varchar(255) NULL
 352 );
 353 CREATE TABLE SNPSuspect
 354 (
 355 snp_id int NOT NULL ,
 356 reason_code int NULL ,
 357 upd_time TIMESTAMP NULL
 358 );
 359 CREATE TABLE SNPVal
 360 (
 361 batch_id int NOT NULL ,
 362 snp_id int NOT NULL
 363 );
 364 CREATE TABLE SNP_HGVS
 365 (
 366 snp_id int NULL ,
 367 hgvs_name varchar(4000) NULL ,
 368 source varchar(3) NOT NULL ,
 369 upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 370 );
 371 CREATE TABLE SNP_bitfield
 372 (
 373 snp_id int NOT NULL ,
 374 ver_code smallint NULL ,
 375 link_prop_b1 smallint NULL ,
 376 link_prop_b2 smallint NULL ,
 377 gene_prop_b1 smallint NULL ,
 378 gene_prop_b2 smallint NULL ,
 379 map_prop smallint NULL ,
 380 freq_prop smallint NULL ,
 381 gty_prop smallint NULL ,
 382 hapmap_prop smallint NULL ,
 383 pheno_prop smallint NULL ,
 384 variation_class smallint NOT NULL ,
 385 quality_check smallint NULL ,
 386 upd_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 387 encoding bytea NULL
 388 );
 389 CREATE TABLE SubPop
 390 (
 391 batch_id int NOT NULL ,
 392 subsnp_id int NOT NULL ,
 393 pop_id int NOT NULL ,
 394 type char(3) NOT NULL ,
 395 samplesize int NOT NULL ,
 396 submitted_strand_code smallint NULL ,
 397 submitted_rs int NULL ,
 398 allele_flag smallint NULL ,
 399 ambiguity_status smallint NULL ,
 400 sub_heterozygosity real NULL ,
 401 est_heterozygosity real NULL ,
 402 est_het_se_sq real NULL ,
 403 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 404 observed varchar(1000) NULL ,
 405 sub_het_se_sq real NULL ,
 406 subpop_id SERIAL NOT NULL
 407 );
 408 CREATE TABLE SubPopAllele
 409 (
 410 batch_id int NOT NULL ,
 411 subsnp_id int NOT NULL ,
 412 pop_id int NOT NULL ,
 413 allele char(1) NOT NULL ,
 414 other varchar(255) NULL ,
 415 freq real NULL ,
 416 cnt_int int NULL ,
 417 freq_min real NULL ,
 418 freq_max real NULL ,
 419 data_src varchar(6) NULL ,
 420 type char(3) NULL ,
 421 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 422 allele_flag smallint NULL ,
 423 cnt real NULL ,
 424 allele_id int NULL ,
 425 subpop_id int NOT NULL
 426 );
 427 CREATE TABLE SubPopGty
 428 (
 429 subpop_id int NOT NULL ,
 430 gty_id int NOT NULL ,
 431 gty_str varchar(255) NULL ,
 432 cnt real NULL ,
 433 freq real NULL ,
 434 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 435 );
 436 CREATE TABLE SubSNP
 437 (
 438 subsnp_id int NOT NULL ,
 439 known_snp_handle varchar(20) NULL ,
 440 known_snp_loc_id varchar(64) NULL ,
 441 known_snp_loc_id_upp varchar(64) NULL ,
 442 batch_id int NOT NULL ,
 443 loc_snp_id varchar(64) NULL ,
 444 loc_snp_id_upp varchar(64) NULL ,
 445 synonym_names varchar(255) NULL ,
 446 loc_sts_id varchar(64) NULL ,
 447 loc_sts_id_upp varchar(64) NULL ,
 448 segregate char(1) NOT NULL ,
 449 indiv_homozygosity_detected char(1) NULL ,
 450 PCR_confirmed_ind char(1) NULL ,
 451 gene_name varchar(64) NULL ,
 452 sequence_len int NULL ,
 453 samplesize int NULL ,
 454 EXPRESSED_SEQUENCE_ind char(1) NULL ,
 455 SOMATIC_ind char(1) NULL ,
 456 sub_locus_id int NULL ,
 457 create_time TIMESTAMP NULL ,
 458 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 459 ancestral_allele varchar(255) NULL ,
 460 CpG_code smallint NULL ,
 461 variation_id int NULL ,
 462 top_or_bot_strand char(1) NULL ,
 463 validation_status smallint NULL ,
 464 snp_id int NULL ,
 465 tax_id int NOT NULL ,
 466 chr_id smallint NULL
 467 );
 468 CREATE TABLE SubSNPAcc_ins
 469 (
 470 subsnp_id int NOT NULL ,
 471 acc_type_ind char(1) NOT NULL ,
 472 acc_part varchar(16) NOT NULL ,
 473 acc_ver int NULL
 474 );
 475 CREATE TABLE SubSNPCommLine_ins
 476 (
 477 subsnp_id int NOT NULL ,
 478 line_num smallint NOT NULL ,
 479 line varchar(255) NOT NULL
 480 );
 481 CREATE TABLE SubSNPHGVS
 482 (
 483 subsnp_id int NOT NULL ,
 484 sub_hgvs_c varchar(255) NULL ,
 485 sub_hgvs_g varchar(255) NULL ,
 486 sub_hgvs_p varchar(255) NULL ,
 487 cal_hgvs_c varchar(255) NULL ,
 488 cal_hgvs_g varchar(255) NULL ,
 489 cal_hgvs_p varchar(255) NULL ,
 490 upd_time TIMESTAMP NULL ,
 491 gene_id int NULL
 492 );
 493 CREATE TABLE SubSNPLinkout
 494 (
 495 subsnp_id int NOT NULL ,
 496 url_val varchar(255) NOT NULL ,
 497 updated_time TIMESTAMP NULL ,
 498 link_type varchar(3) NOT NULL
 499 );
 500 CREATE TABLE SubSNPMdFailLn
 501 (
 502 subsnp_id int NOT NULL ,
 503 line_num smallint NOT NULL ,
 504 line varchar(255) NOT NULL
 505 );
 506 CREATE TABLE SubSNPNoVariSeq
 507 (
 508 subsnp_id int NOT NULL ,
 509 line_num smallint NOT NULL ,
 510 line varchar(255) NOT NULL
 511 );
 512 CREATE TABLE SubSNPOmim
 513 (
 514 subsnp_id int NOT NULL ,
 515 omim_id varchar(128) NOT NULL ,
 516 allele_variant_id varchar(32) NULL ,
 517 update_time TIMESTAMP NULL ,
 518 mutObsCount int NULL
 519 );
 520 CREATE TABLE SubSNPPubmed
 521 (
 522 subsnp_id int NOT NULL ,
 523 line_num int NOT NULL ,
 524 pubmed_id int NOT NULL ,
 525 updated_time TIMESTAMP NULL
 526 );
 527 CREATE TABLE SubSNPSeq3_ins
 528 (
 529 subsnp_id int NOT NULL ,
 530 type smallint NOT NULL ,
 531 line_num smallint NOT NULL ,
 532 line varchar(255) NOT NULL
 533 );
 534 CREATE TABLE SubSNPSeq5_ins
 535 (
 536 subsnp_id int NOT NULL ,
 537 type smallint NOT NULL ,
 538 line_num smallint NOT NULL ,
 539 line varchar(255) NOT NULL
 540 );
 541 CREATE TABLE SubSNPSeqPos
 542 (
 543 subsnp_id int NOT NULL ,
 544 contig_acc varchar(20) NOT NULL ,
 545 contig_pos int NOT NULL ,
 546 chr varchar(2) NULL ,
 547 upstream_len int NOT NULL ,
 548 downstream_len int NOT NULL ,
 549 last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 550 mrna_acc varchar(24) NULL
 551 );
 552 CREATE TABLE SubSNP_top_or_bot
 553 (
 554 subsnp_id int NOT NULL ,
 555 top_or_bot char(1) NULL ,
 556 step smallint NULL ,
 557 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 558 );
 559 CREATE TABLE SubmittedIndividual
 560 (
 561 submitted_ind_id int NOT NULL ,
 562 pop_id int NOT NULL ,
 563 loc_ind_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 564 ind_id int NULL ,
 565 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 566 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 567 tax_id int NOT NULL ,
 568 loc_ind_alias varchar(64) NULL ,
 569 loc_ind_id varchar(64) NULL ,
 570 loc_ind_grp varchar(64) NULL ,
 571 ploidy smallint NULL
 572 );
 573 CREATE TABLE SuspectReasonCode
 574 (
 575 code int NOT NULL ,
 576 abbrev varchar(64) NULL ,
 577 descrip varchar(255) NULL ,
 578 create_time TIMESTAMP NULL ,
 579 last_update_time TIMESTAMP NULL
 580 );
 581 CREATE TABLE Synonym
 582 (
 583 subsnp_id int NOT NULL ,
 584 type varchar(64) NOT NULL ,
 585 name varchar(64) NULL
 586 );
 587 CREATE TABLE b137_ContigInfo
 588 (
 589 ctg_id int NOT NULL ,
 590 tax_id int NOT NULL ,
 591 contig_acc varchar(32) NOT NULL ,
 592 contig_ver smallint NOT NULL ,
 593 contig_name varchar(63) NULL ,
 594 contig_chr varchar(32) NULL ,
 595 contig_start int NULL ,
 596 contig_end int NULL ,
 597 orient smallint NULL ,
 598 contig_gi int NOT NULL ,
 599 group_term varchar(32) NULL ,
 600 group_label varchar(32) NULL ,
 601 contig_label varchar(32) NULL ,
 602 primary_fl smallint NOT NULL ,
 603 genbank_gi int NULL ,
 604 genbank_acc varchar(32) NULL ,
 605 genbank_ver smallint NULL ,
 606 build_id int NOT NULL ,
 607 build_ver int NOT NULL ,
 608 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 609 placement_status smallint NOT NULL ,
 610 asm_acc varchar(32) NULL ,
 611 asm_version smallint NULL ,
 612 chr_gi int NULL ,
 613 par_fl smallint NULL ,
 614 top_level_fl smallint NOT NULL ,
 615 gen_rgn varchar(32) NULL
 616 );
 617 CREATE TABLE b137_MapLink
 618 (
 619 snp_type char(2) NOT NULL ,
 620 snp_id int NULL ,
 621 gi int NULL ,
 622 accession_how_cd int NULL ,
 623 "offset" int NULL ,
 624 asn_to int NULL ,
 625 lf_ngbr int NULL ,
 626 rf_ngbr int NULL ,
 627 lc_ngbr int NULL ,
 628 rc_ngbr int NULL ,
 629 loc_type smallint NOT NULL ,
 630 build_id int NULL ,
 631 process_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 632 process_status int NOT NULL ,
 633 orientation smallint NULL ,
 634 allele varchar(1024) NULL ,
 635 aln_quality real NULL ,
 636 num_mism int NULL ,
 637 num_ins int NULL ,
 638 num_del int NULL ,
 639 tier smallint NULL ,
 640 ctg_gi int NULL ,
 641 ctg_from int NULL ,
 642 ctg_to int NULL ,
 643 ctg_orient smallint NULL ,
 644 source varchar(5) NOT NULL
 645 );
 646 CREATE TABLE b137_MapLinkHGVS
 647 (
 648 snp_type char(2) NOT NULL ,
 649 snp_id int NULL ,
 650 gi int NULL ,
 651 accession_how_cd int NOT NULL ,
 652 "offset" int NULL ,
 653 asn_to int NULL ,
 654 lf_ngbr int NULL ,
 655 rf_ngbr int NULL ,
 656 lc_ngbr int NULL ,
 657 rc_ngbr int NULL ,
 658 loc_type smallint NULL ,
 659 build_id int NULL ,
 660 process_time TIMESTAMP NULL ,
 661 process_status int NOT NULL ,
 662 orientation smallint NULL ,
 663 allele varchar(255) NULL ,
 664 aln_quality real NULL ,
 665 num_mism int NULL ,
 666 num_del int NULL ,
 667 num_ins int NULL ,
 668 tier smallint NULL ,
 669 ctg_gi int NULL ,
 670 ctg_from int NULL ,
 671 ctg_to int NULL ,
 672 ctg_orient smallint NULL
 673 );
 674 CREATE TABLE b137_MapLinkInfo
 675 (
 676 gi int NOT NULL ,
 677 accession varchar(32) NOT NULL ,
 678 accession_ver smallint NOT NULL ,
 679 acc varchar(32) NOT NULL ,
 680 version smallint NOT NULL ,
 681 status varchar(32) NULL ,
 682 create_dt TIMESTAMP NULL ,
 683 update_dt TIMESTAMP NULL ,
 684 cds_from int NULL ,
 685 cds_to int NULL
 686 );
 687 CREATE TABLE b137_ProteinInfo
 688 (
 689 gi int NOT NULL ,
 690 acc varchar(32) NOT NULL ,
 691 version smallint NOT NULL ,
 692 prot_gi int NOT NULL ,
 693 prot_acc varchar(32) NOT NULL ,
 694 prot_ver smallint NOT NULL ,
 695 status varchar(32) NULL ,
 696 create_dt TIMESTAMP NULL ,
 697 update_dt TIMESTAMP NULL
 698 );
 699 CREATE TABLE b137_Remapped
 700 (
 701 snp_type char(2) NOT NULL ,
 702 snp_id int NULL ,
 703 src_gi int NOT NULL ,
 704 src_from int NOT NULL ,
 705 src_to int NOT NULL ,
 706 src_l_ngbr int NOT NULL ,
 707 src_r_ngbr int NOT NULL ,
 708 src_orientation smallint NULL ,
 709 src_aln_quality real NULL ,
 710 tgt_gi int NULL ,
 711 tgt_from int NULL ,
 712 tgt_to int NULL ,
 713 tgt_l_ngbr int NULL ,
 714 tgt_r_ngbr int NULL ,
 715 tgt_loc_type smallint NOT NULL ,
 716 tgt_orientation smallint NULL ,
 717 tgt_allele varchar(1024) NULL ,
 718 tgt_aln_quality real NULL ,
 719 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 720 comment varchar(255) NULL
 721 );
 722 CREATE TABLE b137_SNPChrPosOnRef
 723 (
 724 snp_id int NOT NULL ,
 725 chr varchar(32) NOT NULL ,
 726 pos int NULL ,
 727 orien int NULL ,
 728 neighbor_snp_list int NULL ,
 729 isPAR varchar(1) NOT NULL
 730 );
 731 CREATE TABLE b137_SNPContigLoc
 732 (
 733 snp_type char(2) NOT NULL ,
 734 snp_id int NOT NULL ,
 735 ctg_id int NOT NULL ,
 736 asn_from int NOT NULL ,
 737 asn_to int NOT NULL ,
 738 lf_ngbr int NULL ,
 739 rf_ngbr int NULL ,
 740 lc_ngbr int NOT NULL ,
 741 rc_ngbr int NOT NULL ,
 742 loc_type smallint NOT NULL ,
 743 phys_pos_from int NULL ,
 744 snp_bld_id int NOT NULL ,
 745 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 746 process_status smallint NOT NULL ,
 747 orientation smallint NULL ,
 748 allele varchar(1024) NULL ,
 749 loc_sts_uid int NULL ,
 750 aln_quality real NULL ,
 751 num_mism int NULL ,
 752 num_del int NULL ,
 753 num_ins int NULL ,
 754 tier smallint NULL
 755 );
 756 CREATE TABLE b137_SNPContigLocusId
 757 (
 758 snp_id int NULL ,
 759 contig_acc varchar(32) NOT NULL ,
 760 contig_ver smallint NULL ,
 761 asn_from int NULL ,
 762 asn_to int NULL ,
 763 locus_id int NULL ,
 764 locus_symbol varchar(64) NULL ,
 765 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 766 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 767 protein_acc varchar(32) NULL ,
 768 protein_ver smallint NULL ,
 769 fxn_class int NULL ,
 770 reading_frame int NULL ,
 771 allele varchar(255) NULL ,
 772 residue varchar(1000) NULL ,
 773 aa_position int NULL ,
 774 build_id varchar(4) NOT NULL ,
 775 ctg_id int NULL ,
 776 mrna_start int NULL ,
 777 mrna_stop int NULL ,
 778 codon varchar(1000) NULL ,
 779 protRes char(3) NULL ,
 780 contig_gi int NULL ,
 781 mrna_gi int NULL ,
 782 mrna_orien smallint NULL ,
 783 cp_mrna_ver int NULL ,
 784 cp_mrna_gi int NULL ,
 785 verComp int NULL
 786 );
 787 CREATE TABLE b137_SNPContigProtein
 788 (
 789 snp_id int NOT NULL ,
 790 contig_gi int NOT NULL ,
 791 contig_start int NOT NULL ,
 792 contig_stop int NOT NULL ,
 793 contig_orien smallint NOT NULL ,
 794 contig_allele varchar(1024) NULL ,
 795 mrna_gi int NOT NULL ,
 796 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 797 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 798 mrna_start int NULL ,
 799 mrna_stop int NULL ,
 800 mrna_orien smallint NULL ,
 801 gene_symbol varchar(128) NULL ,
 802 gene_id int NULL ,
 803 prot_gi int NULL ,
 804 prot_acc varchar(32) NULL ,
 805 prot_ver smallint NULL ,
 806 prot_start int NULL ,
 807 prot_stop int NULL ,
 808 frame smallint NULL ,
 809 var_allele varchar(1024) NULL ,
 810 residue varchar(1024) NULL ,
 811 mrna_codon varchar(1024) NULL ,
 812 codon varchar(1024) NULL ,
 813 fxn_class int NOT NULL ,
 814 in_stop_codon smallint NULL
 815 );
 816 CREATE TABLE b137_SNPMapInfo
 817 (
 818 snp_type char(2) NOT NULL ,
 819 snp_id int NOT NULL ,
 820 chr_cnt int NOT NULL ,
 821 contig_cnt int NOT NULL ,
 822 loc_cnt int NOT NULL ,
 823 weight int NOT NULL ,
 824 hap_cnt int NULL ,
 825 placed_cnt int NOT NULL ,
 826 unlocalized_cnt int NOT NULL ,
 827 unplaced_cnt int NOT NULL ,
 828 aligned_cnt int NOT NULL ,
 829 md5 char(32) NULL ,
 830 asm_acc varchar(32) NULL ,
 831 asm_version smallint NULL ,
 832 assembly varchar(32) NULL
 833 );
 834 CREATE TABLE b137_SNPMapLinkProtein
 835 (
 836 snp_id int NOT NULL ,
 837 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 838 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 839 mrna_gi int NOT NULL ,
 840 mrna_start int NULL ,
 841 mrna_stop int NULL ,
 842 mrna_orien smallint NULL ,
 843 allele varchar(1024) NULL ,
 844 gene_symbol varchar(128) NULL ,
 845 gene_id int NULL ,
 846 prot_gi int NULL ,
 847 prot_acc varchar(32) NULL ,
 848 prot_ver smallint NULL ,
 849 prot_start int NULL ,
 850 prot_stop int NULL ,
 851 frame smallint NULL ,
 852 var_allele varchar(1024) NULL ,
 853 residue varchar(1024) NULL ,
 854 mrna_codon varchar(1024) NULL ,
 855 codon varchar(1024) NULL ,
 856 fxn_class int NOT NULL ,
 857 ctg_gi int NULL ,
 858 ctg_from int NULL ,
 859 ctg_to int NULL ,
 860 ctg_orientation smallint NULL ,
 861 source varchar(7) NULL
 862 );
 863 CREATE TABLE dn_IND_batchCount
 864 (
 865 batch_id int NOT NULL ,
 866 pop_id int NOT NULL ,
 867 ss_cnt int NOT NULL ,
 868 rs_cnt int NOT NULL ,
 869 ind_cnt int NOT NULL ,
 870 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 871 );
 872 CREATE TABLE dn_IND_batch_pop
 873 (
 874 batch_id smallint NOT NULL ,
 875 pop_id int NOT NULL ,
 876 update_time TIMESTAMP NOT NULL
 877 );
 878 CREATE TABLE dn_PopulationIndGrp
 879 (
 880 pop_id int NOT NULL ,
 881 ind_grp_name varchar(32) NOT NULL ,
 882 ind_grp_code smallint NOT NULL
 883 );
 884 CREATE TABLE dn_batchCount
 885 (
 886 batch_id int NOT NULL ,
 887 ss_cnt int NOT NULL ,
 888 rs_cnt int NOT NULL ,
 889 rs_validated_cnt int NOT NULL ,
 890 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 891 pop_cnt int NULL ,
 892 ind_cnt int NULL
 893 );
 894 CREATE TABLE dn_handleCount
 895 (
 896 handle varchar(20) NOT NULL ,
 897 batch_type char(3) NOT NULL ,
 898 ss_cnt int NOT NULL ,
 899 rs_cnt int NULL ,
 900 rs_validated_cnt int NULL ,
 901 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 902 );
 903 CREATE TABLE dn_snpFxnCnt
 904 (
 905 build_id int NOT NULL ,
 906 fxn_class smallint NULL ,
 907 snp_cnt int NOT NULL ,
 908 gene_cnt int NOT NULL ,
 909 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 910 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 911 tax_id int NOT NULL
 912 );
 913 CREATE TABLE dn_table_rowcount
 914 (
 915 tabname varchar(64) NOT NULL ,
 916 row_cnt int NOT NULL ,
 917 build_id int NOT NULL ,
 918 update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 919 rows_in_spaceused int NULL ,
 920 reserved_KB_spaceused int NULL ,
 921 data_KB_spaceused int NULL ,
 922 index_size_KB_spaceused int NULL ,
 923 unused_KB_spaceused int NULL
 924 );