schema/human_9606_schema/human_9606_table_postgresql.sql

   1 CREATE TABLE AlleleFreqBySsPop
   2 (
   3 subsnp_id int NOT NULL ,
   4 pop_id int NOT NULL ,
   5 allele_id int NOT NULL ,
   6 source varchar(2) NOT NULL ,
   7 cnt real NULL ,
   8 freq real NULL ,
   9 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
  10 );
  11 CREATE TABLE Batch
  12 (
  13 batch_id int NOT NULL ,
  14 handle varchar(20) NOT NULL ,
  15 loc_batch_id varchar(64) NOT NULL ,
  16 loc_batch_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
  17 batch_type char(3) NOT NULL ,
  18 status smallint NULL ,
  19 simul_sts_status smallint NOT NULL ,
  20 moltype varchar(8) NOT NULL ,
  21 method_id int NOT NULL ,
  22 samplesize int NULL ,
  23 synonym_type varchar(255) NULL ,
  24 submitted_time TIMESTAMP NOT NULL ,
  25 linkout_url varchar(255) NULL ,
  26 pop_id int NULL ,
  27 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
  28 success_rate_int int NULL ,
  29 build_id int NULL ,
  30 tax_id int NOT NULL ,
  31 ss_cnt int NULL
  32 );
  33 CREATE TABLE BatchCita
  34 (
  35 batch_id int NOT NULL ,
  36 position int NOT NULL ,
  37 pub_id int NOT NULL ,
  38 citation varchar(255) NOT NULL ,
  39 create_time TIMESTAMP NULL ,
  40 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  41 );
  42 CREATE TABLE BatchCommLine
  43 (
  44 batch_id int NOT NULL ,
  45 line_num smallint NOT NULL ,
  46 line varchar(255) NOT NULL ,
  47 create_time TIMESTAMP NULL ,
  48 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  49 );
  50 CREATE TABLE BatchCultivar
  51 (
  52 batch_id int NOT NULL ,
  53 line_num smallint NOT NULL ,
  54 line varchar(255) NULL ,
  55 create_time TIMESTAMP NULL ,
  56 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  57 );
  58 CREATE TABLE BatchMeExLine
  59 (
  60 batch_id int NOT NULL ,
  61 line_num smallint NOT NULL ,
  62 line varchar(255) NOT NULL ,
  63 create_time TIMESTAMP NULL ,
  64 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  65 );
  66 CREATE TABLE BatchStrain
  67 (
  68 batch_id int NOT NULL ,
  69 line_num smallint NOT NULL ,
  70 line varchar(255) NOT NULL ,
  71 create_time TIMESTAMP NULL ,
  72 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  73 );
  74 CREATE TABLE BatchValCode
  75 (
  76 batch_id int NOT NULL ,
  77 validation_status smallint NOT NULL
  78 );
  79 CREATE TABLE ClinSigCode
  80 (
  81 code int NOT NULL ,
  82 abbrev varchar(64) NULL ,
  83 descrip varchar(255) NULL ,
  84 create_time TIMESTAMP NULL ,
  85 last_updated_time TIMESTAMP NULL
  86 );
  87 CREATE TABLE Contact
  88 (
  89 batch_id int NOT NULL ,
  90 handle varchar(20) NOT NULL ,
  91 name varchar(255) NOT NULL ,
  92 fax varchar(255) NULL ,
  93 phone varchar(255) NULL ,
  94 email varchar(255) NULL ,
  95 lab varchar(255) NULL ,
  96 institution varchar(255) NULL ,
  97 address varchar(255) NULL ,
  98 create_time TIMESTAMP NULL ,
  99 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 100 );
 101 CREATE TABLE FreqSummaryBySsPop
 102 (
 103 subsnp_id int NOT NULL ,
 104 pop_id int NOT NULL ,
 105 source varchar(1) NOT NULL ,
 106 chr_cnt float NULL ,
 107 ind_cnt float NULL ,
 108 non_founder_ind_cnt int NOT NULL ,
 109 chisq float NULL ,
 110 df int NULL ,
 111 hwp float NOT NULL ,
 112 het int NULL ,
 113 het_se int NULL ,
 114 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 115 );
 116 CREATE TABLE GeneIdToName
 117 (
 118 gene_id int NOT NULL ,
 119 gene_symbol varchar(64) NOT NULL ,
 120 gene_name varchar(255) NULL ,
 121 gene_type varchar(255) NULL ,
 122 tax_id int NOT NULL ,
 123 last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 124 ref_tax_id int NOT NULL ,
 125 dbSNP_tax_id int NOT NULL ,
 126 ins_time TIMESTAMP NULL
 127 );
 128 CREATE TABLE GtyFreqBySsPop
 129 (
 130 subsnp_id int NOT NULL ,
 131 pop_id int NOT NULL ,
 132 unigty_id int NOT NULL ,
 133 source varchar(1) NULL ,
 134 cnt real NULL ,
 135 freq real NULL ,
 136 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 137 );
 138 CREATE TABLE IndGrpCode
 139 (
 140 code smallint NOT NULL ,
 141 name varchar(32) NOT NULL ,
 142 descrip varchar(255) NOT NULL
 143 );
 144 CREATE TABLE IndivBySource
 145 (
 146 ind_id int NOT NULL ,
 147 src_id int NOT NULL ,
 148 src_ind_id varchar(64) NOT NULL ,
 149 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 150 src_ind_grp varchar(64) NULL
 151 );
 152 CREATE TABLE IndivSourceCode
 153 (
 154 code int NOT NULL ,
 155 name varchar(22) NOT NULL ,
 156 descrip varchar(255) NULL ,
 157 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 158 src_type varchar(10) NULL ,
 159 display_order smallint NULL
 160 );
 161 CREATE TABLE Individual
 162 (
 163 ind_id int NOT NULL ,
 164 descrip varchar(255) NULL ,
 165 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 166 tax_id int NULL ,
 167 ind_grp smallint NULL
 168 );
 169 CREATE TABLE OmimVarLocusIdSNP
 170 (
 171 omim_id int NOT NULL ,
 172 locus_id int NULL ,
 173 omimvar_id char(4) NULL ,
 174 locus_symbol char(10) NULL ,
 175 var1 char(20) NULL ,
 176 aa_position int NULL ,
 177 var2 char(20) NULL ,
 178 var_class int NOT NULL ,
 179 snp_id int NOT NULL
 180 );
 181 CREATE TABLE Pedigree
 182 (
 183 ped_id numeric NOT NULL ,
 184 curator varchar(12) NOT NULL ,
 185 curator_ped_id varchar(12) NOT NULL ,
 186 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 187 );
 188 CREATE TABLE PedigreeIndividual
 189 (
 190 ped_id decimal NOT NULL ,
 191 ind_id int NOT NULL ,
 192 ma_ind_id int NULL ,
 193 pa_ind_id int NULL ,
 194 sex char(1) NULL ,
 195 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 196 );
 197 CREATE TABLE PopLine
 198 (
 199 pop_id int NOT NULL ,
 200 line_num int NOT NULL ,
 201 line varchar(255) NOT NULL ,
 202 create_time TIMESTAMP NULL ,
 203 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 204 );
 205 CREATE TABLE PopMandLine
 206 (
 207 pop_id int NOT NULL ,
 208 line_num smallint NOT NULL ,
 209 line varchar(255) NOT NULL ,
 210 create_time TIMESTAMP NULL ,
 211 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 212 );
 213 CREATE TABLE Population
 214 (
 215 pop_id int NOT NULL ,
 216 handle varchar(20) NOT NULL ,
 217 loc_pop_id varchar(64) NOT NULL ,
 218 loc_pop_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 219 create_time TIMESTAMP NULL ,
 220 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 221 src_id int NULL
 222 );
 223 CREATE TABLE RsMergeArch
 224 (
 225 rsHigh int NULL ,
 226 rsLow int NULL ,
 227 build_id int NULL ,
 228 orien smallint NULL ,
 229 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 230 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 231 rsCurrent int NULL ,
 232 orien2Current smallint NULL ,
 233 comment varchar(255) NULL
 234 );
 235 CREATE TABLE SNP
 236 (
 237 snp_id int NULL ,
 238 avg_heterozygosity real NULL ,
 239 het_se real NULL ,
 240 create_time TIMESTAMP NULL ,
 241 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 242 CpG_code smallint NULL ,
 243 tax_id int NULL ,
 244 validation_status smallint NULL ,
 245 exemplar_subsnp_id int NULL ,
 246 univar_id int NULL ,
 247 cnt_subsnp int NULL ,
 248 map_property smallint NULL
 249 );
 250 CREATE TABLE SNP3D
 251 (
 252 snp_id int NOT NULL ,
 253 protein_acc char(50) NOT NULL ,
 254 master_gi int NOT NULL ,
 255 neighbor_gi int NOT NULL ,
 256 aa_position int NOT NULL ,
 257 var_res char(1) NOT NULL ,
 258 contig_res char(1) NOT NULL ,
 259 neighbor_res char(1) NOT NULL ,
 260 neighbor_pos int NOT NULL ,
 261 var_color int NOT NULL ,
 262 var_label int NOT NULL
 263 );
 264 CREATE TABLE SNPAlleleFreq
 265 (
 266 snp_id int NOT NULL ,
 267 allele_id int NOT NULL ,
 268 chr_cnt float NULL ,
 269 freq float NULL ,
 270 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 271 );
 272 CREATE TABLE SNPAlleleFreq_TGP
 273 (
 274 snp_id int NOT NULL ,
 275 allele_id int NOT NULL ,
 276 freq float NULL ,
 277 count int NULL ,
 278 is_minor_allele bit NULL
 279 );
 280 CREATE TABLE SNPAncestralAllele
 281 (
 282 snp_id int NOT NULL ,
 283 ancestral_allele_id int NOT NULL ,
 284 batch_id int NOT NULL
 285 );
 286 CREATE TABLE SNPClinSig
 287 (
 288 snp_id int NOT NULL ,
 289 clin_sig_id int NULL ,
 290 upd_time TIMESTAMP NULL ,
 291 clin_test_code varchar(16) NULL
 292 );
 293 CREATE TABLE SNPGtyFreq
 294 (
 295 snp_id int NOT NULL ,
 296 unigty_id int NOT NULL ,
 297 ind_cnt float NULL ,
 298 freq float NULL ,
 299 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 300 );
 301 CREATE TABLE SNPHWProb
 302 (
 303 snp_id int NOT NULL ,
 304 df smallint NULL ,
 305 chisq real NULL ,
 306 hwp real NULL ,
 307 ind_cnt smallint NULL ,
 308 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 309 );
 310 CREATE TABLE SNPHistory
 311 (
 312 snp_id int NOT NULL ,
 313 create_time TIMESTAMP NULL ,
 314 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 315 history_create_time TIMESTAMP NULL ,
 316 comment varchar(255) NULL ,
 317 reactivated_time TIMESTAMP NULL
 318 );
 319 CREATE TABLE SNPPubmed
 320 (
 321 snp_id int NULL ,
 322 subsnp_id int NOT NULL ,
 323 pubmed_id int NULL ,
 324 type varchar(9) NOT NULL ,
 325 score int NOT NULL ,
 326 upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 327 );
 328 CREATE TABLE SNPSubSNPLink
 329 (
 330 subsnp_id int NULL ,
 331 snp_id int NULL ,
 332 substrand_reversed_flag smallint NULL ,
 333 create_time TIMESTAMP NULL ,
 334 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 335 build_id int NULL ,
 336 comment varchar(255) NULL
 337 );
 338 CREATE TABLE SNPSubSNPLinkHistory
 339 (
 340 subsnp_id int NULL ,
 341 snp_id int NULL ,
 342 build_id int NULL ,
 343 history_create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 344 link_create_time TIMESTAMP NULL ,
 345 link_last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 346 orien smallint NULL ,
 347 build_id_when_history_made int NULL ,
 348 comment varchar(255) NULL
 349 );
 350 CREATE TABLE SNPSuspect
 351 (
 352 snp_id int NOT NULL ,
 353 reason_code int NULL ,
 354 upd_time TIMESTAMP NULL
 355 );
 356 CREATE TABLE dbo.SuspectReasonCode(
 357                 code int NOT NULL,
 358                 abbrev varchar(64) NULL,
 359                 descrip varchar(255) NULL,
 360                 create_time TIMESTAMP NULL,
 361                 last_update_time TIMESTAMP NULL,
 362 PRIMARY KEY (code));
 363 CREATE TABLE SNPVal
 364 (
 365 batch_id int NOT NULL ,
 366 snp_id int NOT NULL
 367 );
 368 CREATE TABLE SNP_HGVS
 369 (
 370 snp_id int NULL ,
 371 hgvs_name varchar(4000) NULL ,
 372 source varchar(3) NOT NULL ,
 373 upd_time TIMESTAMP NOT NULL
 374 );
 375 CREATE TABLE SNP_bitfield
 376 (
 377 snp_id int NOT NULL ,
 378 ver_code smallint NULL ,
 379 link_prop_b1 smallint NULL ,
 380 link_prop_b2 smallint NULL ,
 381 gene_prop_b1 smallint NULL ,
 382 gene_prop_b2 smallint NULL ,
 383 map_prop smallint NULL ,
 384 freq_prop smallint NULL ,
 385 gty_prop smallint NULL ,
 386 hapmap_prop smallint NULL ,
 387 pheno_prop smallint NULL ,
 388 variation_class smallint NOT NULL ,
 389 quality_check smallint NULL ,
 390 upd_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 391 encoding bytea NULL
 392 );
 393 CREATE TABLE SubPop
 394 (
 395 batch_id int NOT NULL ,
 396 subsnp_id int NOT NULL ,
 397 pop_id int NOT NULL ,
 398 type char(3) NOT NULL ,
 399 samplesize int NOT NULL ,
 400 submitted_strand_code smallint NULL ,
 401 submitted_rs int NULL ,
 402 allele_flag smallint NULL ,
 403 ambiguity_status smallint NULL ,
 404 sub_heterozygosity real NULL ,
 405 est_heterozygosity real NULL ,
 406 est_het_se_sq real NULL ,
 407 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 408 observed varchar(1000) NULL ,
 409 sub_het_se_sq real NULL ,
 410 subpop_id SERIAL NOT NULL
 411 );
 412 CREATE TABLE SubPopAllele
 413 (
 414 batch_id int NOT NULL ,
 415 subsnp_id int NOT NULL ,
 416 pop_id int NOT NULL ,
 417 allele char(1) NOT NULL ,
 418 other varchar(255) NULL ,
 419 freq real NULL ,
 420 cnt_int int NULL ,
 421 freq_min real NULL ,
 422 freq_max real NULL ,
 423 data_src varchar(6) NULL ,
 424 type char(3) NULL ,
 425 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 426 allele_flag smallint NULL ,
 427 cnt real NULL ,
 428 allele_id int NULL ,
 429 subpop_id int NOT NULL
 430 );
 431 CREATE TABLE SubPopGty
 432 (
 433 subpop_id int NOT NULL ,
 434 gty_id int NOT NULL ,
 435 gty_str varchar(255) NULL ,
 436 cnt real NULL ,
 437 freq real NULL ,
 438 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL
 439 );
 440 CREATE TABLE SubSNP
 441 (
 442 subsnp_id int NOT NULL ,
 443 known_snp_handle varchar(20) NULL ,
 444 known_snp_loc_id varchar(64) NULL ,
 445 known_snp_loc_id_upp varchar(64) NULL ,
 446 batch_id int NOT NULL ,
 447 loc_snp_id varchar(64) NULL ,
 448 loc_snp_id_upp varchar(64) NULL ,
 449 synonym_names varchar(255) NULL ,
 450 loc_sts_id varchar(64) NULL ,
 451 loc_sts_id_upp varchar(64) NULL ,
 452 segregate char(1) NOT NULL ,
 453 indiv_homozygosity_detected char(1) NULL ,
 454 PCR_confirmed_ind char(1) NULL ,
 455 gene_name varchar(64) NULL ,
 456 sequence_len int NULL ,
 457 samplesize int NULL ,
 458 EXPRESSED_SEQUENCE_ind char(1) NULL ,
 459 SOMATIC_ind char(1) NULL ,
 460 sub_locus_id int NULL ,
 461 create_time TIMESTAMP NULL ,
 462 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 463 ancestral_allele varchar(255) NULL ,
 464 CpG_code smallint NULL ,
 465 variation_id int NULL ,
 466 top_or_bot_strand char(1) NULL ,
 467 validation_status smallint NULL ,
 468 snp_id int NULL ,
 469 tax_id int NOT NULL ,
 470 chr_id smallint NULL
 471 );
 472 CREATE TABLE SubSNPAcc_ins
 473 (
 474 subsnp_id int NOT NULL ,
 475 acc_type_ind char(1) NOT NULL ,
 476 acc_part varchar(16) NOT NULL ,
 477 acc_ver int NULL
 478 );
 479 CREATE TABLE SubSNPCommLine_ins
 480 (
 481 subsnp_id int NOT NULL ,
 482 line_num smallint NOT NULL ,
 483 line varchar(255) NOT NULL
 484 );
 485 CREATE TABLE SubSNPHGVS
 486 (
 487 subsnp_id int NOT NULL ,
 488 sub_hgvs_c varchar(32) NULL ,
 489 sub_hgvs_g varchar(64) NULL ,
 490 sub_hgvs_p varchar(32) NULL ,
 491 cal_hgvs_c varchar(32) NULL ,
 492 cal_hgvs_g varchar(32) NULL ,
 493 cal_hgvs_p varchar(32) NULL ,
 494 upd_time TIMESTAMP NULL ,
 495 gene_id int NULL
 496 );
 497 CREATE TABLE SubSNPLinkout
 498 (
 499 subsnp_id int NOT NULL ,
 500 url_val varchar(255) NOT NULL ,
 501 updated_time TIMESTAMP NULL ,
 502 link_type varchar(3) NOT NULL
 503 );
 504 CREATE TABLE SubSNPMdFailLn
 505 (
 506 subsnp_id int NOT NULL ,
 507 line_num smallint NOT NULL ,
 508 line varchar(255) NOT NULL
 509 );
 510 CREATE TABLE SubSNPNoVariSeq
 511 (
 512 subsnp_id int NOT NULL ,
 513 line_num smallint NOT NULL ,
 514 line varchar(255) NOT NULL
 515 );
 516 CREATE TABLE SubSNPOmim
 517 (
 518 subsnp_id int NOT NULL ,
 519 omim_id int NOT NULL ,
 520 allele_variant_id varchar(32) NULL ,
 521 update_time TIMESTAMP NULL ,
 522 mutObsCount int NULL
 523 );
 524 CREATE TABLE SubSNPPubmed
 525 (
 526 subsnp_id int NOT NULL ,
 527 line_num int NOT NULL ,
 528 pubmed_id int NOT NULL ,
 529 updated_time TIMESTAMP NULL
 530 );
 531 CREATE TABLE SubSNPSeq3_ins
 532 (
 533 subsnp_id int NOT NULL ,
 534 type smallint NOT NULL ,
 535 line_num smallint NOT NULL ,
 536 line varchar(255) NOT NULL
 537 );
 538 CREATE TABLE SubSNPSeq5_ins
 539 (
 540 subsnp_id int NOT NULL ,
 541 type smallint NOT NULL ,
 542 line_num smallint NOT NULL ,
 543 line varchar(255) NOT NULL
 544 );
 545 CREATE TABLE SubSNPSeqPos
 546 (
 547 subsnp_id int NOT NULL ,
 548 contig_acc varchar(20) NOT NULL ,
 549 contig_pos int NOT NULL ,
 550 chr varchar(2) NULL ,
 551 upstream_len int NOT NULL ,
 552 downstream_len int NOT NULL ,
 553 last_update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 554 mrna_acc varchar(24) NULL
 555 );
 556 CREATE TABLE SubSNP_top_or_bot
 557 (
 558 subsnp_id int NOT NULL ,
 559 top_or_bot char(1) NULL ,
 560 step smallint NULL ,
 561 last_updated_time TIMESTAMP NULL
 562 );
 563 CREATE TABLE SubmittedIndividual
 564 (
 565 submitted_ind_id int NOT NULL ,
 566 pop_id int NOT NULL ,
 567 loc_ind_id_upp varchar(64) NOT NULL ,
 568 ind_id int NULL ,
 569 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 570 last_updated_time TIMESTAMP NULL ,
 571 tax_id int NOT NULL ,
 572 loc_ind_alias varchar(64) NULL ,
 573 loc_ind_id varchar(64) NULL ,
 574 loc_ind_grp varchar(64) NULL ,
 575 ploidy smallint NULL
 576 );
 577 CREATE TABLE Synonym
 578 (
 579 subsnp_id int NOT NULL ,
 580 type varchar(64) NOT NULL ,
 581 name varchar(64) NULL
 582 );
 583 CREATE TABLE b135_ContigInfo_37_3
 584 (
 585 ctg_id int NOT NULL ,
 586 tax_id int NOT NULL ,
 587 contig_acc varchar(32) NOT NULL ,
 588 contig_ver smallint NOT NULL ,
 589 contig_name varchar(63) NULL ,
 590 contig_chr varchar(32) NULL ,
 591 contig_start int NULL ,
 592 contig_end int NULL ,
 593 orient smallint NULL ,
 594 contig_gi int NOT NULL ,
 595 group_term varchar(32) NULL ,
 596 group_label varchar(32) NULL ,
 597 contig_label varchar(32) NULL ,
 598 build_id int NOT NULL ,
 599 build_ver int NOT NULL ,
 600 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 601 placement_status smallint NOT NULL ,
 602 asm_acc varchar(32) NULL ,
 603 asm_version smallint NULL ,
 604 chr_gi int NULL ,
 605 par_fl smallint NULL ,
 606 top_level_fl smallint NOT NULL ,
 607 gen_rgn varchar(32) NULL
 608 );
 609 CREATE TABLE b135_MapLinkHGVS_37_3
 610 (
 611 snp_type char(2) NOT NULL ,
 612 snp_id int NULL ,
 613 gi int NULL ,
 614 accession_how_cd int NOT NULL ,
 615 offset int NULL ,
 616 asn_to int NULL ,
 617 lf_ngbr int NULL ,
 618 rf_ngbr int NULL ,
 619 lc_ngbr int NULL ,
 620 rc_ngbr int NULL ,
 621 loc_type smallint NULL ,
 622 build_id int NULL ,
 623 process_time TIMESTAMP NULL ,
 624 process_status int NOT NULL ,
 625 orientation smallint NULL ,
 626 allele varchar(255) NULL ,
 627 aln_quality real NULL ,
 628 num_mism int NULL ,
 629 num_del int NULL ,
 630 num_ins int NULL ,
 631 tier smallint NULL ,
 632 ctg_gi int NULL ,
 633 ctg_from int NULL ,
 634 ctg_to int NULL ,
 635 ctg_orient smallint NULL
 636 );
 637 CREATE TABLE b135_MapLinkInfo_37_3
 638 (
 639 gi int NOT NULL ,
 640 accession varchar(32) NOT NULL ,
 641 accession_ver smallint NOT NULL ,
 642 acc varchar(32) NOT NULL ,
 643 version smallint NOT NULL ,
 644 status varchar(32) NULL ,
 645 create_dt TIMESTAMP NULL ,
 646 update_dt TIMESTAMP NULL ,
 647 cds_from int NULL ,
 648 cds_to int NULL
 649 );
 650 CREATE TABLE b135_MapLink_37_3
 651 (
 652 snp_type char(2) NOT NULL ,
 653 snp_id int NULL ,
 654 gi int NULL ,
 655 accession_how_cd int NULL ,
 656 offset int NULL ,
 657 asn_to int NULL ,
 658 lf_ngbr int NULL ,
 659 rf_ngbr int NULL ,
 660 lc_ngbr int NULL ,
 661 rc_ngbr int NULL ,
 662 loc_type smallint NOT NULL ,
 663 build_id int NULL ,
 664 process_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 665 process_status int NOT NULL ,
 666 orientation smallint NULL ,
 667 allele varchar(1024) NULL ,
 668 aln_quality real NULL ,
 669 num_mism int NULL ,
 670 num_ins int NULL ,
 671 num_del int NULL ,
 672 tier smallint NULL ,
 673 ctg_gi int NULL ,
 674 ctg_from int NULL ,
 675 ctg_to int NULL ,
 676 ctg_orient smallint NULL ,
 677 source varchar(5) NOT NULL
 678 );
 679 CREATE TABLE b135_ProteinInfo_37_3
 680 (
 681 gi int NOT NULL ,
 682 acc varchar(32) NOT NULL ,
 683 version smallint NOT NULL ,
 684 prot_gi int NOT NULL ,
 685 prot_acc varchar(32) NOT NULL ,
 686 prot_ver smallint NOT NULL ,
 687 status varchar(32) NULL ,
 688 create_dt TIMESTAMP NULL ,
 689 update_dt TIMESTAMP NULL
 690 );
 691 CREATE TABLE b135_Remapped_37_3
 692 (
 693 snp_type char(2) NOT NULL ,
 694 snp_id int NULL ,
 695 src_gi int NOT NULL ,
 696 src_from int NOT NULL ,
 697 src_to int NOT NULL ,
 698 src_l_ngbr int NOT NULL ,
 699 src_r_ngbr int NOT NULL ,
 700 src_orientation smallint NULL ,
 701 src_aln_quality real NULL ,
 702 tgt_gi int NULL ,
 703 tgt_from int NULL ,
 704 tgt_to int NULL ,
 705 tgt_l_ngbr int NULL ,
 706 tgt_r_ngbr int NULL ,
 707 tgt_loc_type smallint NOT NULL ,
 708 tgt_orientation smallint NULL ,
 709 tgt_allele varchar(1024) NULL ,
 710 tgt_aln_quality real NULL ,
 711 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 712 comment varchar(255) NULL
 713 );
 714 CREATE TABLE b135_SNPChrPosOnRef_37_3
 715 (
 716 snp_id int NOT NULL ,
 717 chr varchar(32) NOT NULL ,
 718 pos int NULL ,
 719 orien int NULL ,
 720 neighbor_snp_list int NULL ,
 721 isPAR varchar(1) NOT NULL
 722 );
 723 CREATE TABLE b135_SNPContigLoc_37_3
 724 (
 725 snp_type char(2) NOT NULL ,
 726 snp_id int NOT NULL ,
 727 ctg_id int NOT NULL ,
 728 asn_from int NOT NULL ,
 729 asn_to int NOT NULL ,
 730 lf_ngbr int NULL ,
 731 rf_ngbr int NULL ,
 732 lc_ngbr int NOT NULL ,
 733 rc_ngbr int NOT NULL ,
 734 loc_type smallint NOT NULL ,
 735 phys_pos_from int NULL ,
 736 snp_bld_id int NOT NULL ,
 737 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 738 process_status smallint NOT NULL ,
 739 orientation smallint NULL ,
 740 allele varchar(1024) NULL ,
 741 loc_sts_uid int NULL ,
 742 aln_quality real NULL ,
 743 num_mism int NULL ,
 744 num_del int NULL ,
 745 num_ins int NULL ,
 746 tier smallint NULL
 747 );
 748 CREATE TABLE b135_SNPContigLocusId_37_3
 749 (
 750 snp_id int NOT NULL ,
 751 contig_acc varchar(32) NULL ,
 752 contig_ver smallint NULL ,
 753 asn_from int NULL ,
 754 asn_to int NULL ,
 755 locus_id int NULL ,
 756 locus_symbol varchar(128) NULL ,
 757 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 758 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 759 protein_acc varchar(32) NULL ,
 760 protein_ver smallint NULL ,
 761 fxn_class int NOT NULL ,
 762 reading_frame int NULL ,
 763 allele varchar(256) NULL ,
 764 residue varchar(1024) NULL ,
 765 aa_position int NULL ,
 766 build_id varchar(4) NOT NULL ,
 767 ctg_id int NULL ,
 768 mrna_start int NULL ,
 769 mrna_stop int NULL ,
 770 codon varchar(1024) NULL ,
 771 protRes char(3) NULL ,
 772 contig_gi int NULL ,
 773 mrna_gi int NOT NULL ,
 774 mrna_orien smallint NULL ,
 775 cp_mrna_ver smallint NULL ,
 776 cp_mrna_gi int NULL ,
 777 verComp varchar(7) NULL
 778 );
 779 CREATE TABLE b135_SNPContigProtein_37_3
 780 (
 781 snp_id int NOT NULL ,
 782 contig_gi int NOT NULL ,
 783 contig_start int NOT NULL ,
 784 contig_stop int NOT NULL ,
 785 contig_orien smallint NOT NULL ,
 786 contig_allele varchar(1024) NULL ,
 787 mrna_gi int NOT NULL ,
 788 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 789 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 790 mrna_start int NULL ,
 791 mrna_stop int NULL ,
 792 mrna_orien smallint NULL ,
 793 gene_symbol varchar(128) NULL ,
 794 gene_id int NULL ,
 795 prot_gi int NULL ,
 796 prot_acc varchar(32) NULL ,
 797 prot_ver smallint NULL ,
 798 prot_start int NULL ,
 799 prot_stop int NULL ,
 800 frame smallint NULL ,
 801 var_allele varchar(1024) NULL ,
 802 residue varchar(1024) NULL ,
 803 mrna_codon varchar(1024) NULL ,
 804 codon varchar(1024) NULL ,
 805 fxn_class int NOT NULL ,
 806 in_stop_codon smallint NULL
 807 );
 808 CREATE TABLE b135_SNPMapInfo_37_3
 809 (
 810 snp_type char(2) NOT NULL ,
 811 snp_id int NOT NULL ,
 812 chr_cnt int NOT NULL ,
 813 contig_cnt int NOT NULL ,
 814 loc_cnt int NOT NULL ,
 815 weight int NOT NULL ,
 816 hap_cnt int NULL ,
 817 placed_cnt int NOT NULL ,
 818 unlocalized_cnt int NOT NULL ,
 819 unplaced_cnt int NOT NULL ,
 820 aligned_cnt int NOT NULL ,
 821 md5 char(32) NULL ,
 822 asm_acc varchar(32) NULL ,
 823 asm_version smallint NULL ,
 824 assembly varchar(32) NULL
 825 );
 826 CREATE TABLE b135_SNPMapLinkProtein_37_3
 827 (
 828 snp_id int NOT NULL ,
 829 mrna_acc varchar(32) NOT NULL ,
 830 mrna_ver smallint NOT NULL ,
 831 mrna_gi int NOT NULL ,
 832 mrna_start int NULL ,
 833 mrna_stop int NULL ,
 834 mrna_orien smallint NULL ,
 835 allele varchar(1024) NULL ,
 836 gene_symbol varchar(128) NULL ,
 837 gene_id int NULL ,
 838 prot_gi int NULL ,
 839 prot_acc varchar(32) NULL ,
 840 prot_ver smallint NULL ,
 841 prot_start int NULL ,
 842 prot_stop int NULL ,
 843 frame smallint NULL ,
 844 var_allele varchar(1024) NULL ,
 845 residue varchar(1024) NULL ,
 846 mrna_codon varchar(1024) NULL ,
 847 codon varchar(1024) NULL ,
 848 fxn_class int NOT NULL ,
 849 ctg_gi int NULL ,
 850 ctg_from int NULL ,
 851 ctg_to int NULL ,
 852 ctg_orientation smallint NULL ,
 853 source varchar(7) NULL
 854 );
 855 CREATE TABLE dn_IND_batchCount
 856 (
 857 batch_id int NOT NULL ,
 858 pop_id int NOT NULL ,
 859 ss_cnt int NOT NULL ,
 860 rs_cnt int NOT NULL ,
 861 ind_cnt int NOT NULL ,
 862 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 863 );
 864 CREATE TABLE dn_IND_batch_pop
 865 (
 866 batch_id smallint NOT NULL ,
 867 pop_id int NOT NULL ,
 868 update_time TIMESTAMP NOT NULL
 869 );
 870 CREATE TABLE dn_PopulationIndGrp
 871 (
 872 pop_id int NOT NULL ,
 873 ind_grp_name varchar(32) NOT NULL ,
 874 ind_grp_code smallint NOT NULL
 875 );
 876 CREATE TABLE dn_batchCount
 877 (
 878 batch_id int NOT NULL ,
 879 ss_cnt int NOT NULL ,
 880 rs_cnt int NOT NULL ,
 881 rs_validated_cnt int NOT NULL ,
 882 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 883 pop_cnt int NULL ,
 884 ind_cnt int NULL
 885 );
 886 CREATE TABLE dn_handleCount
 887 (
 888 handle varchar(20) NOT NULL ,
 889 batch_type char(3) NOT NULL ,
 890 ss_cnt int NOT NULL ,
 891 rs_cnt int NULL ,
 892 rs_validated_cnt int NULL ,
 893 create_time TIMESTAMP NOT NULL
 894 );
 895 CREATE TABLE dn_snpFxnCnt
 896 (
 897 build_id int NOT NULL ,
 898 fxn_class smallint NULL ,
 899 snp_cnt int NOT NULL ,
 900 gene_cnt int NOT NULL ,
 901 create_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 902 last_updated_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 903 tax_id int NOT NULL
 904 );
 905 CREATE TABLE dn_table_rowcount
 906 (
 907 tabname varchar(64) NOT NULL ,
 908 row_cnt int NOT NULL ,
 909 build_id int NOT NULL ,
 910 update_time TIMESTAMP NOT NULL ,
 911 rows_in_spaceused int NULL ,
 912 reserved_KB_spaceused int NULL ,
 913 data_KB_spaceused int NULL ,
 914 index_size_KB_spaceused int NULL ,
 915 unused_KB_spaceused int NULL
 916 );